在塔里木盆地的西端，即喀什噶尔地区，东部的维吾尔斯坦人口仅约占此数的十分之一。［12］ 从1759年到1820年代清朝进行征服期间，东突厥斯坦的人口和耕地似已增加一倍。
作为一个整体，东突厥斯坦人除了耶里克（意即“本地的”）以外没有一个共同的族称。他们分别用所在绿洲的名称来称呼。在喀什噶尔的本地人自称喀什噶尔人，在吐鲁番者自称吐鲁番人，余类推。甚至外国穆斯林也不把东突厥斯坦人视为单独的人种集团，例如十九世纪头二十五年内曾在新疆经商的西伯利亚鞑靼商人穆尔塔德·法伊德·阿丁·玛尔真就曾混淆东突厥斯坦人和西突厥斯坦人，而统称之为“乌兹别克人”。［13］
但是，也有几个人种集团不同于绿洲操突厥语的一般居民，例如焉耆、库车、阿克苏、乌什吐鲁番和叶尔羌等地区的刀朗（多兰）人。他们讲突厥语带有自己的口音，他们的妇女则象柯勒克孜人用白巾裹头。在阿克苏和乌什吐鲁番地区，他们饲养那种厄鲁特人普遍饲养的羊，还为新疆驻军管理驿站。乌什吐鲁番地区还有一种牛盖特人，显然是柯勒克孜人血统。他们夏居毡帐，冬返定居点，依靠饲养牲畜为生，专司为清政府扫除木扎提山口的冰雪。英吉沙尔和叶尔羌两地之间的居民中，也有这种夏居帐篷冬返村居的人群。［14］ 罗布泊地区的定居者多少不同于其他东突厥斯坦人，他们可能并不都是穆斯林。［15］ 在1800年，除了少数例外，乌什吐鲁番的居民似乎不是当地土著，他们的父祖是大约三十年前被清政府从塔里木盆地各地迁来这里的。远至东部的甘肃肃州还通行突厥语；过了肃州，中亚商人就需要会讲汉语的译人了。［16］
在塔里木盆地的西端，主要是在喀什噶尔、叶尔羌、和阗一带，有一大批外国商人，其中包括一些与外商有联系的工匠和越来越多的混血儿。清政府曾于1795年禁止外国人娶当地妇女为妻，但这禁令难以贯彻，天长日久，外国穆斯林（主要是浩罕属民）与喀什噶尔妇女成婚者越来越多。他们的子女被称为察尔虎特，尽管其语言、住地和文化不同，但仍随他们父亲的国籍。这种混血儿所生子女同样被认为是察尔虎特，不算清朝属民。旗人也有娶当地妇女为妻者，不过法律是禁止清朝官吏娶东突厥斯坦妇女的。这类婚生子女则被认为是当地人。
在喀什噶尔地区的塔什密里克居住着柯勒克孜的土拉吉尔钦察部，该部在十九世纪五十年代约有五百户。这是清政府唯一允许住在东突厥斯坦而与绿洲定居居民同等看待的柯勒克孜人。在叶尔羌地区的有些村落中，还有一些从奇特拉尔和瓦罕释放出来的奴隶前来定居，他们就是所谓的什叶派（拉菲迪）。在许多山区则有塔吉克人、哈尔查斯人（山地塔吉克人）和瓦罕人，他们都讲伊朗语，在清国领土上过着半游牧生活。虽然他们现在是穆斯林，却还保留着伊斯兰时期以前的伊朗拜火教残余。［17］ 甚至在塔里木盆地绿洲的东突厥斯坦人当中，也还有着前伊斯兰文化层的遗迹，尤其在社会底层人民当中是这样。例如祈雨巫师还有其市场，他们将巫石涂上动物之血，或将它放置在“甜水”中，就可以作法降雨降雪。还有萨满教徒也仍然行他们的旧法。［18］
六城和维吾尔斯坦两地的经济都依靠绿洲农业以及手工业和贸易；除少数人外，东突厥斯坦人几乎或者从事耕种，或者在城市经商为生。绿洲的两大生活区一方面是天山、帕米尔和昆仑山，另一方面是塔克拉玛干和罗布泊沙漠。山脉是河流的发源地，最终提供了地下水，沙漠则吸收水，并形成了一个逾此界限即不能定居的区域。在靠山一侧，这个区域与牧场混然一体。在沙漠一侧，它的宽度仅达人力灌溉所及之处。这里的雨量少得“几乎满足不了放牧所需之水”，即使下雨也不一定是好事，因为春天下雨能把阳光挡住，而雨量却不足以“弥补太阳不能融雪为水的损失”。［19］ 据一个旅行家说，叶尔羌这地方是烟尘迷漫，难见新月，降雨如降泥水。［20］
除缺水和偶尔发生地震外，东突厥斯坦的环境是合乎卫生的。与相邻的甘肃相反，这里夏季气候干热少雨，冬季严寒，流行病不易发生。性病在城市和牧民中倒是常见，但流行性伤寒却很少，流行性霍乱则更为罕见。［21］ 偶尔也有结核病，但是没有疟疾。［22］
灌溉方法最初是从西部传入东突厥斯坦的，它广泛利用水沟、水管和地下水渠——坎儿井，以适应透水性强的黄土和沙砾地区，因为这里地面水会很快被吸干。某些作物收获量是很高的。特别出名的是维吾尔斯坦的葡萄和瓜，最好的是吐鲁番葡萄和哈密瓜。吐鲁番出产的无核葡萄干誉满中亚，远销印度和中国本土。农业技术和销售方法虽然实用，但比较原始，总的说来，粮食产量可能远较中国本土为低。农民种植苜蓿以肥田，不采用轮耕法。储粮的普通方式是建仓库，但因气候干燥、冬天寒冷，粮食也可以储藏在地下，所以贫苦农民一般都采用地窖，特别在不太平年月居民普遍采用此法。
叶尔羌与和阗地区盛产长毛羊的披巾羊毛，“这种羊几乎每个地主都有一大群”。［23］ 六城西部多种桑树，这里产丝，主要靠妇女劳动。不过大宗经济作物仍是短纤维棉花，农民用棉花交税，或把原棉卖给政府和新兴的纺织工厂。大麻也是有价值的农作物，和阗就有规模相当的制绳厂，并且也有地毯织造业。大麻还用以提取麻醉品和其树脂汁（charas）。［24］ 罂粟壳之汁液（kōknār）也颇受人欢迎。大概在十九世纪之初也已开始种植烟草，而且汉人随着清军的征服而流入北疆，也带来了酒类，可能还扩大了鸦片的使用。但是对天山以南这些工业在1800年之际的发展情况，则不甚了解。在十八世纪早期东突厥斯坦就已开始酿酒，但对十九世纪早期的制酒情况还一无所知。
政府在阿克苏地区的浑巴什开办了一个重要的炼铜厂，在乌什吐鲁番设立了一家硝石公司。塔里木盆地的西南端出产玉石，是由政府垄断的。和阗地区的河流出产白玉，美玉的价值同银相等。叶尔羌地区出产绿玉，这里也开采金矿，同样由政府垄断。克里雅有一个产量很高的金矿。和阗诸矿经常雇用的工人约二、三百人。在冬季，和阗“全体居民”都得前往路程有四十天之远的地方为政府采金。在克里雅金矿附近的河砂中，也发现有黄金。［25］ 还在焉耆、库车和乌什吐鲁番等地开采硝石。在阿克苏和库车开采琉璜。阿克苏、库车和赛里木的居民则开采附近的铜矿。
绿洲之间也有一些贸易往来。例如和阗就有贩卖玛什鲁（mashrū‘，一种丝、棉混纺布）、绸缎、纸张、金砂（尽管有政府垄断）、丝、葡萄、葡萄干和其他商品的商队前往叶尔羌，叶尔羌也向和阗输出铜壶、皮革和靴子。和阗的收入超过叶尔羌。
在清朝统治之下，东突厥斯坦社会仅有三个官方承认的阶级：土官（伯克）、宗教上层人士（阿訇）和普通属民（阿勒班克什，意即纳税人）。对伯克和阿訇是免税的，法律对一般宗教人士来说，解释是很宽大的；赛伊德、毛拉、派尔札德和法基尔等人都免交人头税（阿勒班）。普通属民则要向政府交纳人头税和服役。城市的普通属民用货币纳税，农民则交纳谷物。［26］ 居住在六城地区的外国人，即使同妻子老小一起定居在这里，也依然 被视为过客，免交人头税。［27］
普通属民当中人数最多的是：（1）自由农民（rā‘āyā’，拉阿雅），他们自有土地；（2）官地或官田（khāniyya，卡尼雅）上的佃农；（3）私有土地者的佃农。少数有地的农民——主要在哈密和吐鲁番——拥有免税的财产。其他从清代以前继承所有的土地拥有者，则应缴纳什一税，即向清政府交纳其收成的十分之一。此外，自由农民还要为政府举办的公共事业服役。政府的佃农可以得到种籽、耕畜和农具，但要向政府交纳一半的收成。私有土地者的佃农则要定期重新商订租约，条件当然前后不会一样；但是也要向政府交纳其收成的十分之一。交给地主者大概至少要占十分之二。清政府尽管确实采取了某些专门措施，但在1800年之际，东突厥斯坦的土地租佃、纳税和服役方式基本上是一仍旧贯，同中亚其他穆斯林地区的方式非常相似。［28］ 还有一种农民叫“烟齐”（ynchi，即家奴），他们不以自己的名义纳税，所以不在普通属民之列。家奴最初是犯人，为伯克干活。后来因为伯克强迫农民当“烟齐”，而有些农民为了逃税和避债也自愿当“烟齐”，所以家奴的数目增长了。
宗教组织由三种人组成。在清政府看来，第一种是阿訇。他们凭借其能力和教养行使宗教职能，是唯一拥有官方地位的宗教阶层。他们当中有法官、法学顾问（穆夫提，旧译木甫提）、清真寺神职人员和经文学校（madrasa）教师。政府从所收人头税中拨出一小部分给经文学校学员、毛拉、法基尔和游方教士。第二种是圣族（赛伊德与和卓），他们在东突厥斯坦的居民中最受尊敬，其中最重要的是玛赫杜姆家族，他们是十六世纪著名的纳赫什班迪教团的教长（谢赫），即玛赫杜姆·依·阿扎姆的后代。另一个是库车的纳赫什班迪教团的和卓们的圣族，他们是十五世纪阿勒沙德·阿丁教长的后裔，使莫卧儿人皈依伊斯兰教的就是这位教长。第三种是出身比较卑微的谢赫和苏菲兄弟会的成员，尤其是纳赫什班迪教团的几个分支，也包括乌瓦依什亚、库布拉维亚、哈迪里亚教团等等。苏菲兄弟会在东突厥斯坦也同在准噶尔的东干人当中一样，具有很深的影响。
在清朝征服以后，也许除了哈密和吐鲁番当地的统治者有权视需要任命毛拉担任政府职务外，东突厥斯坦的阿訇已经没有其他中亚地区的毛拉所享有的那种政治权力了。这样便没有人沟通土官与被统治的民众之间的鸿沟了。只有阿訇在经文学校学习阿拉伯文、波斯文、可兰经及其各种注释；因此，宗教教育在东突厥斯坦的影响便不如在土耳其-伊朗世界那样大，虽然单是在叶尔羌一地就有十所用捐款建立起来的宗教学校。
清政府似乎承认大部分瓦库夫（waqf，宗教捐赠）的土地、墓地建筑和其他圣地有免税特权，免税甚至包括距离喀什噶尔旧城东北十里左右的牙忽都地方的阿法其墓在内。清政府在牙忽都还派兵保护和卓的陵墓，这可能是别有动机的，因为牙忽都乃是新疆的阿法其·玛赫杜姆家族最神圣的中心，也是此派同情者的集会场所。既然有私人提供新的宗教捐赠，政府显然就毋需资助了。［29］ 如果阿奇木伯克，即当地统治者，把政府官地作宗教捐献，那些土地也免税。［30］ 瓦库夫财产为照看墓地和寺院的谢赫提供了经济基础，甚至 使他们生财有道。其中许多谢赫是苏菲，都出身于圣族。
在东突厥斯坦的两大地区中，维吾尔斯坦（主要是哈密和吐鲁番）与中国交往的历史较长，清朝对那里的控制也有很深的根基。象蒙古的旗王公一样，哈密王和吐鲁番王也属于清皇家贵族之列，是世袭统治者（扎萨克），而不单纯是清廷官员或代表。因此，哈密和吐鲁番的地位与蒙古诸旗相等，驻乌鲁木齐的都统仅对他们的事务实行单纯的监督作用。清政府直接控制的只有将近两千四百名绿营兵和约二百名汉民流犯（流犯都在哈密境内），他们耕种着总数约四万五千二百亩土地。［31］ 受清政府直接控制的还有汉族移民和来自中国本土的汉商。不过对于维吾尔斯坦当地定居民的治理，哈密和吐鲁番的扎萨克享有完全的自治权。他们自己向清廷进贡，但只有他们才有权向所辖属民征税。不全适合这条规矩的唯一例外就是：耕种清政府官地的当地人（主要是在辟展），每年得向清政府交纳土地使用税（其总数约为粮食三千五百担）。
东突厥斯坦的另一主要地区——六城，在政治设置方面大大有别于维吾尔斯坦，因为塔里木盆地的整个官僚机构是直接受清廷驻喀什噶尔的参赞大臣统辖，参赞大臣则归伊犁将军节制。来自伊犁的旗兵和来自甘肃、陕西、乌鲁木齐的绿营兵组成的主要戍军，指挥部设在乌什吐鲁番，该地是通向连接六城与伊犁的木扎提山口的要冲。在喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌，有一支较小的戍军是八旗兵和绿营兵；焉耆、库车、赛里木和阿克苏等地也有绿营兵驻守。主要的军事垦区在焉耆和乌什吐鲁番。和阗也有绿营兵。但是在一般情况下，乌
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