和左仆射徐陵一起参掌尚书五条事。六年迁任吏部尚书。七年又加任散骑常侍。八年改任侍中。当时出师北伐，孔奂收复淮州、泗州，徐州、豫州酋长，相继降服，加封赏赐，纷至沓来，孔奂潜心接待，不曾有宾客等在门外。又加上鉴识人物，精通族谱，凡是被他选拔的，都录用为官，对他心悦诚服。
孔奂品性耿直，谢绝私下嘱托，即使是位尊太子、官高公侯之人，如果是隐情相求，他也始终不从。始兴王陈叔陵在湘州，多次婉言劝告有司，坚持谋求宰相之职。孔奂说：“三公之职，本以道德推举，未必是皇亲。”于是对高宗直言相劝。高宗说：“始兴王哪能居三公之位，况且我儿即使居公位，也须排在鄱阳王之后。”孔奂回答：“我之所见，也如陛下旨意。”后主在东宫时，想任江总为太子詹事，令管记陆瑜告诉孔奂。孔奂对陆瑜说：“江总具有潘岳、陆云的华丽，而无东园公、绮里季之内才，辅佐太子，实在难为他。”陆瑜如实禀告后主，后主很不满意，便自己告诉高宗。高宗想答应他，孔奂便上奏章说：“江总是文笔华丽之人，现今皇太子文笔不错，不用再从江总学习，以臣之拙见，应选择厚道之人，来辅佐太子。”高宗又说：“按照你说的，谁居此位最合适？”孔奂说：“都官尚书王廓，品德高尚，性情敦厚机敏，可以担当此任。”后主当时也在场，就说：“王廓是王泰之子，不可任太子詹事。”孔奂又说：“宋朝范晔是范泰之子，也任太子詹事，前代没疑义。”后主仍固执己见，高宗最后还是任江总为太子詹事，因此忤逆了皇上。孔奂耿直如此。
当初，后主想任其私宠为官，把此事托付孔奂办理，孔奂没从。右仆射陆缮调职后，高宗想用孔奂，已草拟诏书，因后主制止，未能实行。太建九年孔奂调任侍中、中书令、兼左骁骑将军、扬州东扬州丰州三州大中正。十一年孔奂迁任太常卿，侍中、中正职务不变。十四年，调任散骑常侍、金紫光禄大夫，兼前军将军，未授官，改为弘范宫卫尉。至德元年(583)去世，时年七十岁。追任散骑常侍，原职不变。孔奂有诗文集十五卷，弹文四卷。
其子孔绍薪、孔绍忠。孔绍忠字孝扬，也有才学，官至太子洗马、仪同鄱阳王东曹掾。
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