为着革命前途打算，还再加忍让，答应了杨秀清的要求。
杨秀清这一种违背太平天国政体触犯群怒的篡夺行为，却正是反革命分子革韦昌辉求之不行的好机会。於是他去怂涌天王洪秀全下诏诛杨秀清。洪秀全不肯。他又与石达开密议杀杨秀清。阴还未得逞，他和石达开都给杨秀清派遣出征。
到七月，当时被杨秀清引为心腹的佐天侯（由兴国侯改封）陈承瑢向洪秀全告密，说杨秀清要杀他而夺其位。洪秀全急下诏召在江西督师的韦昌辉、在武昌督师的石达开和在丹阳督师的秦日纲归诛杨秀清。
韦昌辉比石达开离天京近，先接诏，赶急带兵归，与秦日纲会合，在陈承瑢接应下，乘夜入天京，包围东王府，杀了杨秀清。於是掩蔽的阶级矛盾就通过农民内部矛盾的爆发而爆发了。
韦昌辉既杀杨秀清，就逞出地主阶级穷凶极恶的兽性，用诡计屠杀东王府所属部队，夺取大权。於是肆行大规模的屠杀，向革命疯狂进功，要把革命政权颠覆。革命和反革命在天京展开一场生死的决战。石达开闻变，从武昌赶回京，要止乱。他当面斥责韦昌辉。韦昌辉又要杀他。石达开弔城走到安庆，起兵靖难。京外军民都声讨韦昌辉。在石达开的军队还没有回到天京的时候，韦昌辉和他的党羽，已经给天京军民诛灭了。
这一场天京事变，总计被韦昌辉屠杀太平天国革命骨干两万多人。这对太平天国革命是何等惨重损失！而变乱并不是到此为止。在诛韦昌辉之后，全朝公举石达开提理政务。洪秀全却迫走石达开。研达开又把太平天国的精兵良将都还走。祸乱迭出，此祸未已，彼祸又起，於是把刚遭反革命大乱的太平天国陷於万却不返的境地。早在太平天国甲寅四年四月的时候，美国公使麥莲（Robert.M.Mclane）到天京采访，他有一个随员分析汰平天国各方面的情况，曾作过判断说：「照现在形势来看，没有甚么东西可以阻他们的胜利，有之，唯内讧而已」[1]。侵略者所谓「内讧」，就是希望农民内部矛盾的爆发，就是希望潜藏在太平天国革命内部的地主阶级势力爆发颠覆活动，从内部攻破坚堡。两年之後，侵略者所企望的天京事变爆发了，其结果，竟阻止了太平天国的胜利，毁灭了太平天国。
首先是军事形势急剧逆转。在天京事变前，太平天国是进攻敌人的。到天京事变後，敌人从东西两线分投反扑。西线湘军攻陷了武昌、汉阳，进犯九江。东线江南大营从丹阳一路反扑，再围天京。太平天国被迫从战略进攻转而为战略防御。後来虽在打通天京北岸交通和保卫庐州，取得浦口和三河两役的大胜利，庚申十年春，在解天京围之役，打垮了江南大营，并乘胜追击，克复苏南和浙江嘉兴，但辛酉十一年春，会师武、汉，力争长江上游，保卫安庆之役却失败了。安庆既陷，天京屏蔽尽失，天京遂不可守。太平天国自从天京事变後，在军事上，始终没有改变过防御的形势。
同时，在政治上开始逆转，洪秀全破坏了太平天国的军师负责制，从包含有农民民主主义性质的政局，转变而为天王专制独裁的政局。
总之，天京事变，把太平天国划分为前後两个不同的时期。天京事变前，在决策上，用[1]据简又文译天京见闻录（轶名通讯），见大风半月刊第九十一期，原载北华捷报一八五四年六月廿四日第二0四号。
兵上不是没有犯大错误的，如建都天京，孤军北伐等都是大错大误。但由於政治发扬了农民民主，「事事严整」，「民心佩服」，权力高度集中，从而取得革命始终飞跃发展，从胜利走向胜利。到天京事变以後就不同了，洪秀全厉行君主专制，造成了大纲紊乱，人心离散的後果，使政治从权力高度集中变为事权不一，军事从进攻转为防御。所以这一场天京事变，是太平一国兴亡的转捩点，是太平天国的致命伤，从此以後，太平天国就从兴隆昌盛转向衰败，以迄於灭亡。
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