力言港淺大船難進，且水土多瘴癘。賜姓含之；惟戎政楊朝棟倡言可取，賜姓納之。
二月，賜姓駐金門，整理船隻。以兵官洪旭、前提督黃廷居守思明州，戶官鄭泰居守金門所。
二月初一日，祭江。賜姓督文武官親軍武衛周全斌、何義、陳蟒、提督馬信、鎮將楊富、蕭拱宸、黃昭、陳澤、吳豪、林瑞、張志等作首程先行，令守澎湖。遊擊洪暄引港，各船俱駕到料羅灣聽令開駕。二十二日午時，自料羅灣放洋。二十四日，各船齊到澎湖，分各嶼駐紮，賜姓紮營內嶼。二十七日，開船到甘吉嶼，阻風而回。三十日晚，風雨未息，賜姓以行糧已盡，傳令一更後開駕；三更後，晴霽風順。
四月初一日天明，賜姓至臺灣外沙線，各船絡繹俱至鹿耳門線外。此港甚淺，沙壇重疊，大船從無出入，故夷人不甚防備。是日水漲丈餘，賜姓下小船，由鹿耳門登岸。午後大■〈舟宗〉船齊進，泊水寨港，登岸紮營。令陳澤督虎衛將坐銃船紮鹿耳門，牽制紅夷甲板船，並防北線尾。守赤嵌城夷長貓雞實叮發砲擊盤營並舵馬廄粟倉；賜姓恐焚及赤嵌衛，令楊朝棟督張志官兵防禦看守。初三日，陳澤紮營北線尾。守臺灣城夷長揆一見官兵來齊，遣頭目拔鬼仔率鳥銃兵數百前來衝擊。陳澤迎戰，一鼓殲之，拔鬼仔戰死，餘夷退走。初四日，亦嵌城夷長貓雞實叮以城孤救之，賜姓遣楊朝棟招諭之，遂率夷人三百餘民出降。賜姓令赤嵌夷招夷長揆一等來降，不從。時夷人尚有甲板船在港，令陳澤、陳廣等攻之，沉其一隻，焚其一隻，走回一隻。賜姓督師移紮崑身，築土臺駕砲攻臺灣城。揆一等於附城、銃城齊放大銃，頃刻土臺崩壞，官兵退回。夷人出城奪砲，馬信、劉國軒率弓箭手射之，乃退。賜姓遂令赤嵌降夷架銃擊城，崩之。派馬信等紮臺灣衛，固守不攻，俟其自降。
派各鎮分紮汛地屯墾。
五月初二日，二程黃安、劉俊、顏望忠、陳瑞、胡靖、陳璋等俱到臺灣。
賜姓集文武各營，審宣毅後鎮吳豪搶掠百姓、監匿米粟，斬之；右虎衛陳蟒同罪，綑責革職。以黃安管左虎衛。
改赤嵌地方為東都（原刊為郡），設一府、二縣。以府為承天府，以楊朝棟為府尹。一為天興縣，委（莊）文烈知縣事；一為萬年縣，委祝敬知縣事。
六月十六日，銅山守將蔡祿、郭義搶掠居民，脅忠匡伯張進投誠於清；進詐許，置酒請會，欲發火藥與之俱焚；蔡、郭知之不赴，張進遂放火自焚。初，後提督萬禮密約海澄公黃梧，欲據思明州以叛，後隨征南京，被獲而死，已祀忠臣祠矣。及事泄，賜姓出其木主。蔡、郭是其黨也，故懼而叛。清兵入銅山城，兵官洪旭會向忠勇侯陳豹統水師擊之，蔡、郭同清兵退走。報至，賜姓拔總監營翁天祐鎮守，而厚恤張進之家。
七月，紅夷會甲板船至。弔右武衛前協黃德挈守臺灣衛，名其衛為安平鎮。
張志、黃招等激變大肚社土番，楊祖與戰，中樑鎗死。土番圍張志營，黃安、陳瑞等攻破之。
八月，紅夷率甲板船來犯。賜姓令陳澤同戎旗左右協水師擊敗之，獲甲板船二隻、小艇三隻。自是甲板船退入臺灣，不敢復出。
京中命戶部尚書蘇納海至閩，遷海邊居民之內地；離海三十里村莊田宅，悉皆焚棄。先是，達素兵至，賜姓令思明州搬空，其先人來降者（？），家眷乘隙皆渡海逃去。原任左提督慶都伯王秀奇逃回江南，埋名不出。原任漳州府知府房星曄者，為索國舅門館，遂逃入京，使其弟候補通判房星曜上言，以為海兵皆從海邊取餉，使空其土而徙其人，寸（原文為十）板不許下海，則彼無食而兵自散矣；悉從其策。陞房星曜為道員，病死無嗣。至是，上自遼東、下至廣東皆遷徙，築垣牆、立界石，撥兵戍守；出界者死。百姓失業流離，死亡者以億萬計。
蘇納海歸，薦同安總鎮施琅為水師提督，移鎮海澄。
十月，同安侯鄭芝龍為其家人尹文器出首通海。時，康熙新即位，四輔蘇克薩與龍有隙，以初三日殛芝龍於柴市，又殺其子孫家眷凡十一人。報至，賜姓叱為妄傳，中夜悲泣，居常鬱悒。
十二月，守臺灣城夷長揆一等乞以城歸賜姓，而搬其輜重貨物下船，率餘夷五百餘人駕甲板船遠去。
賜姓遂有臺灣，改名東寧。時以各社土田，分給與水陸諸提鎮，而令各搬其家眷至東寧居住；令兵丁俱各屯墾。初至，水土不服，疫癘大作，病者十之七八，死者甚多。加以用法嚴峻，果於誅殺：府尹楊朝棟以小斗散糧，殺其一家；又殺萬年縣知縣祝敬，家屬發配。於是人心惶懼，諸將解體。壬寅，康熙元年、海上稱永曆十六年。
正月，賜姓嚴諭搬眷。鄭泰、洪旭、黃廷等皆不欲行，於是不發一船至臺灣。而差船來弔監紀洪初闢等十人，分管番社；皆留住不往，島上信息隔絕。
三月，令周全斌調銅山、思明州兵攻南粵，欲擒陳豹。豹短小精悍，號「三尺陳」，守粵近二十年，許龍、蘇利皆畏之。豹驕傲專恣，數違藩令。兵至，倉卒率眾搬眷下船，不敢十分迎敵。揚帆入廣東投誠，封為慕化伯。未幾，病疫而死。
四月，賜姓遣兵官楊都事到思明州，奉令箭欲殺董夫人及其長子經，以與乳母生子之故。洪旭等不肯奉令箭，殺楊都事。而訛傳周全斌奉密諭欲殺諸將十餘人，於是人人自危。洪旭等使周全斌船回廈門港，即執而拘之；黃昌勸鄭泰殺之，全斌求救於董夫人。洪旭亦依回，乃得免。
五月初八日，國姓招討大將軍殂於東寧，年三十有九。提督馬信及諸鎮將黃昭等議以其弟鄭世襲護理大將軍印。未幾，馬信、黃安皆病故。世襲以黃昭、肅拱宸為腹心，拔劉國軒管鎮事，謀自立。報至思明州、鄭泰、洪旭、黃廷、工官馮澄世、參軍蔡鳴雷等立長子經為嗣，稱世子，發喪即位。
時靖南耿繼茂移鎮福建，與總督李率泰遣旗中軍王明、賞功李有功至思明州。鄭泰等議照朝鮮國例復耿、李，使疏請，而泰遣中軍官楊來嘉同入京待命。後不報，釋來嘉回。
八月，京中遣戶部郎中賁（原文為貢）岱、兵部郎中金世德入閩安城招撫。凡海上文武官員投誠者，依例照品級陞降補用。
十月，洪旭、鄭泰以兵千餘人配船，送世藩（名經）入臺灣。世藩以周全斌為五軍、馮錫範（澄世之子）為侍衛、陳永華為諮議參軍。至澎湖，其將李思忠船飄至臺灣，知諸將有謀，逃回；世藩隨即防備，因乘風入鹿耳門登岸，全斌令連夜伐木為柵九（？）營。次早，黃昭會諸將出兵，值大霧，晝暝，跬步不可視，諸將多迷誤失期。惟黃昭兵先至，攻其前；劉國軒兵繼至，攻其後，破營而入。世藩兵卻擠（？）而前，黃昭攀木梯而登，為流矢所中，墜下。全斌令斬其首，大呼示眾，軍士皆迎降。大霧忽晴，日已晌午；鍾宇等至，皆反戈而迎。世藩入安平鎮，請世襲至，待之如初。襲委罪於其僕蔡雲，雲自縊；收殺蕭拱宸、李應清、曾從龍等，餘皆不問。諸將營兵，撥守汛地如故。
十一月，世藩率周全斌等同其叔世襲回思明州。後世襲入京歸命，授精奇呢哈番；顏夫人、鄭芝豹自戍所發回，准在京同住。癸卯，康熙二年、海上稱永曆十七年。
正月，世藩駐思明州，時洪旭守思明、鄭泰守金門、黃廷守銅山。世藩得鄭泰與黃昭往來書，欲襲取之；泰不自安，稱病不見。
三月，命周全斌督船入海澄港取糧，欲襲金門；見其有備，乃止。
四月，參軍陳永華謀以世藩將回東寧，詐徵鄭泰為居守戶官，統轄諸鎮，資其餉給兵。鑄「居守戶官」印，遣吳慎賫至金門。泰使弟鳴駿入謝，世藩慰諭之；見陳永華，情款甚篤。鳴駿回，力勸兄行；泰遂於六月初六日帶兵船並餉銀十萬至思明。是晚入城赴席，世藩以通書黃昭事面質之；遂交與洪旭監留。周全斌率兵並其船，獨蔡璋一船走脫。天未明，至金門，鳴駿倉卒與泰之子纘緒率將士八千餘人向總督李率泰投誠，全斌追之不及。鳴駿等至京，俱受封。泰聞之，自縊。
七月，以黃而輝（廷之子）為思明知州。
八月，自鄭鳴駿降後，人心解散，鎮營多叛；武職楊富等、文官陳彭等皆先後投降。
九月，紅夷糾集甲板船十六隻、夷人數千，會靖南王、李總督約同攻兩島；候事定之日，求浯嶼築城貿易，如廣東香山□（澳）例。後準納貢互市。
十月，李總督定議，調陸路提督馬得功督鄭鳴駿等出泉州港，水師提督施琅同海澄公黃梧出海澄港，靖南王耿繼茂同荷蘭國紅夷紮營於同安之劉五店，刻期渡海。守高崎正兵鎮陳昇先約降。
十一月，世藩率周全斌等會兵船於金門。紅夷船高而大，一船有大小熕銃千餘號，橫絕中流。是日砲聲如雷，自辰至酉，相繼不絕。世藩見勢不敵，乘潮退出浯（原刊為梧）嶼。周全斌等十三號船在後，迫於潮長不得出，遂繞夷船之後，衝大■〈舟宗〉而入；夷船發熕齊擊，無一中者。馬得功坐鳴駿中軍船，全斌以為鳴駿也，直前攻之。值黃廷中軍將吳朝宰、世藩之親軍蕭乘龍前後夾攻，揮兵過船，得功親隨鐵甲精兵三百人，皆被殺下水，得功頓足投水死。再攻楊富船，焚之，富亦投水，遇救得免。所遇之船，多被攻沒，遂揚帆直出。日暮收兵；而海上不知馬得功之死，竟棄兩島，退守銅山。清兵入島，島中民尚數十萬，多遭白刃；投誠兵復肆殺掠，其地遂空。甲辰，康熙三年、海上稱永曆十八年。
正月，世藩駐銅山，諸軍乏糧。周全斌率眾投誠，入京封伯。洪旭以杜輝守南澳，輝亦掠其輜重投誠。
三月，世藩率眾回東寧。工官馮澄世一船為家丁所迫，赴海死。洪旭以二十舟候黃廷同行，而廷部下將士多不願行，遂率眾投誠。
八月，清議取臺灣，遣施琅掛「靖海將軍」印，即以周全斌副之。整舟師，候風開洋。
乙巳，康熙四年、海上稱永曆十九年。
四月，清官軍船出洋，颶風大作，各船飄散，不能相顧，皆引還。未幾，召施琅入京，其降將多敘用。丁未，康熙六年、海上稱永曆二十一年。
部議分撥海上投誠官兵移駐外省，召周全斌入京歸旗。其標下官兵及別鎮兵各給行糧，分駐各省屯墾荒田；給以牛種，免其六年租稅。其將領或督墾、或撥各衙門效用；文官赴部候補。己酉，康熙八年、海上稱永曆二十三年。
世藩在東寧，以陳永華理政、馮錫範管侍衛、劉國軒等管兵。忠振伯洪旭病故，其子磊及永華之姪繩武等俱任用。
改天興、萬年二縣為州，置鳳山、諸羅二縣。課耕種，安撫土番，貿易外國，通魚鹽。向之憚行者，今皆為樂土焉。
清遣官渡海招撫。世藩請照朝鮮國例，不剃頭、不登岸；議竟不成。癸丑，康熙十二年、海上稱永曆二十七年。
十一月，吳三桂反，陷雲南、貴州、四川、河南、岳州諸郡縣，偽稱大周元年。初，平南王疏請歸老遼東，留子之信襲職鎮守；許之，並令舉家歸旗。時平西、靖南相繼疏請，俱報可。至是，平西反；乃命二王仍留鎮。時耿繼茂死，精忠嗣王。三王交通逆命，反謀決矣。甲寅，康熙十三年、海上稱永曆二十八年。
三月十五日，耿王傳諭各官入府議事。總督范承謨、巡撫劉秉政至，伏甲士執之；知府王之儀、同知喻三畏走出，被殺。拘承謨於獄；以秉政為統制使、鄉官蕭震為布政使，自偽稱總統兵馬上將軍。移檄各府縣，俱望風而降。
十九日，檄至泉州，提督王進功縱兵焚劫，傳檄所屬皆降。興化鎮馬惟興、守備郭惟藩乘機劫掠。獨同安城守張學堯、晉江水師李尚文所部無犯。
初，耿王將拒命，遣王鏞往見世藩，請以舟師由海道出江南，而己統兵出浙江。鏞回言海上船不滿百、兵不滿萬，耿始輕之。
駐防漳海道陳啟太（泰？）合家殉節。漳浦鎮劉（原刊為陳）炎、海澄鎮趙得勝俱降耿。福寧鎮吳萬福貪克失將士心，謀拒耿，眾不從；耿遣曾養性督兵至，誘殺萬福。乘勝長驅，溫、處二府俱下。
四月，潮州總兵劉進忠降耿；耿召王進功至，留之，而徵其兵。調張學堯鎮泉州、化尚蘭守同安。
世藩遣柯平至閩，耿謾詞以應，由是遂隙。世藩侍衛馮錫範同劉國軒率舟師至廈門。
耿王徵各路兵出關，黃芳度遣黃翌引千人應命；趙得勝陰約降於世藩，不受耿令。世藩兵至同安，尚蘭迎降；質張學堯家眷，學堯亦降。
五月，世藩至思明州，以趙得勝
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