总地来说，弗兰西斯教团并不如多米尼克教团那样严守正统教义。两个教团之间有过尖锐的竞争，而弗兰西斯教团是不肯承认圣托马斯的权威的。弗兰西斯教团中最重要的三个哲学家是罗吉尔·培根，邓斯·司各脱，和奥卡姆的维廉。
此外圣博纳梵图拉和阿夸斯巴塔人马太也值得予以注意。
罗吉尔·培根（公元1214年前后—公元1294年前后）生前并没受到多大赞扬，但在近代所受到的赞扬却远远超过了他的功绩。与其说他是个狭义的哲学家，不如说他更多地是个酷爱数学和科学的大博学家。科学，在他所处的时代里，与炼金术混为一谈，并且，被人认为是夹杂着妖术或魔法；培根经常因异端和魔法的嫌疑而遭到祸害。公元1257年弗兰西斯教团的总管，圣博纳梵图拉在巴黎把他置于监视之下，并禁止他刊行著作。尽管这样，在该项禁令仍然生效的期间教皇驻英国的使节居·德·福勒克已命令他，违背禁令，为教皇的利益，写出他自己的哲学。因此，他在短期间内写了三卷书，《·大·著·作》、《·小·著·作》，和《·第·三·著·作》。这些书产生了良好效果，公元1268年他竟获释回到牛津，事先他即是从牛津被解往巴黎过着一种囚禁生涯的。虽然这样，却从来没有什么事情能教他小心谨慎。他惯于对那些与他同时的知名学者施以轻蔑的批评；他尤其喜欢着重指出那些希腊文或阿拉伯文翻译家的拙劣无能。公元1271年他写了一部名叫《·哲·学·研·究·纲·要》的书，在这本书中他抨击了僧侣的愚昧无知。这事并未丝毫增加他在同行间的名气。公元1278年他的著作遭到弗兰西斯教团总管的谴责，而且他本人也被投入监狱历时达十四年之久。公元1292年他获得了释放，但出狱后不久便死去了。
他的学识是百科全书式的，但却缺乏体系性。他和当代许多哲学家不同，对试验给以很高的估价。他曾用虹的理论来证实试验的重要性。他写过一些精辟的有关地理学的文章；
哥伦布读过他这方面的著作，并曾受到他的影响。他是个优秀的数学家；经常引证欧几里德几何学的第六卷和第九卷。他又根据阿拉伯文资料论述透视画法。他认为逻辑是一种无用的学问；但另一方面，却给炼金术以足够的估价，并从事这方面的著述。
为了交代一下他的学识和方法，我将把《·大·著·作》中的某些部分概述于下。
他说，愚昧有四种原因：一、脆弱而不适当的权威所树立的范例。（因为这本书是为教皇写的，所以他审慎地言明这并不包括教会在内。）二、习惯的影响。三、无识群众的见解（这个令人猜想包括除他以外的与他同时代的所有人）。四、于炫耀外表的智慧之中掩饰自己的愚昧。以上这四种灾害产生了人间所有的罪恶，其中的第四项尤其是最为恶劣的。
支持某种见解时，从祖先的智慧，习惯或共同信仰进行议论是错误的。他为维护自己的观点，曾引证了塞涅卡，西塞罗，阿维森纳，阿威罗伊，巴斯人阿戴拉德，圣杰罗姆，和圣克里索斯托姆，他似乎认为有关这些权威的例证已足够证明一个人不当尊重权威。
他很尊重亚里士多德，但也不是毫无限制。他说“只有亚里士多德和他的信徒在所有智者的判断中才被称为哲学家。”当他谈到亚里士多德的时候，他使用“大哲学家”这一称呼，他告诉我们，就连这位斯塔基拉人也未达到人类智慧的极限。亚里士多德之后，阿维森纳是“哲学的君王与领袖”，尽管如此，阿维森纳还没有充分明白虹霓现象，因为他未曾认识到虹霓的根本成因，这成因，按创世记记载则是水蒸汽的散逸（尽管如此，当培根讨论虹霓问题时，还是十分敬佩地引证阿维森纳的）。他不时地说些带有正统教义气味的话，有如：唯一完全的智慧有如教规与哲学所示，存在于圣经之中。但他说，从异教徒那里获得知识也无不可时的口气却听来更为恳切。在引证阿维森纳和阿威罗伊之外，他时常引证阿勒法拉比’和不时引证阿勒布玛查及其他人士。他引证阿勒布玛查用以证明数学在洪水灭世之前为世人挪亚，和他的子嗣所知晓；我想这种说法，便是我们能从异教徒所获得的知识的一个范例。培根赞扬数学，他把它当作确实性的唯一（未经启示的）源泉，和把它当作天文学和占星术所必需的科学。
培根追随阿威罗伊认为能动的智力在本质上是与灵魂分别开来的一个实体。他引证了许多有名的神学家，其中也有林肯的主教格罗赛特斯特来支持这个与圣托马斯相反的见解。他说与亚里士多德书中显然自相矛盾之处，是出于翻译上的错误。他引证柏拉图时未曾用过第一手文献，而是用通过西塞罗的第二手文献，或用经由阿拉伯人翻译的蒲尔斐利的第三手文献。他并不很重视蒲尔斐利，他把他的共相学说说成是“幼稚的”。
作为知识的一个来源，培根重视实验过于论证，因而受到了近代的赏识。诚然，他的兴趣和处理问题的方法是和典型的经院哲学家们十分不同的。他那百科全书式的倾向很象阿拉伯的著作家。这些人对他的影响显然要比对其他许多基督教哲学家的影响更为深远。阿拉伯哲学家们象他一样对科学感到兴趣，并相信魔法和占星术，然而基督徒们却认为魔法是邪