了阌乡里，姚绍搜集境内的壮丁，屯驻..柳，当时沈田子从武关北进，屯军蓝田，姚泓亲自统率大军围攻田子，高祖担心田子众寡悬殊不是敌人对手，派林子从秦岭步行，相互接济，林子到时，田子已经击败姚泓，他兄弟二人再继续反击，姚泓于是退守霸桥西岸。沈田子想穷追到底，林子制止他：“如果我们前去攻下长安，易如反掌，再攻克敌人的城市，便是独自平定一国，那是不能赏赐的功劳。”田子便停止了。林子再去当参相国事，其他的职务照旧，沈林子威声远播，三辅一带人民非常敬畏他，关中的豪杰，望风投诚。西州人李焉等人，都求请立功效命。孙妲羌杂夷和姚泓的亲属，都相率投靠林子。高祖因为林子安抚有方，多次下书赞扬，并叫他认真地抚慰百姓。长安平定之后，残余羌人十多万人，向西逃奔陇口，林子派兵追击到寡妇水，转斗抵达槐里，打败了他们俘虏一万多人。
宋军主力回到东方，林子率水军驻在石门，作为声援，回到朝廷，大臣们想授予他一州刺史职务统管八郡，高祖觉得林子才智出众，不让他外出镇守。所以林子出外做官，便一直管理军情要事，如果不是出兵征讨，他一直没有到外面任职，后来太祖文帝出镇荆州，朝廷商议以沈林子和谢晦作为辅佐，高祖说：“我不能突然没有他们两个人，林子去，那么谢晦便留下。”于是以林子为西中郎中兵参军，兼新兴太守，林子思考问题非常深刻长远，如果有些主意，高祖从来不说不好的，当大军从北方回到彭城时，林子认为天天出兵，人们归心似箭，便陈述他的想法说：“圣人皇帝之所以戒骄戒躁，严肃认真，不是为了立威尚武，实际上是为了治理国家造福人民，当今应该建立藩镇护卫朝廷，加强警卫管理工作。”高祖深深地采用了他的意见，不久谢翼谋反，高祖感叹道，沈林子的见识，为什么这么明白呢？太祖晋名号为征西大将军，沈林子仍然随本府转职，加号建威将军，河东太守，当时高祖因为两个敌国不断侵扰，想再征伐，林子坚决进谏反对出兵，高祖回答说：“我将不再亲自当大军统帅。”
高祖登基称帝，林子因为开国功勋，被封为汉寿县伯，食邑六百户，他坚决辞让，未被同意。傅亮给林子写信说：“封爵赏官是每朝的正常习惯，封爵赏赐，完全出自皇帝的真心，皇上委托重任给你的心意，确实是好坏对照作出的选择，皇上真诚的愿望，是要你跟国家同呼吸共患难，正是指望你这样的人共同建设好国家罢了，足下虽然怀有谦让的打算，怎么能一个人当君子呢？”他被任命为宫府中咨议参军、将军，太守还照旧。不久又叫他暂时出外，以中兵局事官职作录事。高祖因为林子勤劳俭朴，不断地赏赐他，林子把这些物品都散给亲朋故旧，家中没有一点多余的财物，从未问过经营发财的事。他的中表和孤寡贫穷的亲戚都投靠他，恰遇他母亲去世，回到东方处理安葬事务，高祖亲自去吊唁，中间又派使者慰问。安葬一完毕，高祖便下诏书说，国家军务民务繁多，内外都需要人才，前镇西咨议、建威将军、河东太守沈林子，不能完全满足他的孝心，可以让他当辅国将军出来复职，林子坚决辞让，不被同意，高祖又赐给他墨制诏书，可以在十五三十不需上朝，每有涉及国家军政的大事，都向他询问，当时领军将军谢晦执掌政事，他每次有病，都叫林子代替他，林子在守孝期间悲伤到了极点，高祖非常担心他的健康，不久林子便病了。高祖因为林子孝心特别重，不想让他哭泣过分损害身体，逼他进入台省，每天早晚不断地安慰他，高祖又赐书给各个大臣们说：“林子性情过人，你们要多多地慰劳和看理。”林子的病稍稍好一点才出走，高祖不久也病了，林子被请进去照顾高祖的病情。遇到林子病情复发，永初三年(432)林子去世，当年四十六岁，公卿们知道高祖非常爱重林子，恐怕告诉真情，会增加高祖的病势，每次遇到高祖问到这事，总是回答说：“林子因病在家中休养。”或有诏书追问，也假装林子回答。高祖不久便去世了，一直没有知道林子去世的消息。林子去世后，朝廷赐给他东园的秘密器物，一套朝服，一套衣服，二十万钱，布帛二百匹。诏书说：“故去的辅国将军沈林子，才智卓越，忠诚显著成绩斐然，理想还未实现便去世了，我非常悲伤，可以追赠他为征虏将军，有关人员按一般习惯来处理的。”元嘉二十五年(448)林子被追谥为怀伯。
沈林子简洁平静，廉洁不贪，不与世人过多结交，谦让的品德，连平常深居不出的妇人也知道，他即使在军中，也从不谈论军事，他写的诗赋、赞、三言、箴、祭文、乐府诗、表、蕂，书记，白事，启事，论，老子论共一百二十一篇，太祖后来读《沈林子文集》，叹息道：“此人如果作三公，必定能继承王太保。”他的儿子沈邵继承他的爵位。
沈邵字道辉，外表清秀，广泛地阅读文史书籍，继承父亲的爵位，当驸马都尉，奉朝请。太祖因他是功臣子弟召见了他，沈邵入内去拜谢，便流泪不止，太祖也悲痛之极，恰遇强弩将军缺人，文帝下诏书给录尚书彭城王刘义康说沈邵家门高贵，人才不差，我和林子相交不一般，可以把这个职位补任给他，于是拜他为强弩将军，出外当钟离太守，在郡中做了些好事
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