力。长民果真有背叛高祖之野心，只是犹豫没能发动，于是私下偷偷对穆之说：“外面谣传，都说太尉与我不平等，什么原因才闹成这样？”穆之说：“公逆流远征，而把老母幼子委托于你，如果不信任你，怎么会这样做呢？”长民思想才稍稍稳定。高祖回来后，杀了长民。义熙十年，推举穆之为前将军。供给前军府一年一万匹布，钱三百万。义熙十一年，高祖西征司马休之，中军将军道怜留守，但事无大小，都由穆之决定。提升穆之为尚书右仆射，仍如昔日一样兼任前将军和丹阳尹。义熙十二年，高祖北伐，把儿子留下作中军将军，管理太尉留守府内，调穆之为左仆射，率领监军、中军二府军司，前将军、丹阳尹仍兼任。可带仪仗护卫队五十人，出入朝廷殿堂，并迁居到东城。
刘穆之在内总理朝政，在外管理军旅事务，解决问题有条不紊，任何事情都不被耽误。常常宾客盈门，求办名类事项，朝事军事里里外外来询问禀告的人满阶满室。刘穆之眼睛看公文，手写回信；耳听别人的汇报，口中同时回答，同时处理数事不妨碍，每一件都处理得很妥当。又与不少很熟悉的客人在一起畅谈说笑长达一日或数时辰，并不觉得困倦疲累。只要有空闲时间，穆之就写写画画，翻阅文章，校定典籍。他性格豪放，吃饭一定要很大的地方，常常做十人吃的饭。穆之喜欢宾客，从未一个人单独吃饭，每到吃饭之时，都会有十多位客人，营帐中按常规安排伙食，以此为正常之事。他曾对高祖说：“穆之的家中本来贫贱，生活必需品都很缺乏。自从我跟随您以来，虽然常常想节约省俭，但每天所需的，仍稍微多了一些，除此之外，我没有一丝一毫对不起您的地方。”
义熙十三年，穆之病转沉重，皇上降诏让正直黄门郎探问穆之病情。十一月穆之去世，享年五十八岁。
高祖此时在长安，听到此消息大吃一惊，悲痛异常，哀伤惋叹数日。高祖本想暂驻关中，经营赵、魏。穆之已去世，京都缺人，于是赶回彭城，让司马徐羡之代为留守管理。而朝廷中以前由穆之处理的事，一起汇报到北方高祖驻地，由高祖定夺。穆之以前率领的前军府文武官兵二万人，三千人分配给徐羡之的建威府，其余的全都拨给儿子的中军府。追赠穆之为散骑常侍、卫将军、开府仪同三司。
高祖又表奏天子：“臣听说推举贤德表扬善流，是王教放在首位的，纪念提拔有功劳者，意义很大，因此管理功劳簿的，有什么样的功劳一定要记下来，人是否贤德，在他去世后反而更显示出来。已去世的尚书左仆射、前将军大臣刘穆之，起自贫穷百姓，辅佐政务以来，内出谋划策，外处理各种朝政杂务，无论军国大事，都是尽心尽力。等他入殿之后，管理京畿，为使王化一新，千思百虑，率军队远征，穆之居中作出决定，他的功劳朝野尽知。正当他为国做出远大规划想使国家兴隆之时，竟不幸去世，人们都十分哀痛。皇上已降恩褒扬记述穆之的功劳，并追封三种头衔，既哀且荣，皇上的恩宠隆厚。臣心中寻思，从义熙开创，艰难灾患不尽，外患很多，内难相接，那段日子终于过去了，现在才得到一些安宁。这不是臣一个人能完成的，实在是依靠了穆之匡扶辅助。功劳看不见听不到，做的事情朝中并不知道的，多不可数。我之所以尽力十几年，才能有所成就，外出征伐，内辅朝政，幸而没有辜负皇上使命，如果没有穆之帮助，就不会把事情办得这么好。穆之为人谦逊，一直坚守这种品德。常常谈到要封赏他，他就慨然谢绝，因此他功勋卓著，却未受到封赏，回忆往事令人伤怀。我认为应该给他加赠正司，追封领地，赠予丰厚的礼物，使好人能永得好处，忠正之人不会在死后被人们所忘记。因此，我把所想献出，让朝中上下皆知。”于是皇上再赠侍中、司徒之衔，封为南昌县侯，食邑一千五百户。
高祖受禅称帝之后，回想起昔日助他的功臣，下诏书说：“已故侍中、司徒、南昌侯刘穆之，深谋远虑，为王业打下基础，功劳卓著，诚实勤劳，现在国运更新，国家安定发达，感事怀人，深感凄凉哀痛。可以加封他为南康郡公，食邑三千户。已故左将军、青州刺史王镇恶，在荆、郢大捷中，拼命尽力克敌，北伐功劳可比方叔。想起他的功绩，心中一直不能忘怀，可以加封为龙阳县侯，增加享用一千五百户。”加穆之谥号为“文宣公”。宋太祖元嘉九年(432)，穆之在高祖庙享受香火。元嘉二十五年四月，文帝车驾来到江宁，经过穆之墓时，发布诏书说：“故侍中、司徒、南康文宣公穆之，全心全意辅佐高祖，帮助建成我朝大业，谋划深远，功劳卓著，功劳直可铭刻鼎彝，记于典策，以教化后人。最近出游，特来观看他的坟墓。思想起来，真让人深深哀叹。可设置一个祭墓的地方，以表示我们对他永远的怀念。”
穆之有三个儿子，长子虑之继承了他的爵位，官至员外散骑常侍才去世，虑之的儿子刘邕继承爵位。从前郡县作为大臣的封地的，内史、相对受封者称臣，离任就不这么称呼了。到世祖孝建年间，才改革这一制度，改为下官向受封者致敬。河东王歆之曾做过南康郡的相，可一向轻视瞧不起刘邕。后来歆之与邕一起参加豫元会，坐在一起，刘邕生性酷好喝酒，他对歆之说：“你曾做过我的臣下，现在不能敬我一杯酒吗？”于是歆之学孙浩唱歌回答他：“昔日作你臣下，今日与你平等，既不敬你酒，也不为你祝福。”刘邕有一食疮痂的怪癖，认为这种味道可与鱼媲美。曾拜访孟灵休，灵休患有痔疮，疮痂落在床上，邕取来吃掉，灵休大惊失色，刘邕回答说：“癖性喜食，”灵休疮痂没落掉的，都揭下给刘邕吃。刘邕走后，灵休给何勖写信说：“刘邕吃了我身上的疮痂，使得全身流血。”南康国有吏二百多人，不管有罪没罪，常互相鞭打，使身上结疮痂，以供刘邕吃。刘邕死后，他的儿子刘肜继承爵位。宋世祖大明四年(460)，因刘肜用刀砍杀妻子，剥夺了封地，让刘肜的弟弟得了领地。
穆之的第二个儿子刘式之，字延敬，精通《易经》而喜好贤士，历任相国中兵参军、太子中舍人、黄门侍郎、宁朔将军、宣城太守、淮南太守。在任之时贪污受贿严重，扬州刺史王弘派从事去查处，从事招来官吏百姓，想弄清这件事情。刘式之召见从事，对他说：“从我这里回去告诉王弘，刘式之对国家也有些功劳，就是偷数百万钱又算什么，更何况我还没有偷呢！你从官吏百姓及账目文书中得不到什么。”从事回去告诉了王弘，王弘说：“刘式之的辩白如此的粗莽！”也因此没有再查下去。刘式之此后又作了太子右率、左卫将军、吴郡太守。死后，追赠为征虏将军，因为出征关、洛有功劳，封为德阳县五等侯，谥号为“恭侯”。式之的长子刘詔，在世祖初年，作了黄门侍郎。刘詔的弟弟刘衍，大明末年，作为黄门郎，出都做豫章内史。晋安王子勋自立伪朝廷，让刘衍做中护军，事败后被杀。
刘衍的弟弟刘王禹，字茂琳，年少有才气，被太祖知道了。始兴王浚为王南徐州，让刘王禹补做别驾从事史的官，被浚知遇。刘王禹生性争强好胜，不希望别人比自己强。当时浚征北府行参军吴郡的顾迈为人轻狂而有才能，与浚交往甚深，许多秘密事情都要顾迈参与讨论。刘王禹于是放下架子委屈求全巴结顾迈，表示对顾迈情深义重，除了家中妇女的事情外，其他的无话不谈。顾迈看到刘王禹对自己很是忠诚，于是对他万分信赖。浚所谈的一些机密事情，顾迈全都告诉了刘王禹。刘王禹与顾迈一起到了射堂之下，刘王禹忽然转头看望左右，索要单衣帽，顾迈问他为什么这样做，刘王禹说：“浚公像对待家中人一样待你，与你相处言谈没有隐瞒(连机密大事都告诉了你)，可是你却把这些机密对外人泄密。我是浚公的下属，怎么能不把这些告诉浚公呢？”因而把顾迈所言都讲了出来，浚大怒，禀告太祖把顾迈调到了广州。顾迈在广州，正值萧简作乱，顾迈为他卖命，最后与萧简都死了。
刘王禹升官为从事中郎，并作淮南太守。元嘉二十九年，刘王禹做了宁远将军、益州刺史。元凶杀主自立，让他做青州刺史。刘王禹得知这个消息，立刻起义派遣军队，同时运送物资到荆州。世祖继位后，召刘王禹为御史中丞。回到江陵，正值南郡王义宣想叛逆，刘王禹陈说不能这样干，话语十分恳切，于是义宣让他做丞相左司马，一起到梁山，刘王禹还乘了义宣蜀中的船，还有义宣从前的部属暗暗在梁山洲外投奔了官军。刘王禹做了司徒左长史，第二年，又升为御史中丞。刘王禹高傲，做宪司十分得意，弹劾王僧达说：“靠祖上立功做了大官，人品居于下流。”朝中大臣没有不怕他的笔锋的。后又转做右卫将军。刘王禹想做侍中，没做成，对他亲信的人说：“人做官不出为将必入为相，不入为相必出为将，怎么能长久居于户限之上。”因此要求到益州为刺史。世祖明白他的心意，同意了他的要求。孝建三年(456)，做辅国将军、益州刺史，到任后，十分不得意。至江陵，写信给颜竣说：“朱修之三世叛兵，一旦占据荆州，青油帐下，像谢宣明面见的样子，让斋师用长刀指着我下席，对于我来说又有什么呢？只不过耽心像匈奴轻视汉朝一样。”这一年，因犯夺人妻为妾的罪，罢免了官职。大明元年(457)，又提拔为东阳太守。第二年，调为吴兴太守。侍中何偃记录说：“经常想做武将”，刘王禹大怒说：“我平时什么时候想做武将了？”于是与何偃绝交。等他做了吏部尚书，心中越发气愤愤的。刘王禹的族叔刘秀之作丹阳尹，刘王禹又写信给亲朋故旧说：“我家黑脸阿秀，现在刘安众那里，朝廷中不多贤士。”那一年他背上长疮，何偃背上也长疮。刘王禹病十分沉重，听说何偃死去了，高兴得大叫大跳，于是他也死了，谥号为“刚子”。刘王禹儿子刘卷，官为南徐州别驾。刘卷的弟弟刘藏，为官尚书左丞。
穆之最小的儿子刘贞之，做官为中书黄门侍郎、太子右卫率、宁朔将军、江夏内史，为官时去世。他的儿子刘裒，作始兴相，因贪污在东冶坐牢。
穆之的女儿嫁给济阳蔡..，年老时穷困，世祖让蔡..的儿子平南参军蔡孙做了始安太守。
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