桓玄新得志，威震天下。三军人心，都向他了，广陵岂能去得了！我看还是归顺他退回京口吧。”牢之起义后自缢身亡。何无忌问刘裕：“我该到哪里去呢？”刘裕说：“镇北将军起义肯定难免一死，你可随我回京口。桓玄若能守臣节北面侍君，我就与你归顺他；否则，与你共击之。现在正是桓玄骄横为所欲为之日，肯定要用我们。”桓玄堂兄桓修领抚军衔镇守丹徒，任命刘裕为中兵参军，军队编制、郡辖范围不变。
自从孙恩溃败后，追随他的士兵逐渐散去，他害怕被活捉，在临海投水自杀。剩下的人推举孙恩妹夫卢循为首领。桓玄想尽快平定东方，就任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，但仍然为所欲为。五月，桓玄又派刘裕东征。当时卢循从临海进入了东阳。元兴二年(403)正月，桓玄又遣刘裕讨伐卢循，攻下东阳，卢循逃到永嘉，刘裕追击又攻下永嘉，杀卢循大帅张士道，并追到晋安，卢循渡海南逃。六月，桓玄加封刘裕为彭城内史。
桓玄称楚王，想篡夺皇位，桓玄堂兄卫将军桓谦派人问刘裕说：“楚王功勋卓著德高望重，四海归附。朝廷有禅让的意思，你意下如何？”刘裕已立志推倒桓玄，故意谦逊地答道：“楚王，宣武之子，功德盖世。晋室微弱，失民心已久，乘天运取而代之，有何不可。”桓谦高兴地说：“你认为可以，那就真的可以。”十二月，桓玄篡位，把天子送到寻阳。桓修入朝，刘裕跟他一起到京师。桓玄见过刘裕后，对司徒王谧说：“昨日看见刘裕，气度不凡，是人中豪杰。”每次游猎集会，都热情地邀刘裕同往，给刘裕的馈赠赏赐也很丰厚。刘裕更讨厌他。
有人对桓玄说：“刘裕龙行虎步，相貌不凡，恐怕不愿为人下，宜早点打算。”桓玄说：“我正欲平定中原，只有刘裕能担此大任。关陇平定后，再作计议。”桓玄于是下诏说：“刘裕以少胜多，屡次打击了起义军的气焰。渡海追寇，十灭其八。诸将奋力作战，多数受过重伤。上自元帅下至将士，论功行赏，以表功勋。”
当初刘裕东征卢循，何无忌跟随到山阴，他劝刘裕在会稽起义。刘裕认为桓玄未篡皇位，而且会稽距京城遥远，起义成功难，等他篡位的事实彰著后，再在京口起兵，定能成功。这时桓修回京师，刘裕借口伤口疼痛，受不了陆路行走之苦，与无忌坐船同回京城，共谋复兴王室之计。于是与弟道规、沛郡刘毅、平昌孟昶、任城魏咏之、高平檀凭之、琅王牙诸葛长民、太原王元德、陇西辛卢兴、东莞童厚之共同筹谋。当时桓修弟桓弘为征虏将军、青州刺史，镇守广陵。道规是桓弘的中兵参军，孟昶是主簿，刘裕派刘毅秘密前去与孟昶接头，在江北聚结力量，图谋起兵杀桓弘。长民是豫州刺史刁逵左军府参军，计划在历阳响应。元德、厚之准备在京城聚集力量攻打桓玄，并约定同时起义。
元兴三年(404)二月初一，刘裕借口游猎，与无忌等集聚亲信心腹，同谋者有何无忌、魏泳之、泳之弟欣之、顺之、檀凭之、凭之侄儿韶、韶弟祗、隆、道济、道济堂兄范之、刘裕弟道怜、刘毅、刘毅堂弟藩、孟昶、孟昶族弟怀玉、河内向弥、管义之、陈留周安穆、临淮刘蔚、堂弟王圭之、东莞臧熹、堂凝宝符、侄子穆生、童茂宗、陈郡周道民、渔阳田演、谯国范靖等二十七人，愿追随的百余人。二十八日晨，城门开，无忌着传诏服，假称传诏居前。众义士随他急驰入城。齐声呼叫，守城官兵惊吓纷纷散开，不敢阻拦，很快将桓修断首示众。刘裕哭得很悲惨，厚葬桓修。孟昶劝桓弘这天出城狩猎。为让狩猎人出城，天没亮就开了城门，孟昶、道规、刘毅等率壮士五、六十人乘机长驱直入。桓弘正在吃粥饭，当即斩了他，收集他的余部渡江而去。
义军刚攻下京城时，桓修的司马刁弘率文武官吏前来救援。刘裕登上城楼对他说：“郭江州已奉圣谕在寻阳反正，我等也被密诏，前来诛除逆贼叛臣，约在今日相会。叛贼桓玄的首级已挂在大航示众。诸君难道不是大晋之臣吗，今天来想怎样？”刁弘等人信以为真，率众撤走。刘毅到后，刘裕命他杀刁弘。
刘毅兄刘迈先在京师，起义前几天，刘裕派同谋周安穆告他，叫他到时做内应。刘迈表面上答应了，内心却很震惊恐惧。安穆见他惶恐，估计事情肯定会泄露，赶忙返回。当时桓玄委任刘迈为竟陵太守，刘迈不知该如何办才好，乘船欲去竟陵郡。这夜，桓玄写信给刘迈说：“北府人有何动向？你最近见到刘裕说了些什么？”刘迈以为桓玄已获知他们的密谋，早晨一起来就告诉了桓玄。桓玄惊恐，封刘迈为重安侯；后又怪罪他没有拘留安穆，让他逃了，就杀了他。杀元德、户兴、厚之等人。召集桓谦、卞范之等人商讨对付刘裕的办法。桓谦等建议：“速派兵攻打。”桓玄说：“不妥。刘裕兵力精锐，行动敏捷，若派兵去攻打等于去送死。如果先派水军迎战，恐怕又不足以与之抗衡，假如出了差错，刘裕就成了气候而我们就输定了。不如将大军集结在覆舟山等待刘裕的军队。刘裕军如入无人之地二百里，所向披靡没遇敌手，锐气肯定会受挫，等到了覆舟山突然发现这么多兵力严阵以待，肯定会惊慌恐惧。我们按兵不动固守阵地，不与他们交锋，他们想打打不成，自然会解散离去。这才是上策。”由于桓谦一再恳切请求出兵，桓玄于是派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北上抗拒义军。
桓玄自从获悉刘裕率众起义后，成天忧心忡忡，想不出对策。有人说：“刘裕等力量弱小，哪里具备成气候的力量，陛下何必担忧呢？”桓玄回答说：“刘裕堪称当代雄才；刘毅家无多少储蓄，却像掷骰子一样捐出百万；何无忌，刘牢之的外甥，很像他舅舅。他们联合起来，共举大事，怎能说他们不会成功呢？”
起义大众推举刘裕为盟主，并在京城传递檄文，檄文说：
治乱相沿袭，天理不常兴，狡黠放纵横行，偶尔遇上君主圣明。我大晋朝，皇位一再变更，尤其是自隆安以后，皇室难以集在一起，忠臣死于虎口，善良毙于豺狼。叛逆之臣桓玄，是凌虐百姓的魔鬼，屯兵荆郢，肆虐京师。苍天没灭掉这个祸害，凶残的势力得到了发展昌盛，一年多点时间，就推翻了皇位。皇上被送到遥远的地方，流离失所，神器沉沦，宗庙坠毁。夏朝灭于浞、豕壹，汉朝亡于王莽、董卓，将桓玄比作浞、豕壹、莽、卓，还不足以形容其罪恶。桓玄篡位，到现在已一年了，长久的大旱，民无生气。加上士子庶民疲于传送运输，文武百官困于大兴土木，父子离散，夫妻分离。上观天文，下察人事，倘若桓玄的胡作非为能够长久，还有什么会死亡呢。凡是有良知的人，谁不扼腕痛惜。这就是刘裕等义愤填膺，揭竿而起，不愿安居的原因。因此以前依附桓玄，现在揭竿而起，联合劝勉忠烈之士，秘密共同筹谋大计，险些因出差错而被镇压。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏泳之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘藩、振威将军檀凭之等人，忠烈之气能截铁斩钉、冲霄汉，拿起武器，号召民众，立志完成上苍赋予的使命。益州刺史王璩，在万里之外响应，平定了荆楚。江州刺史郭昶之，恭迎皇上，在寻阳建造宫殿。镇北将军王元德等，率领部下，收复了石头城。扬武将军诸葛长民，网罗义士，已占历阳。征虏参军庚赜之等，暗中联络，作内应。同心协力，各地并举，就在当天斩了桓玄的徐州刺史安城王修、青州刺史弘。起义将士已经集结，文臣武将奋勇争先，都认为没有一人领头，则难成大事。我刘裕坚辞不许，不得已总领军政要务。希望上靠祖宗保佑，下凭义众之力，翦除叛逆，平定京师。
诸君，或世代忠良，或身受皇恩，却都向狡诈的小人低头，自己都会觉得这样做没道理，对照周礼，难道不感到羞耻吗？今日举旗起义正是醒悟的好机会，我刘裕没有名望，才不如古人，接权于起义之初，受命于既倾之时。赤胆忠心未昭示于众时，就感慨愤怒，跃跃欲试，仰观云霄星汉长久地怀念，斜看山河豪情壮志日增。接受檄文之日，心思已奔向了朝廷。
任命孟昶为长史，总管后勤事务，檀凭之为司马。百姓愿意追随的千余人。
三月三十，吴甫之领兵到江乘。甫之，桓玄的猛将，他的部队很精锐。刘裕亲自拿着长刀，高喊着冲向敌军，所向披靡，很快就杀了甫之。进军到罗落桥，皇甫敷率数千余人迎战。宁远将军檀凭之和刘裕各领一队人马，凭之战败被杀，其部下溃败逃散。刘裕越战越勇，前冲后突，在约定时间内打败了敌军，击毙了皇甫敷。当初刘裕与何无忌等人共筹大计时，有个善看相的人说刘裕和无忌等人都会大富大贵，很快就会应验，只有檀凭之无福。刘裕与无忌私下谈论说：“我们几个已是风雨同舟，按理应无差异。如果我们都大福大贵，檀凭之就不应该例外。”觉得相面人的话不可思议。到了檀凭之战死的时候，刘裕知道他的事业必定成功。
桓玄获悉皇甫敷等人都覆没了，更加恐惧。派遣桓谦驻扎东陵口，卞范之驻守覆舟山西侧，两地驻军合起来有二万人。早晨，起义军用完早饭后，丢弃剩余粮食，进至覆舟山东侧，派原是乞丐的士兵在山上插旗，迷惑敌人。桓玄又派武骑将军庚礻韦前来，配以精兵锐器，援助桓谦等人。刘裕身先士卒冲向敌军，将士都奋力死战，无不以一当百，喊杀声震天动地。当时东北风大，刘裕就下令放火，烟火遮天蔽日，击鼓声、喊杀声震动京师。桓谦等各路军，一时间土崩瓦解。桓玄当初虽然派兵布阵，但已打定了逃走的主意，嘱咐领军将军殷仲文在石头城备好船，带着他的子侄渡江南逃了。
高祖平定了石头城，设置留台官，在宣阳门外焚烧桓温的神庙，在太庙立了东晋的新皇帝。派遣众将帅追击桓玄，尚书王嘏率百官恭迎圣驾。司徒王谧与众人推举刘裕管理扬州，刘裕坚辞不肯。于是以王谧为录尚书事，兼任扬州刺史。后又推举刘裕为使持节，统管扬州、徐州、兖州、豫州、青州、冀州、幽州、并州八州军务，领军将军、徐州刺史。
先前朝廷接手的是晋朝这个乱摊子，政治混乱，百官放纵，百业废弛，桓玄虽然也想整治，但众人都不听他的。刘裕以身示范，先以威严约束宫廷内外，百官皆认真供职，二三天时间内，风气大变。况且桓玄虽然凭着英雄豪气被推举获得了拥护，但很快就篡夺了皇位，晋朝的各地刺史和在朝大臣，都尽心尽力地服侍他，君臣名分定了。刘裕在朝廷里职位卑微，又无一支军队，在草莽之地振臂高呼，倡导大义恢复帝位。因此王谧等人觉得失去了民心，没有不愧疚恐惧的。
诸葛长民过了约定的时间还不能起事，刁逵拘捕了他，并押送石头城，还未到桓玄就失败了。
桓玄逃往寻阳，江州刺史郭昶之将事先准备好的皇室信物送给他。桓玄搜罗二千余人，挟天子逃往江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领军队追赶。
尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥等人，是江东的名门望族。王绥少时名气就很大，因为刘裕出身平民，很是看不起他。王绥，还是桓玄的外甥，也有夺取王位的志向。刘裕都杀了他们。
四月，尊奉武陵王遵为大将军，承袭旧制。大赦天下，惟有桓玄一族的后人不在大赦之列。
当初刘裕家境贫寒，曾欠刁逵社钱三万，长时间无力偿还。刁逵执法甚严拘捕了刘裕，王谧拜访刁逵，暗地为刘裕代还了欠款，于是刘裕获释。刘裕名微位卑，名流都不与他往来，只有王谧同他交往。桓玄打算篡位时，王谧亲手解下了安帝的玉玺和系玺丝带，成了桓玄的篡位功臣。等到起义军攻克了石头城，众人都认为王谧该杀，只有刘裕保护他。刘毅曾乘朝会的时候问王谧玉玺在什么地方，王谧更加恐惧。等到王愉父子被杀，王谧堂弟王谌对他说：“王驹本无罪，而起义军杀了他，这是翦除异己，断绝百姓的指望。你是桓玄的同伙，名位又如此显赫，想幸免能吗？”驹，是王愉的小名。王谧害怕，逃到曲阿。刘裕写信告诉大将军，好好保护王谧，迎接他回来官复原职。光禄勋卞承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀奴役官差，御史中丞王礻员之追查，他们表示道歉，言辞充满着怨恨愤悱。卞承之拜访主管部门想隐瞒。刘裕给大将军写信，说：“褚粲等人是准备担当重任的大臣，心怀应开阔坦荡。执法不公，理应据理上诉力争，却乱兴怨气忿恨，将怨恨归咎到
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