到执法衙门，对他们应严加处理，以保证政治清明法规严正。将他们一起免职。”
桓玄哥哥的儿子桓歆，聚集兵力向寻阳进军，刘裕命令辅国将军诸葛长民迎击，桓歆败走。无忌、道规在桑落州大败桓玄大将郭铨，各路义军进据寻阳。皇上授权刘裕掌管江州军务。桓玄逃回荆郢后，大规模地招兵买马，招募水军建造楼船、制造武器，很快率兵二万，挟天子从江陵出发，顺江东下，与冠军将军刘毅等人在峥嵘洲遭遇，众将士奋勇拼搏，大败桓玄。桓玄丢下将士，又挟天子逃向江陵。桓玄同党殷仲文恭迎东晋二皇后回京师。桓玄逃到江陵后，想趁机西逃。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产恭迎天子到南郡郡府。当初征虏将军、益州刺史毛璩，派遣堂孙毛..之与参军费恬护送弟弟的灵柩顺江而下，护灵柩有二百人，毛璩弟弟的儿子毛修之当时是桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄入四川。桓玄到了枚回洲，费恬与毛..之迎击。益州督护冯迁砍下了桓玄的头，并将它在京师传看示众。接着又在江陵杀了桓玄的儿子。
当初桓玄在峥嵘洲大败，义军以为大局已定，未及时追击。桓玄死后近十天，义军的主力还未到。桓玄的侄儿桓振逃到华容的涌中，招聚桓玄的党徒数千人，清晨袭击江陵城，城内居民争相出城投奔桓振。王腾之、王康产都被杀了。先前藏在沮川的桓谦，也聚众响应。桓振为桓玄治丧，设丧廷。桓谦率文武百官将玉玺绶带送还给了安帝。何无忌、刘道规到江陵后，在灵溪与桓振交战。桓玄的部属冯该又在杨林设置伏兵，义军溃败，退回寻阳。
兖州刺史辛禺心怀叛逆。恰逢北青州刺史刘该叛变，辛禺请命征讨刘该，到了淮阳，辛禺也叛变了。辛禺长史羊穆之杀辛禺，并把他的首级在京师传递示众。十月，刘裕任青州刺史。率披铠甲执锐器的卫队百人进入州衙。
刘毅等各路人马又进军到夏口。刘毅攻鲁城，刘道规攻偃月垒，都攻克了。十二月，各路军挺进平定巴陵。
义熙元年(405)正月，刘毅等抵江津，击败桓谦、桓振，平定江陵，皇帝归顺。三月，皇帝从江陵到了。下诏说：“我孤陋愚昧，加上命运不济，遭遇大祸。叛贼桓玄，乘机制造事端、穷凶极恶肆意妄为，欺诳国人，诬蔑人主，犯上作乱，篡夺皇位。祖宗的基业沦丧，宗庙被毁。
“老天爷保佑我晋朝，派来英才。使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州军事、镇军将军、徐、青二州刺史刘裕，忠心耿耿，神武命世，选贤任能，恪守信义，忠义之士云聚他的麾下。他振臂一呼，天下响应。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规，率领水师出击，斩杀了起义军首领，回师又平定了荆、汉。这样，皇位稳固，我又登基。他们的功德，我永记在心，镇军将军升为侍中、车骑将军、统管全国军事，使持节、徐青二州刺史职务照旧担任。”
刘裕坚辞不受。加封为录尚书事，又不受，屡次请求回到自己的属地。天子不许，派百官恳劝，又亲自到刘裕府第。刘裕惶恐，上殿请求，天子不好驳回。当月，刘裕很快就去镇守丹徒。天子又派大使去劝请，还是不接受。就改任刘裕管理荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并总揽前十六州军事，原来的官职保留。于是不再任青州刺史，改任兖州刺史。
卢循渡海攻下广州，活捉刺史吴隐之。朝廷任命卢循为广州刺史，任命其同党徐道覆为始兴相。
义熙二年(406)三月，刘裕管辖交州、广州。十月，刘裕上书说：“往昔天降祸皇室，大奸臣篡位，我等出于过去的君臣之义，先前又蒙受过国恩，上合忠信之义，下借万人之愤，虽说上天有灵，但也依靠众人之力。褒奖忠诚、勤勉尽力的文臣武将，既表现自己谦逊，又事关国家社稷兴亡。当机立断地率先揭竿而起，共同筹谋，这才平定京口、广陵二城，我和抚军将军刘毅等二百七十二人，一起参加起义；出京城沿途大战，剩下一千五百六十六人，加辅国将军诸葛长民，原给事中王元德十人，共一千八百四十八人，请求天子论功行赏。西征军应照上例行赏。”于是尚书上奏天子，加封义军盟主镇国将军刘裕豫章郡公，食邑万户，赏绢三万匹。其他人论功行赏，各有不同。镇国将军的僚佐，比原太傅谢安府的僚佐低一等。
十一月，天子重申前令，封刘裕为侍中，晋升为车骑将军、开府仪同三司。刘裕坚辞。皇上派百官恳劝。
义熙三年(407)二月，刘裕回到京师，准备拜访廷尉，安帝先召见了廷尉，刘裕的辞呈未被接受，进宫面陈推辞，天子才同意，很快刘裕回到丹徒。
闰二月，府内大将骆冰谋划叛乱，将要被抓时，一个人骑马逃走，刘裕追上去斩了他。杀骆冰的父亲永嘉太守骆球。骆球本来是东阳郡史，孙恩起义的时候，他在长山起兵镇压，所以得到提拔。当初桓玄战败，因为桓冲的忠贞不贰，给他的孙子取名为桓胤。到此时骆冰谋划让桓胤称帝，与东阳太守殷仲文暗地勾结。刘裕于是斩杀了殷仲文以及他的两个弟弟。到这个时候，桓玄的残党余孽，都被处死了。
十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧去世。
义熙四年(408)正月，天子召刘裕入朝辅佐，加封为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书，照旧担任徐兖二州的刺史。刘裕上书辞去了兖州刺史一职。先前，派冠军将军刘敬宣讨伐四川的叛逆谯纵，无功而回。九月，刘裕以派刘敬宣讨伐无功，请求降职，天子不恩准。于是降为中军将军，开府的官职照旧担任。
当初，燕王鲜卑人慕容德在青州僭越称帝，他死后，他哥哥的儿子慕容超继位，先后多次在边境制造祸患。义熙五年(409)二月，在淮河以北大肆掠夺，俘虏了阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱逐抢掠了一千多家。三月，刘裕发布北讨的檄文，委派丹阳尹孟昶兼管中军留守处理开府事务。四月，水师从京师出发，沿淮河进入泗水。五月，到下邺，留下舰船辎重，用步兵进攻琅王牙郡。每过一处都筑城派兵留守。戍守梁父、莒城的鲜卑人都逃跑了。
听说晋军将到，慕容超的大将公孙五楼劝他说：“应占据大岘，割掉粟苗，坚壁清野以待来敌，晋军远道而来没有粮草，想交战又不能，一、二十天之后，就可折断刑杖鞭笞他们了。”慕容超不听，说：“敌军远道而来，肯定不能长久有战斗力，一旦引他们过了大岘，我用精锐的骑兵去攻打，不用担心不会击败他们，哪用得着先毁庄稼，自己先示弱于人呢。”在刘裕即将出兵时，谋士们认为，鲜卑人听说大军去讨伐他们，一定不敢迎战，如果不截断大岘，就会坚守广固，割粟苗坚壁清野，来断绝三军的粮草，这样不只是很难成功，而且还会回不来。刘裕说：“这件事我考虑成熟了，鲜卑人贪婪，想不到这么远，贪图眼前小利，他们舍不得粟苗。认为我们孤军深入，不能长久作战，只能进驻临朐，退守广固。我军一旦进入大岘，将士们就没有后退的想法。带领怀有必死之心的军队，对付怀有野心的叛逆，何愁不成功！他们不能坚壁清野牢固死守，是替各位保护财产。”刘裕进入大岘后，用手指着天说：“我们大功告成了。”
六月，慕容超派遣五楼和广宁王贺赖卢首先占据了临朐城。听说晋朝大军到了，留下年老的瘦弱的士兵守广固，其余的全部出击。临朐有一条巨蔑河，离城四十里。慕容超告诉五楼：“赶快去占领它，晋军得到了水源，就很难击败了。”五楼率骑兵急进。晋龙骧将军孟龙符率领骑兵打先锋，急驰争夺巨蔑河，五楼败退。
晋军稳步前进，战车四千辆，分为左右两翼，成方阵徐徐前行，车子全部蒙上青布，驾车的人手持长槊。又把轻骑兵作为机动部队。军令严肃，队伍整齐。在离临朐几里的地方，燕军精锐的骑兵一万多人，先后都到了，刘裕命令兖州刺史刘藩、刘藩弟并州刺史刘道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等，合力攻打。太阳偏西时，刘裕派谘议参军檀韶直奔临朐。檀韶率领建威将军向弥、参军胡藩急驰前往，当天攻下临朐城，砍断燕军牙旗，缴获慕容超的全部辎重。慕容超听说临朐城已被攻克，带领大军逃走，刘裕亲自带兵追赶，燕军狂奔不已。慕容超逃到广固。晋军俘获了慕容超的马匹、车辇、玉玺、豹尾等物，送到京师。斩杀了段晖等十几名大将，杀伤俘虏的士兵数以千计。
第二天，东晋大军进逼广固城，立即攻外城，慕容超退守内城。并且筑长长的壁垒来守卫它，壁垒高三丈，外面三道壕沟穿插其间。停泊长江、淮河上的船只，将粮食屯集在齐地。刘裕安抚接纳归顺的士兵，汉族人和少数民族人都很高兴，根据才能授给官职，所以士兵们都信任他。七月，天子下诏加封刘裕为北青、冀两州刺史。慕容超的大将垣遵及他的弟弟垣苗都率领士兵来归顺晋朝。刘裕准备制造攻城的器械时，守内城楼的燕兵说：“你们没有得到张纲，怎么能够制造出来呢？”张纲，南燕国的尚书郎，他善于思考。碰巧慕容超派张纲向后秦国姚兴称臣求援，请求派兵救助。姚兴假装答应他，而实际上害怕晋军，不敢派兵。张纲从长安返回，泰山太守申宣俘虏了他并送给晋军。刘裕于是让张纲坐在楼车的顶端，让城内人看到，城里人没有不感到大惊失色的。于是让张纲大规模制造攻城器具。慕容超没有得到救援，张纲反而被俘虏了，变得担心害怕了，于是请求作晋的藩国，请求割地以大岘为界，进献马匹一千只。刘裕不答应，围攻城池更加厉害。黄河以北的百姓带武器粮食来投奔的，日以千计。
录事参军刘穆之，谋略过人，刘裕让他充当首席谋士，一举一动都向他咨询。当时姚兴派使者告诉刘裕说：“慕容超素与我相邻友好，现在因为处境艰难向我求援，我当派精锐骑兵十万，径直占据洛阳。晋军如果还不后退，我就命令铁骑长驱直入。”刘裕大声地告诉后秦使者：“你告诉姚兴，我平定南燕之后，停战三年，就去平定关中、洛阳。现在自己能够送上门来，就快些过来吧。”刘穆之听说有后秦的使者，迅速赶来，然而刘裕已经打发他走了。刘裕把姚兴的话以及他的回答，详细地告诉了刘穆之。刘穆之忧虑地对刘裕说：“平常事情不论大小，都让我先考虑一下。这件事应该好好地考虑，为什么那么仓猝地答复呢。你答复姚兴的言辞，不能威慑敌人，反而只会激怒他们。如果南燕还没攻克，后秦的援军突然到了，不慎重怎么对付他们？”刘裕笑着说：“这是军机，不是你所能理解的，所以不告诉你。兵贵神速，他们如果真的出兵救援，一定害怕我们知道，怎么可能先派遣使者呢。这是他们看到我军攻打南燕心里已经恐惧，说一些自我掩饰的话罢了。”九月，天子加封刘裕为太尉、中书监，刘裕坚决推辞。南燕的徐州刺史段宏先跑到索虏。十月，在黄河以北归顺晋朝。
张纲制造的攻城器械，设计奇巧，像飞楼木幔之类，莫不齐备。城上的火石、弓箭等守城工具，都没有用了。义熙六年(410)二月初五，攻下广固城，慕容超越城逃走，征虏贼曹乔胥俘获了他，杀南燕王公以下、以及俘虏的人口一万多，马二千匹，慕容超被押送回师，在建康街头斩首。
刘裕北伐的时候，徐道覆还有伺机而动的野心，劝卢循乘虚而出，卢循没有听从。徐道覆就到番禺(广东)劝说卢循：“我们居住在南岭以南，难道真的只能限此一隅，只是因为打不过刘裕罢了。如今他在围攻固若金汤的广固城，不知什么时候才能攻下。乘这个时候，用归乡心切的将士，偷袭何无忌、刘毅的部队，成功易如反掌。不趁这一有利时机而图保全暂时的平安，如果刘裕平定南燕之后，稍稍休养生息，过不了一、二年，一定有檄文征讨你。如果刘裕亲自率军队到豫章，派遣精锐的部队越过南岭，即使将军再勇猛，恐怕也抵不住。现在这个机会，万万不可错过。如果占领了他们的都城，捣了他们的老巢，刘裕即使回师，也无能为力。”卢循听从了他的话，于是带兵越过了南岭。同月，攻克了南康、庐陵、豫章三郡，各郡的郡守都弃职逃走。此时平定南燕的消息还未传回，天子派使者骑马告诉刘裕，刘裕刚刚攻下南燕国，想在下邳休整，进而平定河、洛，但不久朝廷的使臣到了，当天就班师回朝。
镇南将军何无忌与徐道覆在豫章交战，晋军战败，何无忌被杀。朝廷内外非常震惊。朝廷想请晋帝渡江北上靠近刘裕的军队，不久得知起义军还未到，京城的人心稍稍安定
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