、朱龄石率精兵一千多人渡过淮河。起义军几千人，都手握长刀和短兵器，精制的盔甲在太阳下闪光，跳跃着蜂拥而进。朱龄石所带的士兵大多是鲜卑人，善于徒步长矛作战，并且严阵以待。起义军的短兵不能敌，死伤了几百人，退走。在日落时，晋军也返回了。
刘毅被打败后，豫州主簿袁兴国反叛晋朝，占据历阳响应起义军。琅王牙郡的内史魏顺之派大将谢宝讨伐并斩杀了他。豫州司马袭击谢宝，魏顺之不去救援反而撤退，刘裕愤怒，杀了魏顺之。魏顺之，是魏泳之的弟弟。这样，有功的将领都受到震动，不敢不听从命令。
六月，天子又加封刘裕为太尉、中书监，还授给黄金装饰的钺。刘裕接受黄钺，其他的封赏坚决不接受。让司马庚悦担任建威将军和江州刺史两职，从东阳向豫章进发。
七月初十，起义军从蔡洲南撤，回寻阳驻扎。刘裕派遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追击。刘裕回到东府，大规模扩建水军，船只都是有高楼的大舰，有十几丈高。卢循派他的大将荀林进犯江陵。桓谦先从江陵逃往后秦，后又从后秦进入四川，谯纵让他当荆州刺史。桓谦和谯道福率兵二万人，进攻江陵，正好与荀林同时，相隔一百多里。东晋的荆州刺史刘道规在枝江斩杀了桓谦，在江津击败荀林的军队，追杀到竹町，斩杀了荀林。
当初卢循逃走的时候，刘裕知道他必定进犯江陵，立刻派遣淮陵内史索邈率领骑兵从陆路援助荆州。又派建威将军孙委高率士兵三千，从海路袭击番禺。江州刺史庚悦到五亩峤，卢循已派一千多人占据山道，庚悦的前锋鄱阳太守虞丘进击溃了起义军。刘裕已治理好军务。十月，率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等水师南征。让后将军刘毅兼任太尉留守郡府，后方的事情都委托给他。
同月，徐道覆率兵三万进犯江陵。荆州刺史刘道规又大败了他，斩杀万余人，徐道覆又回到盆口。开始刘裕派索邈入川，索邈在山道上被起义军拦截，直到徐道覆被击败后才到达四川。自从卢循南下，江陵方面与京城的音讯就断绝了，传递消息的人都说江陵已被占领。直到索邈回京后，才知卢循已经逃走了。
卢循从蔡洲南逃时，留下他的亲信范崇民率五千人，大舰一百多艘，戍守南陵。王仲德等人听说大军将至，于是进攻范崇民。十一月，大败范崇民的军队，焚烧其舰船，收抚散兵。
卢循在广州的守兵对海道没设防。同月，建威将军孙季高从海路突然到广州，起义军的城池高峻严整，守城的士兵有几千人。季高焚烧了起义军的船只，全部上岸，从四面围攻，当天就攻下了广州城。卢循的父亲乘小船逃往始兴。季高安抚老百姓，剿杀起义军将士，派兵好好守城。当初刘裕派遣季高出兵的时候，大家都认为从海路进攻遥远，一定很艰难；且分散了兵力，费时又很长。刘裕不赞同。天子诏令季高说：“大军在十二月底，一定打败起义军。你现在到广州去，捣毁他们的巢穴，让他们溃逃时，没有去处。”季高依命而行，如期成功。
卢循这时正修整舰只，制造一些攻城的器械。刘裕想从长计议，于是驻军雷池。起义军扬言不进攻雷池，顺水而下。刘裕知道起义军想进攻，但考虑到起义军战败后，可能从京江进入东海，派王仲德带二百艘舰船往吉阳，断绝起义军的去路。十二月，卢循、徐道覆率兵几万，乘船而下，前后相连，不见边际。晋军出动全部的轻便小船，刘裕亲自摇旗擂鼓，命令三军合力出击。又在西岸派出一些步兵骑兵。右军参军庾乐生坐在舰上不前进，刘裕将其斩首示众。于是三军奋勇争先。晋军中有很多威力大的神弩，所到之处没有不被摧毁的。刘裕在江中间焦急。起义军的船只顺着风和水流的去向，全部停泊在西岸上。岸上的士兵首先预备了火攻的材料，于是点火烧起义军的舰只，烟雾满天，起义军大败，追到夜里才回来。卢循等人退回寻阳。当初派步兵驻西岸，没有人不感到奇怪的，等到烧了敌军船只，大家才信服。召回王仲德，让他还担任先锋。留下辅国将军孟怀玉驻守雷池。卢循听说晋朝大军沿江上溯，想逃往豫章，于是全力在左里设置栅栏隔断江面。晋军到左里，准备决战，刘裕手中拿的令旗旗竿断了，折断的旗子沉入水中，大家都感到很奇怪。刘裕笑着说：“从前在覆舟的一战，旗竿也折断了，现在又是这样，一定能够打败敌人。”立即攻克栅栏前进。卢循的军队虽然也拼命迎战，但无能为力。各路晋军乘胜追击，卢循乘小船逃走。被晋军杀的以及投水自杀的起义军，总共有万余人。收纳投降的士兵，原谅他们被逼走上了叛逆之路。派刘藩、孟怀玉轻装追击残兵，卢循收集残兵剩将，还有几千人，从小路逃回广州。徐道覆退守始兴。刘裕在左里凯旋班师。天子派侍中、黄门到军营慰问军队。
武帝本纪(二)
义熙七年(411)正月初八，刘裕在京师整编军队，皇上加封他为大将军兼扬州牧，赐班剑二十名，原来的官职依旧，刘裕坚辞不受。凡在南征北战中战死的，都登记姓名赐给安葬费。尸首没运回的，派主帅去迎接运回亡者的家乡。
二月，卢循回到番禺，被孙季高击败，卢循收拾残兵败将南逃。刘藩、孟怀玉在始兴斩杀徐道覆。
自晋朝中叶以来，政治腐败，豪强恃强凌弱大肆兼并土地，百姓流离失所，家产得不到保障。桓玄很想整改，但做不到。刘裕辅佐朝政后，颁布法规昭告天下，于是豪强大为收敛，人人知禁令。这时会稽余姚虞亮藏匿一千多人的户口，刘裕知道后处死了虞亮，免去会稽内史司马休的职务。
天子重申先前的加封令，刘裕又一次坚辞，于是改封他为太尉、中书监，刘裕这才接受。他将黄钺还给天子，并辞掉冀州牧。
交州刺史杜慧度杀死了卢循，将其首级送到京师示众。
先前各州郡送来的秀才、孝廉，多是滥竽充数。刘裕上书天子，请求遵循旧制，用考试的办法加以甄别。
征西将军、荆州刺史刘道规因病请求回归故里，义熙八年(412)四月，刘道规改任豫州刺史、后将军，豫州刺史刘毅取代他为荆州刺史。刘毅和刘裕同举义旗，复兴晋室，自诩为京城、广陵，功劳足与刘裕匹敌。他表面上拥戴刘裕，内心却极度妒恨。刘毅雄才大略志存高远，朝廷素有威望之士多归附于他。他还与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施结为生死同盟。刘毅西戍江陵，豫州府的幕僚都自动追随他。刘毅邀郗僧施任南蛮校尉，刘裕知道刘毅不会甘居人下，终究是个对头，就暗地策划对付他。刘毅到了江陵，假称病重，上书请求派他的堂弟兖州刺史刘藩来当副职，刘裕假装应许。九月刘藩入朝，刘裕下令逮捕他和谢混，打入监牢赐死。他又上书请求讨伐刘毅，并凭借黄钺率大军西征，任命前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，派兖州刺史刘道怜镇守丹徒，豫州刺史诸葛长民监管太尉留守府事务。封太尉司马、丹阳尹刘穆之为建威将军，拨给他兵力。十一日从京师出发。派参军王镇恶、龙骧将军蒯恩打先锋突袭江陵。十月，王镇恶攻克江陵，处死刘毅及其同党。
十一月十四日，刘裕到江陵，发布文告说：“去弊病拯救黎民，政令须简洁宽容，废除修改一些政令，虽然麻烦，但百姓易于理解。江陵、荆州凋敝残破，法令残缺不全，近来战事不断，不得安宁。百姓疲惫匮乏，每况愈下，为赋税劳役所困，难以为生。虽然凋敝残破，但征税依旧，盘剥课征，不遵法规。治理两州的命官，有些非善良之辈，不能节俭，一味追求盈足，时间长了就成了习惯，不知悔改。
“近来因为战事，我刘裕来到二州，更体察到了百姓的疾苦，我想急百姓之急，救民出火海。征收租税劳役，都以登记在册的户籍为据。州郡县的屯田、池塘、边塞之税未作军用而流入官吏腰包中的，现一律免除。州郡县官吏，都依照旧制登记户口。朝廷征调的癸卯梓材、庚子皮毛，可停征或减收，另外计作所交纳的赋税。巴陵均输折度支，照旧用军队运输。所关押的起义军的家属，一律放回原籍。”
划荆州十郡建湘州，归刘裕督治，任命西阳太守朱龄石为益州刺史，率军伐蜀，皇上加封刘裕为太傅、扬州牧，赐给羽葆、乐队，班剑二十名。
义熙九年(413)二月九日，刘裕到江陵。当初诸葛长民骄淫贪婪，横行霸道，为当地百姓所痛恨。但因为他是刘裕起义的同谋者，刘裕宽容了他。刘毅被杀后，诸葛长民对亲信说：“去年杀彭越，今年诛韩信，灾祸就要临头了。”谋划叛乱。刘裕定好了回京的时间，但总是滞留不归。朝中大臣连日在新亭恭候，诸葛长民也来迎候。刘裕乘船不声不响地回了东府。诸葛长民来到东府门前，佣人引其进府。他不听亲信劝告，凡平时与他关系不错的人都同他一起来了。刘裕早已暗暗下令武士丁日午等人自幔帐后出来，拉倒诸葛长民的坐具，诸葛长民跌了下来。丁日午上前猛打，诸葛长民死在坐具旁边，刘裕派人用车装上诸葛长民的尸首送交廷尉，又杀其弟诸葛黎明。丁日午骁勇力大，时人称赞他说：“不要飞扬跋扈，否则交付丁日午。”
先前山川湖泽都被豪强霸占，百姓砍柴捕鱼都要纳税，刘裕下令免征。当时百姓居无定所，刘裕上书说：
“臣闻先王治国，天下井然有序，疆界划分，各安其所。在往昔盛世，人无职业变更，所以井田制，三代时兴盛。秦实行新政，汉袭秦制，豪强兼并土地，于是就发生了。恳请陛下，怜惜万民，把界定州郡区划的重任交付臣下，如我恳请的合理，请允准，并迅速实行。”
于是重新划定州界，只有晋陵附近的徐州、兖州、青州不在重新界定之列。许多由北方流亡来的郡县，多被合并裁汰。
皇上加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。刘裕坚辞不受太傅、州牧之职和班剑，奉还黄钺。
七月，朱龄石平蜀，杀蜀王谯纵，并将其首级送京师示众。
义熙九年(413)九月，皇上加封刘裕第二个儿子刘义真为桂阳县令，作为他平定齐乱，斩杀卢循的奖赏。天子重申前令，加封刘裕为太傅、扬州牧，赐羽葆(一种车盖)、乐队、班剑二十名。派百余名朝臣恳劝，刘裕这才接受羽葆、乐队、班剑，其余坚辞不受。
义熙十年(414)，减轻徭役让民休养生息，修建东府。
平西将军、荆州刺史司马休之，为宗室所倚重，又得江汉民心，刘裕疑其有夺取王位的野心。休之哥哥的儿子谯王司马文思在京师招集任侠之士，刘裕逮捕了他，把他送到司马休之处，令司马休之处理。司马休之上书请废文思的王位，并写信给刘裕表示谢罪。义熙十一年(415)正月，刘裕逮捕司马休之的儿子文宝和其侄儿文祖，打入牢中赐死。刘裕率大军西征，又持黄钺，任荆州刺史。五日，从京师发兵，中军刘道怜监管留守府事务，司马休之上书说：
“臣闻运气不是一成不变的，治世乱世更迭。国运衰败了，不久又会兴盛。昔日奸臣横行，皇室不振，今江山姓名未改，皇室再次兴隆。太尉刘裕威武精明果断，首举义旗，扫除元凶，皇室复位。一介平民百姓，匡复社稷，南灭卢循，北定广固，近千年来，功劳没有比得过他的。因此四海归附，朝野推崇。位居极位，权倾皇上，不能秉公处事，恃宠骄横。自以为功高盖世，心目中无皇上，滥杀无辜，肆意苛政暴行，刘裕不守人臣之礼，篡位的迹象日益明显。陛下四季的膳食，得不到保征，宫廷的费用，供给的不足十分之一。皇后患病时，汤药侍奉不周，她亲自写信给家人，诉苦求助。这些都是朝廷官员所共同听到看到的，人人莫不伤感愤慨叹息，但口不敢言。前扬州刺史司马元显页第五个儿子法兴，因为桓玄之祸牵连，远逃在外，皇上开恩，这才回归故里。太傅之后，沦落绝境而又兴旺起来，凡有良知的人都感到庆幸。刘裕翦除异己，不管大小。他认为法兴聪颖明达，民心必归附于他，胸怀仇恨，就制造谣言，杀戮法兴。大司马德文和王妃公主为情势所迫，联合起来向皇上请命，刘裕肆虐惨毒，但他们誓不屈服。他们蒙冤受害，其惨痛足以感动路人，我地位卑微，但受德文的恩重，就将女儿嫁给德文之子。这样做并不是突发奇想，实在是被逼出来的。已故卫将军刘毅、右将军刘藩、前将军诸葛长民、尚书仆射谢混、南蛮校尉郗僧施，或是功劳盖世，或是德高望重，都是辅佐朝政的栋梁之材，国家希望之所在，无罪无故，一日
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