视而不戒备，每日呈现在眼前的，便心惊肉跳。由此看来，犯了重罪必须处罚，犯了轻罪也不能逃避惩处。这样就可以保全人们的性命，使人口增加，仁心救人，功效显著。另外今日所可忧虑的，逃犯首先需要考虑。多次反叛的没有消除，应该让那些逃亡的人无处藏身，用以警戒还未触犯刑律的人，永远铲除罪恶的根源。至于其他的法条，应该按老刑罚来。这还谈不上适中，可贵的是窥一斑而知全豹，立一条而增进全面地改革。”
桓玄喜欢别人依附顺从于他，但是孔琳之不能这样，所以不被其赏爱。孔琳之接着升任楚台员外散骑侍郎。遇到母亲去世，离官去职。守孝期满，被任为司徒左西掾。他又以父亲退休为名辞让了。当时司马休之当会稽内史、后将军，仍以孔琳之为长史。孔琳之父亲去世，他又辞官了。守孝期满，补任太尉主簿、尚书左丞、扬州治中从事史，在任上都很称职，成绩显著。
当时要求朝中大臣谈论和陈述建议。一些人认为应该修治学校，减轻刑罚，明确职责和赏罚条例，举荐人才，重视农业，缓轻征役。孔琳之在众人建议之外又提议说：“玺书和官印，为的是明确官职真假，向人们表示它的权威。官员中没有比皇帝更大的，爵位没有比公侯更显贵的。而传国玺宝，历代连续使用。继封的文印，也是代代相传，它的可贵在于古老和沿袭，而不需要改换制造。今日只有尉官这一职务，只用一种印绶。至于朝中内外各种官职，每次升任便全部改换印绶，研究它的本来意义，我还是不能明白为什么。如果认为每个官员姓氏不同，和继承的情况不同，那么还不像不同朝代的差异。如果谈官职的尊卑，虽然公卿的官职很高贵，但没有帝王那么重要。如果因为某官曾遭受斩杀的惩罚，同时也忌讳那个官职，那么汉朝用秦朝的传国玺，保存了四百年，没有听说秦子婴因为本身被杀国破家亡，而汉帝王便没有用传国玺的。以帝王公侯如此尊贵的身份在传国玺的使用上毫无怀疑，普通的卑小官职，又为什么嫌恶前人用的官印呢？在古籍上没听说这种情况，按事推理也不合道理。反而一年到头，不断地刻印铸印，浪费工夫，消耗物质。金银铜铁的花费，简直说不清有多少，这是不能继承优良传统使政治简明易行的。我认为各个官职都各用一种印绶，不需反复改铸。如果有新设置的官，或者官员多印绶少，或者印文消失，然后才能铸造，那么上则有利于国家，不仅是小的好处。”
又说：“丧事的办理，在古代的典籍中没有记载，完全是从后世兴起的。老习惯成为规矩，成为一般的风俗。上自天子，下至百姓，这样做确实有原因，突然改革必然惊骇耳目。然而这些习惯如果不和人情相关，反而害了百姓。保存它们未必有用。去掉它们未必有害。而且该严格遵守古人礼法，改革后来的弊端。况且又损害人们的财物，成为人们的负担呢。凡是士人的丧事仪式，都从百姓的里巷中传出，每次有这样的事，动不动便花费几十万，损害人民的财产和气力，但是并没有好处。至于寒族平民，则家家竭尽全力。虽然有的家徒四壁，无不倾家荡产。而所谓的葬礼，怎么到这步田地呢？我认为应该遵守古代的葬礼，罢除过分的礼仪，惩罚那些不遵法规的人，向其余的人示儆。”又说：“当年战乱频繁，饥荒不断，米谷布匹绸缎都很昂贵，之后米的价格平复了，而绸布在今日反而贵了一倍。布帛绸缎价格既然昂贵，养蚕的人就多了，人们虽然加倍的勤劳，但它的高价总跌不下来。我认为导致这样的原因是有的。在大乱之前，军队衣服只用铠甲而已，至于军袍军袄和军衬衫必须打仗时才发，平时把它们放在仓库中，永远不会有损害。如今的仪仗部队和游行的使者，或者警卫士兵参加和迎送仪式的军人，都用军袍军袄，不仅某一军府，甚至其他各部队都是如此。布绸容易损坏，不能长久保存，而且白天用它们来防寒，夜晚用它们来寝睡，不用一年便会毁坏。每年蚕棉丰收，容易按租税折价购买，另外各军府纷纷收购，动不动有几千，所以布帛一直昂贵，确实因为如此，私人的衣服因此而缺乏，而官府又为它而亏空。我认为像待卫部队，是必需它们的，其余的部队则必须仍旧用铠甲，小小迎来送往的仪式，只应分配军仗器械，不用铠甲和军袄。用的人少了，布帛的价格自然跌落。”
他又说：“不以朴素的饮食为耻，只有君子能够做到。佳肴美宴，崇尚奢侈，已很长久了。今日虽然不断地改正，但这个风气仍未改变。他们真正喜欢吃的不过是一种菜肴，而吃起来却有一大桌子，除了满足口腹的欲望之外，都是为了悦人耳目。富人用它们夸耀自己，穷人因此而竭资殚产。这样本来是人们非常痛恨的，但谁也无法不做。我认为应该粗略地制定规则，使奢侈和节俭达到一个适中的比例，如果有人还不改正，加以贬斥；那么节俭美德的教化，马上便可传播。”
孔琳之迁任尚书吏部郎。义熙六年(410)高祖兼平西将军，用他当长史，又用他当大司马琅笽王的从事中郎，任命他为高祖的平北、征西将军长史，再升他当侍中。宋国刚刚建立。任他为宋国侍中。再出外当吴兴太守。又因公免职。
永初二年(421)，孔琳之当御史中丞。孔琳之通晓法律，执法严明公正。他弹劾尚书令徐羡之说：“我听说臣子侍奉上司以守法为恭敬，而对下人以威严为整齐，然后朝廷法律明白，任事必然严肃。这个规矩一被打乱，那么法制便会崩溃。我在本月七日参加皇太子的正会。会完了车准备回去，和其他人在门边等待。有一个人乘了一匹马在我的车前逮捕一个人并叫拉了开去。那个人一边骂一边捉人审问加以逮捕。每有公事，我常常担心引起麻烦，叫手下人不要多管。而那个人叫骂不止，我便叫人把他叫来。那人不肯下马，连叫大喊，有两个威仪士兵走来，打我的收逮那人的部下。尚书令省事倪宗又牵威仪士兵的手，打我的部属。倪宗说：‘中丞怎么能行凶，敢抓令公的人。凡是中丞逮捕的，威仪们都可以捆起带走。’我叫手下人，一点也不要动手，但他们气焰猖獗，好久才散去。又有一群人在我的车旁，逮捕樊马子，又一起按住马子叫他跪在地下，把他带走，不能回到御史台。我想他们抓人是不法的，又没有证据，而倪宗敢凭借权势肆无忌惮，带走有罪的人。尚书令徐羡之和我都乘坐车子。而闹出这样的事，凶气嚣张，有的说是徐羡之不禁止下人，有的说是徐羡之禁止了但没有效果。放纵罪人而不禁止，不符合国法，禁止而没有效果又说不通。罪犯侵犯法官，如此猖獗，容允倪宗等，一点也不纠弹，损害国家的权威，不成大臣的体统，不对他加以制裁，法律又有什么地位。徐羡之在朝廷为首要官员，外面管大小事务，朝廷寄巨大的希望于他，是官员的模仿对象。他却不能守朝廷的法规，严肃风纪，以致使部属放纵，凌辱法官。凶恶的气焰，从京城窜起，真是自己有矮墙而亲自逾越。而倪宗为抢夺的主犯。徐羡之放开不问，对这几种不法行为，应该加以惩罚。我请求免除徐羡之的官职，以公的身份回到自己家里。倪宗等人的抢走犯人的罪行，我已经叫掌故的御史根据实情加以控告。”高祖下诏书说：“小人们难以管制，司空不用牵涉，其余按奏文处理。”徐羡之当朝廷第一大官，不想让别人看他犯了法。当时徐羡之兼扬州刺史，孔琳之的弟弟孔璩之当他的治中。徐羡之叫孔璩之劝说孔琳之叫他算了。孔琳之不同意。孔璩之坚决要他这样。孔琳之说：“我触犯宰相，只不过我一人有害，你绝对不会被我株连，何必这么为人效劳呢？”于是朝中百官震动，不敢犯法。高祖很称赞他，经过兰台处时亲自看他。孔琳之又兼任本州大中正，再迁祠部尚书。他不经营财物，家中尤其贫困。
景平元年(423)，孔琳之去世，享年五十五，被追认为太常。他的儿子孔邈，有父亲风格，官至扬州治中从事史。孔邈的儿子孔..，另有传记，孔..的弟弟道存，在世祖大明年间，历任黄门吏部郎，临海王刘子顼前军长史，南郡太守。晋安王刘子勋开建伪府，孔道存当侍中，代管雍州事务，刘子勋失败后他自杀了。
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