邓琬字元琬，豫章郡南昌县人。他的高祖邓混，曾祖邓玄，都当过晋朝尚书吏部郎。他的祖父邓潜之，官至镇南将军长史。父胤之，世祖征虏长史、吏部郎、彭城王刘义康大将军长史、豫章太守、光禄勋。
邓琬最开始当本州西曹主簿、南谯王义宣征北行参军，再转本府主簿、江州治中从事史。当世祖起义时，任命邓琬当辅国将军、南海太守。他又率领部队至广州讨伐萧简，攻打了一年多才攻克。又因为臧质造反、被广州刺史宗..逮捕，遇到大赦又被释放。邓琬的弟弟邓璩和臧质一同造反，臧质失败后因随从他而被杀，另一个弟弟邓环也因为这被杀。邓琬因为远离他们，又加上有功劳，被免除死刑而流放远方，仍然是停在广州。好长时间了才得以回到内地，被任命为给事中、尚书库部郎、都水使者、丹阳郡丞、本州大中正。大明七年(463)，皇上巡视历阳、追念做藩王时的故旧功臣，下诏书说：“前光禄勋，前征虏长史邓胤之器局深沉，长期任职，成绩卓著。我当年作藩镇长官时，他最先辅佐我，心性忠诚，竭力效诚，我一直不能忘记，往年他的儿子邓璩凶狂，自取灭亡。但邓胤之的功勋应该让他的儿子邓琬继承，现在特别免除邓琬的死罪。可以升为给事黄门侍郎，以表彰邓胤之的忠诚。”
明年(464)，邓琬出外当晋安王刘子勋镇军长史、寻阳内史、代管江州事务。前废帝疯狂没人性，他认为太祖文帝、世祖孝武帝都是因为在兄弟辈中排行第三而当上皇帝，子勋在兄弟中也是排行第三，便深深怀疑他而把他当成有威胁的人，用何迈的计策，于是派人带毒药赐刘子勋自杀。使者到了以后，刘子勋的典签谢道遇、斋帅潘欣之、侍书褚灵嗣等用驿马使者告诉邓琬这个消息，并哭着请他想法子。邓琬说：“我本来是南方寒族，承蒙先帝的特别厚恩，把他的爱子托附给我，我怎能顾惜家门一百多人的性命？应该用死来报答先帝的厚恩。幼主昏庸残暴，国家危险万分，他名义上为天子，实际上独夫一个。我们现在应该指挥文武将吏，直接进到京城、和众公卿大臣，一同除去昏君，拥立明君。”景和元年(465)十一月十九日，他宣布子勋的命令。当天便戒严。刘子勋穿着军装出外倾听意见、招集部众，叫潘欣之以口头宣布命令说：“少主昏乱暴虐、都是先生们亲眼得见的，被先帝顾托的大臣都被他杀死。他驱逐逼迫伯侯公卿，幽闭侮辱太后，和一些残酷的人，共同制造这些罪恶，呆在京城中的亲王们，都被关起来，等于落入虎口，想方设法但无法逃脱。我本人一则是皇室亲戚，再则是先皇的儿子，怎么能坐观祸乱的发生！现在便想集中九州的人马，写文告给远近各州，一同为国家出力，诸位先生认为应怎么样？”面前的人还未回答，录事参军陶亮说：“少主昏乱发疯，罪恶滔天，伊尹、霍光在古代曾经废除过这种昏君，殿下今天也应该这样做，本州的士大夫，世世代代力行忠诚道义，况且正遇目前这千载难适的机会，我们请求为殿下效劳，作先锋前行。”其余官员都愿听从。文武官员都被晋爵加级。刘子勋转陶亮为谘议参军事、并任中军参军，加号宁朔将军，总管军务。功曹张沈当谘议参军，统管水军，参军事顾昭之、沈伯玉、荀道林等参管书记。南阳太守沈怀宝、岷山太守薛常宝赴郡上任，刚到寻阳，便与新蔡太守韦希直同时被任命为谘议参军，兼任中军参军，彭泽县令陈绍宗等人当将领。
当初，废帝叫荆州逮捕绑送前军长史，荆州行事张悦东行到盆口城时，邓琬用刘子勋的命令，打开他的枷锁，用自己坐的车欢迎他，让他当司马，加官征虏将军，加官邓琬冠军将军，他们二人共同掌管内外所有的事务。他们派将军俞伯奇率领五百人出外截断大雷、不许商人旅客过往和公家民间的书信事务的进行。又派人统计属下各郡的人民户口，收集武器，十天之内，便得到全副武装的士兵五千人，前进驻扎大雷，在附近两岸建筑堡垒，巴东建平二郡太守孙冲之到郡上任，刚到独石，邓琬让孙冲之当刘子勋的谘议参军，兼中军参军，加号辅国将军，和陶亮共同统率前锋军队。叫记室参军苟道林写出檄文，迅速告知远近各州。
恰遇太宗平定乱子，增加刘子勋位号为车骑将军，开府仪同三司。朝廷的任命刚到，江州将吏都很高兴，他们对邓琬说：“暴乱既然被消除，殿下又可以设立黄阁当宰相，确实是公家私家的大喜事。”邓琬认为刘子勋在兄弟中排行老三，在寻阳的起义活动，和世祖登上皇位情况相同，理所当然一定要成功的。于是把朝廷来的信甩在地上说：“殿下应当建立政权，设置黄阁机构那是我们这些助手的事。”众人听了无不震惊。邓琬和陶亮等修理整顿武器，向其他各州征兵。郢州刺史安陆王子绥、荆州刺史临海王子顼、会稽太守临海王刘子房、雍州刺史沈文秀、冀州刺史崔道固、湘州行事何慧文、吴郡太守顾琛、吴兴太守王昙生、晋陵太守袁标、义兴太守刘延熙等人同时叛乱。
此前，废帝用邵陵王刘子元当冠军将军、湘州刺史中军参军沈仲玉当道路行事，走到鹊头，听说寻阳正举行大事，便停在那里，启告太宗该怎么办。太宗认为子勋他们起兵目的是为了消灭废帝，虽然猜疑他们没有放下武器
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