击败黄巢的贼军，为了争夺财物而互相攻杀，放火焚烧、抢劫，皇宫中的屋舍、街市上百姓的住宅，十之六七都被烧毁了。贼人被平定以后，令京兆尹王徽用了一整年的时间进行修整，仅仅恢复了安居而已，到这时，乱兵又再次放火焚烧，宫室变得一片萧条，长出茂盛的野草了。
光启二年(886)春，正月初一，皇帝的车驾驻跸在凤翔。李克用随即率领军队到河中，和朱玫、王重荣共同奉上表章，请求圣驾留驻在凤翔，并列举田令孜的罪状。皇上便任用飞龙使杨复恭仍然掌管内枢密使事务。正月初八，田令孜迫使圣驾去兴元。正月初十，皇上的车驾驻跸在宝鸡。朝廷授命刑部尚书孔纬兼任御史大夫，命令他率领随从官员前来皇上驻跸处。当时皇上的车驾是夜间出发的，宰相萧遘、裴彻、郑昌图以及文武百官都不知道这件事，来不及跟随前往，故此命令孔纬前去追随。萧遘厌恶田令孜玩弄权术，再次使京师产生动乱，便利用..州奏事判官李松年去凤翔的机会，令他立即召朱玫去凤翔迎奉圣驾。正月十三日，朱玫带领步骑士兵五千人到达凤翔。田令孜听说..州的军队来了，便侍奉皇帝进入散关，命令禁军守卫灵璧。朱玫的军队一到，禁军便溃散了，朱玫便长驱直入，追赶圣驾到尊途驿。嗣子襄王李誰患病，落到了朱玫手中。当时兴元节度使石君涉听说皇上的车驾进入散关，便拆毁了架设在峭崖陡壁上的栈道，用栅栏断绝险要的通道，皇上的车驾只能从别的道路抵达，被..州的军队在后面追赶，有四次都因为道路崎岖而发生危险。
二月初一，任命十军观察使、开府仪同三司田令孜为剑南西川节度监军，任命内枢密使杨复恭为神策左军中尉。
三月初一为庚辰日。三月初三，兴元节度使石君涉弃城进入朱玫的军营内。三月十七日，皇帝的车驾到达兴元。三月二十九日，任命翰林学士承旨、兵部尚书、知制诰杜让能为兵部侍郎；任命刑部尚书、御史大夫孔纬为兵部侍郎，充任诸道盐铁转运使，并以本职任同平章事。保銮都将李钅延、杨守亮、杨守宗等在凤州击败..州的军队。
四月初一，当夜荧惑星干犯月角。四月初三，朱玫、李昌符在凤翔驿舍逼迫宰相萧遘，请求让嗣子襄王李誰暂时监督军国事务。朱玫自任大丞相，兼任左、右神策十军使。于是逼迫、率领文武百官侍奉襄王回到京师。
五月初一为己卯日。五月初二，襄王非法僭越即皇帝位，年号为建贞。因为萧遘起初曾阻止襄王接受监国的使命，罢免了他掌管政务的官职，任太子少师。伪命任朱玫为侍中、诸道盐铁转运使。伪命任裴彻为门下侍郎、右仆射、同平章事、署理度支使。伪命任中书侍郎、刑部尚书、平章政事郑昌图署理户部事务。萧遘称病辞职，回到河中府的永乐县。伪朝决定给各地方大吏加授官爵。伪命任淮南节度使、检校太尉、兼侍中高骈为太师、中书令、江淮盐铁转运使、诸道行营兵马都统。又伪命任淮南右都押衙、和州刺史吕用之为检校兵部尚书，并兼广州刺史、岭南东道节度使。令户部侍郎柳涉往江淮宣布伪令，令户部侍郎夏侯潭往河北宣布伪令，各藩镇节度使大多数接受了他们非法宣布的任命，只有定州、太原、宣武、河中拒绝而不接受。当月，彗星出现在箕宿天区之尾，经过北斗星座和摄提星座。荆南、襄阳连年发生蝗灾和旱灾，一斗米卖到三十贯钱，人多互相烹吃。杨复恭兄弟和河中节度使王重荣、太原刺史李克用有联兵击败黄巢贼军的旧谊，便上奏，请求派遣谏议大夫刘崇望带着圣旨前去王重荣、李克用处宣布谕令，表示杨复恭再次与他们联兵破贼的意思。王重荣、李克用很高兴地接受了命令，立即派使者前去向皇上进奉贡礼，献上缣十万匹，愿意杀朱玫以赎自己的过错。刘崇望出使回去之后，君臣都互相祝贺。
六月初一，任命扈从皇上驻跸的都将杨守亮为金州刺史、金商节度使、京畿制置使。杨守亮率领两万名士兵前往金州，和王重荣、李克用形成夹击态势进军。当时朱玫派遣将领王行瑜率领..宁、河西的五万军队屯驻在凤州，保銮都将领李钅延、李茂真、陈..等在大唐峰抗击他们。
七月初一，蔡州贼将秦宗权攻陷许州，杀死鹿晏弘。任命金商节度使杨守亮为检校司徒，兼兴元尹，充任山南西道节度使。王行瑜急速进攻兴州，杨守亮出兵将他击败。
八月，幽州节度使李全忠去世，三军拥立他的儿子李匡威为幽州留后。
九月，杨守亮在凤州再次击败..州军，观军容使杨复恭秘密派人去劝说王行瑜，叫他设法回归朝廷。十月初七，滑州军人发生动乱，驱逐他们的主帅安师儒，推举亲军衙将张骁主持留后的军务。安师儒投奔汴州，朱全忠把他杀了，便派兵攻打滑州，将张骁斩首以向皇上驻跸的地方报告，朝廷任命汴州主帅朱全忠兼任义成军节度使。
十一月十七日，白虹出现在西方。十一月，蔡州贼将孙儒攻陷郑州，刺史李..逃走而免于一死。孙儒率军进攻河阳。
十二月初一。当月，朱玫的爱将王行瑜接受密诏，从凤州率领部下返回长安。十二月十七日，王行瑜杀死朱玫和他的党羽九百人，听任士兵大肆抢劫。这年冬天极为寒冷，大街上积满了雪，士兵们入城的那天夜晚，严寒凛冽尤其厉害，遭到抢劫的百姓和官吏，冻僵之后死在地上，尸体盖满了地面。裴彻、郑昌图和百官侍奉着襄王逃往河中府，王重荣起初说是迎接襄王，抓住襄王李誰却把他杀了，把裴彻、郑昌图上了刑具关进了监狱，文武百官遭到杀害的几乎有一半。王重荣用木匣装着襄王的头颅前往皇帝驻跸的地方。刑部上奏，请求皇上驾临兴元城南门城楼，检阅献俘并接受朝贺，请皇上下诏给太常寺礼院确定有关礼仪。博士殷盈孙上奏说：
“因伪皇李誰违背宗庙社稷的制度，非法窃取皇帝之位，欺骗皇天的祸乱既已满盈，盗窃国柄的罪行如此严重，果然达到覆灭败亡的地步，因而遭到诛杀。九重宫阙中的妖氛既然已经扫除，万方的百姓便共庆太平，应当举行祝贺的礼仪，以显示辉煌的谋略。然而人们的议论之中，还有不够公允恰当的地方。臣根据礼仪经典的记载，公室的族人犯了罪，刑司做了判决之后，官员报告国君说‘：某某人的罪行应当处以极刑。’国君说‘：赦免了他吧。’像这样重复了三次，官员才走出去执行死刑，国君又派人去对他说‘：虽然他犯了这样的罪，还是应当赦免了他。’官员说‘：已经来不及了。’为此，国君穿着素服，三个月没有演奏音乐。又据《左传》记载：当卫国的君主在晋国的时候，卫国的大臣元口亘拥立卫君的弟弟叔武做了国君，卫君回到国内，叔武被先行回国的部队所杀，卫君为此而哭泣，左丘明记下了这件事。如今非法称帝的李誰，正是一个皇族，虽然犯下了该当斩首的罪行，理应被处死，难道陛下就可以受到群臣的朝拜，接受群臣的祝贺吗？臣认为李誰属于皇族的后代，名字写在皇家的族谱上，当受到逼迫威胁时不能坚守臣节以死效忠陛下，却甘心参与谋反，确实罪恶滔天，刑罚不可宽赦。已经在军阵之前做了处置，应当立即贬黜为庶民，取消他所属的皇家族籍，而他的首级仍然应当委派当地官府按照庶民的礼节收葬。取得大捷的庆典，应当用朱玫的首级在皇上到达的日子表示祝贺，这样比较相宜。这样，皇上不至于怀着悲痛的心情，臣下也不会伤害做人的体统，既符合于礼经的主旨，又除去了朝内外的疑忌。”
于是便取消了祝贺的仪式。等到朱玫的首级传送到皇上驻跸处，皇上才驾临城楼接受献俘。当月，蔡州贼将孙儒攻陷河阳，诸葛仲方逃出去归附于汴州，偏将李罕之逃出，占据泽州，张全义占据怀州。
光启三年(887)春，正月初一，皇上的车驾驻跸在兴元府。决定任命..州都将王行瑜为检校刑部尚书，兼任..州刺史、..宁庆等州节度使。保銮都将领李钅延任检校司空、黔州刺史、黔中节度使、观察使；扈跸都头领李茂贞担任检校尚书左仆射、洋州刺史、武定军节度使；扈跸都将杨守宗担任金州刺史、金商节度使等；保銮都将陈..任检校尚书右仆射，实授宣州刺史、宣歙观察使。兵部侍郎、诸道租庸使张浚以本职任同平章事。
二月初一，润州偏将刘浩和度支使薛朗二人合谋驱逐其主帅周宝，刘浩自称为节度留后。
三月初一为己亥日。三月初十，皇上的车驾出发回京师，驻跸在凤翔。因为宫室修葺没有完工，所以节度使李昌符请求皇上驻跸在凤翔，以等待完工。河中府以刑具械系伪宰相裴彻、郑昌图到达，皇上下令将他们在岐山县斩首。离任退休的太子少师萧遘在永乐县令其自尽。任命特进、监修国史、门下侍郎、吏部尚书、平章政事孔纬担任诸道盐铁转运使。把集贤殿大学士、中书侍郎、兵部尚书、平章政事杜让能晋封为襄阳郡公，增加食邑三千户。
四月初一，扬州偏将毕师铎从高邮率领戍守的士兵攻打扬州，攻下之后，把高骈囚禁在偏屋中，自己总管军政大事。蔡州贼将秦贤进攻汴州，在汴州城四周列下三十六座营寨。朱全忠向兖州、郓州请求救兵，朱瑾率军前来增援，屯驻在封禅寺，朱王宣屯驻在静戎镇。
五月初一为甲戌日。五月初二，秦宗权亲自率领部众来接应秦贤。五月初九，郓州、兖州、汴州三镇的军队在边孝村把蔡州贼军打得大败，秦宗权败退逃走。孙儒听说秦贤打了败仗，驱赶所有的河阳人，把他们杀死，尸体投进黄河，烧毁了市井民宅而离去。官兵收复了孟州、洛州、许州、汝州、怀州、郑州、陕州、虢州等地。皇上下诏，任命扈驾都头领杨守宗暂时掌管许州事务，汴州将领孟从益暂时掌管郑州事务。诸葛爽的旧部李罕之从泽州出兵收复河阳，怀州刺史张全义收复洛阳。扬州偏将毕师铎把宣州观察使秦彦召到扬州来，推举他为节度使。
六月初一为癸卯日。六月初六，天威军都头杨守立和李昌符争道，部下互相殴打。皇上派中使去谕令他们停止互殴，不能制止，当夜严整军队以作戒备。六月初七，杨守立率领士兵进攻李昌符，在大街上交战。李昌符的军队战败，退出京师守陇州，皇上命令扈驾都将领李茂贞进攻他。六月十二日，河中府偏将常行儒杀死他的主帅王重荣，推举王重荣的哥哥王重盈为兵马留后。六月十四日，太常寺礼院上奏说：“太庙的十一个祭室，和远祖庙的八个祭室，以及孝明太后等别庙的三个祭室，自从皇上的车驾第二次临幸山南道以后，全部都被烧毁，先皇的神主牌位失落。现在圣驾返回京师，应当首先修葺宗庙的神主，然后再回皇宫。”皇上便下诏，命修奉太庙使、宰相郑延昌承修。当时，宫室尚未修葺完毕，国力正处于困顿之中，来不及按照旧日礼制举行祭祀大典，郑延昌请求暂时以少府监的大厅作为太庙。太庙共十一个祭室、二十三间，每间十一架，现今的少府监有五间，希望能够增造成十一间，以具备十一个祭室的数目。皇上的敕命说“：敬依典章礼仪制度执行。”
七月初一，陇州刺史薛知筹，以陇州城投降了李茂贞，官军便占据了陇州，将李昌符、李昌仁等斩首，把首级传送到皇上驻跸的地方。七月初五，决定任命武定军节度使、检校尚书左仆射，兼洋州刺史、御史大夫、上柱国、陇西郡公，食邑一千五百户李茂贞为检校司空、同平章事，兼凤翔尹、凤翔陇右节度使。
九月初一，淮南节度使高骈被他部下的偏将毕师铎杀害。杨行密急攻广陵，蔡州贼将秦宗权派他的部将孙儒率领三万名士兵渡过淮河争夺扬州，扬州城内粮食断绝。
十一月，秦彦、毕师铎突围投奔到孙儒的军营中，杨行密占领了扬州。秦彦引导着孙儒的士兵攻打广陵，杨行密派遣使者向朱全忠求援。决定任命朱全忠为检校太尉、侍中，兼任扬州大都督府长史，充任淮南节度使、观察使、行营兵马都统。汴州将领李..率领军队到淮口以援救杨行密。
十二月初一，东川节度使顾彦朗、壁州刺史王建组成五万联军进攻成都，陈敬王宣向朝廷告急，皇上下诏，命中使向他下达谕旨。
文德元年(888)春，正月初一，皇上的车驾到达凤翔。决定追赠已故凤翔陇右节度使、观察处置使、检校司徒、同平章事，兼凤翔尹、上柱国、荥阳郡开国公、食邑三千户郑畋为司徒，追加谥号为文昭。蔡州贼将孙儒在高邮将秦彦、毕师铎斩首。
二月初一为己巳日。二月十四日，皇上的车驾从凤翔抵达京师。魏博军人发生动乱
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