听说太原方面起兵才罢休，留下士卒宿卫皇宫而离去。五月十六日，把均州司户孔纬、绣州司户张浚都贬职为太子宾客。任命翰林学士、户部侍郎、知制诰陆..为兵部侍郎，是暂时充任之职。
六月初一，任命京兆尹、嗣薛王李知柔兼任户部尚书、署理度支使，兼任诸道盐铁转运使等。六月初六，任命太子宾客孔纬为吏部尚书，不久又恢复其开府仪同三司、署理司空、门下侍郎、同平章事、弘文馆大学士、太清宫延资库使、上柱国、鲁郡开国公之职，食邑四千户，实封食邑二百户，并授予“持危启运保..功臣”的尊号。当时孔纬在华州，随即因太原军来到而停止赴京。命太子宾客张浚再任光禄大夫、署理兵部尚书、上柱国、河间郡开国侯，食邑二千户。张浚在长水，也不前去京师。再次任命王抟为中书侍郎、平章政事。
七月初一，李克用率领全军渡过黄河，以讨伐王行瑜、李茂贞、韩建等举兵入宫的罪行。七月初五，同州节度使王行实放弃州郡进入京师，对两军中尉骆全权、刘景宣说：“十万沙陀军到了，请让我迎奉皇上的车驾临幸..州，有城垣可以据守。”当时刘景宣依附凤翔李茂贞。七月初八夜间，李阎圭和刘景宣的儿子刘继晟、同州节度使王行实一起放火，抢劫东市，请求皇上出走。皇上听说发生动乱，登上承天门，派遣诸侯王率领禁军抵抗他们。捧日都头李筠率领本军的士卒侍卫城楼上的皇上。李阎圭派遣凤翔的兵卒进攻李筠，弓矢射到了皇上御座所在楼房的门扉上。皇上害怕，下楼和亲王、公主、宫人共几百人临幸永兴坊李筠的军营中。扈跸都头李君实率领人马接踵而来，就和李筠一起，两都的士兵侍卫着皇上出启夏门，憩息于华严寺，以等待随后来到的宫人。当天晚上抵达莎城镇。京师的官员、百姓跟随皇上出走的有几十万人，等走到南山的谷口时，受暴热中暑而死的有三分之一。天快黑的时候又被强盗抢劫，恸哭的声音震动山谷。暂时授命京兆尹李知柔掌管中书省事务，并担任随驾置顿使。宿了两夜，宰相徐彦若、王抟、崔胤三人来到，皇上便移住到石门镇的佛寺中。于是命令署理枢密使刘光裕、薛王李知柔回京师去安排一切，集合禁军以准备宫中防卫。七月十一日，李克用派遣偏将阎谔奉上表章前来慰问，奏报说军队停驻在河中，等候皇上进退的动静再派兵前往..州。七月十二日，皇上派遣内官张承业到李克用军中发布诏令，即命他监督太原行营的兵马，出发前往新平。又命内官郄廷立到泾州传达诏命，命令张钅番派遣泾原的军队和李克用的军队会合。皇上在南山半个多月，李克用仍然在河中府，没有到达渭北。皇上害怕凤翔李茂贞的兵卒劫持他转移到别的地方去，便命令延王把御服、鞍马、玉器等带到河中府去，对李克用宣布圣命说：“朕因为遭到刘景宣、骆全馞、王行实、刘继鹏内外勾结的奸谋，他们在两宫放纵士卒作乱，转眼间燃起烟尘，到处抢劫杀戮。我偶然摆脱了兵刃的锋芒，便乘上车辇出走，所临幸的地方，只在京师的近郊。因为知道你统率着强大的军队驻扎在蒲坂地方，因而多次飞马传下诏书，接着又派遣使臣前往。希望你以社稷为忧，以君亲为念，必定会考虑、响应朕的征召，急速商讨恭奉君命的行动。谁知道时间快到两旬，你的表章还没有来到，使朕感到十分忧急，睡觉、进食都不安。莫非是因为忠义之心和你负疚的心情不能相切合，或者是路途上有什么阻滞？如今专门派一名亲信，以便恳切地托付勋将贤臣，故而派延王李戒丕、丹王李允和供奉官王鲁行等宣示朕的旨意。你应当立即督率雄兵，直接前往..州、凤翔，扫平妖孽的巢穴，以拯救国家的危局，这是朕所希望于你的。”
八月初一，延王到达河中府，李克用已经派遣前锋抵达渭北，又命令史俨率领五百名骑兵前往皇上驻跸处侍卫圣驾。八月初五，李克用亲自到达渭桥寨。八月初九，在梨园杀死..州军的几千名士卒，俘获其大将王令陶献给朝廷。皇上又下诏，令..州节度使李思孝率领本军讨伐贼军。八月十三日，决定任命河东节度使、开府仪同三司、暂署太师、中书令、兼太原尹、北都留守、上柱国、陇西郡王李克用为..宁西面行营都招讨使。以夏州节度使李思谏充任..宁东北面招讨使，以泾原节度使张钅番充任..宁四面招讨使，以河中节度使王珂充任行营供军粮料使。李茂贞听到之后很恐惧，杀死李阎圭、武秃子，将他们的头颅传送到皇上驻跸处，奉上表章请罪。八月十七日，决定削夺王行瑜现任的官职爵位。改授李克用为..宁四面行营都统。他的大将盖寓、李存信、阎谔，判官王让、李袭吉等，都颁发诏令给予赏赐。又任命河中府都监袁季贞充任..宁四面行营兵马都监押。八月十八日，李克用派儿子李存贞奉表章到皇上驻跸处，请求皇上的车驾返回皇宫。皇上下诏回答说“：昨日延王返回，说你忧虑时局，体察国情，坚守礼仪，表达忠诚之心。在接待中，应对举止都尽到了为臣的节操。你完全理解了我的肺腑之言，体察了我所给予的恩遇荣宠，冷静地思索你尊奉人主的心意，果然合乎知遇之臣的本分。我想选取本月二十四日再返回都城，希望亿万百姓能得到安宁，依靠着我有如长城一般的勋劳德行，迅速实现剪灭、扫荡贼臣的谋略，以宽慰黎民百姓的愿望。”八月十九日，又令延王传布诏令，命令李克用派三千名骑兵前往三桥屯驻，以准备皇上返回皇宫。八月二十七日，皇上的车驾回到皇宫。八月二十八日，司空、门下侍郎、平章政事、监修国史、诸道盐铁转运使崔昭纬停止执掌政务，任太子宾客。任命河中兵马留后王珂为检校司空，兼任河中尹、御史大夫，充任护国军节度使、河中晋绛慈隰等州观察使；任命幽州兵马留后刘仁恭为检校司空，兼任幽州大都督府长史，充任幽州卢龙军节度使、监押奚契丹两蕃使等；已故左军中尉杨复恭被追授为开府仪同三司、魏国公。这都是服从李克用所奏请而决定任命的。
九月初一为甲寅日。九月初三，决定由光禄大夫、署理尚书左仆射、门下侍郎、同平章事、监修国史、上柱国、东莞郡公徐彦若任司空、门下侍郎、同平章事、太清宫修奉太庙等使、弘文馆大学士、延资库使，充任诸道盐铁转运使等。决定由正议大夫、中书侍郎、同平章事王抟任金紫光禄大夫，兼礼部尚书、集贤殿大学士，执掌户部事务。均赐予“扶危匡国致理功臣”的尊号。九月初十，司空、门下侍郎、平章政事、太清宫修奉太庙等使、弘文馆大学士、延资库使、上柱国、鲁郡开国公孔纬去世，追赠太尉职衔。
十月初一，朝廷的军队在梨园寨击败贼军，俘获、斩杀的敌军数以万计，因此王行瑜只得据城固守。十月初四，决定赦免在押的囚犯，敕令节录的文字说：“有的人担当的责任像柱石一样崇高，地位像宰辅一样重要，或者把军权托付给他，或者让他参与机密。然而竟因为遭到多次诽谤，终至于落下祸国的罪名，想到我那众多的善良百姓，叹息他们死于非命。凡属大顺年以来没有罪过而被强行削除官职的，都应当恢复官职、资历。其中杜让能、西门君遂、李周潼以下的官员，都给予昭雪平反，赐还他们原来的爵位待遇。韦昭良不久以前居于宰相之位，屡次拓展宰相的事业，王行瑜强求尚书令的官职，只有他能压抑这种无理的要求，以致蒙受沉冤，估计就是由这件事引起的。李石奚的文章宏阔富赡，远远超出其同辈人，竟然因为朋党的嫌隙，被排挤到死地，凡是有识之士，谁能不叹息呢！应该同时为他们昭雪洗刷，仍旧恢复原来的官职爵位。”又敕令：太子宾客崔昭纬贬职为梧州司马；水部郎中、知制诰刘崇鲁贬职为崖州司户。又下诏给..州行营都统说：“..州节度副使崔钅延，在攻破贼军时不要让他漏网脱逃。崔钅延和崔昭纬去年结成朋党，和王行瑜来往勾结。构成祸胎，本来就是由于这个奸贼。交付给四面行营知其原委。”当月四个方面的军营在..州大会师。
十一月初一为癸丑日。十一月十日，王行瑜和他的妻子，以及部下五百多人突围出逃，到达庆州，王行瑜被其部下杀死。连他的家属在内共二百人，一起到军营去请求投降，李克用派偏将阎锷把他们献给京师。
十二月初一，昭宗驾临延喜门接受战俘，百官在楼前表示祝贺。决定任命李克用暂署太师、中书令，晋封为晋王，食邑九千户，改赐“忠贞平难功臣”的尊号。当月李克用班师返回太原。决定：皇上第三子李臿封为棣王，第五子李禊封为虔王，第六子李..封为沂王，第七子李礻韦封为遂王。
乾宁三年(896)春，正月初一，决定任命特进、户部尚书、兼京兆尹、嗣薛王李知柔为检校司徒，兼任广州刺史、御史大夫，充任清海军节度使、岭南东道观察处置使。任命尚书右丞崔泽为凤州刺史。魏博节度使罗弘信在莘县击败太原军。此前，兖州、郓州向太原的李克用求救，李克用命令藩将史完府、何怀宝等率一千名骑兵前往。太原军在莘县战败后，李克用又命令大将李存信屯驻在莘县，魏州人经常借走这条路，而李存信约束军队不严格，有时候侵扰魏州的百姓。罗弘信发怒，设伏兵袭击李存信，李存信的军队夜间中伏崩溃。从此罗弘信和南面的梁州结好，而与太原绝交，至此兖州、郓州都陷入罗弘信手中。
二月初一，决定任命通王李滋为开府仪同三司，掌管侍卫及各道的军事。任命银青光禄大夫、户部尚书、嘉兴县子、食邑五百户陆..为兵部尚书。
三月初一，任命考功员外郎、集贤殿学士杜德祥为工部郎中、知制诰。
四月初一，湖南军队发生动乱，杀死他们的主帅刘建锋，三军拥立他的部将暂署邵州刺史马殷为兵马留后。镇海军节度使钱霮进攻越州，攻陷该城，将董昌处斩，平定了浙东。决定加授钱霮为检校太尉、中书令。
五月，贬职为梧州司马的崔昭纬被赐予自尽。决定金紫光禄大夫、户部尚书、门下侍郎、平章政事、监修国史、上柱国、太原郡开国公王抟担任检校尚书左仆射、同平章事，兼任越州刺史，充任镇东军节度使、浙江东道观察处置使。
六月初一，李克用率领沙陀、并州、汾州的部众五万人进攻魏州，抵达魏州的外城，大肆劫掠其属下的六个郡，攻陷成安、洹水、临漳等十几座城池，这是为了报莘县兵败之仇。凤翔节度使李茂贞怨恨朝廷讨伐朱玫，停止向朝廷进贡，策划着要进犯宫阙；皇上命令覃王整治军队以等待变乱。当月，李茂贞奉上表章，请求率军入朝觐见皇上。皇上命令通王、覃王、延王分别统领安圣、振宸、保宁、宣化等四军，以保卫京师附近地区。六月十七日，李茂贞的凤翔军进犯京师附近地区，覃王在娄馆抵抗敌军，接战失利。
秋，七月初一为庚辰日。七月十三日，岐州的军队逼近京师，诸侯王率领禁军护卫皇上的车驾准备前往太原。七月十四日，皇上停驻在渭北。华州的韩建派他的儿子韩充奉上表章问候皇上的日常生活起居情况，请求皇上到华州驻跸，于是授予韩建京畿都指挥使、安抚制置使、催促诸道纲运使等职。皇上下达给韩建的诏令说“：一开始出发上路就已经在河东，如今暂时到....去。”七月十五日，皇上驻跸于富平。韩建前来朝见皇上，流着泪奏道：“藩臣倔强不服从朝廷，不止李茂贞一人。虽然太原李克用的军队来救援皇上，还是不宜于到太原去。我所镇守的藩镇，控制、扼守着关内畿辅地区，兵力虽然微少，足以巩固自身。陛下如果轻易放弃京师附近的地方，到极远的边塞地区去，离开了先帝的陵墓和宗庙，难道不痛心吗？丧失了朝廷的金城汤池，也不是好的办法。如果圣驾渡过黄河，必定难以恢复。决策如果不正确，后悔就来不及了。希望陛下暂时留驻在三峰，以图恢复。”皇上也流着眼泪说“：我拿李茂贞没有办法，在气愤中想不到事情的困难，你的话是对的。”七月十六日，皇帝在下圭阝停留。七月十七日，皇上驻跸在华州，以署衙作为行宫。当时岐州的军队进犯京师，宫室和市场被糟蹋得只剩一片灰烬，自中和年以来修理建造的成就，全都一扫而光了。七月二十六日，决定任命金紫光禄大夫、中书侍郎、兼礼部尚书、同平章事、集贤殿大学士、掌户部事、上柱国、博陵县开国伯崔胤为检校尚书左仆射，兼任广州刺史、御史大夫，充任清海军节度使、岭南东道观察处置使。七月二十七日，决定任命翰林学士承旨、尚书左丞、知制诰、嘉兴县开国
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