七月，青州署理海州事务的将领牛从毅带领着全郡人投向淮南，杨行密便据有了海州。
十一月，陕州的衙将朱简杀死李..，自称为陕州留后，投降汴州。朱全忠上表任命朱简为陕州主帅。
光化三年(900)春，正月初一，任命礼部尚书裴贽为刑部尚书。正月十四日，朱全忠上奏说：“我的本籍宋州砀山县，承蒙皇上的恩典升格为辉州，这地方低洼潮湿，难以修建房舍，请把辉州的治所迁移到单父县。”皇上允准，并将辉州赐号为崇德军。
四月初一，汴州、魏州合军进攻沧州，以报复侵入外城的那一战，葛从周连续攻陷沧州、德州的郡县，王..派遣使者和朱全忠和解，又令刘仁恭和朱全忠修好，汴州和魏州的军队班师返回。五月十四日，皇后、太子参谒九庙。
六月初一，朱全忠上表奏称陕州兵马留后朱简为乡里同宗，改名为朱友谦，请求朝廷实授节旄斧钺。皇上允从。
六月十二日，将特进、司空、门下侍郎、平章政事，监修国史王抟贬职为崖州司户，不久即在蓝田驿将其赐死，枢密使宋道弼、景务修也一起赐死。他们受到崔胤的诬陷，说他们三人在朝内外互相勾结。
七月初二，兵部尚书刘崇望去世，追赠为司空。七月初九，兵部郎中薛正表担任右谏议大夫。任命许州刺史朱友恭为检校司徒、颍州刺史；任命左武卫将军赵霖为检校左仆射、许州刺史；任命宣武军押衙刘知俊为检校右仆射、郑州刺史，这都是依朱全忠的上奏而任命的。七月二十三日，决定任命武贞军节度使、澧州朗州叙州等州观察处置使、开府仪同三司、检校司徒、同平章事、朗州刺史、上柱国、冯翊郡开国侯、食邑一千五百户雷满为检校太保，封授冯翊郡王，其余官职照旧。封授武泰军节度使、黔中观察处置使、光禄大夫、检校尚书左仆射、黔州刺史、御史大夫、上柱国赵崇为天水县开国子、食邑五百户。七月二十五日，决定昭义军节度留后、光禄大夫、检校司空、上柱国孟迁担任检校司徒，兼任潞州大都督府长史、充任昭义军节度副大使，执掌节度使事务、潞州磁州邢州氵名州等州观察处置使，并封为平昌县男、食邑三百户，这是依从李克用的上奏而决定的。任命金紫光禄大夫、暂署兵部尚书、上柱国、乐安郡开国公、食邑一千五百户孙储暂署兵部尚书，兼任京兆尹。七月三十日，决定“忠烈卫圣镇国功臣”、剑南西川节度副大使、执掌节度使事务、辖区内营田使、观察处置使、统押近界诸蛮使、兼任西山八国云南安抚制置使、开府仪同三司、检校太尉、中书令、成都尹、上柱国、琅笽郡王、食邑三千户、实封一百户王建兼任剑南东川、武信军两道都指挥制置使，加授食邑一千户，其余官职照旧。这是因为当时王建攻破了顾彦晖的梓州，兼并了东川的洋州、果州、阆州等州的缘故，又任命忠义军节度使、山南东道辖区内观察处置使、三司水陆发运使、开府仪同三司、检校太尉、中书令、兼职襄州刺史、上柱国、南平王、食邑三千户赵匡凝署理检校太师，兼任中书令，加授实封食邑一百户。
八月初一，朱全忠上奏章说：“原先把汝州割属于许州，希望退还给东都管辖。河阳府原先管辖泽州，现在由于被蕃戎外族占据，回归和失控没有一定，希望暂时把河南府的王屋、清河、巩县三个县划属河阳府。”皇上依从。八月初八，决定“忠贞平难功臣”、河东节度使、辖区内观察处置使、开府仪同三司、暂署太师、兼中书令、北都留守、太原尹、上柱国、晋王、食邑九千户、实封食邑七百户李克用加授实封一百户。八月十二日，任命朝请大夫、虞部郎中、知制诰、上柱国、赐紫金鱼袋颜荛为中书舍人。八月十四日，决定前归义军节度副使、暂署兵马留后、银青光禄大夫、检校国子祭酒、监察御史、上柱国张承奉为检校左散骑常侍，兼任汝州刺史、御史大夫、充任归义军节度使、瓜州沙州伊州西州等州观察处置使、押蕃落使等。八月二十五日，太原军大将李嗣昭进攻氵名州，攻了下来，擒获汴州将领朱绍宗。汴州将领葛从周率军前往增援，李嗣昭放弃氵名州而离去。葛从周在青山口拦击李嗣昭，太原军大败，葛从周乘胜进攻镇州。八月二十七日，决定荆南节度使、忠州万州归州夔州涪州峡州等州观察处置使、水陆催运使、开府仪同三司、检校太尉、兼职中书令、江陵尹、上柱国、上谷郡王、食邑三千户成..担任检校太师、中书令，其余官职仍和原来一样。八月二十九日，决定“扶危匡国政理功臣”、特进、署理尚书左仆射、兼职门下侍郎、同平章事、监修国史、暂掌度支事务、上柱国、清河郡开国公、食邑二千户崔胤担任开府仪同三司，晋封为魏国公，并加授食邑一千户，其余官职仍和原来一样。
九月初一，朱全忠率领三镇的军队进攻镇州，王..心中恐惧，派遣判官周式、副大使王昭祚、主事梁公儒的子弟到汴州去做人质，并献出犒赏军队用的十五万匹绢，请求订盟和解，朱全忠允许了他。张存敬便从深州、冀州进军，进攻瀛州、莫州，攻破了二十个郡县，因大雨道路泥泞而受阻，不能到幽州。便向西前进，攻陷了祁州，在沙河北面把中山州将领王处直的军队打得大败，进驻于怀德驿。于是又进攻定州，节度使王郜逃奔太原，亲军衙将王处直杀死孔目官梁汶，献出二十万匹绢请求订立和约，得到朱全忠允许。朱全忠便任命王处直担任义武军节度留后。九月二十日，决定“扶危匡国致理功臣”、开府仪同三司、署理太保、兼门下侍郎、平章政事、充任太清宫使、修奉太庙使、弘文馆大学士、延资库使、诸道盐铁转运使、上柱国、齐国公、食邑五千户、实封食邑一百户徐彦若担任检校太尉、同平章事、充任清海军节度使、岭南东道辖区内观察处置使、供军粮料使等。九月二十一日，决定光禄大夫、中书侍郎兼吏部尚书、同平章事、充任集贤殿大学士、执掌户部事务、博陵郡开国公、食邑二千户崔远停止执掌政务，暂署本职。九月二十三日，决定左仆射、门下侍郎、平章政事、监修国史、执掌度支使事务崔胤充任太清宫使、修奉太庙使、弘文馆大学士、延资库使，仍旧掌管度支使事务，兼充诸道盐铁转运使。由光禄大夫、中书侍郎、兼职户部尚书、同平章事、上柱国、吴郡开国公、食邑一千五百户陆..担任门下侍郎、户部尚书、监修国史。任命正议大夫、署理刑部尚书、上柱国、河东县开国男、食邑三百户、赐紫金鱼袋裴贽为中书侍郎，兼任刑部尚书、同平章事，充任集贤殿大学士。任命银青光禄大夫、暂署尚书吏部侍郎、上柱国裴枢为中枢侍郎、同平章事，执掌户部事务。九月二十六日，革去光禄大夫、尚书右仆射、租庸使张浚的租庸使之职，暂时署理本官。
十月初一为乙卯日。十月初七，任命前清海军节度副使、朝散大夫、检校左散骑常侍、御史大夫、上柱国王溥署理左散骑常侍，充任盐铁副使。十月二十九日，决定任命保义军节度留后、银青光禄大夫、检校户部尚书、兼御史大夫、上柱国朱友谦为金紫光禄大夫、检校尚书右仆射，兼任陕州大都督府长史、御史大夫，充任保义军节度使、陕虢观察处置使。
十一月初一为乙酉日。十一月初六，左右军中尉刘季述、王仲先废掉昭宗，把他囚禁在东内的问安宫，请求皇太子李裕监国。当时昭宗把执政的权柄委托给崔胤，崔胤依仗着朱全忠的帮助，逐步压抑宦官。而皇帝从华州回到皇宫以后，颇在游猎和饮酒方面放纵自己，喜怒无常，自从宋道弼等得罪被处死后，宦官们特别害怕。这一天，皇上在苑中行猎，酒醉得厉害，当天夜间，亲手杀死几名宦官和宫女。初六这天，已经到辰时和巳时，寝宫的门还没有打开。刘季述到中书省去对宰相崔胤说“：宫中一定发生了什么意外的事，做臣子的怎么能坐视不管呢？我们是内臣，可以根据具体情况自行处置。”便带了一千名禁军把门打破进去了，问内宫的人，探悉了昨晚发生的事情。刘季述等就出来和宰相商量说：“皇上的行为像这样，不是一个能保全社稷的君王，废除昏君，拥戴明皇，是有先例可循的，这是有关国家存亡的大计，不是谋逆作乱。”即把百官召来，出具文状签名，崔胤等不得已被迫签了名。刘季述、王仲先和汴州的进奏官程岩等十三人请求陈述事由，陈述完毕，刘季述上殿以罪臣身份听候处理，左右军的将士齐声高呼万岁，于是突入宣化门，走到思政殿便开始杀人，一直进到乞巧楼下，皇上忽然看见士兵来到，惊得从床上跌了下来，爬起来想走，刘季述、王仲先把他扶起来让他坐着。何皇后立即出来拜见他们说“：将军们护着官家，不要让他吓着了，有什么事听取将军们的商量。”刘季述便拿出百官们一起签名的文书，说：“皇上倦于治理国事，朝廷内外官员们的情绪都希望由太子监国处理国政，请陛下在东宫颐养天年。”皇帝说“：我昨天还和你们在一起高兴地喝着酒，不知不觉喝多了，哪至于到这个地步呢！”皇后说：“圣上就按他们这几位将军说的话办吧。”于是就当着皇帝的面取出玉玺交给刘季述，当时皇帝和皇后就共乘一辆车，和平时侍从左右的十几个宫人前往东宫去了。进宫之后，刘季述亲手把宫院的门锁上，每天只从窗户中把装着食品的食器送进去。当天，把太子迎来监国，假传昭宗的圣旨称昭宗为太上皇。十一月初十，宣布太上皇的决定，由太子登基即皇帝位，宰臣、百官、各方镇都晋封爵位，增加俸禄，又赠给百官白银一千五百两、绢一千匹、绵一万两，以作为接济，这都是刘季述为了讨好朝臣们而做的。当时朱全忠在定州军营中，崔胤和前左仆射张浚一起向朱全忠报告变乱，请求他率兵前来问罪，朱全忠即从军营返回大梁。
十二月初一为乙卯日。十二月二十九日夜间，前来护驾的盐州都将孙德昭、周承诲、董彦弼率军进攻刘季述、王仲先，杀死了王仲先，提着他的脑袋来到东宫门口，大叫道：“反贼王仲先已经被斩首了，请陛下出宫来慰问、告谕士兵。”宫人打坏了锁钥，皇上和皇后才得出来。
天复元年(901)春，正月初一，昭宗重新恢复帝位，登上长乐门城楼，接受百官朝贺。朝班还没有退，孙德昭擒获刘季述来到楼前，皇上正要质问斥责他，刘季述已经被乱棒打死，便把他的尸体陈放在大街上。正月初二，决定任命孙德昭为检校司空，充任静海军节度使。正月初三，宰相崔胤晋封勋位为司空。正月初六，朱全忠对程岩加械具，折断双足，用囚笼押送到京师，在街市上处死。决定把皇太子李裕降为德王，改名为李..。正月初七，决定任命孙德昭为安南节度，检校太保周承诲为邕州刺史、邕管节度使、经略使，任命董彦弼为容州刺史、容管节度使等，并任检校太保、同平章事。将神策军使李师虔、徐彦回处死。皇上敕命说：“我即皇帝位以来，已经有十四年了，总是仰慕皇天爱护生灵的德行，从来没有以杀戮为快乐的心肠。不久前刘季述等幽禁羞辱我，逼我威胁太子。李师虔是逆贼亲厚的心腹之人，被他们选到东宫来主持卫戍，我的举止呼吸，都要让他侦察窥伺。每当我有什么需求索取，都不供给、奉承。需要纸笔就害怕我做诏书，索取锥刀就担心我用作武器，对我进行各种各样的凌辱。连出入宫禁的人都要进行搜查。我所穿的衣服，白天穿着，晚间脱下来洗，天寒地冻的日子，寒冷的痛苦难以忍受。妃嫔和公主们，连被褥都很缺乏。一点赋钱都不送进来，一尺一寸的衣料都难求。六个人都是同一主张，五个人都施逞着自己的威势。如果要列举他们的罪状，那是笔墨所难以穷尽的，如果允许他们的生命保全，那就是枉法，应当全部处斩。”当时朱全忠既已使河朔等三个军镇降服，便想要图谋王室，实行篡位取而代之的阴谋，但因为李克用在太原，害怕他和自己相争。当月，朱全忠命令大将张存敬率领三万名士卒，从含山出发袭击河中节度使王珂。晋州刺史张汉瑜、绛州刺史陶建没有料到贼军会来到，城池的防守没有准备，都带着全郡投降了。张存敬便转移军队去包围河中，王珂向太原李克用求救，李克用无法救援，王珂就据城对张存敬说：“我和汴王有旧交情，等汴王到了我就投降。”
二月初一为甲寅日。二月十五日，朱全忠抵达河中，便把王珂和他的哥哥王王..、弟弟王瓒全家都迁到汴州去，命令张存敬镇守河中。当月，决定任命朱全忠为检校太师、署理中书令，并晋封为梁
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