孔纬字化文，山东曲阜人，是孔子的后代。他的曾祖孔岑父，最后官位为秘书省著作佐郎，是谏议大夫孔巢父的哥哥。祖父孔癸戈，最高官位是礼部尚书。父亲孔遵孺，最终官职为华阴县丞。
孔纬少年时已成孤儿，依靠同宗族的叔伯孔温裕、孔温业；他们都官居方镇，与有名望的人士交往，因而孔纬的名声身世早已显扬。宣宗大中十三年(859)，中进士，初入仕途任秘书省校书郎。崔慎由镇守梓州时，征召他为从事官。又随从崔铉任扬州支使，得到协律郎的职务。崔慎由镇守华州、河中，孔纬都随从他，历任观察判官。宰相杨收奏请朝廷授予他长安尉官职，代理弘文馆职务。御史中丞王铎奏请委任他为监察御史，后转任礼部员外郎。宰相徐商奏请孔纬兼任集贤院直学士，改任考功员外郎。因母亲去世守丧，免去官职。守丧期满，入朝任右司员外郎。宰辅大臣赵隐赞赏他善于写文章，举荐他为翰林学士，后转任考功郎中、知制诰，被赐予标示五品以上官阶的绯色官服。被授予正职中书舍人，晋升官职至户部侍郎。孔纬进宫谢授官之恩时，皇帝当面赐给他标示三品以上官阶的金鱼袋、紫色官服。僖宗乾符年间(874～879)，孔纬被免去学士职位，调出宫廷任御史中丞。孔纬为人正直，嫉恶如仇。由他掌握法纪后，朝廷内外不施加刑罚而纲纪整肃。此后历任户部、兵部、吏部三部侍郎。他主管诠选官吏事务，一举一动都严守法令。权臣势要向他托情，私下给他的书信堆满案几，他从不去看。执政大臣感到恼怒，将他改任为太常卿。
黄巢造反，孔纬随僖宗去到蜀州，改任刑部尚书，兼管户部事务。宰辅大臣萧遘在翰林院时，与孔纬感情意见不融洽。到这时，借户部征收财物供给需用不足，萧遘将孔纬改任为闲散官员，担任太子少保。光启元年(885)，孔纬随僖宗返回京都。
这时，田令孜率领的军队作战失败，沙陀军逼近京都长安，僖宗迁移到凤翔，..州主帅朱玫领兵前来迎接僖宗。田令孜挟制僖宗到山南道。时值半夜出行，百官来不及随从，因而随从僖宗的门下省卫士仅数百人而已。僖宗停驻在宝鸡，等候赶来随从的百官，下诏委任孔纬为御史大夫，派宦官传达诏令，让孔纬率领百官赶赴皇帝出行的所在地。这时京都已发生重大紧急变化，随从护驾的官吏到周至时，全部遭到乱兵的抢劫，财物服装丢失殆尽。孔纬奉命去见宰相议事，萧遘、裴澈因为田令孜在皇帝身边，不想随行，推辞有病不见孔纬。孔纬差遣御史台吏员催促百官上路，群臣都以没有了朝服笏板为借口拒绝。孔纬把他们无可奈何，于是召集侍御史、殿中侍御史和监察御史对他们说：“我们身受国恩，担任法纪官职。虽然皇上的车驾行走急迫，但皇帝现已近在咫尺，屡次下诏催召前往，大家都不接受命令，这不是做臣子的应有行为。所有平民中的故交，遇到危急的事尚且相互救助，更何况是对待君主？出仕为官就该以死报效君王，怎么可以违背君主呢？”说得声泪俱下。三院的御史们说：“我等哪里是不留恋皇上呢？只是在周至遭到抢劫后，所剩下的东西，吃都不足。现在怎样出发上路？姑且容我们谋得一天的费用，等过两天就启程。”孔纬激动地说：“我的妻子身患重病，性命朝不保夕，大丈夫难道因为妻子生病的缘故，而怠慢君主的急务吗？诸位明公好好想想，我奉旨前往已经定了。”
当天孔纬就去见李昌符，求告说：“皇上一再下诏，让我催促百官进发。可是看他们诸位的心意，还没有上路的准期。我愧列御史、诠选官位，不应行动在后。一路上多有梗阻，恳望明公借给我五十名骑士，将我送到陈仓。”李昌符很赞赏他，对孔纬说：“沿途没有设置专供军用的饮食馆所和驿站，你长途远行的粮食备办了吗？”于是送给他钱五十缗，派骑士护送孔纬到达大散关。孔纬料定朱玫必定心怀不轨之志，向僖宗进言说：“大散关是个小城，不适宜驻扎皇帝军队，请皇上立即去梁州。”次日，僖宗离开陈仓，刚刚进入梁州(兴元府)城关，朱玫率领的..州、岐州军队就包围了宝鸡，攻打大散关。不是孔纬进言就危险了。
抵达褒中，孔纬改任兵部侍郎、同中书门下平章事，不久又改任中书侍郎、集贤殿大学士。王行瑜斩杀朱玫，平定京都后，孔纬迁任门下侍郎、监修国史。他随僖宗返回京都，停驻在岐阳时，孔纬晋级为特进，兼吏部尚书，并兼任诸道盐铁转运使。僖宗回到宫中，孔纬官职晋升为左仆射，被赐予“持危启运保..功臣”荣衔，封给他食邑四千户，实征赋税的食邑二百户，并被赐给享有特权的铁券，免除对他施行十项死罪法令的惩处；还赏给他天兴县的庄园和都城善和里的府宅各一处，兼任京畿营田使。
僖宗逝世，孔纬任山陵使。按照惯例，在僖宗附随祖庙祭祀期间，孔纬作为山陵使不入朝参谒新君。昭宗特派宫中使臣召回孔纬赴延英殿君臣见面，让他仍然处理政事，进加司空职衔。由于国学府失火被焚毁，昭宗让孔纬将其修缮复原，并兼国子祭酒。蔡州逆贼秦宗权伏法处死后，孔纬晋升官阶为开府仪同三司，晋升官位为司徒，受封为鲁国公。
十一月，昭宗祭天祭祖时，宦官担任的南、北
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