中央书院复学，1886年夏毕业。经喜嘉理介绍，进入美基督教长老会办的广州博济医院附属南华医学堂读书。孙中山在班里是高材生，他给同学的印象是：“聪明过人，记忆力极强，无事不言不笑，有事则议论滔滔，九流三教，皆共语。竹床瓦枕，安然就寝，珍馐藜藿，甘之如饴。”
孙中山以“洪秀全第二”自居，广交社会人士，他有余钱，便不论教师、学生、工人、商贩，都纳为朋友，在外聚餐，茶饭完毕，谈论国状危险，国人应群起自救。他两袋空空，便不出校门，或伏案读书，或与同学谈论时事。
有一位同学郑士良认为孙中山是位奇人，同他结交。郑士良，广东归善县（今惠阳县）淡水墟人，少有大志，常从乡中父老练习拳技，颇与邻近绿林豪侠及洪门会党相往还，渐具反清复汉思想。他十分钦佩孙中山，每当孙中山发表言论，他都细心倾听，听到会心处，不禁哈哈大笑。一天，孙中山问他：“你为什么不读书，不看报，整天游游荡荡？”
郑士良爽朗地答道：“我近来想，非有新思想的人不能成大事，所以我想找一个这样的人。我觉得你就是这样的人。”
从此，这对同窗成为莫逆之交。
1887年，孙中山转入香港西医书院读书。他在香港不出一二年，得革命同志3人。这3人是陈少白、尤列、杨鹤龄。4人皆志同道合，暇则放言高论，所谈者莫不为革命之言论，所怀者莫不为革命之思想，所研究者莫不为革命之问题，4人相依甚密，非谈革命则无以为欢，四座为惊，毫无忌惮。起卧出入，均相与偕，情胜同胞，因相结为一小团体，人称“四大寇”。
陈少白，广东新会县人，身长玉立，丰姿俊美，才思敏捷，诗文歌赋、琴棋书画无不精通，有“风流才子”之称。
陈少白经人介绍从广州来香港会见孙中山。孙中山见陈少白风度翩翩，心中非常高兴，同他谈了十分钟便说：“我们去逛逛公园吧！”
他们在植物园找了一个僻静的地方坐下，谈论时局，觉得投机，便有恋恋不舍之意。陈少白因家境日衰，想在香港半工半读。孙中山劝陈少白在香港学医。陈少白顾虑自己习性不近，不太愿意。孙中山干脆自作主张，替他报了名。
一天，陈少白来到孙中山宿舍谈天，正是谈得兴高采烈，孙中山忽然说道：“请你坐坐，教授来了，我要听课去，下课了，再回来同你谈天。”
过了一会，孙中山匆匆地跑回宿舍，对陈少白说：“康德黎博士请你见面。”
陈少白诧异：“我不认识他呀！”
“有事情才请你去。”孙中山含笑抓住陈少白衣袖，把他拉到教务长室。
康德黎博士见到陈少白，满脸笑容地说：“我们是很欢迎你的。”
陈少白不知发生了什么事，只得含含糊糊地回答说：“谢谢。”
待陈少白明白过来，正要埋怨孙中山不该强作主张，孙中山笑着说：“好了，你进来念书，大家可以多谈谈了。”
陈少白分在比孙中山低两级的班里久，他们两人结盟拜为兄弟。陈少白小孙中山3岁，为弟。
尤列，字令香，别字少绔，号小园，广东顺德县北水乡人，自幼好与洪门会党游，久有兴汉逐满之志。孙中山与他在广州相识。一天傍晚，孙中山同郑士良上街买荔枝，忘了带钱，吩咐小贩翌日前来学校取款，小贩不肯赊账，双方正在争执，尤列恰巧随同族叔、孙中山的校友尤裕堂到博济医院访友经过，尤裕堂代付了钱，然后一同回校。当晚，他们以水果当饭，边吃边谈，非常投机。孙中山同尤列从此经常来往，谈政治，结成好友。尤列在1890年从广州算学馆毕业后，来香港充任华民政务署司书记。
杨鹤龄，字礼遐，是孙中山同村人，比孙中山小2岁，他们自小就玩着长大。杨鹤龄后来入广州算学馆读书，与尤列同窗。他在广州与孙中山重逢相聚，自然更觉亲切。杨鹤龄毕业后也来到香港，住在父亲开设的“杨耀记”商店里，孙中山常常到“杨耀记”与杨鹤龄叙会。
孙中山觉得在西医书院谈论时政不便，就与杨鹤龄商量。杨决定在“杨耀记”内独辟一楼，作为朋友聚集交谈的地方。遇有闲暇，孙中山、陈少白、尤列、杨鹤龄四人便在这里聚会。碰上刮风下雨，他们4人干脆躺在一起，通宵达旦地畅谈，纵论天下大事，筹磋中国前途，抨击清朝的黑暗统治，提出“勿敬朝廷”的口号。孙中山说：“洪秀全未成而败，清人贬之为寇，而我们4人的志向正如洪秀全一样，那么，我们4人倒成了清廷的‘四大寇’了。”
“四大寇”的称号由此传播开来。
孙中山于1892年7月以全校之冠的优秀成绩毕业于香港西医书院，英国籍教务长康德黎发给他西医书院第一名毕业执照，并授予他医学硕士学位。
孙中山前往澳门镜湖医院任医师。几个月后，他自己开设了一间中西药局，单独行医。一些葡籍医生借口孙中山没有葡萄牙文凭，禁止他为葡人治病，不许各药房为其处方配药。孙中山便离开澳门，赴广州行医。
孙中山在广州西关开设东西药局和医务分所，同时还在香山石岐镇与人合股开设东西药局的支店。
孙中山行医，对贫者实行赠医赠药，一年仍然有1万多元的收入。他在金钱面前丝毫没有动摇改造中国的决心，他“借医术为入世之媒”，从事“医国事业”的活动，与社会各阶层人士广泛接触。孙中山常对人说“官僚生活中的乌烟瘴气，犹如死海上的浓雾一样。满政府既借苞苴科敛、卖官鬻爵以自存，则正如粪土之壤，其存愈久而其秽愈甚，彼人民怨望之潮，又何怪其潜滋而暗长乎！华人之被桎梏纵极酷烈，而其天生之性灵，深沉之智力，终不可磨灭。”
孙中山思考改造中国之策：要救国救民，就非要锄去恶劣的清朝政府不同。而要推翻清朝政府，决不是几人所能完成的。孙中山物色同志，把目光投向军队。广东水师广丙军舰年轻的管带程璧光患有胃病，找孙中山医治。孙见他是海军人才，估计以后必有大用，且他又是自己的好友程奎光的哥哥，有这一层关系，便决定结识程璧光“共任国事”。
孙中山对程璧光说：“你的病需要每天早晨到野外散步，呼吸新鲜空气，方可治愈。”
程璧光果真这么办了，孙中山陪他到郊外散步，借机谈天说地，批评时政，终于同程璧光结成朋友。
孙中山同陆皓东、郑士良、陈少白、尤列、杨鹤龄等旧友保持密切联系，又先后结交了左斗山、王质甫、魏友琴、程奎光、程璧光、程耀宸、周昭岳等志士。
1893年冬，孙中山考虑成立革命团体，他召集朋友们到广州雅书局内南园抗风轩秘密聚会，酝酿筹备成立一个以“驱除鞑虏，恢复华夏”为宗旨的“兴中会”组织。
他们开始行动。陆皓尔、尤列、周昭岳合资在顺德县北水乡创办兴利蚕子公司，作为联络会党的场所。
郑士良四处奔走，结纳会党，联络防营，门经既通，端倪略备。
但是，要立即组织武装暴动，推翻清廷，仅仅依靠十几个朋友，而这些朋友除程璧光、程奎光是海军军官外，其他人都是手无寸铁的书生。孙中山反躬自问：“秀才造反，三年不成”，此路不通。他转而把目光射向清朝政府中“识时务”的大臣李鸿章，如果李鸿章能够接受自己的主张，也未尝不可挽救贫弱的中国。
李鸿章当时担任直隶总督兼北洋大臣，是手握军政大权的汉族重臣，他经营“自强求富”的洋务及海军30多年。香港西医书院的康德黎博士称他是“中国之俾斯麦”。李鸿章曾通过康德黎向孙中山表示：“同意孙中山进京候缺。”
1894年1月，孙中山悄悄地回到了翠亨村，关起门来，用10天时间，埋头写了6000字的《上李鸿章书》。
孙中山在陆皓东的陪同下，从广州乘轮船前往上海。在那里，他们拜访了郑观应、王韬。郑观应立即给老友李鸿章的幕僚盛宣怀写了一封介绍信：
敝邑有孙逸仙者，少年英俊，曩在香港考取英国医士，留心西学，有志农桑生殖之要术，欲游历法国讲求养蚕之法；及游西北各省履勘荒旷之区，招人开垦，免致华工受困于外洋。其志不可谓高，其说亦颇切近，而非若狂士之大言欺世者比。兹欲北游津门，上书傅相，一白其胸中之素蕴。弟特敢以尺函为其介，俾其叩谒台端，尚祈进而教之，则同深纫佩矣。
孙中山和陆皓东兴冲冲地乘船赶到天津，盛宣怀正在天津筹办东征转运。
盛宣怀接到介绍信，在信封上手批：“孙医士事。”介绍孙中山等往见李鸿章。
李鸿章传出话来：“等打仗完了以后再见吧。”
上书改良成为泡影。
1894年夏秋，孙中山和陆皓东漫游京、津，以窥清廷之虚实。
在天津，他们“窥”到李鸿章的底细：李由于“军功”，在外国人的帮助下，镇压了太平天国革命运动，被提升为总督、大臣，被尊为傅相，成了清朝政府忠实的看家犬。李鸿章发财致富靠的是各级文武官员的供礼。这些官员携带敲诈勒索来的钱，蜂拥前来向他进贡以寻找提升的门路。
一位青年海军军官告诉孙中山、陆皓东：他不得不签署一个几吨煤炭的受货单，而这受货单是作为火药订单付款的。
他气愤不过而辞去了职务。
北京城内的政治之龌龊，百倍于广州，甲午战争即将爆发，国家危在旦夕，而清政府却热衷于筹备慈禧太后的60大寿。慈禧太后下令动用饷需和边防军费100万两，挪用铁路工程经费200万两，向各省和京内各衙门摊派强征290多万两，专供她挥霍。
孙中山和陆皓东这才觉醒，对腐败无力的清廷是无法用改良的办法挽救的。他们决定分头活动，创立兴中会，准备武装起义。
孙中山乘轮船到了檀香山，经过一个多月的努力，在1894年11月底建立了以“驱除鞑虏，恢复中国，创立合众政府”为宗旨的兴中会，吸收会员20多人。会员填写了入会盟书，由孙中山领导，举行了秘密宣誓仪式。选出刘祥、许直臣为檀香山兴中会正副主席。
檀香山兴中会派员到各埠扩展组织，在茄荷蕾埠建立了以孙眉为主席的兴中分会；孙盾又到百衣建立了以邓荫南为主席的兴中分会。檀香山在很短的时间内吸收会员130人之多。
孙中山又到了香港，召集陆皓东、陈少白、郑士良、杨鹤龄等人，讨论在香港建立兴中会组织事宜。
1895年2月，在香港建立了兴中会总机关，参加人数达几十人。为避人耳目，对外用“乾亨行”名义作掩护。
孙中山、陆皓东、郑士良、邓荫南赴广州秘密串连，设立了广州兴中会分会，陆续加入者达数百人，设立了起义机关。
孙中山筹集军费，令宋居仁、夏百子等20多人组织兵操队，聘请一位丹麦人为教官，进行军事训练。
孙中山打着行医的招牌，积极联络会党、绿林、游勇、防营、水师，兵谋举事。
他们奔走于港、粤之间，策划部署，在广州设立“农学会”作为掩护起义的机关，确定起义计划和起义后的具体政策。孙中山亲自担任军务，拟订攻取方略；陆皓东主持广州起义总机关工作，设计起义的旗帜——青天白日旗，决定在农历9月初9（10月26日）重阳节起义。
孙中山命杨衢云在香港负责筹措经费和购运军械等工作，经过半年多时间的活动，购买了600枝新式手枪。
孙中山派郑士良前往北江，联络英德、清远、花县一带会党；派李杞、侯艾泉联络香山、顺德各县绿休；又派人联络潮汕、惠州的会党和广州三元里的乡团。
他们在广州东门外咸虾栏张公馆、双门底圣教书楼后礼拜堂设立了机关和接待站，接纳往来志士，贮藏文件、武器；
在广州河南洲头咀设置由美国化学师奇列负责的炸弹制造所，组成了由陈清负责的炸弹队；还购置了两只作为运输工具的小火轮。
起义工作筹备甚周，声势颇众。孙中山提出公举一位会长领导广州起义。大家同意他的意见，便在10月10日召开兴中会会议，选举会长（也称总统）。结果孙中山当选。大家同他握手道贺，预祝起义成功。
孙中山当选了总统，决定回广州主持起义。他把银行里的存款、在香港的所有军械统统交给杨衢云负责，他们商定10月25日晚上由杨衢云率领三合会3000人搭夜船到广州，天亮上岸，立即发动起义。
过了一天，杨衢云忽然对孙中山说：“前天商议的
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