，阴谋叛乱，说萧宝卷派俞公喜送信给王肃，俞公喜南归时，王肃还让他带回南齐豫州刺史裴叔业的坐骑作为信物。元澄对此深信不疑，于是上书指控王肃谋反，立刻下令囚禁王肃。结果咸阳王、北海王联名上书，弹劾元澄擅自囚禁宰辅首相，于是元澄被免除官职，归家闲居。
不久，任命元澄为平西将军、梁州刺史。元澄以母亲年迈为由加以拒绝。朝廷又任命元澄为安东将军、相州刺史，又被元澄坚决拒绝。朝廷只好改授他为安西将军、雍州刺史。不久，调他前去主持秋季军事演习。任命他为都督淮南诸军事、镇南大将军、开府、扬州刺史。到任之后，修整孙叔敖的坟墓，捣毁了蒋子文的庙。频频上书请求南征，宣武帝元恪却不允许。元澄又以母亲年迈为由，请求解除扬州刺史的职务，然而辞呈却被压下，并未上报皇帝。不久，加授元澄为散骑常侍。
南梁将领张嚣之攻陷北魏夷陵戍，元澄派辅国将军成兴率步骑兵前往征讨，大破南梁军，收复夷陵戍，张嚣之逃走。元澄又派长风守将奇道显攻打南梁的阴山戍，攻破阴山戍，斩南梁守将龙骧将军、都亭侯梅兴祖。随机又攻克白槁戍，斩守将宁朔将军、关内侯吴道爽。元澄上表说：“梁武帝萧衍频频封锁东关，想让巢湖之水泛滥。巢湖方圆四百余里，东关与长江相距不过数十步，若敌人的阴谋得逞，湖水泛滥，则淮南地区的边防堡垒定会像春秋时的晋阳城一样，成为水岛泽国。而且吴楚地区水路交通便利，南梁军一面水灌一面舰攻，则淮南地区将不再属于我国所有。寿阳距长江五百余里，现已人心惶惶，深恐遭受水淹之灾。若顺从民众的心愿，趁敌人毫无防备时发动进攻，预先命令各州调集兵马，在初秋时大规模集结军队，那么南方的河流就会成为我们饮马的渡口，霍岭定会成为我们流连忘返的游玩之所，行事贵在随机应变，各项工作须及早进行。即使达不到统一天下的目的，至少可以确保长江以西地区的安全。若犹豫拖延，不及时征讨，敌人布好防线，决堤放水，平原地区的军民定会成为水中的鱼鳖。”于是宣武帝下诏，征发冀、定、瀛、相、并、济六州的二万士兵、一千五百匹战马，命令他们于中秋节齐集淮南地区，连同寿阳已有的三万兵马，全部归元澄指挥。
先前，朝中的舆论已有南征之意，于是朝廷任命萧宝夤为东扬州刺史，据守东城，任命陈伯之为江州刺史，驻守阳石，命元澄总督二镇，节制萧、陈二人。至此，北魏开始出兵南征。因为东关是水路要冲，大岘地势险要，若从东关决堤放水，则阳石、合肥首当其冲；若不占领大岘，则历阳可据险固守以待援军；淮陵是陆路枢纽，九山是水路枢纽，都应抢先控制。于是元澄派统军傅竖眼、王神念等进击大岘、东关、九山、淮陵，分别部署诸将，日夜兼程抢占各自的目标，而自己则统率大军主力相继进发。王神念连克关要、颍川二城，斩南梁军守将费尼。而南梁的宁朔将军韦惠、龙骧将军李伯由仍固守大岘。元澄派统军党法宗、傅竖眼等率军攻克大岘，进围白塔、牵城，数日之间，守军溃散。南梁清溪戍守军也望风而逃。南梁徐州刺史司马明素率三千人马驰援九山；徐州长史潘伯邻增援淮陵；宁朔将军王燮据险固守焦城。党法宗进克焦城，攻破淮陵，生擒司马明素，斩杀潘伯邻。南梁济阴太守王厚强、庐江太守裴邃随即弃城溃逃。宣武帝下诏给元澄说：“将军文德内显，武功外扬，奋力施展鸿图伟略，将荡平长江流域、吴越地区。大旗刚刚舒展，敌人便闻风丧胆，劲旅刚刚奔驰，便席卷了东关。料想江湖风平浪静，只在旦夕之间。所送被俘的敌军将领一事，大家都已知晓。”
先前，元澄率大军出征之后，南梁将领姜庆真向寿阳发动袭击，攻占寿阳外城，齐王萧宝夤将其击退。长史韦缵因此被撤职，元澄因领兵在外，没有受到牵连，于是率军进攻钟离。宣武帝元恪下诏说：“钟离如果绝粮，三月份以前本可攻克。若到了四月，淮河水位上涨，舟船畅通无阻，就应对此妥善考虑了。先前取得的胜利，全靠将军指挥有方，然而怎能战无不胜？如果因为水势盛大难以进取，也可施行万全之策，不要贪利冒进以致一事无成，追悔莫及。”南梁冠军将军张惠绍、游击将军殷暹、骁骑将军赵景悦、龙骧将军张景仁等率兵五千，向钟离运送粮食。元澄派统军王足、刘思祖等截击张惠绍等人所率援军，大破南梁军，生擒张惠绍、殷暹、张景仁及其屯骑校尉史文渊等二十七位将领。随后遇到大雨，淮河河水暴涨，元澄率领大军撤回寿春。撤退时狼狈不堪，损失兵力四千余人。元澄频频上书，请求解除扬州刺史的职务，宣武帝没有答应。有关部门指责元澄指挥不当，致使大军在撤退途中迷路，于是将元澄免去开府，连降三级。其时，梁武帝萧衍遣送被俘的北魏将士，请求换回张惠绍。元澄奏请朝廷加以拒绝，宣武帝元恪下诏，将此事交由八座会议商议。尚书令、广阳王元嘉等人奏请应予放还，于是宣武帝下诏允许张惠绍南返。后来，张惠绍果然再次率军侵犯北魏边疆。
朝廷改授元澄为镇北大将军、定州刺史。当初，定州民间有许多苛捐杂税，百姓苦不堪言，先后几任刺史均无法免除，元澄则多方减免百姓的捐税负担，得到定州民众的衷心拥戴。同时元澄又公布升降赏罚的施行办法；上表朝廷减少官府园林的占地面积，将所得土地分给无地的贫苦农民；禁止用布绢制作衣服以外的其他物品。元澄的母亲孟太妃逝世，在守丧期间元澄哀伤过度，损害了身体健康，世人对此十分赞叹。服丧期满后，元澄被任命为太子太保。
当时，高肇把持朝政，猜忌贤能的皇族成员。元澄被高肇诬陷中伤，常恐性命难保，于是整日都喝得昏天黑地，以显示自己的颓废消沉、委靡不振。所作所为惊世骇俗，当时都称他为狂人。
世宗宣武帝元恪深夜驾崩，事情发生得十分仓猝，高肇拥兵在外，肃宗孝明帝元诩年龄幼小，朝野深为不安。元澄当时虽遭排斥而没有参预国家机要，但在朝中仍是众望所归，领军于忠、侍中崔光等人保举元澄为尚书令，于是众人心悦诚服。又加封元澄为散骑常侍、骠骑大将军，不久升任司空，加授侍中，随即又下诏命他兼任尚书令。
元澄献上《皇诰宗制》与《训诂》各一卷，想让皇太后御览，起到劝诫的作用。又上奏利国救民所应倡导、推行的十条措施：第一条，度、量、衡的计算标准，官府与民间有所不同，应该统一；第二条，应兴办学校，以宣传升降赏罚的规章制度；第三条，应恢复、延续已遭覆灭命运的名门望族的香火，各自推荐遇到的贤才；第四条，五种捐税之外，不应再向百姓加收任何一种捐税；百姓服劳役，不要超过三日；第五条，直接管理百姓的地方官吏，都必须按照政绩加以升降任免，以示赏罚分明；第六条，因躲避赋税徭役而逃亡的百姓，若年代已久，且非从事技术性工作的，听任他们在逃亡地居住；第七条，边防士兵开小差逃跑的，或确实被俘失踪的，必须一律加以细致地核实；三长及士兵的近亲若隐瞒实情，隐藏不报，则征调其代服兵役；若无隐瞒，则不加追究；第八条，世代从事工商业的民户，还要向他们征收田租与以纺织品为内容的户调，他们已不堪负担，如今请求免征他们的租、调，使他们能够专心从事自己的行业；第九条，三长维护治安不得使辖区范围交叉重叠，户口数目不满的辖区，就近与相邻的辖区合并；第十条，羽林、虎贲等禁卫军在边境爆发战争时，可暂时调他们参加战斗，其禁卫任务应派蕃兵代理。胡太后将元澄的建议交付文武百官讨论，有的通过了，有的则被否决。
当时，四位中郎将所统辖的军队人数很少，不足以担负拱卫京师的重任，元澄奏请皇上，以东中郎将统管荥阳郡，南中郎将统管鲁阳郡，西中郎将统管恒农郡，北中郎将统管河内郡，选拔二、三品官中的亲信贤能者充任，为应付非常事件的发生，配备强大的兵力，如此一来，可达到深根固本、强干弱枝的目的。胡太后最初准备接受元澄的建议，后来有人提出异议，便未实行。元澄再次上奏道：“根本应该巩固强大，要防微杜渐，所以虽有文治，仍不能忘掉武功。况且如今南梁仍很强大，北方的贼人又频频集结，未来的事态很难预料，如同以往的变化一样。若有危急事变突然暴发，震动威胁京畿地区，四周府郡的老弱残兵怎能加以防范？太平之世，虽可以保持安定的局面，但从长远的利益来看，恐非良策。依臣愚见，郎将统领军队兼管民政，简员务实，正在于此。请求依照先前的建议，增加兵员，扩大中郎将的职权范围，将领的权位加重，则尽忠报国之心随之加深，军队与郡府携手相依，则表里融为一体，朝廷无四顾之忧，奸贼绝觊觎之心。”但元澄的建议最终未被采纳。又因流民初到边镇，衣食无着，很多人因此死亡，元澄奏请朝廷发给流民及其妻子儿女一年的口粮，朝廷采纳了这一建议。不久，因身患疾病，元澄请求解除职务，没有获准。
梁武帝萧衍在浮山修筑大坝截断淮河水流，想以淮河之水灌入寿春。于是北魏朝廷任命元澄为使持节、大将军、大都督、南讨诸军事，统帅十万大军，将由彭宋出击淮河大坝，不久淮河大坝自行崩溃，大军也就没有出动。
元澄因为对北方边镇将领的选拔任用日益轻率，深恐贼寇侵犯边境，使皇室祖墓受到威胁，上书请求对边镇将领的选拔慎重对待，建议加强边防战备，胡太后下诏不予采纳。后来贼寇入侵，直抵旧都平城，边镇将领大多任非其人，辖区内又暴发叛乱，使皇家陵墓受到侵犯与损害，一切正如元澄所忧虑的那样。元澄上奏说，京城的府邸寺庙还未修筑完毕，如今战争刚刚结束，不宜兴师动众，请向该服劳役的人及司州郡县犯有该责罚十杖以上一百鞭以下的罪犯收取绢一匹、砖二百块，作为交换，用以资助建设工程。胡太后下诏批准。太傅、清河王元怿上书议论此事，于是便没有实行。
元澄任职期间秉公行事，无所回避。曾上书陈述垦田授受的八条规章制度，很有见地，既有利于国家又大大方便了百姓。以前尚书省的档案文件在各部门需要时便可随意借出，当公车署以审理冤案事关重大为由，奏请调阅档案原件时，元澄上奏说，尚书省是国家政治中枢，应特别谨慎，所以公车署所奏之事，虽经最高机构批准，但因涉及到国家机密，应谨防泄露，怎能古代制度所重视的，今天反而轻率从事；内部戒备森严，对外却不加限制？只能摘录档案中的有关内容，将其交付公车署。胡太后下诏批准。西域口厌哒、波斯等国各派使臣入朝觐见，送给元澄骏马一匹。元澄请求将骏马交给太仆，充为国有。胡太后下诏说：“任城王清正廉洁的品德，超过了楚相孙叔敖，可将此马交付国家马厩，以成全君子宏大的美德。”
后来，元澄升任司徒公，侍中、尚书令的职务不变。胡太后大兴土木，在京城兴建永宁、太上公等佛寺，花费了大量人力物力，并命各州修造五层高的佛塔。又多次举办大型斋会，施舍给佛寺的财物动辄数以万计。因大肆兴修寺庙，广做佛事，使得百姓疲惫不堪，金银的兑换价格急剧上涨，连文武百官的俸禄也被削减，国家的财力大为损耗；修寺庙做佛事，连同对左右侍从的赏赐，每日的开支达数千两白银。因此元澄上书加以劝谏，胡太后虽终未接受他的劝阻，却常用嘉许的态度婉言拒绝，以示优待。政事无论大小，都与元澄一道商议决定。元澄也尽心辅佐，遇有不利于民众的事情，必定直言劝谏，虽然不被采纳，却仍一如既往，朝廷内外都对他十分敬畏。
孝明帝神龟二年(519)，元澄逝世，终年五十三岁。朝廷拿出布一千二百匹、钱六十万、蜡四百斤，作为丧礼的费用，并赐给东园制作的葬器、棺材及朝服一套、御衣一件；由大鸿胪监办丧事，下诏命文武百官参加丧礼；赠授元澄为假黄钺、使持节、都督中外诸军事、太傅，兼太尉公；给予元澄以特殊的礼遇，依照西晋大司马、齐王司马攸的先例，赐给九锡；谥号称“文宣王”。元澄下葬时，仪式极为盛大隆重，胡太后亲自送葬到郊外，停下车子痛哭流涕，其悲哀的程度深深打动了左右的侍从。文武百官参加葬礼的达一千余人，莫不唏嘘不已。当时认为元澄葬礼之隆重，达到了做臣子的极点。元澄的第四个儿子元彝继承了爵位。
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