》、《易》，便上疏，说马、郑、王、贾虽然注述《六经》，都多有疏漏谬妄，不如崔浩的精到细微。请求皇帝收集国内诸书，藏于秘书府中。颁发崔浩所注述的，命天下学子学习。并请求皇帝下诏让崔浩注释《礼传》，让后生能够看到精正的经义。崔浩也上表推荐说闵湛有著述的才能。接着闵湛等劝崔浩刊印自己所撰的国史，以图不朽，想要彰明崔浩执笔之绩。高允听说，对著作郎宗钦说：“闵湛的所作所为，一不小心，我担心它日后会成为崔门的万世灾祸。这样我们这些曾经参与其事的人都要大祸临头了。”不久，灾难就降临了。
当初，崔浩被收捕，高允在中书省值班。恭宗让东宫侍郎吴延召来高允，让他留宿宫内。第二天，恭宗入廷奏启魏世祖，命高允随行。到宫门前，恭宗对高允说：“进去见皇上，我随你去。假如皇上有什么话问你，你就依我告诉你的应答。”高允说：“这是为的什么事呢？”恭宗说：“进去你就知道了。”就进去见皇帝。恭宗说：“中书侍郎高允自在臣宫中，臣与他相处多年，高允小心谨慎，臣很了解他。高允虽然与崔浩同事，但他身份微贱，只有听命于崔浩。臣请求宽恕他的性命。”世祖召见高允，对他说：“《国书》都是崔浩所写的吗？”高允回答说：“《太祖记》，前著作郎邓渊所写。《先帝记》以及《今记》，为臣与崔浩一同写作。但是崔浩政事太多，只是总裁修订而已。至于注疏，为臣所作多于崔浩。”世祖大怒说：“这比崔浩的罪行还严重，怎能留给生路！”恭宗说：“天威严重，高允是小臣，一时间迷乱失次。臣先前问他，他说都是崔浩写的。”世祖问：“真像东宫太子说的那样？”高允说：“为臣才薄，谬参著作，犯触天威，罪应灭族，今天已到临死了，决不敢虚妄。殿下因为臣为他讲书时间很长，哀怜为臣，为臣求命。如皇上不问臣子，臣便没有这番话。既问了，臣如实对答，不敢丝毫迷乱。”魏世祖对恭宗说：“正直，这也是人情所难，而你能临死不移，这就更难了！而且以实对君，真是忠贞的臣子。像你刚才这一番话，朕宁愿漏一有罪的人，也应该宽恕你。”高允竟得免罪。于是召崔浩到皇帝面前，让人诘问他。崔浩惶恐恍惚不能应答。高允事事申明，有条有理。当时世祖愤怒至极，命令高允拟诏书，自崔浩以下、僮仆吏卒以上一百二十八人全部夷灭九族。高允表示怀疑而不拟诏，帝频频催办。高允请求再见一次皇上，然后再拟诏书。帝让他去了，高允说：“崔浩所犯，如还有别的罪，臣不清楚。如只是这一项罪行，还不至于被杀。”世祖震怒，下令武士绑了他。恭宗又拜请。世祖说：“如果没有这人招惹我，就该有数千人死了。”崔浩最终还是被灭了五族，其余的人都仅以身死。宗钦临刑时说：“高允大概是圣人吧！”
恭宗后来责备高允说：“为人应当把握时机，不知见好就收，学识又有什么益处？在那种时候，我从旁点拨你，你为什么不顺着点，让皇上那样动怒。现在我每每想起来，还心有余悸。”高允说：“为臣本是东野一介平凡书生，本来就无做官的打算。逢朝廷休明之期，应朝廷选士之举，为官凤池，参撰麟阁，尸素官荣，妨贤已久。大凡史书，都是帝王的实录，是将来的宝鉴，通过史书，今人可以观往，后人可以知今。所以言行举动，无不备载，所以人君应该谨慎从事。然而崔浩世受特殊恩遇，荣耀当时，他却辜负圣恩，自招毁灭。就崔浩的行迹，也时有可论之言。崔浩以蓬蒿之才，负朝廷栋梁之托，在朝廷无可称赞的节操，在私下里也无可称道，私欲淹没了他的公正廉洁，爱憎之情障蔽了他公理之心，这是崔浩的罪责。至于书写朝廷起居的事情，说国家得失的事实，这也是史书笔法的大体模式，没有什么违背。但为臣与崔浩其实是同参一事，死生荣辱，义无独顾。能有今天，实在是多亏殿下仁慈广大，违心苟免，不是为臣当初本意。”恭宗面容改观，称叹不已。高允后来跟人说，我不遵照东宫太子安排的去做，是担心这样会辜负翟黑子。
恭宗晚期，颇为亲近左右侍臣，营立田园，以取其利。高允谏劝说：“天地无私，所以能覆载万物；王者无私，故能包养众生。过去的明达王者，以至公之心主宰万物，所以藏金于山，藏珠于渊；以无私之心昭示天下，用至俭之言训示万民，所以他们美名盈溢，千载不衰。而今殿下您是国家储君，四海归心，您的言行举动，为万方所遵，而您却营立私田，畜养鸡犬，甚至贩酒市井，与民争利，天下议论您的声音四方流布，无法追掩。天下，是殿下的天下，您富有四海，何求而不能得到，什么愿望不能使人顺从，却与贩夫贩妇们争此尺寸之利。过去虢国快亡时，神灵下降，赐予田地，终而丧灭其国。汉代灵帝，不修饰作为人君的持重，喜欢与宫人们一起列市叫卖，私立府藏，以营求小利，终有颠覆倾乱之祸。前鉴如此，很可畏惧。大凡作为人君的，必须在择人问题上十分审慎。故称知人则圣哲明智，是皇帝难以做到的事。《商书》说“不要亲近小人”，孔夫子有言，小人如亲近他们便行为不逊，疏远他们则心怀怨恨。武王爱护周、邵、齐、毕诸公，所以能称王天下。殷纣溺爱飞廉、恶来，所以丧失自己的国家。纵观古今兴亡之事，无不由皇帝择人所决定。而今东宫的确可以说缺人才，但英杰却并不少。一向以来侍御在您左右的，恐怕不是将来您在朝的人选。所以臣希望殿下您能稍稍体察为臣愚言，斥出邪佞，亲近忠良，所在园田，分给贫苦的人，畜产贩卖之类，都要适时收散而去。像这样的话，则休明的称赞一天天到来，议论与批评就会逐渐消除。”恭宗没接受他的意见。
恭宗去世，高允久久未能进见。后来魏世祖召见他，高允升阶逴欷，悲不能止。魏世祖流着眼泪，命高允退出。左右官员没人知道其中缘故，议论说：“臣等见高允无由而泣，让陛下为之悲伤，什么原因呢？”世祖听说，召集他们说：“你们不知道高允很悲伤吗？”左右说：“为臣看到高允无言而泣，陛下为之悲伤，所以我们在窃窃议论。”世祖说：“崔浩被诛杀时，高允也应该去死，是东宫苦谏，才免于一死。今天没有了东宫，高允看见朕因而很悲伤啊。”
高允上表说：“往年领诏，令臣收集天文灾异，使事类相从，大致可以阅读了。臣听说箕子陈表而《洪范》作，宣尼述史而《春秋》著，都是用来彰明后土，景测皇天的东西。所以它们能先其善恶而验以灾异，随其失得而效以福祸，天人的确相去甚远，但又如声、响相应，很可畏惧。自古以来的帝王无不尊崇其道而寻其奥妙，以此修正自身。其后的史官都记载了他们的事，以为鉴戒。汉成帝时，光禄大夫刘向见到汉代的命运很危险，大权归于外戚，屡屡陈述妖异之事希望引起重视而不被采纳。于是检索《洪范》、《春秋》中灾异报应的人与事而为其作传，企图以此感悟其主，但皇帝终于听不进他的话，终而危亡。这难道不是很悲哀吗？为臣窃以为陛下神武齐天，睿鉴深远，钦若稽古，都由旧章，前言往行，无不深究，这是前代皇帝所赶不上的。为臣学识不广博，识见寡少浅薄，害怕无以拓广圣德，仰酬皇上明旨。今天谨依《洪范传》、《天文志》收集其事实大要，略其文辞，共为八篇。”世祖看了称赞写得好，说：“高允对灾异的了解，哪比崔浩少？”等到高宗即位，高允出了许多计谋。司徒陆丽等人都受到皇帝重赏，高允既不蒙褒扬，又终身不发一言。他的忠诚而不自矜，大致都如此类。
给事中郭善明，性格十分机巧，老想呈显自己的才能，劝高宗大兴宫殿。高允劝谏说：“我听说太祖道武皇帝平定了天下后才开始兴修都邑。他一旦有所修造，不是农闲之季，绝不兴工。现在建国已经很久了，宫室也已经完备了。永安前殿完全可以用来接受万国的朝贺，西堂的温室也可以用来让圣上休息，紫楼台高可以用来观望远近。如果要再修更壮丽的宫室，也应当慢慢地准备，不可急于求成。估计砍材运土以及各种杂役就需两万多人，成年人做工，老少供饭，就合四万人半年才成。古人言：一夫不耕就有人会挨饿，一妇不织就有人会受冻。何况是数万之众无法从事耕织生产，他们所要耗费花销，实在太多了。往古时推论再来验证现在，必然有借鉴之效啊，希望皇上认真思考。”高宗接纳了他的意见。
高允因高宗继承太平之业但风俗依旧，婚娶丧葬都不依古制，于是劝谏说：
“前朝的时候，多次颁发命令，禁止婚娶不得作乐以及葬送之日的歌谣、鼓舞、杀牲、烧葬，都在禁令之中。虽然命令颁布很久但风俗仍未改变，大概这是因为处于上位的人不能立即改正，下面的人也就习以为俗，教化迟慢，已到这种地步。过去周文王靠百里之地，修德施政先从寡妻开始，再到兄弟，最后到家国，三分天下而有其二。聪明的执政者都要先从近处开始。诗经中讲：‘你们接受了教化，百姓才会仿效啊。’作为君主，一举一动，不可以不慎重啊。
礼记中讲，嫁女的家里要三日不灭蜡烛；娶媳妇的人家，三天不进行乐舞。现在各个王室每当娶妇人，都让乐部派人来舞奏表演，却惟独禁止百姓作乐，这是第一个不同啊。
古时结婚之人，都选择德义之门，精心挑选贞洁贤雅的女子，先进行媒聘，继后送给礼品，会集亲友用来表示对别人的尊重，亲自驾车用来表示尊敬，婚姻之际，就是如此的困难。现在各个王子年方十五便赐给妻子另起居室，但能配之人，有的年龄过于悬殊，有的出自犯罪之家，用她们来和王子结合，成为其他妇女的表率，这是最大的失礼啊。往年到现在，多有核查弹劾，大概是诸王过于嗜酒而导致诘责，但原因之起，也是因色衰相弃，导致这种纠纷。现在皇子娶妻，多出于宫庭，令天下百姓，必须依照礼法所定，这是第二个不同啊。
万物之生，没有不死的，古时的圣主明君，定出制度，所以养生送死，见于人情。如果毁生用来奉死，就是圣人所禁止的了。但是葬是藏的意思，死者不可能再见面了，所以深藏下他们，过去将尧葬于毂，而百姓并不停止在这块土地上耕种，舜被葬于苍梧，百姓并不因此不做买卖。秦始皇造地下宫殿，下面有三条泉水，金银财宝不可计数，死不多时，就被焚尸掘墓，由此，尧舜勤俭，始皇奢侈，对错就很显然了。现在国家营造葬事，费耗巨亿，一旦焚亡，全为灰烬，这么奢侈怎么有益于死者呢，古时的大臣都不以为然。现在上面为之忙个不停，而让下边百姓必须做到，这是第三个不同啊。
古时丧葬必立尸主牌位，按照长幼大小序列，以便让吊亡者有所凭依来送致祭食品，现在已埋葬的人，人们只求其相貌类似者敬如父母，美丽的敬如夫妻，败风伤俗，扰乱情感礼节，是最大之过呀，上面不禁止，下边不改正杜绝，这是第四点不同呀。
所以，祭祀是为了确定礼仪，教化天下百姓，所以圣明之君特别重视。到了爵器盈而不饮，菜肴干了不吃，音乐不是雅声不奏，物非正色不陈列。现在的大会，内外不分，相互混杂，醉酒喧闹，没有仪式，又让一些戏子表演，污辱视听，朝廷以此习俗为美，而责备风俗不清纯，这是第五点不同啊。
现在陛下为王的王，承袭晋末大乱以来的弊俗而不猛烈地纠正改变，来扭正恶习，我担心天下百姓将永远不能听闻礼教了呀。”
高允这样说并非一次，高宗从容听着他的话，有时即使有冲撞之处或者皇帝不想再听时，就让左右将他扶出去。遇有不便当朝说的，高允就请求私下相见。高宗知道高允的意思，把左右摒退后再等待他，对他十分敬重，有时早晨进宫晚上出来，有时几日在宫里，朝臣都不知他和皇帝说了什么。
有的人上书表述这样做的得失。高宗看后对群臣说：“君父同一啊，父有对错，儿子为什么不于众人之中做书规劝，使他人知道错而不在家内隐瞒呀。这不是因为是父亲，恐怕彰恶于外嘛。现在国家善恶，不能面陈而上表公开劝阻，这不是故意宣扬君主之错而表明自己的正确吗？像高允这样的人，才是忠臣啊。我有对错，经常正言面论，哪怕是我所不愿听的也要侃侃而言，不加避躲。我知道自己的过失而天下不知道他在规劝，这不是忠直吗。你们在我左右，我不曾听到一句正论，但伺机见我高兴时求官乞职。你们持弓带刀侍奉我左右，等于是白白站立，却都做到公、王一职，这个人用笔帮助我匡正错误助益国家
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