衍，萧衍攻克建业。
景明三年(502)二月二十五日，世宗下诏说：“一段时间来，旱灾严重，农民荒废农时，提起来朕就很惭愧，罪责主要在我。申告受旱各州郡，如有尸骨暴露于野的，都加以掩埋。”三月，鲁阳的蛮人反叛朝廷。南齐皇帝萧宝卷之弟建安王萧宝夤来降。
夏四月，世宗命抚军将军李崇征讨鲁阳反蛮。这个月，萧衍又废除了其君主萧宝融，自己僭登皇位，自称梁。闰月三十日，司空穆亮逝世。五月，扬州小岘军事长官党法宗袭击萧衍大岘戍关，攻克，擒获其龙骧将军邾菩萨，送到京城。
秋季七月十八日，于阗国派使者前来朝献。世宗下诏，文官跟随征讨显达充任宿卫的升二级官阶。八月十八日，萧宝融政权的镇南大将军、江州刺史陈伯之派使前来请求投降。三十日，尊称前太傅、平阳公元丕为三老。九月初二，皇帝车驾行幸邺城。十二日，下诏派使者祭吊殷朝比干墓。二十三日，在邺城南检阅武备。二十五日，武兴国世子杨绍先派使者前来朝献。
冬季十月十六日，皇帝亲自御射演习，箭射到一里五十步的地方，众大臣在射箭的地方刻碑铭记。二十日，世宗车驾回宫。十一月二十五日，世宗下诏书说：“京城洛阳一带，兵荒马乱，已有十年。先皇在旧都奠定国基，开创大业，扫除荒旧，创下宏构，鸿功茂绩，规模长远。今天庙社已建，宫极崇伟，应当在下个月中旬，移驾祝吉。仰寻遗意，感庆交加。既然礼度比周宣王时代斯干之制还要隆盛，汉高祖壮丽的仪制还要完备，便可依照典故旧例，备此考告，以满足远近人臣的愿望。”十二月初四，世宗下诏书说：“农桑为农民之本，蚕事乃国家之重，储积丰厚，才能不怕寒暑。最近以来，京城开始建设，耕种蚕桑暂时短缺，追寻以往，必须倡导。而今寝殿已成，移御初始，春郊不远，耕种有辰。可以立即着手营造千亩耕地，开设宫坛，朕要亲自握耒援筐，劝民耕种。”十八日，在太极前殿宴请群臣，各赐布帛不等，因宫殿初成的缘故。二十日，扬州军打败萧衍的将领张嚣之，杀了两千人。
这一年，疏勒、..宾、婆罗捺、乌苌、阿喻..、罗婆、不岑、..拔罗、弗波女提、斯罗、哒舍、优耆奚那太、罗..、乌稽、悉万斤、朱居..、诃盘..、拔斤、厌口末、朱..洛、南天竺、持沙那斯头等国都派使者前来朝贡。河州发生大饥荒，死的人有二千多。
景明四年(503)春季正月二十二日，世宗在皇田中举行耕种仪式。梁州氐族人杨会造反。魏世宗命行梁州事杨椿、左将军羊祉前去讨伐。三月十七日，皇后在北郊亲临蚕桑仪式。二十八日，扬州军队在阴山打败萧衍的军队，斩杀了他的龙骧将军吴道爽等数千人。
夏季四月初一，朝廷授萧宝夤为镇东将军、东扬州刺史，封为丹阳郡开国公、齐王。初八，南天竺国敬献辟支佛牙。十六日，世宗下诏书说：“酷吏为祸，绵古同患；孝妇淫刑，东海为之焦壤。现在已连续一百天没有下雨了，是不是有冤狱沉埋？尚书推检京师被囚的犯人，一定要竭尽听讼察断的责任。”十七日，世宗因旱灾减少饮食睡眠。十九日，暴雨猛降。五月二十三日，杨椿、羊祉大破反叛的氐人，杀了千余人。六月初一，加封皇弟元悦为汝南王。初五，调拨冀、定、瀛、相、并、济六州二万人、马千匹，增配给寿春。
秋季七月初五，三老、平阳公元丕逝世。二十日，朝廷下诏收还盐池利税交归国库。二十一日，以彭城王元勰为太师。八月二十日，任命吏部尚书元英为假镇南将军，进攻萧衍的义阳郡。勿吉国贡奉眓矢。二十一日，世宗行幸至河南城行宫。
冬季十一月初三，扬州大破萧衍的军队，杀了他的徐州刺史潘佃怜，擒获了司马明素。十一日，以武兴国世子杨绍先为其国王。十五日，世宗下诏让尚书左仆射源怀抚慰劳问代都、北方各镇郡，随时拯恤。二十七日，镇南将军元英在白沙大破萧衍将吴子阳，擒斩数千敌人。十二月十三日，世宗下诏命镇南将军李崇讨伐东荆州反叛的蛮族人。十九日，世宗下诏书说：“先朝制定制度，诸事应时公允。但是时间推移，人事变迁，物情变异乖惰。近一时期以来，或者动辄有所增损，废堕不行；或者有旧时合适，但现今不合的；或者是职责名分错乱，各官互相推诿的。各政府部门，列举其有遗漏、缺损的条文，迅速上奏。”二十六日，萧衍的梁州刺史平阳县开国侯翟远、徐州刺史永昌县开国侯陈虎牙投降朝廷。
正始元年(504)正月初三，江州刺史曲江公陈伯之在东关打败萧衍将领赵祖悦。初九，东荆州刺史杨大眼大破群蛮樊季安等。十九日，朝廷大赦天下，改年号。二月十一日，萧衍将领姜庆真偷袭寿春外城，州军打退了他们。二十日，扬州统军刘思祖在邵阳大破萧衍部众，擒获了他的冠军将军、邵阳县开国侯张惠绍，骁骑将军、祁阳县开国男赵景悦等十余名将领，斩首捕获数千名敌人。三月初一，元英在樊城打败萧衍将领王僧炳的部队。
夏季四月十五日，高丽国派使者前来朝贡。五月初一，太傅、北海王元祥因为犯了罪被废黜为庶人。六月，因为境内干旱撤除音乐，减少进食。十八日，世宗下诏书说：“朕因为德行薄浅，政制刑治多出舛误，以致干旱累旬，京畿禾苗干枯，这都是朕的过失，为此朕日夜不安。有关部门可查按旧典，行使六事：狱讼冤案，秉公而断；众长官玩忽职守，量情处置；鳏寡困穷的人，抚恤赈济；繁杂的赋役，都加以减免；贤良正直的人，都要依礼加以提拔，贪赃枉法，谄谀谗媚的人，及时加以摈退黜除；怨女旷男，一定要让他们结婚生子。这样的话，朕就高兴了。”十九日，世宗因发生大旱在太庙亲自主持祭祀。二十三日，下诏在首阳山上建立周公旦、伯夷叔齐的庙。二十五日，因旱见公卿以下官员，引咎自责。又审查京城中被困禁的犯人，除了死罪以外其他一律减罪一等，应服鞭刑杖刑的一律免除。
秋季七月初八，萧衍政权的角城守军长官柴庆宗举城前来归降。李崇大败众蛮人帅官樊素安。八月初二，元英在义阳大败萧衍的将领马仙鴘。世宗下诏让洛阳令如有大事可面奏皇帝。十一日，元英攻打义阳，攻陷城池，擒获冠军将军蔡灵恩等十多名梁军将领。十七日，元英大破萧衍将领的部队，安定了三关。二十五日，世宗封元英为中山王。二十六日，西羌人宗万率领四千户羌人归附朝廷。九月初五，世宗下诏沿淮河南北所有各镇戍，都让其秋季播麦，春季种粟和稻，随其土质所宜，水陆兼用，一定要使地无遗利，兵尽其用，等到谷麦丰登，公私利益都可兼顾。又下诏让各州一律停止徭役，不得横征暴敛。二十日，世宗下诏对中山王元英所俘萧衍的冠军将军、监司州事蔡灵恩等人按其才能选拔任用。二十一日，萧衍政权霍州刺史田道龙、义州刺史张宗之派使者前来请求内附。蠕蠕侵犯边疆，世宗下诏让左仆射源怀前去征讨。
冬季十月二十日，下诏不准群官在百姓中招募衙吏。十一月十五日，世宗下诏书说：“古代贤哲的君王，创立帝业，垂泽皇统，安抚百姓，建立教化，无不崇建成式，开训国亲，昭宣《三礼》，弘扬四术，以使道畅群邦，风教流播海内。自从大魏皇都移徙中原，军国事务纷繁，新都没有来得及经营建设，朕静心思此，愧对列祖列宗。可命有关部门依照汉、魏旧章，营造国学。”十二月初四，把皇家苑囿的公田分别赐给代都迁来的民户。初七，世宗下诏让群臣议定律令。二十七日，世宗行幸伊阙。闰十二月初一，萧衍政权行梁州事夏侯道迁以汉中郡归降朝廷，假尚书令邢峦为镇西将军，率部前去接应。二十三日，骠骑大将军、高阳王元雍任司空，尚书令、广阳王元嘉加授仪同三司。
正始二年(505)正月十三日，命宕昌国世子梁弥博为其国王。邓至国派使者前来朝贡。二月，梁州氐族人造反，截断汉中运输路线。刺史邢峦频频大败敌人。
夏季四月十九日，城阳王元鸾逝世。二十五日，世宗下诏书说：“任贤明治，自古以来皆为通行规则，宣明风教，赞辅政务，实在是需要很多的人才。但现在中正所录，只看门第，吏部选用官吏，仍然是不以才举士。于是使英杰少有升迁，衙司事务多有滞缓。不精士人之选，那以什么来考核提拔官员？各官可审议往代贡举士人的办法，擢拔贤才的体制，一定要做到被选的人才学并佳，资望都好。”二十六日，因为仇池氐族人反叛，世宗下诏让光禄大夫杨椿为假平西将军，率部前去征讨。
邢峦派统军王足西征，频频打败萧衍的部队，于是进入剑阁，俘获萧衍的辅国将军范始男送往京城。五月初十，氐族人□虎率部前来投降。
六月初二，世宗下诏书说：“先朝有功之臣，或者是身遭责谴黜免，他们的子孙沉沦潦倒；或者是宦途失却次序，新旧颠倒，因而不被重用，这样怎么去奖励臣民？思念前绩，情有亲疏。从宗亲到庶族，如祖上曾经立下功绩录记在簿，却没有官职，有官而才堪优先提拔的，按其才能授给他们官职。”
十五日，萧衍政权的冠军将军李畋等在始平郡东面、涪水北面扎营。王足迎战并打败了他们，杀了冠军将军张汤、辅国将军马市、宁朔将军李当、姜见祖、辅国将军冯文豪、龙骧将军何营之等人。二十五日，世宗诏尚书李崇、太府卿于忠、散骑常侍游肇、谏议大夫邓羡，李崇、于忠为使持节并兼任侍中，邓羡兼任黄门郎，一起为大使，纠察决断外部各州及京郊的行政长官的过失罪责，当即决断，如果州镇的要员犯罪，上报朝廷。
二十六日，萧衍的冠军将军王景胤、辅国将军鲁方达等攻打竹亭，王足大败来敌，杀了其辅国将军王明达、龙骧将军张方炽。
二十八日，扬州刺史薛真度大败萧衍将王超宗，俘获斩杀敌人三千多人。
二十九日，萧衍将领鲁方达屯军新城，王足又派统军卢祖迁等人打败了他们，斩杀萧衍冠军将军杨伯仁、宁朔将军任安定。
秋季七月初五，世宗下诏书说：“朕继承皇位，至今已经七年，可朕德泽未施于民，不能高瞻远瞩，人们的冤滞之情，尚且很多，而纠察之狱未畅于下，贤愚不分，皂白不清，这不是革民耳目、劝善惩恶而应有的现象。现在朕分派大使，巡察四方，那些罪行与风传相符合的，即加以纠查判理，以申明皇朝雷霆之威，以申举正义之旗。另外，要观风辨俗，奖功惩过，褒扬赏赐有功贤德的人，纠罚淫恶阴险的人，救济贫困，体恤凋弊，以满足朕的心愿。”
十九日，王足打败萧衍的军队，杀了他的龙骧将军喻增晖、宁朔将军库保寿、辅国将军鲁天惠、建武将军王文标。王足兵逼涪城，二十三日，萧衍巴西太守庾域，冠军将军、统军主将李畋等迎战，王足打败敌人，俘获斩首数千人。
八月初四，世宗下诏让中山王元英率军南讨襄、沔各地。
十二日，王足派统军纪洪雅、卢祖迁等攻破萧衍军队，斩杀其秦、梁二州刺史鲁方达等十五人。十四日，王足又派统军卢祖迁等人打败萧衍军队，杀了其都督、冠军将军、梓潼县开国子王景胤，以及刘达等二十四名将军。
十六日，扬州军在羊石与萧衍将领姜庆真交战，将其击败。这个月，萧衍政权的沔东太守田青喜率七郡、三十一县、一万零九十户内附朝廷。九月初一，扬州刺史元嵩打败萧衍湘州刺史杨公则等人，斩杀俘获数千人。
冬季十一月初一，武兴国王杨绍先的叔父杨集起谋反，世宗下诏命光禄大夫杨椿率军前去讨伐。
王足围困涪城，益州各郡戍投降的十有二三，百姓接受编藉的有五万多户。接着王足引军撤退。十二月二十四日，世宗又下诏让骠骑大将军源怀慎讨伐武兴反叛的氐人。
正始三年(506)正月初一，皇子降生，世宗大赦天下。初六，梁、秦二州刺史邢峦接连打败氐贼，攻克武兴。萧衍冀州刺史桓和侵犯南青州，州中军队击退了敌人。
秦州百姓王智等人聚集二千人，自称王公，不久推举秦州主簿吕苟儿为主帅，年号建明。
十三日，杨集起兄弟相继投降。二月二十一日，世宗下诏书说：“过去虞皇禁止群臣无原则地服从皇帝意见，好的建议屡屡进上；周代任用劝谏之臣辅助王政，帝王大业十分昌盛。朕仰承鸿基，伏膺宝历，思兴业绩，日理万机，所以翘首盼望忠直之言。但到现在仍然是良策不进，规划无闻，这哪里是辅佐君主，匡救社稷的做法
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