外霄闾庄，添设千总一员、兵一百名；内分兵二十名，添设外委一员，在本县庄防守。元长庄添设外委一员、兵二十名。大埔林添设外委一员、兵十五名。西螺添设外委一员、兵二十名。大排竹添设外委一员、兵二十名。麻豆庄添设外委一员、兵三十名。茂功庄添设外委一员、兵二十八名。鹿仔草添兵十名，三坎店添兵二十名，冈山汛添兵四十五名。凤山县改建新城，将弁均应移驻，请添兵三十八名。将凤弹汛内拨兵一百一十六名，添设千总一员，在旧城龟山卡座驻守；又拨兵一百名、添五十名，与原设守备一员、把总一员，在水底寮驻守；并于番薯寮添设额外外委一员、兵二十名。再，安平协水师驻兵稍多，请以左营内游击一员、千总二员、把总二员、外委三员、额外外委三员、兵三百七名、战船九只，移驻鹿仔港；将原设守备一员、把总一员、兵一百一十五名、战船二只，移驻笨港；原设笨港把总一员、兵七十五名、战船二只，移驻新店海口；并于左营内拨兵三十五名，添驻东港汛。至此项新添兵丁共一千二百名与旧设七千八百八名，均于征兵内挑补，指定营分，派归原营官管辖；换防年限，仍以调到台湾之日扣算。其阵伤亡失所出内地营缺，咨明李侍尧于上年新募及换回兵内挑补，将伤残病废者酌减，以符定额』。下军机大臣议行。
十七日（戊寅），谕军机大臣等：『据福康安等奏「筹酌台湾换防兵丁」一折，内称「挑留戍兵照地营分，归整安设。如台湾三营并城守两营即以督抚标、福州协、陆路提标等兵丁留补；其余南北汛地，查明附近村庄居住何处民人，以漳、泉及他府兵丁易地驻守。并妥定章程留交普吉保，嗣后换防照此密办」等语。向来台湾换班戍兵，籍隶漳、泉两处之人居多；此次逆匪滋事亦由漳、泉民人不和，以致林爽文乘间滋扰，而防守戍兵俱因系属同乡互相徇隐。此次从贼者漳州民人虽多，但其中泉州民人亦非尽属义民，亦有随贼党抗拒官兵者。现在台湾换班兵丁，若仅在督抚标及福州协、陆路提标等营兵丁内挑补，是督、抚两标充伍食粮者当系福州民人，而陆路提督驻札泉州、其兵丁自多系籍隶本地者，调往台湾，仍系漳、泉之人居多；恐将来日久，未免勾结滋弊。若竟将漳、泉兵丁概置不调，又恐转致猜疑，更属不成事体！不若于福建通省内，如兴化、延平、建宁、邵武等处各营内酌量均匀派拨，而漳、泉两处兵丁亦摊入其中；使该兵丁等知挑补换防无分畛城，自必不生疑怯。此系该督分内应为之事，务须行所无事；或告以「离别家室，远涉重洋，未便独令漳、泉兵丁向隅，自当均匀调拨，以归平允」之言，使之知是体恤，不生猜畏。如此不动声色，潜移默化，庶于抚绥、防范两有裨益，方为妥善。并令记此旨，历任总督永远留心』。
二十一日（壬午），谕军机大臣等：『磺觔采自山中，如果开采时毫无透漏，则该省民人制造花爆以及打取生牲畜配用火药又从何而来？即此次贼人鎗炮内所用火药不少，岂尽由抢夺所得。可见开采磺山虽派员驻札，仍不能保无透漏。此事惟在该督、抚等平日严加查察，总期先于军火无亏；即或民间铺户之所需不能悉行禁绝，亦当防其太甚。至台湾地方向产磺觔，前据逆犯林爽文供称：「将墙上年久石灰煎熬成硝，在北路生番里私换硫磺，配作火药」等语。生番山里既产硫磺，则奸民不但可以向其私换，或帮同偷采亦未可定。现据福康安奏：「将台湾民间私用鸟鎗缴回销毁，改铸农器」；而私换硫磺及偷采之弊，尤应严切查禁。着传谕福康安务饬该地方官严密稽查，勿任仍前疏纵；并着李侍尧、徐嗣曾各于内外时刻留心查察，不得日久生懈、滋弊生事』。
二十二日（癸未），谕曰：『常青于柴大纪贪黩不法一案徇隐不奏，前曾降旨将伊革职，交福康安审讯。经福康安奏明审讯录供，令伊来京交部治罪，固属咎由自取；但念常青由将军简用总督，在任未久即值台湾逆匪滋事，非富勒浑、雅德历任年久、因循贻误、讳饰袒庇者可比。其到台湾后，于柴大纪种种劣迹固易访查，但彼时正值办理军务匆迫，其不即查参亦属可原；且伊年逾七旬，带兵驻守郡城保护无虞，其功过尚可相抵。常青着加恩免其交刑部治罪；俟到京后，候朕酌量加恩，另降谕旨。朕办理庶务一秉至公，罪之轻重固视其人之自取；而于功过相抵之处亦必斟酌其平，不肯稍有畸轻畸重。即编户小民尚不使一夫冤抑，何况封疆大吏转不为之经意乎！富勒浑、雅德亦当惭服并自知悔惧也。将此通谕知之』。
谕军机大臣等：『适询自闽回京大臣官员，据称「当林爽文攻扰台湾时，漳、泉人欲为内应」；此必系伊同教一党。现已将林爽文、庄大田生擒，贼众尽行歼灭；不特台湾安堵，即漳、泉匪徒当亦胆裂。今固难于追究，然不暗为防范，苟且因循，久之有如林爽文者出，则又多一事矣。但地方官每多捏饰，遇有此等匪徒，始则容隐；及至发觉，又不能奋勉任事。必须该管上司不动声色，实心查办，庶可剿除净尽。李侍尧事务练达，意见周详；着密行传谕该督悉心防范，逐渐翦除，方为妥善』。
二十三日（甲申），谕军机大臣等：『各省地方官建立生祠，非违道干誉、即倚势力贿求，最为陋习；必应饬禁。此次特令建立建勋诸臣之生祠，乃因台湾地隔重洋、民风剽悍，逆匪等纠众滋事、肆行不法，福康安等带兵前往剿捕，未及三月即已擒渠蒇事。该处民人经此一番惩创，暂知敛戢；第恐日久复忘，是以许在彼建立福康安等生祠，明示武威，使之怵目儆心，望而生惕。此为绥靖海隅，因地制宜起见。但福康安办理善后各事宜完竣即须回京，且伊亦无自办生祠之理，自应该督等承办；何以未据李侍尧、徐嗣曾奏及？着再传谕该督等止须遵照前旨，于台湾郡城、嘉义县两处建立生祠。至此次带兵大臣内，惟福康安、海兰察、鄂辉、普尔普、舒亮功绩较着，职分亦大，应行入祠；祠内设立木牌，书写伊五人官阶。其余各员威望俱轻，未便一体列入。徐嗣曾现在台湾，此事即交与该抚妥办。从前该省耿藩肆逆时，范承谟效忠殉节，曾饬建祠宇，非同创设；该抚可仿照办理』。
闽浙总督李侍尧奏：『拏获张破脸狗，供有广东大埔县人赵明德、陈丕、陈栋至福建诏安县云霄地方劝令入会，现已飞咨两广督臣孙士毅查缉』。得旨：『天地会究系起自广东传至福建，张破脸狗供出之赵明德等三犯为首，先在闽传教之人；着孙士毅即速饬属严密查拏，按名务获，勿任免脱漏网』。
二十九日（庚寅），谕：『据福康安、徐嗣曾奏「审讯骫法营私之革职总兵柴大纪及有心徇隐之道员永福分别定拟」并「请将得受陋规及逢迎馈送之文武员弁分别革职治罪」各折，已交军机大臣会同大学士九卿法司核议具奏矣。台湾地隔重洋，文武各员自应各矢洁清，力图整顿；乃不肖员弁竟敢需索陋规、废弛营伍，甚至纵令兵丁等包赌窝娼、从中染指，以致酿成巨案。此而不严加惩创，何以儆官邪而靖海疆！至柴大纪身系台湾总兵，于每次出巡时不但令各营伍备办供给，且折收夫价银两，赃私累累。国家设给养廉，于大员特加丰厚，原以备伊等因公之用；若巡阅营伍时，仍须该管弁兵代办夫马饮食一切，则内地之督、抚、学政、提、镇于出巡按试时，途次夫马等项亦必令地方官代为置办，又安用优给养廉为耶！嗣后督、抚、提、镇及学政等凡遇巡查、出考，途次所需夫马等项，均着自行备用，毋得令经过各员代办。并令文武互相纠察，如有仍前需索扰累者，即各行据实参奏，从重治罪；如或徇隐不奏，别经发觉，朕亦必将徇隐之员一并治罪，决不姑贷，勿谓朕不教不诫也。将此通谕知之』。
谕军机大臣曰：『徐嗣曾系本省巡抚在任有年，武职营伍尚可委之总督，而文职内有收受陋规、营私贪黩等弊，即应随时查访，据实参奏；非如福康安系特旨简派发往台湾专办剿捕逆匪者可比。总督李侍尧到任未久，随驻札厦门料理一切军务，未暇查办及此；魁麟亦系新任将军：徐嗣曾皆非其比。乃徐嗣曾竟若忘其自为巡抚，置身局外耶！其于杨廷理收受陋规之事，平日既漫无觉察，不行查参；经福康安彻底查奏，又复腼颜一同列衔而折内竟无一语引咎之处，殊不可解。着徐嗣曾将因何不早行参奏及会衔具奏又不自引咎之处，明白回奏』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安奏：『熟番募补屯丁事宜：一、全郡熟番九十三社，约可挑壮丁四千名。请分为大屯四处、每屯安设四百人，小屯八处、每屯安设三百人，作为额缺；即令在本社防守。户小之社或数村归并，或附入大社。其立屯之地应酌量地势，按照番社多寡，与营汛官兵声息联络。一、屯弁照四川屯练之例，南、北两路额设屯千总二员，统领番众；屯把总四员，分管各屯。每屯设屯外委一员，即在番社头目内择其曾经出力及素所信服者，由总兵拣选充补，详明督、抚给与札付，报部存案。一、番界内山现有未垦及入官埔地八千八百余甲，请将屯丁每名拨给二甲、外委每员三甲、把总每员五甲、千总每员十甲，自行垦种，免其纳赋。一、埔地民番界址混淆，现在丈出已垦一万一千二百余甲内民买番地业经抽有番租，请照同安县下沙科则按亩纳银，免其输粟。其集集埔、虎仔坑、三貂、琅峤等处民人私垦尤多，亦准一例升科。自此次清查后，立石定界，永禁偷越。一、屯丁习用器械，应呈报总兵逐加印烙，于每年巡查时点验一次。一、番民既挑补兵丁，应将一切徭役概免承应』。下军机大臣议行。
是月，钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务公福康安、福建巡抚徐嗣曾奏：『台湾难民内有茕独残疾及极贫者，查明大口共十四万一千九百六十八口、小口共八万六千九百七十二口，展赈一月口粮并给银苫盖草寮共九万八千五十间』。得旨：『览奏俱悉。所全活难民不少矣』。又奏：『南、北两路投出余匪甚多，除陈泮一犯仍解京审解外，酌将出力者解赴内地安插，余俱发遣他省』。下部知之。
--以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千三百五。
六月初三日（甲午），谕军机大臣等：『从前平定伊犁、回部、大小金川，皆于太学立碑，以示武功。台湾不过乱民聚众，海岛一隅，虽不值刊碑太学；而此次办理迅速，首伙生擒，亦不可无纪实之作。朕现在驻跸热河，欲将此次平定台湾事迹，御制碑文于热河文庙大成门庑内嵌石刊刻，俾振武敷文盛轨，永昭上塞。俟碑文制就，当一并发与福康安等在台湾、厦门等处配建碑亭勒石。所有前次发去之纪事文二篇，着福康安等暂缓镌刻；俟此次御制碑文发往后，一同敬谨摹勒：庶规模丈尺咸归画一，足以壮观瞻而垂久远』。
初六日（丁酉），谕曰：『福康安等奏「清查台湾积弊，酌筹善后事宜」一折，已令大学士九卿议奏矣。内称：「向来台湾各营自总兵至守备衙门，皆有兵丁听候差遣；分为旗牌、伴当、内丁、管班四项名目，各有目兵管领。总兵署内多至三百人，副将以至守备依次递减，至少有三十余人。请嗣后将四项名目全行禁革，各署内酌留该班兵丁轮流亲自上班」等语。额设兵丁，原以备差操、防守之用。乃台湾镇将各署内竟设有旗牌、伴当等四项名目管领额兵，总兵署内至有三百余人之多，以致各该兵丁分班轮值；其余俱在外自谋生理，甚至有挂名在内、贴钱包差代班差操等弊，实属不成事体，不可不严加禁革！披阅之下，殊为骇异。但台湾既有此等情弊，恐别省提、镇将弁各署亦有似此者；着各省督、抚即行详悉严查，毋许各提、镇将弁设立旗牌等名目，私令所辖兵丁在署差用。设或署中需人差遣，原不妨酌留数人听用。如有仍前设立名目任意役使兵丁至如许之多者，即将该提、镇将弁严参治罪；务令额兵一体照常操演，毋许藉端旷伍，致滋他弊。至台湾镇、道各员恃有重洋间阻，督、抚耳目难周，无不通同徇隐，尤为恶习。前已降旨，令将军、督、抚、提督大员分年巡察。第恐日久因循，不能认真整饬。嗣后该将军等于每年轮往查察，即将镇将及道、府、厅、县各员通行查核，出具考语具奏；其备弁佐杂各员应行考察咨部者，亦一体留心查核，一面报部、一面据实具奏。务宜实力整顿，秉公办理，毋得稍有徇隐袒庇情事。倘在台各员有贪纵殃民款迹，别经发觉，即将未经参效之人从重治罪。再，台湾远在海外，如遇有紧要案件，该处
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