用兵以来，朝廷和百姓都感到负担沉重，请求合并省份减少官员，退掉靠近要塞的士兵让他们在内地谋生。”朝廷听从了他的意见，这样节省了不少守边的开支。改任参知政事，授职工部侍郎、枢密使，升任户部，授职同中书门下平章事、昭文馆大学士、监修国史。庞籍初任宰相，而且单独一人，立即成为昭文馆大学士，完全是破格特殊的任职。
侬智高叛乱，朝廷多次出师不利，派遣狄青为宣抚使。谏官韩绛说武人不应当专任，仁宗以此询问庞籍。庞籍说：“狄青起自行伍，如果用文臣来辅佐他，会造成号令不统一，还不如不派遣。”诏令岭南诸军，都接受狄青节度。不久战胜敌人的捷报传到朝廷，仁宗高兴地说：“狄青打败敌人，是庞籍你的力量啊。”于是想以狄青为枢密使、同平章事，庞籍为此力争，朝廷不听。岭南平定后，二广举人推恩者达六百九十一人，论者认为过分。
不久，兖州学究皇甫渊由于捕捉盗贼有功，按照法律规定应当奖赏钱，皇甫渊多次上书请求朝廷任用。道士赵清贶与庞籍是姊妹亲家，受欺骗替皇甫渊向庞籍求用，于是与堂吏共同接受了皇甫渊的贿赂。小吏控告他们，结果庞籍降职开封府，将清贶捕捉，发配到其他边远州县，未到，在路上就死了。韩绛上言说庞籍暗中吩咐府吏杖杀赵清贶来灭口供，朝廷反覆核查没有此事。但上奏不断，于是罢为郓州知州。居留数月，兼观文殿大学士。授职昭德军节度使、知永兴军，改任并州知州。
仁宗身体不适，庞籍曾暗中上疏，请求选择宗室中的贤俊之士为皇太子，言辞十分恳切。由于擅自听任麟州在白草平修筑堡垒，而州将武戡等被西夏人打败，因此又为观文殿大学士、户部侍郎、知青州。升任尚书左丞，没授职。调往定州，奉召回到京师，上书朝廷告老还乡，不久以太子太保致仕，封为颍国公。去世，终年七十六岁。这时仁宗身体不适，废朝、临奠都未实现，只派遣使者吊唁并资助其家办理丧事。追赠司空，加侍中，谥号“庄敏”。
庞籍通晓律令，擅长吏事。执法严密，军中有人犯法，或断肢斩首剖腹分裂肢体，或多次抽打致死，因此士兵们都害怕而服帖。治理百姓十分爱惜，到他任宰相时，其声望比在郡县任官时要低。儿子庞元英，朝散大夫。孙子庞恭孙。
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