舜之道，极其简明而不烦杂，扼要而不迂阔，容易而不繁难。但是后世学者不能晓，才以为高不可及。”神宗说：“你这可说是以难为之事要求我了，我自顾微末之身，恐怕无法与你的这番好意相称。你可以尽心尽意地辅助我，希望共同成就这一目标。”
一天讲学，大臣们都退朝了，皇上让王安石留坐，说：“我有一些事情想和你慢慢讨论。”因此说“：唐太宗必须得到魏征，刘备必须得到诸葛亮，然后可以有所作为，这二人确实不是代代都有的杰出人物。”王安石回答说：“陛下果真能为尧、舜，那必然会有皋陶、后夔、后稷、..；果真能为高宗，那必然会有傅说。魏征、诸葛亮两人都是有识之士所不耻的，有什么值得称道的呢？以天下之大，人民之多，百年治平相承，学者不能说不多。然而经常忧虑无人可以帮助陛下治理国家，这是因为陛下选择人才的方法不明确，诚意待人做得不到家，虽然有皋陶、后夔、后稷、..、傅说那样的贤人，也会被小人遮蔽，藏身退隐而去的。”神宗说：“哪个朝代没有小人？即使是尧、舜时代，也免不了有四凶。”王安石回答说：“只有能够辨别四凶而惩处他们，这才所以成为尧、舜。假使让四凶任意谗害忠良，妄为邪恶，那么皋陶、后夔、后稷、..难道也肯得过且过地拿着俸禄而虚度一生吗？”
登州有名妇女厌恶自己丈夫相貌丑陋，夜里用刀砍杀丈夫，伤重没有死。这件案子上报朝廷后，朝中讨论一致认为这名妇女应判死刑，独有王安石引用法律辩驳证明，适合从谋杀伤律条，减死刑二等论处。神宗同意王安石的意见，并且把它定为法律。
熙宁二年(1069)二月，王安石被任命为参知政事。神宗对王安石说“：人们不能了解你，以为你只知道经学，不明白世上的事务。”王安石回答说“：经学正可以用来治理世上的事务，但是后世所谓学习经学的读书人，大都是些庸人，所以世俗就认为经学不可以施行于世务了。”神宗又问“：那么你首先要施行设置的是什么呢？”王安石说：“改变风俗，建立法度，为今天当务之急。”神宗认为很对。于是设立制置三司条例司，任命王安石和知枢密院事陈升之共同掌管。王安石令他的同党吕惠卿承担条例司的日常事务。从此农田水利、青苗、均输、保甲、免役、市易、保马、方田等法相继问世，称为新法，并派遣提举官四十多人，颁行新法于天下。
青苗法，是把籴买常平粮的本钱作为青苗钱，散给百姓，要他们出二分的利息，春天散出秋天收回。均输法，是把发运的职能改为均输，朝廷给予钱币和米粮，凡是上供朝廷的物品，都必须离开价钱高的地区而在价钱便宜的地区购买，以路程近的地区代替路程远的地区，预先报告京城仓库需要购买的物品，以便能在价钱便宜时购买贮存。保甲法，乡村人口编入户籍簿，两名男丁取一人，十家为一保，保丁都发给弓弩，教他们战斗阵法。免役法，根据百姓家庭财产多少，分别令他们出钱雇人充役，下至单丁户、女户，本来不要服役的家庭，也一概出钱，叫助役钱。市易法，允许私人向官府赊购或借贷货物钱款，以自己的田地、住宅或金帛作为抵押，出息十分之二，超过期限没有交纳的，利息之外每月另加罚金百分之二。保马法，凡是五路义勇保甲愿意养马的，每户养一匹，用牧马监现有的马给他们喂养，或是官府给买马的钱，让他们自行购买，每年检查一次马的肥瘦程度，死亡或生病的要补偿。方田法，把东、西、南、北各千步，相当于四十一顷六十六亩一百六十步作为一方，每年九月，县令、县佐分地丈量计算，检验土地肥瘠，确定这些土地的成色，分为五个等级，按照土地的等级，均定赋税数额。还有免行钱，规定京城各行各业根据获利多少，都必须交纳免行钱，给予免除行户当差。自从这些法令推行以后，全国各地争言农田水利，古代的陂塘和废弃的堤堰，都必须兴建修复。又下令平民百姓可以投递密封状，增加价钱购买坊场，又增加茶、盐的税收数额，又设置河北籴便司，在临近河流的州县广积粮食，以备粮饷运输。从此赋税聚敛越来越重，而天下骚动不安了。
御史中丞吕诲说王安石有十大过失，神宗为此派吕诲去做地方官，王安石推荐吕公著代替吕诲任御史中丞。韩琦规劝神宗停止实行青苗法的奏疏送到朝廷，神宗感到醒悟，打算同意韩琦的意见，王安石立即要求辞职离去。司马光为神宗起草批答诏书，其中有“士大夫沸腾，百姓骚动”的话，王安石大怒，上章为自己辩护，神宗用恭敬的言语表示歉意，派吕惠卿传达旨意，韩绛又劝神宗留下王安石。王安石入朝谢恩，因而对神宗说了朝廷内外大臣、从官、台谏官、朝士互相依附勾结的情况，并且说：“陛下想用先王的正道战胜天下流于颓靡风俗的人，所以是与天下流俗相互较量轻重。流俗的这个秤锤重了，那么天下的人们就都归向流俗；陛下的这个秤锤重了，那么天下的人们就都归向陛下。秤锤与物体较量轻重的时候，虽然是重达千钧的物体，增加或减少秤锤一铢一两的重量就会使准确性发生改变。今天奸邪之人想败坏先王的正道，以此阻止陛下所做的改革。现在正是陛下和流俗的秤锤较量轻重的时候，流俗增加铢两的重量，虽然极其微小，但是天下这一秤锤，已归属于流俗了，这就是天下议论纷纷的缘故。”神宗认为是这样。于是王安石重新任职治事，韩琦的意见没有得到采纳。
王安石与司马光一直相交甚厚，司马光根据朋友之间互相督促行善的道理，三次写信给王安石反复劝说，王安石很不高兴。神宗欲起用司马光任枢密副使，司马光还没有任职时，而王安石执政，于是这项任命就中止执行了。虽然吕公著是王安石推荐的，也因为请求罢除新法而被派出任颍州知州。御史刘述、刘琦、钱岂页、孙昌龄、王子韶、程颢、张戬、陈襄、陈荐、谢景温、杨绘、刘挚，谏官范纯仁、李常、孙觉、胡宗愈都因为与王安石意见不合，相继离开朝廷。王安石很快提升秀州推官李定任御史，知制诰宋敏求、李大临、苏颂封还任命诏令，御史林旦、薛昌朝、范育弹劾李定违背孝道，都被罢免并逐出朝廷。翰林学士范镇三次上疏议论青苗法，被罢免职务而退休。吕惠卿因父亲去世离开朝廷，王安石不知道把吕惠卿离开后的空缺委任给什么人时，得到了曾布，很信任他，信任的程度仅次于吕惠卿。
熙宁三年(1070)十二月，王安石任同中书门下平章事。第二年春天，京东路、河北路发生暴风的异常现象，百姓十分恐慌。神宗批示中书省，令省事安静以应付天变，放还这两路应募的农夫，责罚不如实反映汇报情况的监司、郡守。王安石扣住而不下达这道诏令。
开封百姓为逃避保甲，有切掉自己手指、砍断自己手腕的人，知府韩维报告朝廷，神宗问王安石，王安石回答说“：这些事我固然还没有知道，即使有这种情况，也不足为怪。今天士大夫对于新政，尚且吵吵嚷嚷感到惊异；何况二十万户百姓，必然会有由于愚蠢而受到别人蛊惑煽动的人，怎能因为这种人而不敢有所作为？”神宗说“：听取百姓的各种意见就能取得成功，百姓的意见也不能不畏惧。”
东明县百姓有人拦住宰相的马头控诉助役钱，王安石对神宗说：“知县贾蕃是范仲淹的女婿，喜好附和流俗，导致百姓做了这种事。”又说“：治理百姓应当知道他们的真假利弊，不可以向他们表示无原则的姑息宽容。如果放纵他们使之妄经中书省、御史台等中枢机构，击鼓拦驾，凭借人多以图侥幸，这不是治理国家的办法。”王安石强词夺理，违背常理，都像这样。
皇帝起用韩维为御史中丞，王安石怀恨韩维以往的言论，指责韩维善于附和流俗以此否定神宗所建立的新法，这次任用因韩维的辞谢而结束。欧阳修请求退休，冯京要求朝廷挽留他，王安石说“：欧阳修依附韩琦，推崇韩琦是关系国家安危的大臣。这样的人，在一郡就败坏一郡，在朝廷就败坏朝廷，留下他有什么用呢？”于是神宗同意欧阳修退休。富弼因为阻挠施行青苗法被解除了宰相职务，王安石说这不足以阻止奸邪小人，甚至把富弼比作为共工、鲧。灵台郎尤瑛说天气阴了很长时间，星辰失去了正常运行，应该黜退王安石，朝廷立即把尤瑛刺面发配到英州。唐穅本是因王安石的推荐而担任了谏官，只因他借请求奏对的机会极力论说了王安石的罪过，结果被贬谪而死。文彦博说市易法是与百姓争利，致使华山崩塌。王安石说：“华山的变化，仅是天意为小人而发作的。市易法的起用，是由于平民长久穷困，用它来抑制兼并，对官府有什么利益呢？”压下了文彦博的奏章，把他派出去任魏地留守。吕公著、韩维，是王安石凭借他们树立自己声誉的人；欧阳修、文彦博，是推荐王安石的人；富弼、韩琦，是曾追随王安石的人；司马光、范镇，是与自己友情甚厚的人，王安石都不遗余力地加以排斥。
礼官讨论确立太庙中太祖神主牌位东向的位置，王安石独自决定把僖祖的神主牌位奉入祧庙，参加讨论的官员联合起来与王安石争论，没能改变他的决定。上元节的傍晚，王安石跟随圣驾骑马进入宣德门，守门卫士大声呵叱阻止，并鞭打王安石骑的马匹。王安石发怒，上章要求逮捕惩办这些卫士。御史蔡确说“：宫廷中值宿的卫士，保卫皇帝而已，宰相不在他应该下马的地方下马，卫士理所应当加以呵叱制止。”皇帝终于还是杖打卫士，斥责内侍，王安石还是愤愤不平。王韶开拓熙河成功向朝廷报告功绩，神宗因为这是王安石的建议，解下自己身佩的玉带赐给王安石。
熙宁七年春天，全国一直干旱，饥民流离失所，皇帝忧容满面，上朝时感叹不已，想要罢除全部不好的法度。王安石说“：水旱灾害是常会发生的事，尧、汤时代也不能避免，这事不足以使陛下忧虑，不过应当治理好人为之事来应付天灾。”神宗说“：这怎么是小事，我所以感到恐惧，正是因为没能做好人为之事。现在收取免行钱太重，人们怨叹，甚至有人说出对朝廷不恭顺的话来。自亲近大臣到皇后家族，没有不说免行钱有害的。两宫太后声泪俱下，担忧京城里会发生动乱，认为天旱更加失去了人心。”王安石说“：亲近大臣不知是谁，如果两宫有这种话，那一定是向经、曹佾所干的。”冯京说“：我也听说了。”王安石说“：士大夫中不如意不得志的人都归附冯京，所以只有冯京听到这些话，我是没有听说。”监安上门郑侠上疏，把所见到的流民扶老携幼的困苦情状，画成图进献神宗，说：“旱灾是由王安石招致来的。罢免王安石，上天一定会下雨。”郑侠又因为这事被放逐到岭南。慈圣、宣仁两位太后痛哭流涕地对神宗说：“王安石扰乱了天下。”神宗也怀疑王安石，于是罢免了他的宰相职务，任命为观文殿大学士、知江宁府，从礼部侍郎超九转而为吏部尚书。
吕惠卿服丧期满时，王安石早晚不停地推荐他，这时，王安石奏请皇帝让吕惠卿任参知政事，又要求召韩绛代替自己。二人坚持王安石制定的成法，没有丝毫改变，当时韩绛的绰号是“传法沙门”，吕惠卿的绰号是“护法善神”。然而吕惠卿实际上是想自己掌握大权，害怕王安石重新回来当政，就乘办理郑侠案件的机会陷害王安石弟弟王安国，又兴起李士宁案件来倾覆王安石。韩绛觉察到吕惠卿的用意，秘密奏知皇帝请求召回王安石。熙宁八年二月，王安石再次被委任为宰相，他接到诏令后，立即兼程赴京。《三经义》写成，王安石加官为尚书左仆射兼门下侍郎。任命他的儿子王蚞为龙图阁直学士。王蚞推辞不就，吕惠卿劝说皇帝接受他的请求，因此王、吕间猜疑成仇更加明显。吕惠卿被蔡承禧弹劾，在家等待皇帝的处理诏令。王蚞暗示御史中丞邓绾再次弹劾吕惠卿和华亭县知县张若济共同犯法谋利事，立案审查他们，吕惠卿被派出任陈州知州。
十月，彗星出现在东方，神宗下诏征求直言得失，以及询问政事之中不能与百姓相和谐的方面。王安石带领同朝大臣们上疏说：“晋武帝五年，彗星出现在轸宿；十年，又有孛星出现。然而晋武帝在位二十八年，与《乙巳占》所预言的日期不符合。这是因为天道遥远，先王虽然有官方占卜的预言，但他所相信的仍是人为之事。天文的变化无穷无尽，上下牵强附会，难道就没有偶然的巧合？周公、召公，怎么会欺骗成王。他们说到中宗在位的时间很长，就说‘
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