著以侍读的身份返回朝廷。太皇太后派使臣迎接，询问他所想要说的，吕公著说：“先帝本意，以宽省民力为先务。但建议的人以变法侵夺百姓为务，与自己意见不同的统统斥去，因此日久而弊端更深，新法颁行而百姓更加困苦。诚然能得公允正直之士，讲求天下利弊，同心协力而为之，应该不难。”到达朝廷就上言说“：人君才即位，应该正始以示天下，修德以安百姓。修德的要旨，莫先于学习。学有积渐至于光明，则天天更新以至于至治，这是学习的效力。谨冒死陈述十事，曰畏天、爱民、修身、讲学、任贤、纳谏、薄敛、省刑、去奢、无逸。”又请求备置谏员，以开言路。被授予尚书左丞、门下侍郎。
元..元年(1086)，吕公著被授予尚书右仆射兼中书侍郎。中书、门下、尚书三省一同建置，中书独为取旨之地。吕公著就请求事于三省者，与执政大臣共同进呈，取旨而各自实行。又执政官员通常几天在政事堂一聚，事情多由其长官决定，同事不得干预。至此，才命每天集聚，于是成为定制。吕公著与司马光同心辅政，推本先帝之志，凡是打算变革却没来得及予以变革以及已经变革而未形成定例的，一一全部实行。百姓欢呼鼓舞，都以之为便。司马光去世，吕公著独自当权，所任命的官吏都是当时的佼佼者。当时科举废除词赋，专用王安石的经义，而且杂以佛教的学说。凡士子从一句话以上，非新义不能用，学习的人以至于不诵读正经，只窃取王安石之书以营谋官职地位，精熟的人转上第，因此科举越来越坏。吕公著开始命令主管科举的部门不得以老、庄书中出题，应试科举的士人不得以申、韩、佛书为学，经义参用古今各家儒说，不得专取王氏。恢复贤良方正科。
右司谏贾易因言事攻击别人短处直接诋毁朝廷大臣，将要被严厉责罚，吕公著替他说话，只罢知怀州。吕公著退朝对同事说：“谏官所议论，得失不足言。看主上正值壮年，担心今后有人进谀说惑乱，正是依赖左右诤臣，不可以使人主轻厌言事之人。”众人没有不叹服的。
吐蕃首领鬼章青宜结很久以来成为洮、河一带的祸患，听说朝廷息兵省戍，暗地与西夏人合谋再取熙、岷州。吕公著报告派遣军器丞游师雄以方便谕求众将，不过一个月，活捉鬼章青宜结致于朝宫下。
神宗在资善堂宴请亲近大臣，拿出所书写的唐人诗分赐给众人。吕公著就聚集所讲书中要语明白、切合于治道的，共一百篇进献，以备神宗游意翰墨，作为圣学的帮助。
元..三年四月，恳请辞去职位，被授予司空、同平章军国事。宋朝建立以来，宰相以三公平章重事者四人，而吕公著与他的父亲居其二，士人羡慕吕氏的荣耀。诏令在东府南面建造府第，打开北门，以方便执政大臣聚会议事。凡是三省、枢密院的职责，都得总理。每隔一天一朝会，因到都堂，吕公著出不以时，这是特殊的恩典。
第二年二月吕公著去世，终年七十二岁。太皇太后接见辅佐大臣哭泣说：“国家不幸，司马相公已死，吕司空又逝世。”痛惜怜悯了很长时间。神宗也悲痛感伤，就到吕家临幸祭奠，赐给金子布帛万计。赠太师、申国公，谥号为“正献”，亲自书写墓碑头曰《纯诚厚德》。
吕公著从年青时讲学，就以治心养性为本，平日居处时无疾言厉色，对于歌舞钱财荣耀，淡泊无所喜好。暑热不挥扇，寒冷不烤火，简重清静，大概是天生禀性使然。他的识见深切敏锐，气量宽宏而且学问精粹，遇事善于决断，如果对国家有利，不因私下的利害动摇其心。与人交往，出于至诚，好德乐善，见士大夫以人才为意的，必问其所知道的与所听到的，参互考语查实，以达闻于皇帝。每每议论政事，总是博取众人之长以为善，他自己认为应当信守的，则坚决按自己的意志办，从不改变自己的信念。神宗曾经说他是真正的名副其实的人才。尤其能做到避远声迹，不以知人自处。
起初，吕公著与王安石很好，王安石待之如兄长，王安石能言善辩，没有人与之抗衡，唯独吕公著能以精辟的见识和简洁的言语制服他。王安石曾说“：疵吝每不自胜，一到长者面前，即废然而反，这就是说使人打消自己的念头，这一点在吕公著那儿体现得最充分。”又曾对人说“：吕公著为相，吾辈可以谈论做官了。”后来王安石得志，受到重用，以为吕公著必定会帮助自己，但吕公著却数次公开上言，陈述他的过失，因此二人交情不终。吕公著尤其擅长演讲，语言精约而道理尽明。司马光说“：每次听吕公著演讲，就觉得自己的语言太烦杂。”吕公著就是这样受到当时名流的敬重。
绍圣元年(1094)，章..为相，任命翟思、张商英、周秩任言官，议论吕公著更变熙丰法度，削除他的赠谥，毁坏皇帝所赐碑，再贬谪为建武军节度副使、昌化军司户参军。徽宗即位，追复为太子太保。蔡京擅政，又降为左光禄大夫，载入元..党人籍，不久恢复为银青光禄大夫。绍兴初年，赠谥全部封还。吕公著的儿子吕希哲、吕希纯。
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