”曾巩进上《太祖总论》，神宗意思不满意，于是亲自写信把苏轼调到汝州，其中这样说“：苏轼贬谪居住期间反思自己的错误，经过一年更加深刻，人材确实难得，不忍心一直弃而不用。”苏轼还没有到达汝州时，上书说自己饥寒贫穷，在常州有田地，希望能到常州居住。早晨上奏，傍晚皇帝就答复同意了。
路过金陵，见到王安石，苏轼说“：兴大兵起大狱，是汉、唐灭亡的征兆。祖宗以仁厚治理天下，正是想革除它。现在西方打仗，连年不得解除，东南几次兴起大狱，您独不能说句话来制止它吗？”王安石说：“这两件事都是吕惠卿挑起的，我在朝廷外面，怎么敢说话？”苏轼说：“在朝廷就说，在朝廷外就不说，这是侍奉皇帝的常礼。皇帝对待您的不是常礼，您对待皇上，怎么可以用常礼呢？”王安石大声说：“我王安石要说话的。”又说“：话出自我王安石之口，进入你苏子瞻的耳朵。”又说“：一个人要知道做一件不义的事，杀一个无辜的人，虽能得到天下也不去做，这才可以。”苏轼开玩笑说：“现在的君子，争着要减半年磨勘，虽去杀人也会干的。”王安石笑而不答。
苏轼到常州时，神宗去世，哲宗即位当皇帝，恢复苏轼为朝奉郎、登州知州，召入朝廷任礼部郎中。苏轼过去与司马光、章..友好。当时司马光任门下侍郎，章..知枢密院，二人意见不合，章..经常开玩笑侮辱围困司马光，司马光对此很苦恼。苏轼对章..说“：司马君实现在声望很高。以前许靖因为只有虚名而没有实际才能，为蜀先主鄙视，法正说‘：许靖虚假的名声，在四海流传，如果对他不加礼遇，必然会被认为轻视贤人而受到损害。’先主采纳了他的意见，就让许靖担任司徒。许靖尚且不可轻慢，何况是君实呢。”章..认为苏轼说得对，司马光借此得以稍稍安定。
升任起居舍人。苏轼起自忧患之中，不想立即进入要害部门，他向宰相蔡确要求辞去这一职务。蔡确说“：您在仕途盘旋已经很久了，朝廷中没有人能超过您。”苏轼说“：以前林希与我同在馆阁中，而且他年纪比我大。”蔡确说：“林希果真应当比你先提拔吗？”最终还是不同意。元..元年(1086)，苏轼穿戴七品官服入延和殿侍奉皇帝，哲宗立即赐给苏轼用银装饰的红色六品官服，升为中书舍人。
起初，祖宗时，差役法实行的时间长了产生弊病，百姓中服役的人却不习惯所服的差役，官府又残暴地役使他们，导致多数人破产，地多人少的地方有人终年得不到休息。王安石在神宗朝任宰相时，把差役法改为免役法，根据户等的高低让他们出钱雇人服役，执行免役法的官吏向百姓索取超过规定的钱财，因此免役法成了百姓的祸患。司马光任宰相，知道免役法的危害，而不知它有利的一面，打算恢复差役法，选派官吏和设置机构，苏轼被选中。苏轼说：“差役法、免役法，各有利弊。免役法的害处，在于聚敛民财，百姓十室九空。聚敛于上而下面却有钱荒之害。差役法的害处，在于百姓常在为官府服役，不能集中力量务农，而贪官污吏得以乘机敲榨勒索。这二者危害的轻重程度，大致相等。”司马光说“：你说怎么办呢？”苏轼说“：法令制度连续相承事情就容易成功，事情渐渐变化百姓就不会惊慌。三代的制度，兵农合一，到秦朝才分为二，等到唐朝中叶，把府兵全部改变为长征健儿，自从那时以来，百姓不知道当兵，当兵的也不知道务农，农民出粮食布帛养活军队，军队出性命保卫农民，天下都感到方便。即使圣人再出现，也不能改变这种情况。现在的免役法，实际上大致和这一样。您想立即废除免役法而实行差役法，正好像废除了长征健儿而恢复府兵，不容易吧？”司马光听了不以为然。苏轼又到政事堂陈述自己的意见，司马光很不高兴。苏轼说“：过去韩魏公在陕西招纳义勇，您任谏官，为此事争辩得十分激烈，韩公不高兴，您也不顾。我过去听您讲这事的详细情况，难道您今天做了宰相，就不允许我讲完自己的意见吗？”司马光笑笑。不久苏轼被任命为翰林学士。
元..二年(1087)，苏轼兼任侍读。每当给皇帝读书读到治乱兴衰、邪正得失的时候，无不反复开导皇帝，希望对皇帝有所启发醒悟。哲宗虽然恭敬而沉默不语，但总是点头肯定。苏轼曾给哲宗读祖宗《宝训》，因此讲到时事，苏轼说：“现在赏罚不分明，对善恶没有什么鼓励或阻止的措施，又有黄河大势正向北流，然而强行使它向东流；西夏人入侵镇戎军，杀死掠走几万人，军队主帅不向陛下报告。如果每件事都是这样的话，恐怕会渐渐成为衰乱的开端。”
苏轼曾经锁在皇宫宿值，奉召入对便殿，宣仁太后问他说：“你前年任什么官职？”苏轼回答说：“我任常州团练副使。”宣仁太后问“：现在担任什么官职？”苏轼回答说“：我现在担任翰林学士。”宣仁太后问“：为什么被迅速提升到这个官职？”苏轼回答说：“我遇到了太皇太后、皇帝陛下。”宣仁太后说：“不是。”苏轼说“：难道是大臣们推荐的？”宣仁太后说“：也不是。”苏轼吃惊地说“：我虽然不肖，但也不敢通过其他途径来得到提升。”宣仁太后说“：这是先帝的意思。先帝每次诵读你的文章，一定感叹地说：‘奇才，奇才！’只是没来得及提拔任用你罢了。”苏轼不觉痛哭失声，宣仁太后与哲宗也哭泣，左右侍从也感动得泪下涕流。过了一会儿让苏轼坐下喝茶，撤下皇帝御前的金莲烛送苏轼回到学士院。
元..三年，苏轼权知礼部贡举。适逢大雪纷飞十分寒冷，参加贡举考试的士人坐在庭院中，噤冷得说不出话。苏轼放宽对他们的禁约，使他们得以施展自己的全部才能。巡铺内侍每每折辱应试的举人，并且拿举子文章中意思暧昧的单词，诬陷为罪状，苏轼全部上奏朝廷赶走了他们。
元..四年，因为积久评论政事，苏轼为当权大臣所恼恨。苏轼担心不被大臣宽容，请求出任地方官，任龙图阁学士，知杭州。还没走，谏官说前任宰相蔡确知安州时，写诗借郝处俊事来讥讽太皇太后。大臣们讨论把蔡确迁到岭南。苏轼秘密上疏说“：朝廷如果从轻处罚蔡确的罪行，那么对皇帝以孝治国来说是不够的；如果从重处罚蔡确的罪行，那么对于太皇太后的仁政不免有些损害。我认为应该是皇帝降旨设置诏狱逮捕蔡确治罪，然后太皇太后出示亲笔诏令赦免他，那么仁孝两个方面都照顾到了。”宣仁太后内心赞同苏轼建议却不能采纳。苏轼到京城郊外，哲宗沿用前任执政大臣的恩例，派内侍赐给苏轼龙茶、银合，慰劳很优厚。
不久苏轼到杭州，杭州大旱，饥馑瘟疫一起发生。苏轼向朝廷请求，减免本路上供米三分之一，又得到赐给剃度和尚的度牒，换成大米来救济饥饿的百姓。第二年春天，又减价出卖常平米，做了很多的厚粥和汤药，派人带着医生分街坊给百姓治病，救活了很多人。苏轼说：“杭州，水陆交会的地方，因瘟疫死亡的人常常比其他地方多。”于是集中多余的公款二千缗，苏轼又拿出自己的黄金五十两，办起病坊，稍微积蓄一些钱粮收治有病的百姓。
杭州本来靠近大海，地下的泉水又苦又咸，居民稀少。唐代杭州刺史李泌首先引来西湖水修建六井，百姓饮用水充足了。白居易又疏浚西湖水引入运河，湖水自运河流入农田，所灌溉的农田达千顷，百姓因此殷富。西湖水中水草很多，自唐代到五代钱氏，年年都要疏浚治理，宋朝建立后，不再疏浚治理，水草淤积形成封田，湖水几乎没有了。运河失去西湖水的补给，就从钱塘江的潮水中引水，船航行在城市中，湖水又挟带大量的泥沙淤积运河，每隔三年就得淘一次，成为百姓的一大灾害。六井也几乎被废坏了。苏轼看到茅山有一条河专门容纳钱塘江潮水，盐桥有一条河专门容纳西湖水，于是疏浚这二条河道以通航。再修造堤堰闸门，控制西湖水的蓄积与排泄，钱塘江潮水不再进入杭州城内。又用剩余的人力修复了六井，再把挖出来的淤泥堆积在西湖中，南北长三十里，修筑成长堤以来往行人。吴地百姓种菱，春天就除草，不留寸草。苏轼又雇募人力在西湖中种菱，水草不再生长。把种菱的收入备作以后修浚西湖的费用，取救济荒灾剩余的一万缗钱、万石粮食；以及申请得到的一百张僧人度牒用来雇募民工。长堤筑成，在堤上种植芙蓉、杨柳，望去好像图画，杭州人把长堤命名为苏公堤。
杭州和尚净源，原来居住在海边，与海船客商交往，海船到高丽，客商交口称赞他。元丰末年(1085)，高丽王子义天来宋朝拜，因而前往净源住处拜访。到这时，净源死了，他的门徒偷偷地拿着他的遗像，搭海船前往高丽报告。义天也派他的门徒来祭奠净源，并且拿着高丽国母的两座金塔，说是祝两宫太后寿辰。苏轼不接受，上奏说：“高丽很久不进贡了，失去了朝廷赐给他们的厚利，他们的意图是想要求朝贡，但不了解我们对待他们的厚薄，所以借祭奠死去的和尚而行祝寿之礼。如果接受他们的贺礼而不回报他们，高丽将会产生怨恨的思想；接受贺礼而厚赐他们，又正好堕入他们的计策中。现在朝廷应该不参予这件事，让州郡自行以理由拒绝他们的礼物。那些平庸的和尚狡猾的客商，给国家挑起事端，这种事不可渐长，应该痛加惩治。”朝廷完全同意苏轼的意见。不久，来进贡的高丽使臣果然到了，按旧例使臣所到的吴越七个州，要花费二万四千余缗钱。苏轼于是命令各州根据情况裁减开支，百姓获得交易的好处，再也没有受到侵扰的危害。
浙江潮自海门东来，势如雷霆，而浮山屹立在江中，与渔浦各山犬牙交错，水流相激，漩涡回旋，每年损坏的公私船只不可胜数。苏轼建议自浙江上游名叫石门的地方，沿山向东，开凿成运河，引浙江及溪谷各水二十多里到达钱塘江。又沿山作河岸，不出十里到达龙山大慈浦，自浦北转弯抵达小岭，开凿六十五丈山岭通达岭东古河，疏浚古河几里到达龙山漕河，以避开浮山之险。人们认为便利。奏章上报朝廷，有厌恶苏轼的大臣，极力阻止这个计划，因此凿河工程没有完成。
苏轼又说：“三吴地区的水，蓄积形成太湖的水，溢出形成松江流入大海。大海每天两次潮汐，潮水浑浊而江水清澈，潮水常常要淤塞松江水道，然而江水清澈流速快，随即就把泥沙冲走，出海口经常是通畅的。因此吴中地区很少有水灾。过去苏州以东地区，公私船只都用竹篙撑行，没有在陆地背纤行船的。自庆历年间以来，松江大筑背纤的道路，修建长桥扼塞松江水道，所以现在三吴地区多水灾，我打算凿平背纤道路，修建千桥，以加快江水的流速。”这个建议也没有被采纳，人们都感到很遗憾。苏轼二十年间两次到杭州任官，因他对杭州百姓有恩德，百姓家中有他的画像，吃饭时一定要在像前祝福。又修建苏轼生祠以报答他的恩德。
元..六年，苏轼被召为吏部尚书，还没有到任。因为弟弟苏辙任尚书右丞，苏轼改任翰林承旨。苏辙推辞尚书右丞的职务，想和兄长苏轼一同担任侍从官，朝廷没有同意。苏轼到翰林院几个月，又因为谗言请求出任地方官，于是以龙图阁学士出知颍州。以前，开封府各县多水灾，地方官吏不深究造成水灾的原委，挖开陂泽，把水注入惠民河，惠民河容纳不下，造成陈州也多水灾。又打算凿开邓艾沟与颍河勾通。并且开凿黄堆想把水引入淮河。苏轼才到颍州，派官吏用水平器测量地形高低，淮河涨水时水位高出新沟几乎有一丈，如果开凿黄堆，淮水将倒灌颍州地区造成水灾。苏轼向朝廷说了自己的意见，朝廷同意了。
颍州有长期做盗贼的尹遇等人，几次抢劫杀人，又杀死捕盗的官吏兵士。朝廷用名捕捉拿他也没有擒获，被害家属又害怕他再次加害，躲避不敢说。苏轼召来汝阳县尉李直方说“：你能擒获尹遇，我当力荐于朝廷，要求从优奖赏；抓不到他，我也要以不称职奏免你的官职。”李直方家有母亲而且已经年老，他和母亲诀别后就出发了。于是李直方侦察得知盗贼所在的地方，分派人力捕获尹遇的党羽，他自己亲手戟击了尹遇，擒获了他。朝廷以事情太不符合奖赏的规定，推赏时没有赏到李直方。苏轼请求以自己的年资劳绩，应当改官阶为朝散郎，把它作为对李直方的奖赏，朝廷没有同意。后来吏部认为苏轼应当升官，以符合苏轼的考绩，苏轼说已经许给李直方了，又没有得到答复。
元..七年，调任扬州。过去发运司主管东南漕运，听任
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