。十天后，入朝任权礼部尚书，为翰林学士。
元..七年(1092)，被授任尚书右丞，转任左丞。蔡京为蜀州帅臣，梁焘说：“元丰时的侍从，可以任用的很多，只有蔡京轻薄险恶贪心固执，不能任用。”又与同事议论夏国边界，意见不能协调，于是乞求去职。哲宗派亲信大臣询问他之所以去职的意思，而且令他密访人才。梁焘说“：对我信任不笃深，说话又不被采纳，而向我询问人才进用之事，不是我所敢承担的。”使者又到，就说：“可以大加任用的人才，陛下自己知道。但必须识别邪佞正直，公开天下的善恶，图谋任用旧臣中坚正纯厚、有声望的人，不被左右好恶之言所牵连以动摇圣意，则天下非常幸运。”
因病被罢为资政殿学士、同醴泉观使。按照旧有的成例，不是宰相不能任命为使，于是设置同使以示宠爱。梁焘极力辞谢，改知颍昌府。不久出京城，哲宗派有权势的宦官以复加任用的旨意晓谕他。绍圣元年(1094)，梁焘任郓州知州。朋党之论兴起，哲宗说：“梁焘常常起中正之论，其开列陈述排斥攻击，都是出于公议，朕都记下了。”因故最后被责斥，竟以司马光党羽的罪名贬退知鄂州。绍圣三年(1096)，再贬为少府监，分掌南京。第二年，三贬雷州别驾，在化州居住。当年去世，终年六十四岁。把他的儿子迁移于昭州居住。徽宗即位，才得以返归。
梁焘自从在朝廷，一心以引荐援用人物为意。在鄂州作《荐士录》，开列记载姓名。客人偶然见到此书，说：“您所培植的桃李，乘时而发，只是不向人开花罢了。”梁焘笑着说：“我出入侍从皇帝，位至执政大臣，八年之间所荐举的，用之不尽，负愧很多了。”梁焘好贤乐善如此。
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