论宰相蔡确、韩缜不是因德进用，蔡确自讼有功无罪，孙觉针对蔡确所说的予以驳斥，蔡确最终去相位。韩缜建议提升孙觉为给事中，孙觉辞谢说：“近来，执政大臣害怕别人议论自己，就以升官来引诱，希望与韩缜一起免职。”过了一个月，韩缜去相位。
升任吏部侍郎，掌领右选，在候选的有一万五千员，但缺额仅仅五分之二，以致有三年不能调任的。孙觉请求从军功、保甲进官者补指使，宗室及服丧的从员外置，一天得空缺几千。改主掌左选，请求磨勘转官以一百人为限额。提升为御史中丞，几个月后，因病请求免职，被任命为龙图阁学士兼侍讲，提举醴泉观，求提举舒州灵仙观以归家。哲宗派使臣慰劳，赐给银子五百两。孙觉去世，终年六十三岁。
孙觉有德量，被王安石所贬逐。王安石退居钟山，孙觉屈驾叙旧，二人作了几夜的长谈；到王安石死，又写文章以致哀悼，谈论的人称赞他。绍圣年中，以孙觉为元..党人，削夺职务追两官。徽宗即皇帝位，恢复官职。有《文集》、《奏议》六十卷，《春秋传》十五卷。弟弟孙览。
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