回大臣兵权，秘密地安排心腹之人，使危急时有可以依靠的。”刘光祖听说孝宗去世后，又给赵汝愚写信，劝勉赵汝愚做那些能安定国家的事。
宁宗即位后，刘光祖被任命为侍御史，改为司农少卿，他入朝奏对，献上《谨始》五箴。他又议论：“君主有六易：易依靠天命，易喜欢帝位，易安于无事，易使欲望奢侈，易懈怠政令，易在一年四季游玩。又有六难：难进用君子，难斥退小人，难接受刺耳的话，难疏远乖巧佞幸的人，难辨明是非，难决定取舍。昏庸的君主认为容易的，英明的君主认为难；昏庸的君主认为难的，英明的君主认为容易。”又说“：陛下受太皇太后的诏命，登上皇位，这是不得已的事。应该自己谦恭一些，对太上皇要以礼相待，使太上皇知道退位的欢乐，之后足能显示陛下的大孝。”皇上很高兴地接受了。
刘光祖升为起居舍人。他论奏说：“政令应该由中书制定，陛下审察之后再执行，君主操纵权柄，没有比这更重要的。”知..门事韩..胄逐渐恃势弄权，所以刘光祖首先谈论这些。刘光祖升为起居郎。百官集中讨论占卜孝宗的山陵，刘光祖和朱熹都认为会稽山的陵地，土薄水浅，请求决定重新占卜。不久，朱熹被贬，担任管宫观的闲职，刘光祖说“：汉武帝对汲黯，唐太宗对魏征，仁宗对唐介，都是暂时发怒很快就后悔。朱熹通晓古代圣贤的学说，是当今有学问的老儒者，又不是汲黯、魏征、唐介所能比的。陛下刚即位时，招揽老儒者，都是刚执政时最好的事。现在一旦无缘无故地罢去朱熹，能行吗？”并且说：“我不是帮助朱熹，我是在帮助陛下呀。”刘光祖又一次上疏，皇上没听。
刘德秀弹劾刘光祖，刘光祖出朝担任湖南运判，他没去就职，而为主管玉局观。赵汝愚被罢去宰相后，韩..胄专权，就把士大夫看成伪学逆党，不准他们做官并且永不叙用。刘光祖撰写《涪州学记》，说“：学问大的人，通晓圣人的学说并用这些学说来陶冶自己，而现在以道学为伪学；地位低的人写文章来表达自己的志向，而现在以写文章为害。好恶是暂时出现的，是非是由后世来判定的。”谏官张釜指责刘光祖是在诽谤，把他比作杨恽，刘光祖被罢官，贬到房州。过了一段时间，允许他随便搬迁。刘光祖被起用为眉州知州，官复原职，将要负责利路的漕运，他以不熟习边防的事为理由推辞。刘光祖升为直宝谟阁，主管冲佑观。
吴曦反叛，刘光祖向郡守汇报，烧吴曦张贴在交通要道的告示，并且骑马去联络帅守、监司中那些一向与自己相知的人，希望大家仗大义，团结起来共同抗贼。不久听说吴曦已经被杀，刘光祖就给宣抚使杨辅写信，讲应该推行营田，以前归吴氏所有的利益，都收回来归国家所有，以便节省军费；奖励名誉与节操、表彰为国而死的人以激励忠烈之心。刘光祖被任命为潼川路提刑、权知泸州。韩..胄被杀后，刘光祖被召用为右文殿修撰、襄阳知府，他进升为宝谟阁待制、遂宁知府，改为京、湖制置使，以宝谟阁直学士的身份为潼川知府。
皇上因为担心雨水下诏书征求意见，刘光祖上奏：“女真是我们不共戴天的仇敌，上天要灭亡这个仇敌，让他们到汴京去送死。陛下是上天的儿子，不知道去图取他们，上天送给的都不去取，这是背弃上天，没有背弃上天而上天不对我们发怒的。青、郓、兰、会州请求归附，朝廷不接纳，陛下是中原老百姓的主人，人来归附但我们拒绝接受，这是丢弃人，没有丢弃人而人不怨我们的。况且金人舍掉他们的家园，践踏我们的汴京，还能让我们派人在从前祖宗接见大臣、处理朝政的地方去拜见他们吗？”
刘光祖又请求改正宪圣慈烈皇后的忌日。原先，太后去世时是庆元三年(1197)十一月二日，这时祭天的时间迫近，有人对韩..胄说：“皇上亲自去祭天，不能不符合礼仪。况且为这次祭祀已花费了许多，怎么能停止呢？”韩..胄对皇上讲了这个人说的话，朝廷就在五日祭祀太皇太后的园陵，六日才宣读她的遗诰。于是刘光祖说：“宪圣，是陛下的曾祖母，她辅佐高宗，再次创造伟大的功业。韩..胄竟敢把她去世看成卑丧，如此将就。贼臣已经被杀，为什么不告诉祖宗，改回原来的日子呢？”皇上采纳了。
刘光祖升为显谟阁直学士、提举玉隆万寿宫。他因年龄大请求退休，皇上不许，让他提举西京嵩山崇福宫。嘉定十五年(1222)刘光祖去世，他被进升为华文阁学士，谥号“文节”。
赵汝愚称赞刘光祖劝谏时言辞激烈就像苏轼，恳切就像范祖禹，人们认为这是名言。刘光祖著有《后溪集》十卷。他的儿子是：刘端之、刘靖之、刘翊之、刘..之。
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