后，金人就逃走，他追敌人到滁州，赶上大雨雪，就回来了。获得敌人骡马一千五百三十一匹、鞍六百套，很多铠甲、旗帜。毕再遇被授予忠州团练使。
开禧三年(1207)，毕再遇被任命为镇江都统制兼权山东、京东招抚司事。他回到扬州，被授予骁卫大将军。金兵围楚州已经三个月，列营六十多里。毕再遇派将分道阻击金兵，军威大振，解去楚州之围。毕再遇兼任扬州知州、淮东安抚使。扬州有北方兵二千五百人，毕再遇请求让他们分别隶属建康、镇江军，每队不超过数人，使他们不能谋反。他又改造出轻便的铠甲，铠甲长不过膝，袖长不过肘，头盔也减轻重量，马甲换成了皮革的，车牌换成木制的并在它下面安转轴，使一个人的力量可推可举，务必使车便捷不使它沉重。敢死军，本是乌合亡命的军队，毕再遇能驾驭使用他们。陈世雄、许俊等都是毕再遇推荐的。张健雄仗自己勇武而桀骜不驯，毕再遇列出他的罪状上奏给朝廷，朝廷下令按军法杀死张健雄，众将都畏服。
嘉定元年(1208)，毕再遇被任命为左骁卫上将军。宋金和议成，他多次上疏请求回乡，皇上不许，任命他为保康军承宣使，又下诏奖励他，不久命令他带职奏事，提举佑神观。嘉定六年，他为提举太平兴国宫，嘉定十年，他以武信军节度使的身份辞官。去世，终年七十岁。被赠为太尉，积累赠官为太师，谥号为“忠毅”。
毕再遇容貌魁伟，早就以拳力闻名，那时正值罢兵，无所体现。一旦边事兴起，诸将在金兵面前望风而逃，毕再遇的威名才显现出来，并成为名将。
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