就以工部侍郎的身份出朝担任参赞四川宣抚司军事。有人说“：这是李纲救太原的事。太原不能救，只因为李纲主张与金人作战，所以才让他出朝而已。”吴昌裔说：“皇上的命令，不能不立即执行。”他就慷慨地用包袱包好被子出关，他突然得病，在中途病情更重，皇上听说后，授予他秘阁修撰的官职，改到嘉兴府去任职。吴昌裔说“：我因病不能回四川去救父母，在上辜负了皇上的恩德，在下辜负了我的这片心，如果舍弃远方到近处，舍弃危险到安全的地方，人们将怎样看待我？”他推辞了四、五次，而议论他的人说他逃避事情。
吴昌裔改到赣州任职，他推辞，朝廷就让他以右文殿修撰的身份主管鸿庆宫。吴昌裔升为浙东提刑，他推辞，改为婺州知州。婺州向朝廷报告旱灾，那里的老百姓日夜盼他去，他就不忍心推辞，他减去侍从和帷帐前去上任，派属官召来县令走遍田间巡视旱情，免去老百姓的粟米八万一千石、钱二十五万缗有零的赋税。吴昌裔被加官为集英殿修撰，他去世，以宝章阁待制的身份辞官。
吴昌裔刚正庄重，遇事敢于讲话，十分熟悉典章制度。曾辑录至和、绍兴年间各个官员的奏议原委，书名叫《储鉴》。又会粹从周、汉代直到宋代蜀地的得失，出兵作战和取得财物的地方，书名叫《蜀鉴》。他有奏议、《四书讲义》、《乡约口义》、《诸老记闻》、《容台议礼》、文集在世间流行。
当初，吴昌裔和徐清叟、杜范同一天担任台谏官，他们都是天下正直的人，人们都想听见他们为官的风采，有的人甚至和《三谏诗》来宣传他们。但才担任七个月的台谏，吴昌裔就被调走，所以没有不替他惋惜的。后来吴昌裔的谥号是“忠肃”。
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