年，因他弟弟蔡硕的事被削夺官职，转到安州，又转到邓州。
当初，神宗病重，王王圭商议立皇太子的事，蔡确和同僚们都在旁边，知道情况。蔡确见自己已得罪世人，就暗中同章..、邢恕等合谋，说王王圭心怀异志，全靠他蔡确的拥戴保护，王王圭的阴谋才没得逞。蔡确任山陵使时，韩缜告发他，但事情被逐渐地纷扰。蔡确失势后，更加怨恨，邢恕又替他往来造谣，有见识的人忧虑，没有弹劾他。
蔡确在安陆，曾游览车盖亭，并赋诗十章，汉阳知军吴处厚上奏，认为这些诗都涉及到对朝政的毁谤，认为蔡确用郝处俊在上元年间劝谏唐高宗想传位给武则天的事，来指斥太皇太后，吴处厚的话十分切中要害。于是左谏议大夫梁焘、右谏议大夫范祖禹、左司谏吴安诗、右司谏王岩叟、右正言刘安世，接连上奏请求治蔡确的罪。皇上下诏让蔡确自己解释，蔡确替自己申辩的十分完备。刘安世等又说蔡确的罪状显明，不用申辩，这是大臣在包庇他。于是就贬蔡确为光禄卿，分管南京，再贬为英州别驾，新州安置。宰相范纯仁、左丞王存因在太皇太后面前替蔡确讲情，御史李常、盛陶、翟恩、赵挺之、王彭年因不弹劾蔡确，中书舍人彭汝砺因封驳对蔡确处理的诏旨，他们都获罪被罢官。蔡确后来在贬所去世。
绍圣元年(1094)，冯京去世，哲宗去祭奠。蔡确的儿子蔡渭，是冯京的女婿，在丧礼中向哲宗诉冤。第二天，哲宗下诏恢复蔡确为正议大夫。绍圣二年，赠蔡确官职为太师，谥号“忠怀”，派中使保护他的坟墓，又在京城赏给他宅第。崇宁初年，蔡确在哲宗庙一同受到祭祀。蔡京请徽宗写“元丰受遗定策殊勋宰相蔡确之墓”赏赐给他家。蔡京和太宰郑居中不合，郑居中因遭家丧而离职，蔡京怕他被重新起用，郑居中是王王圭的女婿。当时蔡渭改名为蔡懋，蔡京让他重管先前的政事，来阻止郑居中，于是追封蔡确为清源郡王，皇上亲自书写他的碑文，立在墓前。蔡懋被升为同知枢密院事，蔡确的二儿子蔡庄为从官，蔡确的弟弟蔡硕，被赠为待制，他的女儿都被超升封爵，众女婿都当了官，贵宠震动当世。
高宗即位后，下诏列举群奸的罪状，贬蔡确为武泰军节度副使，把蔡懋流放到英州，把给蔡确的一切恩惠全部削夺，天下称快。
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