司农寺），1286年以后还是一直使用大司农司这个名称。［26］
征服南宋10年之后，即1288年，在江南设立行大司农司。成宗铁穆耳汗时期，这些行司于1295年被撤消，但这并不表明忽必烈之后的元朝皇帝就不重视农业了。各地方官，特别是达鲁花赤，继续在当地社会负责推动并保护农业生产。元代的一条史料谈到江南设行大司农司的最初目的是调查那些隐瞒农业资产以偷税漏税的大户。由于这类隐瞒的例子没有发现多少，所以在1295年就将行司撤消了。［27］
毫无疑问，政府介入并监督农业始于忽必烈时期。不但在这期间创建了监管农业的机构，而且司农司还印行了《农桑辑要》这本有关农业的手册，这是一部元朝早期百科全书式的农书，它的印行是为了让天下人都能读到此书的内容，因而掌握农业技能。［28］ 翰林学士王磐为它作的序承认《农桑辑要》是根据以前的农业手册编纂的；换句话说，此书关于农业技术的知识并不是新的。据王磐讲，此书旨在教育政府管理农业的官员。［29］
除了刊行农书外，元廷在13世纪70年代初即根据以前基层社会组织中早已存在的某种形式建立了农业团体——社，社的头目无薪俸，他们在社中应促进农业生产，维护义仓，监督赋役，培育正确的道德风尚。每社由50户组成。但是，是否13世纪中国农村所有地方都存在这种单位还不能确定。不管怎样，在地方社会建立国家组织这一做法与忽必烈34年中始终为恢复战后的中国经济所作的努力是相一致的。
与大司农司类似，都水监也是一个专门的行政机构，“掌治河渠并堤防水利桥梁闸堰之事”。［30］ 都水监创于1291年，1292年领河道提举司，这样，有关内河道的所有事物都统管起来了。毫不奇怪，政府又设置了行都水监来处理地方问题和自然灾害。
还有一些与大司农司、都水监相似的机构也同时建立起来，以管理海外贸易，特别是对斡脱商人的活动进行规范化管理。［31］ 蒙古亡宋之前，这种监督机关并不存在。只是到了忽必烈时期，为了鼓励对外贸易并因此而从海外贸易税中获取利润，元政府才重新设立市舶司。这样做是仿照宋朝的先例。宋朝于1087年在福建沿海重镇泉州设市舶司，1277年元朝也在那里设立了它的第一个市舶司。1293年市舶司的数目增加到7个，因为忽必烈的理财大臣想通过船货和贸易的税收来充实国库。
市舶司的主管部门并不是固定的：有一时期属地方盐政机构管辖，而另一时期又属泉府司这个主要的商业管理部门。元代海外贸易历史是与回回等其他外族商人的活动密切相连的。那些商人与蒙古皇室及政府官员在贸易上的合伙关系被称作斡脱（蒙语ortogh，起源丁突厥语ortaq；波斯语ūrtaāq也源于突厥语ortaq）。1286年忽必烈的大臣卢世荣甚至试图停止所有的私人对外贸易，为的是让政府与斡税商人垄断海外贸易，但没有成功。［32］
泉府司并不是元朝所设的第一个控制斡脱商人的机构，最早是1268年设立的斡脱总管府，接着斡脱所或斡脱局也于1269年建立。1280年泉府司取代了总管府，监督皇族对斡脱商人的投资。这些资金贷给商人，资助西域地区的陆地商队和海外贸易。所以，泉府司1286年掌管市舶司这一事实表明斡脱商人在海外贸易中起了比私商重要得多的作用。相比之下，斡脱商人在汉儒心目中留下的却是很不受欢迎的形象。
军事
关于元朝政府与社会的军事化程度，学者们已经争论了很长时间。显然，文、武两个官僚系统是分立的，尽管也有证据表明军队将领并非根本不插手行政事务，而行政官员也并非不介入军队事务。虽然可以说行政官僚机构基本上是汉化的，军队系统基本上是蒙古式的，但是，我们有关蒙古人对行政官僚系统的创新与改造的讨论就说明它们并不是截然分开的。［33］
另一个问题是军事制度是否纯粹蒙古式的。甚至早在征服中国北方的那几十年当中，也就是在忽必烈上台以前的年代里，由于蒙古人人数有限，他们就已经认识到有必要吸收外族军队到自己的队伍中来。当时，色目人，从摇摇欲坠的金朝叛逃过来的女真人，急欲抗金的契丹人，以及征募来的汉人都对灭金作出了贡献。民族区分是蒙古军队组织的一个惯例。所谓汉军由北方汉人、契丹人、女真人、高丽人组成；而蒙古军与探马赤军则由蒙古人组成。南宋被征服后，当地的居民被编入新附军。
忽必烈将成吉思汗的蒙古贵族亲兵怯薛扩编为宿卫，而宿卫的民族成分也不是单一的，其中一半为色目人与蒙古人，一半是汉人卫兵。到14世纪初，宿卫因其具有的吸引力而使自身的民族成分受到了影响。其经济与社会地位的优越引诱了很大一批汉人平民加入怯薛，虽然元廷在尽力使怯薛成为内亚军事力量的基础与核心。
从管理系统上说，宿卫的各卫由独立的最高军事管理机构枢密院管辖，但枢密院不直接管理驻防在大都路以外的各省军队。驻防军从万户府（蒙古语为tümen）中抽出，万户府对行省负责，而行省是文职官僚系统的地区行政机关。这种在地区一级的军、政权力交叉，其目的显然在于促进文武双方的合作。但是如我们以上提到的，在诸如反政府暴动的紧急情况下，临时性的行枢密院就会建立，直到紧急情况解除时为止。
在管理屯田的过程中，军、政管辖权也是交叉的。其中有些屯田与军户直属枢密院，有一些归大司农司，还有一些直属宣徽院，为宫廷和政府部门提供所需的特殊产品；又一些归中书省；另外一些则由行省管理。［34］
军、政官僚系统合管的还有奥鲁，或称军户。奥鲁户的管理似乎自然应属军事机构，因为招募兵士、征集军需品应属军务。但1268年对这些军户的管理权转给了地方文官，专门管理奥鲁的军事机关撤消了。文官对他们辖区内的奥鲁户不再实行免税。所以枢密院在这场所谓的文武管辖之争中，提出那些辖有奥鲁户的地方文官应属枢密院，甚至还应根据枢密院的文官等级系列来决定他们的升降。［35］
军、政官僚系统的共同点是蒙古人强调世袭官职。在元代，做文官的一条主要途径是荫补，即高级官员有特权提名他们的子孙继承他们的职位。［36］ 而武官的儿子，主要是蒙古人、色目人的子弟，能够在其父亲去世或退休、甚至晋升时继承他的职位。蒙古人传统上重视忠，将忠作为最基本的美德，而武职的世袭在蒙古统治者的眼中是保证官员可靠性的最理想的途径。当然，这种对忠的强调妨碍了有系统地寻求有能力有才干的人，十三、十四世纪之交官僚组织呈现蜕化这一事实已证明了这一点。所以，到了13世纪60年代，虽然军、政官僚成员都享有固定的薪俸，传统的蒙古价值观念如忠诚与世袭等还是决定了中国官僚系统的演变。
御史台
文武两个官僚系统的成员均受御史台的监督，御史台是元廷的第三大机构。［37］ 元朝跟以往各朝在监察制度方面的不同之点在于其活动范围更广、官员数目更多。这种人员的增加与活动范围的拓宽是与御史台本身组织层次的激增相联系的。御史台只是一面镜子，映射出元代地方政府管辖层次增多以及随之而来的必须增加官员人数来填补更为复杂的机构这一总趋势。
蒙古人在大都的御史台有32个监察御史，江南、陕西两个长期设立的行御史台分别有28个与20个监察御史。另外，还有两个短期的行御史台分别设于河西（13世纪70年代末至1283年）和云南（1290—1297年）。
尽管行御史台受权监督11个行省，但一直是24个监察部门（初名提刑按察司，后名肃政廉访司）在监察着较下层的政府行政机关。
元朝有关照刷与刷卷的规定清楚地表明御史台是参预政府的日常事务的。对于日常文书与案卷中有关日期、签名、印章、计算等内容的检查、订正、核实，这些单调乏味的工作都有监察人员的参预。［38］ 从中书省到县一级，所有的政府部门的文书案卷都定期受监察人员的审查。能够得以免检的只有那些涉及军事机密的文书案卷，例如，军队及马匹的数目等就属于头等机密。
元朝御史台的职责也包括告诫规劝，这类活动传统上是监察系统之外的专门机关的特权。从元代开始，御史台以及后来的监察部门既监督又规劝，二者同时进行。
元朝御史台在政治上很活跃，因此对宫廷复杂的派系斗争不能不卷入。例如，一位监察御史出于政治目的弹劾并因而导致了很有权势的右丞相脱脱于1354年年底被削职。历史学家们一般认为脱脱的倒台是元朝走向厄运的转折点。
在京御史台的大多数高级官员都是蒙古人与色目人，只有少数是例外，但品位较低的正七品监察御史对汉人是开放的。事实上，1268年京城监察御史的前12名均为汉人。虽然1282年蒙古御史的人数超过汉人，但值得注意的是有两个南人于1285年被任命为御史。1286年江南行御史台新设14名监察御史的名额定为蒙古人，仅有四个汉人名额，可是有几个汉人学者也成为监察御史，他们之中有的是1315年后的进士，有的以前做过国学祭酒，这一事实说明御史台的职位远不是仅仅限于蒙古人与色目人才能担任。［39］
皇家机构
在军、政、监察系统以外还有一些部门，其职责范围是服务于皇帝本人与皇族其他成员。实际上元朝户籍分类中有些户就是直属这些皇家机构管辖的，如负责匠户、打捕户、鹰房户的各院司。［40］
在保证皇室福利的部门中最重要的是宣徽院。元代宣徽院相当大，它沿袭了唐、宋、辽、金的先例，是一个汉式机构。在忽必烈时期，宣徽院于1278年设立，掌供玉食等皇家事务。这类事务在忽必烈以前则由宿卫军怯薛执掌。［41］ 但怯薛并没有完全由汉化的宣徽院所替代，因为宿卫的成员实际上还是在隶属于侍正府的下属部门服务。
蒙汉成分的混合一直是元朝官僚机构的一个特征。我们也能够找出没有汉人的纯蒙古人机构的例子，如宣徽院下属的阑遗监。阑遗监的职责是管理那些遗失无主的物品、牲畜、人口（主要是奴隶），为其寻找主人；如果找不到主人的话，就将他（它）们转给皇家。阑遗监的职能显然反映了蒙古人对财产所有权以及什么属于皇家财产等观念；另一方面，毫不奇怪，这一机构理所当然归纯汉式的宣徽院所辖。
除了众多负责皇家物质福利的机关以外，皇帝在礼仪和知识方面的活动则由翰林兼国史院、蒙古翰林院等其他一些机构负责安排。
将翰林院与国史院合一的改革是1261年忽必烈听从年长的老翰林承旨王鹗的建议而实行的。［42］ 显然是王鹗试图说服忽必烈有必要开始编修辽、金史以及忽必烈之前蒙古统治者的历史。1264年，随着迁都大都（今北京），翰林兼国史院正式设立，因此而奠定了撰修辽、金史的基础。
翰林兼国史院以外，还有一个蒙古翰林院，它负责起草蒙文谕旨，将官方文书从蒙文译成汉文或其他文字并作为副本。［43］ 每一份文书都用八思巴文和畏兀儿字蒙古文写出。八思巴文据藏文字母创制，竖写；而畏兀儿字蒙古文是1204年采用畏兀儿字母书写的蒙古文。畏兀儿字与新创的八思巴文同时使用，虽然1269年3月曾下旨令此后用八思巴文撰写政府所发文书。有资格上疏的官员要用蒙古文上疏，所以蒙古翰林院在上传下达、与皇帝沟通方面起着关键作用，因为是蒙古语而不是汉语才是元代中国的官方语言。
蒙古翰林院还负责蒙古国子监与蒙古国子学，教育蒙汉权贵子弟。1269年在各路所设的蒙古字学接收一批官员的子弟侄孙入学，对他们的民族成分并不考虑。1315年蒙古国子学有50％为蒙古人，可惜我们没有蒙古字学学生成分的资料。但据说，那些有心在元朝做官的汉人是有机会学习蒙古文的。
与蒙古国子监和蒙古国子学相当的汉人机构属集贤院管辖。［44］ 国子监招收七品及其以上朝官的子孙，可以是汉人、蒙古人或其他民族的人，三品及其以上的朝廷官员可以推荐有特殊才干的平民作为国子监的免费旁听生。1285年集贤院由翰林院分出来，并附加了一项职责：由国家任命的道教管理人员兼管全国道观道教事务。
在管理道观等道教事务方面，元代中国的集贤院的作用与宣政院并无什么根本的不同，后者直接管理全国的佛教徒，并在名义上
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