、邓，众人都很担忧，萧嶷说：“敌虏一到春夏之际，便不宜兴师动众，可命令豫、司驻军坚强防守阻遏敌方不许他们占据渡口要道，他们看我方坚固严密，自然就溃散了，未必敢越过二镇而南来。”当时已实行戒严，萧嶷考虑到荆州邻近蛮、譙，担心他们出事，便命令对那里放宽政策。不久敌虏果然没有出樊、邓，在寿春败逃。不久，朝廷为萧嶷加班剑仪仗二十人。
这年夏天，萧嶷在南蛮园东南开馆建立学校，并上表报告情况。可招收学生四十人，于是便从旧族父祖职位在正佐台郎的二十五岁以下十五岁以上的人中选拔入学，设置儒林参军一人，文学祭酒一人，劝学从事二人，并举行释菜之礼。考虑到谷子太贱，允许老百姓用米来交纳口钱，并优惠一百斛。
义阳劫帅张群逃亡多年，聚众为盗贼，义阳、武陵、天门、南平四郡边界，都被他搞得残破不全。沈攸之连续征讨都不能抓获，便索性任用了张群。后来沈攸之发动事变，张群跟随他下往郢州来，在路上便先反叛了，在三溪安营扎寨，凭据险要。萧嶷派中兵参军虞欣祖为义阳太守，让他用计引诱张群进来，又送给他许多礼物，就在坐席上将他斩首，他那一伙数百人都散去，从此四郡才得到安宁。
回到朝廷萧嶷任都督扬、南徐二州诸军事、中书监、司空、扬州刺史，持节、侍中仍旧。加兵置佐。用前军临川王萧映府里的文武官员配备给司空府。萧嶷考虑到即将回都城去，便对当地的官舍和道路等进行维修，并命令东归部队不准携带任何府州财物出城。在江津出发时，前来观看送别的男女老少有数千人，许多人都流了泪。萧嶷来到江陵时生了病，直到京师都没好，皇上深为忧虑，为此下诏大赦天下，这便是建元三年六月二十四日的赦令。病好后，皇上在东府举办金石乐舞，特许萧嶷用乘舆到六宫门前。
太祖去世时，萧嶷哀痛号哭，眼睛耳朵都出了血。世祖即位后，萧嶷进位太尉，置兵佐，解除侍中，增加班剑仪仗为三十人。建元中，世祖曾因事没能执行圣旨，当时太祖很有意让萧嶷代替萧赜为太子，而萧嶷事奉萧赜恭悌尽礼，从来不和他发生不快，所以世祖对他友爱也很深。永明元年(483)，萧嶷领职太子太傅，解除了中书监，其他职务如故。在给皇上的亲笔信中，他说：“陛下以睿孝之资，继承大业，天下气象一新，各位弟弟都安排有序。我屡屡受到您的隆爱，被授以首要职务，我不敢推辞，但一想到这么隆重的宠爱，心中实在不安。自古以来，就是要量力负重。我本来就资质不高，无才无学，担任这么重要的职务，已是不太合理，近来又旧病缠身，心思恍惚，神情失常，这样的病体，常使我担心无福享受陛下的恩宠。加上天象上多次现出灵异，虽说生命的长短是一定的，但也不能不耿耿于怀。近来很想从俗，请求解除现有职务，但因我拙于言词，怕引起人们南齐书的讥诮，所以一直没敢说出来，全都听凭时运安排好了，而您又给我增加宠荣，更使我受不了。而且做太子太傅，这可不是个一般的职务，这使得太子见了我必然要束带整齐，宫臣见我要行再拜之礼，像我这种人怎么能够担当得起呢？陛下兄弟十余人，现在只有我一人而已，难道该我独享您如此隆重的礼遇么？所以我特别上书申述，请陛下施恩予以谅解。我近来也说给了太子听，并告诉了萧子良，这些都通过王俭启禀皇上，不知您知道了没有？福庆正处在兴隆时期，万代江山刚刚开始，如果老天能多给我几年生命，便让我去做个普通人，请陛下免去我的官职，让我以轻微的身份，长久地侍奉您，了此一生，这是我的真诚心愿呀。穿着不适当的服装，尚且被认为是身体的灾祸，何况这么宠重的官爵呢？这样的殊荣厚恩，我一定要坚决请求陛下给我解除掉。”皇上回答说：“现在恐怕不能批准你的要求。”
刘宋以来，州郡官员的俸禄和供给，大多是根据当地出产而定，没有一定的标准。萧嶷上表说：“沿用或者改革都应当以适当为贵，减少或者增加都是为了实用，治理国家一向讲究平均，行政操作，典章制度最要统一。我近来考查了郡县长尉的俸禄制度，虽然也有一定的标准，但其他补助供给之类，都是随着各地风俗来办的，可是东和北不是一个源流，搠和南也不是一个统绪，都习以为常，因循不变。要是从宽处理那么大家都应该通融，要是彻底清查那么几乎都有犯罪之嫌。尤其不能说是合乎约法明章，先令后刑精神的做法。我以为应当责成各地详细开列除以前的公用、公田、俸禄收入和各种迎送规定之外，把长官们前后相承一直沿袭的那些供调的情况报告上来，由尚书精确核实，一定要他们自觉诚实。然后视情况性质，对那些可以通融的，便给予适当的放宽或承认，对于那些损公侵民的，一律予以禁止或退还，明确制定条例，颁行各地，长期执行。”皇上采纳了。
萧嶷虽然不参与朝中事务，但他的意见和密谋，常常被皇上信从采纳。服丧三年以后，皇上加他官为侍中。永明二年(484)，下诏说：“汉代的梁孝王，宠幸超乎其他蕃王，晋代的文献，待遇也高于一般人。更何况(萧嶷的)地位功勋也符合过去的标准，虽说我们有兄弟关系，但也是根据事情而增加情意的。应该为他扩大田邑，以表达皇帝对他的恩惠和礼遇。”增封萧嶷食邑为四千户。
刘宋元嘉时期(424～453)的宫廷习惯，诸王进入斋阁里，可以穿白裙戴白帽见皇上，只是出了太极四厢，乃须要备朝服相见，从那时以来，一直是如此。皇上和萧嶷既是兄弟又很友好，在宫内私宴时，便允许萧嶷像元嘉时期那样穿着。萧嶷坚决辞让不敢奉敕，只有在皇上到了他的宅第里时，他才穿白衣戴乌纱帽陪侍皇上宴饮。萧嶷上启文给皇上自陈说：“我自从回到朝中来，便简省了执刀仪仗，身边十来个捉刀侍卫也简省去了。只是郊外远行，才暂时又有几个人，入殿也简省了。我现在身边还有的仪仗人员是，二侠毂、二随从，共七八十人。事情不论大小，我一定都要上报皇帝，我想也许皇上您不了解原委曲折，或者有人说它多了少了，不附事实的，希望您立即下达指示。”又上启文说：“扬州刺史过去就有六个白领合扇，二个白拂，我对此有疑问，不知这该怎么个说法？在行园苑中乘舆，出篱门外乘舆鸣角大家互相影响都这样，并不只是京城一带，我也不知这该怎么个说法？比照已有的，执行到以后，这事不能没个准则。”皇上回答说：“执刀仪仗、捉刀侍卫，是不应该简省掉的。侠毂、随从，可总共达到一百四五十人以恢复正常人数。我也不曾听到有人说及此事。我本就不会让诸王无仪仗队的，何况是你呢？在私人园苑中乘用这些也没什么问题。在郊外鸣角和使用合扇、白拂，过去有过，后来不用了，这种现象已经很久了。凡是在自己的镇所的自然和回到京师不一样，先前广州设立过鼓吹，交部也有用辇的现象，都是随时而改变的做法，也有的有旧例可依的。你若觉得不妥当，可以和王俭等人确定个准则，只要能使他们不失人臣之仪就行了。”
萧嶷又上启文说：“我这个人多少知道些自我约束，而不太会怀疑打听别人的事情，经常看到一般姓氏的人臣扶诏时有人穿布鞋，不由得便感到有些特异。我在西朝拜王时，仪仗服饰都是比照宋武陵王的先例进行的，有二鄣扇，一直延用下来，也没什么疑问。侍儿奴仆，都着青布衤夸衫，我斋中也有一个这样的人，我只以为这是外庶所服，没想到竟和羊车相似。现在承蒙皇上的特别指示，全都改变过来了。我过去在边镇，不是没有羽卫的，但自从回到朝中来，便都遣散去了，侠毂、随从，总共打发掉三百来人，剩下不过一百人。我经常说在京师里诸王不必用仪仗，但如果到郊外远行，则另当别论。有仪仗的并不是我一个，所以不便专门上启文请求简省，还是通过王俭汇报我的诚恳愿望。我出入荣显，礼遇优厚，宅第广大，都不合乎简约朴素的原则，虽然宋朝的旧制度，很多被皇上恩准保留，但我仍然深怀过分的不安。请皇上批准我关于南齐书威卫的请求。”皇上回答说：“传诏的是禁省里的家人，不足涉嫌。鄣扇我识得但近来未见，所以我才有指示。侍儿奴仆，本来就不是什么嫌疑。我如果听到什么，能不让你知道，而让别人去议论么？我已有指示，你一个人不省去侠毂，只是牵延未下达到你那里。我昨天还不知道仪仗的事情，现在王俭已经说了，我马上就让人作答复，你不必写这个启文。有什么话，另外再说。”
萧嶷又上启文说：“我大约有十年远在外地，不能陪侍陛下游宴了，很是忧苦。现在才算心情舒畅。近来经常陪侍，又不胜悲喜。饮酒过量。实在是想显示陛下对我的恩惠和亲密，但让下面的人知道了，便觉得不合适。陛下对子弟们施恩，这种感情是正常的，但外人们正是要从这里面制造些麻烦，说这说那。我想有些情况还没给陛下说明白。我以前在东田，饮酒过量醉了，实在是思叹去年秋天的那些诽谤所致，所以话讲得很激切，也让外面那些人听到了，但愿陛下已经谅解了我的心思。前次陪陛下到萧顺之家去，我是像平常那样乘车来到仪仗后的，而监伺人员不能告诉我这样是否可以，就竞相报告给陛下了，说我的车逼突了黄屋麾旄，像是要冲击陛下似的。他们的用意，不难明白。多亏陛下慈明，马上作出指示让我知道了。不然，我终究也不会知道，不知不觉中惹了如此麻烦。近来禁断整密，这也是常理，外面有人说起由于我在华林，辄捉御刀，因此才更严的，度情推理，都不应保持沉默，所以又上启文向您说明。但风尘易至，和会实难，但愿陛下还能记得我在石头时上的启文，不要产生什么间隙。近来闲着没事，简略地让茹亮口头说明。我从来的华素情况已写在上简里了，每每想作调整，又怕考虑不周，又产生不当。况且我已五十岁了，还能享用几时，为此我又不能以理自作克制。北第的旧宅，本来就很豪华，我把它改造修正而已，这种小小工程，已经报告您了。往年收合了一些杂材，都蒙您准许我建个小眠斋，本想另造，后来改为补接，不想违反规格，主要是使用的柽柏很华丽，看上去一时新净。东府也有斋，也是华屋。这样我一下子有了两个住处，下情很是不安。我问了一下东宫的玄圃苑内，也有柏屋，建制得很是古拙，但里面也没有我这样的小眠斋，我于是想拆了把材料送给太子，但这样做不仅挽救不了已有的过失，而且补接太多，不能移动，我也担心外面有人对此提出异论，不知道陛下能否准许送我东府的小斋？我的公家住处，随便怎样就可以了，我今天上启文，实在是没什么想法，也没人说什么，太子也不知道我有这屋，正是因为东宫没有，而我却有，才觉得不太合适。我的请求如果能得到陛下的允许，我才敢把房子建起来，安之不疑。如果陛下不同意，我便把它废除永不再建。我自己觉得今天请求的问题不但是我自己所应当做的，实在也和往事相关，但愿陛下一定要准许。我看到对诸聚敛财物的现象，陛下屡次严加指示予以约束，所以我这点小建筑，也应上报。至于府州郡的宅邸本就不是我私有物，大小资用，全是公家的，我沾光了不少，不知将来我不做州官之后，也许不能不试着搞点经营弄点钱财来自赡。连年大病之后，身子骨已得单弱了，我不想有什么积蓄，只想能够随手取乐罢了。”皇上回答说：“茹亮今天报告了你的心思又看到了另外的启文，你辛劳有病不宜劳动，为什么要作烦长的启文呢？有关问题如果可以的话，我都会统一指示的，并不只涉及你一个人。应该指示的，我也一定会说的，近来看你更加虚弱，所以就不多说了。房子的事情慎勿勉强施行，白泽(太子)恐怕也是不理解我的意思的。”
永明三年(485)，为文惠太子讲究《孝经》，萧嶷便请求解除他的太傅之职，皇上不批准。皇孙大婚之后，又请求解职。皇上下诏说：“公(萧嶷)的德行和功绩，无与伦比。正应该为今人作模范，在青史流美名。怎么能一再谦让，辜负我的期望和寄托呢？”萧嶷经常警惕自己的鼎盛盈满，又在宫宴上请求解除自己的扬州刺史之职，把它授给竟陵王萧子良。皇上始终不答应，并且说：“你这一辈子，不要再提这种事！”
世祖即位后，多次下诏表示要拜谒祖先陵墓，都没能成行。于是派萧嶷去拜陵，回来的时候路过延陵季子庙，观看温泉，有水牛冲到队伍里来，士兵抓住牛要追究主人，萧嶷不允许
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