史，将军仍旧。封为望蔡县侯，食邑七百户。
建元二年(480)，虏方派遣伪梁王郁豆眷和刘昶，率骑兵步兵号称二十万人，来寇寿春。垣崇祖召集文武人员商议说：“敌众我寡，只能出奇制胜。应当修筑外城以待敌，城既广阔，没有水便不坚固，现在准备筑堰肥水，然后把城淹成三面之险，诸位认为怎样？”众人说：“当年佛狸入侵，宋南平王士卒充足，由于郭大难守，便退保内城。今天的情形，难度十倍于前。自古以来守此城者之所以不筑肥水之堰，都是考虑到地形不便，积水也没用呀。如果一定要这样，恐怕不会合适的。”崇祖说：“你这是只见其一，不识其二。如果放弃外城，贼方必然占据着，他们可以外修楼橹，内筑长围，而我们四周没有屏障，表里受敌，这等于自己坐等着被擒。因此，守郭筑堰决策已定，不允许任何人谏阻！”于是在城西北立堰堵塞肥水，堰北又筑起小城，周围挖掘深堑，使数千人在那儿守着。崇祖对长史封延伯说：“敌虏心贪而欠考虑，必然全力攻打小城，企图破坏此堰。看到此堑狭城小，便以为可以一战而克，便会像蚂蚁一样围着攻打。我放水一激，水急超过三峡，等他们无处逃奔时，便自然沉溺水里。这岂不是小劳而大利么？”虏众由西道集中在堰南，分军从东路肉搏攻小城。垣崇祖头戴白纱帽，乘肩舆上城，打着手式指挥。到天黑时，便扒开了小史埭。水奔泻而下，敌虏攻城之众，漂附到堑中，淹死数千人，剩下的都退去了。
当初，崇祖在淮阴，见了皇上(萧道成)便自称是韩信、白起，别人都不信，只有皇上称许他，崇祖便再拜接受他的指示。等到破虏的启文送到京师，皇上对朝臣们说：“崇祖曾答应为我对付敌虏，果如其言。他一向自比韩信、白起，今天看来真不愧是啊！”于是进崇祖为都督号平西将军，增封食邑为一千五百户。崇祖听说陈显达、李安民都增加了军仪，便上启皇上要求鼓吹横吹。皇上说：“韩信、白起怎么能不特别优待呢！”于是配给他鼓吹一部。
垣崇祖考虑到敌虏还会来寇掠淮北，便请示皇上把下蔡戍区移到淮东。这年冬天，敌虏果然要攻打下蔡，听说内移了，便声言要荡平下蔡城故城。众人以为敌虏会在故城建立据点，崇祖说：“下蔡离我的镇所近在咫尺，敌虏岂敢设立据点；他们其实是要除去故城。我正担心他们逃走不能让我把他们斩尽杀绝呢。”虏军果然来掘平下蔡城，崇祖亲自率众渡过淮河与敌决战，大破敌人，又追杀数十里，杀死和俘虏了数千人。
皇上派的使者入关了解敌情回来汇报了崇祖的战况，皇上下敕给崇祖说：“你看我是那种只守江东一隅的君主么？我现在最缺的南齐书是粮食，你只管给我努力经营田地，到时候自然会把残敌收拾了。”指示崇祖整治芍陂一带田地。
世祖(萧赜)即位后，调崇祖任散骑常侍、左卫将军。不久又下诏让他留在本任上，加号安西将军。随后迁任五兵尚书，领骁骑将军。当初，豫章王有盛宠，世祖做太子，崇祖并不主动去巴结。后来破虏，世祖诏他还朝，并与他密议，便开始怀疑他，于是对崇祖特意礼待，酒后对崇祖说：“外边有些流言，我也干脆挑明了，从今以后，我的富贵就指望你了。”崇祖拜谢。崇祖走后，皇上又派荀伯玉口头传达命令：由于边地有事，要他连夜出发，不得和太子辞别。世祖便以为崇祖心不诚实而怀恨在心。太祖死后，世祖怕崇祖有异心，便调他回来任职。永明元年(483)四月九日，下诏说：“垣崇祖凶诟险躁，少无行业。过去由于军国麻烦很多，便让他出些武力。随着皇运上升，他也不断受到提拔封赏，但他贪得无厌。去年在西边，和外国勾结，其无君之心，已昭然若揭。但朝廷对他特别优待，希望他能改悔。岂料他野心更甚，要谋反作乱，又与荀伯玉同谋不轨，企图互为表里、内外呼应。这些罪状已由宁朔将军孙景育调查清楚，报告了皇上。除恶要除根，垣崇祖罪在不赦。杀了后便把他埋掉，以严肃法纪。”死时四十四岁。儿子垣惠隆，被流放到番禺，死在那里。
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