队前往援救彭城，赶到盱眙，太祖与臧质的别军主帅胡宗之等五军，步兵骑兵数千人为先锋，这时拓跋焘已暗中渡过淮河，终于与太祖军队相遇于莞山下，两军交战，太祖大败，军队沿着淮河败退下来，胡宗之等部都陷没。太祖只得转回来与臧质固守，敌人围攻，形势十分危急，后来终于安定下来，回到京城。二十九年，太祖率领偏军征讨仇池。梁州西界以前有武兴戍，晋隆安年间陷没为氐地；武兴西北有兰皋戍，离仇池二百里。太祖攻击这两个敌垒，都攻破了。于是太祖所部从谷口入关，在离长安八十里时，梁州刺史刘秀之派遣司马注前来协助太祖攻打谈堤城，攻克下来，敌方伪河间公逃命去了。敌人救兵赶到，太祖考虑到兵力不多又很疲惫，又听说文帝驾崩，便烧城撤兵到南郑。袭封晋兴县五等男爵。宋孝武帝孝建初年(454)，任太祖为江夏王大司马参军，随府转任太宰，升迁为员外郎、直阁中书舍人、西阳王抚军参军、建康令。新安王刘子鸾当时正蒙盛宠，要选拔僚佐，于是任太祖为北中郎中兵参军。为陈太后服丧期满，被起用为武烈将军，复任建康令，仍旧任中兵参军。景和元年(465)时，任后军将军。赶上宋明帝即位，任右军将军。
当时四方都起来反叛朝廷，会稽太守寻阳王刘子房及东边几个郡都起兵，明帝便加任太祖辅国将军，率领部队前往征讨。兵至晋陵，与反叛军前锋将领程捍、孙昙馞等交战，一天攻破叛军十二个营垒。于是太祖分军平定诸县，晋陵太守袁扌票弃城而逃，东境诸城叛军也相继逃散。
徐州刺史薛安都反攻彭城，他的侄子索儿寇掠淮阴，山阳太守程天祚举城反叛，徐州刺史申令孙又投降了叛军，于是朝廷抽调太祖前往讨伐。当时太祖平定了东境的叛贼刚回来，又将南讨，部队来到新亭暂住，先头部队已经出发，而索儿从睢陵渡过淮河，步兵骑兵万余人，攻击中央军，主帅孙耿被杀，南齐书索儿又纵兵逼近前军张永的大营，前军告急。明帝听说叛贼渡淮，赶紧追令太祖前去救援，太祖军屯扎在破釜。索儿攻向钟离，张永派遣宁朔将军王宽据守盱眙，阻断索儿的归路。索儿击破了中央军主帅高道庆的部队，并将高部追赶到石鮛，准备西归。王宽与军主任农夫抢先占据白鹄涧，张永派遣太祖飞马前往督促王宽作战，索儿便从东侧截击太祖，企图阻止太祖前进。太祖则结阵鼓行，径直进入王宽阵地，索儿带着军队屯扎在石梁，太祖追赶到葛冢，探马回来报告说叛贼已到，太祖于是把军队屯扎在引管，用两队骑兵在大营外列阵以待。不一会儿，叛贼的骑兵、步兵大批赶到，又推动火车数道前来攻战。两军相持很久，太祖又派出轻兵攻击敌人西侧，命令骑兵合击敌军后部，于是敌军大败，太祖乘胜追击，缴获器仗无数。太祖又进军屯驻在石梁涧北。索儿派遣上千人夜里来偷袭营地，营中将士惊慌不已，而太祖却安卧不起，传令左右各部都不要乱动，不一会儿，叛贼散去。太祖在军中商议在石梁西南高地修筑壁垒沟通南道，以切断敌人退路，索儿果然前来争夺，太祖便率军击破敌军，敌军人马自相践踏死者无数。索儿逃往钟离，太祖追赶到黯黑甚才回来。朝廷委任太祖为骁骑将军，封西阳县侯，食邑六百户。
太祖又改任巴陵王卫军司马，并随之镇守会稽。江州刺史晋安王刘子勋派遣临川内史张淹从鄱阳走山路进入三吴，中央军主帅沈思仁与伪龙骧将军任皇、镇西参军刘越绪，各据守险要互相对峙。明帝命令太祖率领三千人前去征讨。当时朝廷的武器披甲之类都供给征讨南方的军队了，因而太祖的军容短缺，于是用棕树皮编制马匹装具，砍劈竹子作寄生，夜晚举着火把进军，敌军望见后皆怀恐惧，还没接战就逃走了。太祖回来后被任命为桂阳王征北司马、南东海太守、兼管南徐州事务。
当初，明帝派遣张永、沈攸之等以我方的人多势众来劝降薛安都，明帝对太祖说：“我这次打算乘劝降之时行讨伐之实，你以为这样做如何？”太祖回答说：“薛安都虽然不太有才识，但为人很狡猾。如果给他一定的自由，他一定会派儿子来朝称臣的；现以发兵逼近他，他可能会因为害怕而设法抵抗，这样对国家是不利的。”明帝说：“我的各路军队，锐不可挡，你们这些人只管杖策驱驶便是，不要多嘴多舌。”薛安都看到大兵逼近，果然率领索虏来战，张永等兵败彭城。淮南一带孤立虚弱，明帝便命太祖为假冠军将军、持节、都督北讨前锋诸军事，镇守淮阴。
泰始三年(468)，沈攸之、吴喜等北讨军队兵败于睢口，许多城池守卫等大大小小都逃跑回来了，于是敌军进入淮北，围困角城，守城主帅贾法度兵力弱小抵挡不住。这时许多将领都劝太祖渡河到对岸去援救，太祖不允许，而是派遣军中主将高道庆率领数百人各带弓弩、浮舰大船在淮河上，远远地向城外敌人射击，数百只箭不断发射，敌军不得不逃避，这时太祖下令前进作战，角城之围立刻被解除。太祖又升任督南兖徐二州诸军事、兖州刺史，持节、假冠军、督北讨等职如故。泰始五年，进职为都督兖、青、徐三州。六年，被任命为黄门侍郎，领越骑校尉，没有接受。复任冠军将军，留在本地任职。
明帝经常为太祖相貌不似一般人臣而心怀不悦，而民间也有流言说：“萧道成应该做天子。”明帝便更加疑虑，于是派遣冠军将军吴喜带领三千人出使北方，并命令吴喜将军队留在破釜，而他本人捧着银壶酒封赐给太祖。太祖身着戎衣，出门迎接，当即酌酒而饮。吴喜回来汇报后，明帝心情便好了起来。七年，太祖被调往京师，部下们劝他不要去就任，太祖说：“诸位不明白眼下的局势。主上诛杀自己的几个弟弟，为的是太子还很稚弱，要保持皇位久长，这不关其他家族的事。现在我只应该立即出发回朝，若慢了必然会受到怀疑。不过，现在主上兄弟间骨肉相害，也不是能够气运长久的现象，不久就会有祸难发生，到那时再和各位共同完成大业吧！”太祖回朝后被任命为散骑常侍、太子左卫率。当时世祖(太祖长子萧赜)由于有功应当封赣县爵位，太祖觉得一家不必接受两个封爵，便坚决辞让，皇上下诏允许辞让。太祖的食邑又加二百户。
明帝驾崩，遗诏命太祖为右卫将军，领卫尉，加兵百五人。与尚书令袁粲、护军褚渊、领军刘面力共同掌握军国大事。又别领东北选事，不久解除卫尉之职而加侍中，领石头戍军事。
明帝诛戮蕃戚的时候，江州刺史桂阳王刘休范因为表现平平而保全了性命。等到苍梧王立为君主后，他便有些蠢蠢欲动了，暗中和身边的宦官在后堂练习驰马，秘密收罗人士。元徽二年(474)五月，刘休范在寻阳举兵，收罗官民，数日之中便得人众二万多，马骑五百匹。他们从盆口出发，全部乘坐商旅的船舰。大雷守军主帅杜道欣、鹊头守军主帅刘侃言期把事变的消息报告给朝廷，朝廷一片惊慌。太祖与护军褚渊、征北张永、领军刘面力、仆射刘秉、游击将军戴明宝、骁骑将军阮佃夫、右军将军王道南齐书隆、中书舍人孙千龄、员外郎杨运长聚集在中书省商量对策，别人都不说话。太祖说：“过去处于上流的谋逆者，都因为行动迟缓，导致失败。现在刘休范一定会吸取以前的教训，轻兵急下，乘我们没有准备，速战速决。现在我们应变的办法，不宜考虑太远的地方，如果偏师节制不好，便会动摇军心。所以应当派兵新亭、白下，坚守宫廷、东府、石头等处，严阵以待。贼兵孤军千里而来，后备不足，若长时间不能进行决战，自然便会瓦解。我本人愿率军坚守新亭以遏制贼军前锋，征北将军可以现有部队坚守白下；中堂本来就是置兵的地方，领军可以屯军宣阳门为各军作节度；其他各位大人只管安坐殿中，左右诸人不必争着出战，我自然会率军冲在前面的，击破来贼，不成问题！”于是要来笔墨把刚才的商议写注明白。中书舍人孙千龄与刘休范早有密谋，这时便一个人坚持说：“应当按旧办法派兵占据梁山、鲁显之间，右卫如果不出白下，则应当进驻到南州。”太祖义正词严地说：“贼兵现在已经逼近，怎么可以到梁山？新亭乃是首当其冲的要地，因此我决心在此以死报国！若在平常可以马虎些按你说的办，但现在事情危急就不能接受了。”太祖站起来对刘面力说：“领军将军已同意了我的意见，就这么办了，不许有任何改变。”于是驾单车，着白衣奔向新亭。朝廷加太祖使持节、都督征讨诸军事、平南将军，并加鼓吹乐队一部。
太祖在新亭构筑工事还没完毕，贼军前锋便已赶到，太祖反而解去衣服睡大觉，以此来安定军心。然后命人树起白虎旗幡，登上西城墙，命令宁朔将军高道庆、羽林监陈显达、员外郎王敬则乘船与贼军水战，自新林到赤岸，全线大破贼军，烧了他们的船舰，死伤无数。贼军在新林登岸步战，太祖派快马报告刘面力，让他赶快打开大小桁，拨调淮河中的船舫，全部渡到北岸去。
刘休范乘着轿子来到阵地南侧，皇上派遣宁朔将军黄回、马军主帅周盘龙率领步兵骑兵出垒对阵。休范又分兵攻打垒东，双方短兵相接，从巳时战到午时，不见胜负，我方军众都有些沉不住气。太祖说：“贼军虽然人多但很混乱，一会儿就要被我们攻破。”杨运长率领三齐射手七百人，开弓放箭，因而贼军不敢逼近城池，至未时，张敬儿便砍下了刘休范的人头。太祖派遣队主陈灵宝护送人头至朝廷，灵宝在路上与贼军相遇便把首级埋在路边。中央军不见休范的首级，更加疑惧。贼众也不知休范已死，别率杜黑蠡更猛烈地攻打垒东，司空主簿萧惠朗率数百人冲入东门，呼叫着来到堂下，城上守门兵士纷纷退却。太祖乃挺身上马，率数百人出来迎战，贼军都推着盾牌前行，太祖拉满弓弦准备射击，左右将戴仲绪举盾来挡，太祖一箭射穿，贼军伤百余人，虽死战但不能抵挡太祖攻势，只得退去。众军又得以保城拒守，与黑蠡相战，从晚间打到天明，箭矢飞石纷纷不息。这天夜里正值大雨，双方大鼓擂起来听不到声音，将士们连日吃不好睡不好，军中战马夜惊，城内人马乱跑，而太祖秉烛正坐，一次又一次厉声呵止。
贼帅丁文豪设伏兵击破中央军于皂夹桥，直驱朱雀桁，刘面力想打开朱雀桁，王道隆不答应，刘面力和王道隆都战死。刘面力当初追求清高情趣，大造园宅，起名为“东山”，而对政务很是忽略。太祖曾对他说：“将军您身负顾命重任，掌管内外大政，如今主上年龄不大，诸王也都年幼，而上流的蕃戚声势嚣张，远近皆知，这正是将军你艰难之时，可是将军却追求从容，疏远左右助手，一旦有事，恐怕后悔也来不及了。”刘面力根本不听劝说。
贼军进到杜姥宅，车骑典签茅恬打开东府门让贼军进来，冠军将军沈怀明所部在石头逃散，张永所部在白下溃败，宫内风传新亭也失陷，太后拉着苍梧王的手哭着说：“天下要完了！”太祖派遣军主陈显达、任农夫、张敬儿、周盘龙等，从石头渡过淮河，从小道进入承明门保卫皇宫。
刘休范死后，典签许公与竟诈称休范已在新亭，于是士民惶恐惊惑，跑到军垒前投名的人上千，太祖接到后都烧掉了，于是列队登临城北，对众人说：“刘休范父子前日已被杀死，尸体就在南冈下，我便是萧平南，各位好好看看！你们递上来的名片我都烧掉了，不必担心。”中央军乃分路攻打杜姥宅、宣阳门等处贼军，都获得了胜利。太祖于是率领部队凯旋而入，老百姓沿着道路围观，都说：“正是这位大人保全了国家啊！”
太祖和袁粲、褚渊、刘秉都引咎解职，皇上不允许。升任太祖为散骑常侍、中领军、都督南兖、徐、兖、青、冀五州军事、镇军将军、南兖州刺史，仍旧持节。又晋封公爵，增食邑二千户。太祖想把功劳分给大家，请求增加袁粲等人的邑户，第二天入朝议事，人们称他们四人为“四贵”。秦时有太后、穰侯、泾阳、高陵君，称为“四贵”，这时又有了四贵。元徽四年，升太祖为尚书左仆射，其他官职如旧。
刘休范被平定之后，苍梧王渐渐表现出凶狠残暴来，南徐州刺史建平王刘景素从小就很受称誉，朝野对他都有好感。景素也暗中进行些自我保护工作，于是便和太祖南齐书套近乎，太祖拒不接受。七月，羽林监袁祗投奔景素，景素便带兵发难，于是太祖军屯玄武湖，命令大军北上征讨，事变平定后才回来。
太祖威望和名声越来越重，苍梧王便心怀猜忌，差点要把太祖干
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