眼下舆论说是‘因公除去丧服就可穿上吉服’，这是西汉文帝创立的规矩，只是替天下百姓着想而已。衡山公主是服重丧，丧服可以按照先例去掉，孝心不能按照先例改变。心中悼念太宗时结婚，不是人们的情感能容忍的。”高宗于是诏令衡山公主等服丧期满以后再结婚。授予于志宁尚书左仆射官职、同中书门下三品头衔。不久，兼任太子少师。永徽四年(653)，有十八颗陨石坠落到同州，高宗询问说“：这是什么征兆？我要以悔改以前的过失、修养以后的德行来警戒自己，怎么样？”于志宁回答“：《春秋》记载‘：有五颗陨石坠落在宋国。’姓过的内史说：‘这是自然现象，不是产生吉凶的根源。’事物本来有自身的规律，和人事没有一点关系。虽是这样，陛下在没有灾害的情况下也警戒自己，对造福是没有妨害的。”很快升任太傅。曾和右仆射张行成、中书令高季辅一起得到高宗赏赐的土地，于志宁禀奏：“我家从北周、北魏以来世代居住在关中，家产没有失去。张行成、高季辅如今才开始经营田产，希望把赐给我的土地赐给不足的人。”高宗赞赏他的美德，把赐给他的土地分赐给了张行成、高季辅。
显庆四年(659)，因为年老请求退休，诏令免去尚书左仆射职务，改授太子太师官职，保留同中书门下三品头衔。
高宗废除王皇后时，长孙无忌、褚遂良坚决劝阻不被采纳，于志宁不敢说话。武则天皇后认为他不替自己帮忙，心怀不满，后来因此杀掉长孙无忌时，于志宁获罪撤职，离京任荣州刺史，改任华州刺史，批准他退休。去世时，七十八岁，追认为幽州都督，谥号为“定”。后来补救恢复左光禄大夫头衔、太子太师官职。
于志宁对宾客接待热情，对后辈乐于推荐，但是猜疑戒心太多，没有因他推荐而显贵的人，受到官场舆论的轻视。
凡是法规、法令、礼仪制度，他都参与研究起草，得到的赏赐数额巨大。
当初，于志宁和司空李责力修改订正《神农本草经》，并绘制标本图画，合并为五十四篇。皇上问“：《神农本草经》流传很久远了，现在重新修订，有哪些不同呢？”于志宁回答说：“南梁陶弘景把《神农本草经》和杂家的《别录》合在一起，进行注解题名，江南的民间药方，对药物学并不完全通晓，往往出现错误，四百多种药物，现在进行了考核修正，还增加了后代使用的药物一百多种，这些就是不同于《神农本草经》的内容。”皇上说：“《本草》、《别录》为什么是两部药书？”于志宁回答说“：东汉班固的《汉书·艺文志》只收录了《黄帝内、外经》，没有收录《神农本草经》，到了南齐阮孝绪的《七录》才收录了它。人们认为神农尝药来拯救生命，而黄帝以前的没有记载，把认识的传给后代，到黄帝的医药官桐君、雷公才记录在书中，但是写的郡县，多半是汉代的名称，怀疑是张仲景、华佗改写了它的原文。《别录》，是曹魏、晋朝以来，吴普、李当的药物笔记，它叙述的花叶形状颜色，主药从药互相配合，以《神农本草经》为纲进行叙述，所以陶弘景把它们编写在一起。”皇上说“：好。”这本书于是广为流传。
于志宁有个曾孙名休烈。
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