，在两仪殿坐朝，群臣退朝后，只留下长孙无忌、房玄龄、李责力商议立太子的事，因而说：“我有三个儿子一个弟弟，不知立谁为太子，我心里烦乱得很。”说完向刀架扑去，抽出佩刀自杀，长孙无忌等人大惊，抢上去抱住他，夺下刀给晋王，然后请问太宗想立谁。太宗说：“我想立晋王。”长孙无忌说“：谨奉诏命，持异议者斩！”太宗对晋王李治说：“你舅舅已答应你当太子了，应该拜谢。”晋王于是拜谢。太宗又说：“您各位跟我意见相同，天下人会有什么议论呢？”长孙无忌回答说“：晋王以仁德孝顺闻名天下已很久了，本来不会有异议；如果有变化，是我辜负陛下，罪当万死。”于是就决定了。太宗委任长孙无忌为太子太师、同中书门下三品，“同三品”
的职位就是从这时才有的。太宗又想立吴王李恪为太子，长孙无忌暗中争辩才没有这样做。太宗征讨高丽，诏令长孙无忌代理侍中职务。回朝后，请求辞去太子太师的职务，太宗听从他的意见，免去了太子太师职务，让他身居京城而任扬州都督。
太宗曾亲切地对长孙无忌说“：我听说国君圣明则臣子就刚直，人常常苦于不了解自己，你应该当面批评我的过失。”长孙无忌说“：陛下的文治武功超过千古帝王，禀性亲和天道，不是我们臣子比得上的，的确没有看到您有什么过失。”太宗说：“我希望指出我的过失，您各位都奉承我让我高兴，我可要评论您各位的优缺点，来告诫各位。”接着说：“高士廉心术机警聪明，面对危险不改变气节，所缺乏的是刚直之气。唐俭会说话，善于调解矛盾，在酒杯流转之中，说话惹人发笑，为我服务二十年，还不曾说过一句有关国家大事的话。杨师道性格谨慎小心，自然不会有错误，但懦弱不了解世事，碰到危难不能靠他帮忙。岑文本性情敦厚，写文章、论是非是他的长处，出谋划策有远见，自应不比别人差。
刘洎坚强正派，他说的话都有益处，不轻易对人许诺，能自己弥补不足。马周敏锐正直，评判人物，出以公心，他办事都令人满意。褚遂良刚强正直，光明磊落，有学问谋略，竭尽忠诚亲近我，像小鸟绕着人飞，自然让我加倍喜爱。长孙无忌回答问题机警敏锐，会避嫌疑，在古人中，也没有比得上的，但不擅长统帅军队打仗。”
贞观二十三年(649)，太宗病危，召长孙无忌到卧室内，伸手摸着他的脸，长孙无忌哭泣着，太宗激动得气息哽咽说不出话。第二天，与褚遂良进宫接受诏书。太宗转头对褚遂良说：“我得到天下，是靠无忌的力量。您辅佐朝政，不要让进谗言的人陷害他。”过了一会，就逝世了。当时在离宫，皇太子李治极度悲哀，长孙无忌说：“刚逝世的皇帝把朝廷、国家交给殿下，应该迅速登位。”为保守太宗逝世的秘密，暂不发表讣告，请太宗的灵车回到皇宫。
太子登皇帝位，这就是高宗。提升长孙无忌为太尉、检校中书令，还是主持门下、尚书二省政务。长孙无忌坚决辞去尚书省职务，高宗答应了。高宗想立武昭仪为皇后，长孙无忌坚持说不行。
高宗秘密地把十多车珍贵的器物、锦缎、丝绸赏赐给他，又亲自上门探望他，把他的三个儿子都提拔为朝散大夫，武昭仪的母亲又到他家申述请求。许敬宗多次劝说他，长孙无忌都严词厉色拒绝了。
高宗后来召见长孙无忌、褚遂良和于志宁说明皇后没有子女，武昭仪有儿子，是一定要立她的原因。长孙无忌多次劝谏无效，就说：“先帝把您托付给遂良，希望陛下听听他的意见。”褚遂良极力说不行，高宗仍然不听。
武昭仪立为皇后以后，因为长孙无忌接受了赏赐却不帮助自己，怀恨在心。
许敬宗猜到武后的心思，暗中指使洛阳人李奉节向高宗诬告长孙无忌谋反，与侍中辛茂将办理此案，教他编造长孙无忌谋反的情由。高宗震惊地说“：怕是奸邪的人挑拨离间，大概不是这样。”许敬宗陈述说：“谋反的迹象已暴露了，陛下心软，不是国家的福气。”高宗哭着说：“我家里不幸，高阳公主与我一母所生，先前谋反，现在舅父又这样，使我深深愧对天下臣民，怎么办啊？”许敬宗回答说：“房遗爱是乳臭未干的年轻之辈，伙同妇女一起造反，哪能成事？长孙无忌是奸雄，天下人都害怕而服从他，一旦暗中发难，陛下派谁抵抗他？现在就很紧急，只怕他振臂一呼，召唤同党，就成了朝廷的祸患。陛下没有看到隋朝的教训吗？宇文化及的父亲是宰相，弟弟是驸马，他本人统率皇宫的警卫部队，炀帝对他们不猜疑，然而他起兵造反成了贼头，就把隋朝灭亡了。希望陛下拿定主意处置他。”
高宗犹豫不决，又下令审核。第二天，许敬宗说长孙无忌造反的证据清楚得很，请求逮捕他。高宗哭着说“：舅父果然这样，我决不忍心杀他，不然，后世将怎样评价我？”许敬宗说：“汉文帝的舅父薄昭，保护文帝从代地回朝登上帝位有功，后来犯了杀人罪，文帝怜惜他又怕扰乱了法律，就命令朝臣们穿上丧服上门去为他哭丧，薄昭便自杀了，优秀的史官不认为这不妥当。现在长孙无忌忘记了先帝的恩德，抛弃与陛下的至亲关系，竟然想颠覆国家、毁掉朝廷，岂止薄昭的罪恶可比？按法律该灭五族。我听说当断不断，反受其乱。应当抓紧时机迅速行动，迟了就必然发生变乱。长孙无忌帮先帝谋划夺取了天下，天下的人都佩服他的智谋，他是王莽、司马懿一类的人。现在他自己已承认谋反，为什么犹豫不决呢？”高宗始终没有对质审问长孙无忌。
于是下令削去官爵封地，给予扬州都督一品官的俸禄流放到黔州，由扬州派兵护送。把他任秘书监的儿子长孙冲等人流放到岭南，把他任渝州刺史的堂弟长孙知仁降职为翼州司马。几个月后，又诏令司空李责力、中书令许敬宗、侍中辛茂将等人复查谋反案件。许敬宗命令大理正堂袁公瑜、御史宋之顺等人到黔州用酷刑审讯。长孙无忌上吊自缢，儿子长孙冲免去死罪，杀死了同族的侄儿长孙祥，把同族的弟弟长孙思流放到檀口，服丧一年时间的亲族大都被降职流放。
当初，长孙无忌和褚遂良全心全意为国家效力，把天下安危作为自己的责任，所以高宗永徽年间的政治有太宗贞观之治的风范。高宗也尊敬老臣，恭敬地听取他们的意见。法纪的设立和推行，是这两个人全力维持的结果。到了为两个皇后的废立意见不合高宗的心意后，奸臣乘机暗中设计陷害他，高宗昏庸，听信谗言，长孙无忌终于被害死，从此后政权被武氏家族夺去，唐朝差点亡国。
高宗上元元年(674)，恢复了长孙无忌的官职爵位，让他的孙子长孙无翼继承封爵。当初，长孙无忌在昭陵墓地为自己预建了坟墓，到这时才允许迁葬回来。文宗李昂开成三年(838)，下诏书说“：阅读本朝史料，每当读到有关太尉长孙无忌的事情，总是掩卷叹息。就让他的后代孙子长孙钧任猗氏县令吧。”
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