。先是，以修進「文昌化書」；帝曰：『「化書」勸人忠孝，朕甚嘉之。以修生長其鄉，即與門人較定，更當廣佈成書，以襄上治』。
福京吏部司務王士和疏陳六事；文職廣而脫卸者多，武弁盛而立功者少，升遷驟而責任益輕，議論煩而實用益寡，聽納博而精神愈紛（校者案：「大紀」作「棼」），移蹕頻而民生日苦。帝歎為苦口良藥，隨以士和為延平守。
是時，蘇觀生、陳賡多方鼓舞援軍將士，吳之蕃、張國祚兩營奮勇出戰，與清師遇於李家山、九牛之間，數戰皆捷。清師疑援兵至，撤圍退屯水西；之蕃、國祚亦退守南康。時贛守已閱兩月，奉詔勞苦，改名忠誠府；加楊文薦右都御史。二十四日，江起龍、趙印選、胡一清率師三千，南安同知劉清容引兵三百，蘇觀生部下遣師三千，粵帥餘卒三千，楊廷麟收散亡數千，大司馬郭維經、侍御姚奇胤召募滇、閩兵八千，閣部丁魁楚部下遣帥四千，先後皆至，營於城外，不下四萬餘人，皆欲一當敵先。時中書袁從諤出募砂兵三千，銓曹龔棻、兵曹黎遂球出募水師四千，留滯南安。萬元吉以為必待水師之至，並力一戰，安危在此一舉。王其宖曰：『今水涸不能汎巨舟，且其帥羅明受故海盜也，桀驁不馴；龔、黎二公如慈母之奉驕子，豈能如約』？
是月朔，皇子琳原誕生；群臣表賀，有『日月為明，止戈為武』語。帝歎賞，大赦覃恩。手詔封芝龍泉國公、鴻逵漳國公，尋改芝龍平國公、鴻逵定國公。鄭氏廝養俱得三代誥，撰敕及織軸者日不假給。
閣部顧錫疇流寓溫州。有鎮將與督學相結，取事例銀供餉，諸生鼓噪；鎮將縛一、二人殺之。錫疇欲疏劾，鎮將乃乘夜縛錫疇投之於江；子鎣遁免。鎮將者，賀君堯也。顧為佟邦年門生，邦年子為清朝嘉湖道；鎣在署中，適君堯以賂佟入官，鎣見之以告，乃置之死。
時清師陷蕭山，遂圍諸暨及紹興、嚴州，關門震動。
二十七日發榜，取中葉瓚等一百七十五名、副榜六十五名。錢邦芑請一榜盡賜登科，以成曠典。而是科弊中甚多，榜內李枚文理大謬，編修周之夔、御史劉霖懋取布政司原卷不通處疏糾之；帝即命黜，革逮房考推官王三俊追贓一萬兩，以助水師餉。其餘另旨令南城御史方元令覆試，黜落四名；仍發續榜，俱准為舉人。繼而三俊之贓甫完，而清師已至，幸免株連。
秋、七月，都督陳謙奉魯藩使，與行人林垐至關，趦趄不進。芝龍以書招之，乃入陛見。啟函，稱皇叔父而不稱陛下，帝大怒，下廷議禁獄。陳謙者，武進人。乙酉春，齎南都詔封芝龍為南安伯，比啟讀券，乃誤書安南；謙謂芝龍曰：『安南則兼兩廣，南安僅一邑耳。請留券而易詔，更晉伯為侯』。芝龍大喜，厚贈而別，半道而南都失守；故芝龍素德謙。御史錢邦芑乃密啟：『謙為魯藩心腹，與鄭深交；不急除，恐有內患』。或以告芝龍，芝龍謂刑所必經其門，臨期救之未晚。至夜半，內傳片紙，別移謙斬之。芝龍聞，伏尸哭極哀，以千金、百布葬謙，為文祭之，有『我雖不殺伯仁，伯仁由我而死』之語。因疏『海寇狎至；今三關餉取之臣、臣取之海，無海則無家，非遄征不可』。拜表即行。中使手敕云：『先生稍遲，朕與先生同行』。及之河，則飛帆過延平矣。芝龍既去，守關將施福盡撤兵還安平，聲言餉缺；蓋微聞錢塘信也。
雷州守將殺清知府趙最、推官李宣國；宣州府鄉兵逐清所置官，復其城。
詔以皇子恩，釋僉都御史田闢於獄。闢，河南人；甲戌進士。南都時，以戶部榷稅虔州。是年春，募兵入衛，改署都察院事。疏糾閣臣曾櫻，語連中宮；帝含怒未發也。既而遣錦衣衛王之臣往閱其師，併發月餉；之臣迎合意旨，疏糾詭兵冒餉，遂下詔獄。然兵籍俱實、餉又未發，班行多申救者，帝怒不解。至是，乃釋。後闢崎嶇楚、粵間，卒抗節而死。
督師黃鳴俊久駐衢州；八月，忽退入仙霞關。帝怒，適鳴俊子職方主事天復從駕，詔逮獄；而命建寧府羈鳴俊。鳴俊懼，請奮勇自效，尋統兵出關。
皇子琳原薨，謚「莊敬」。
鄭鴻逵駐關外，傳言清師至，則徒跣疾行三日夜而抵浦城。詢及後至者，則兵譁也。事聞，削其封爵。
帝因首輔何吾騶言，決意幸汀入粵。而芝龍力請旋蹕福京，且云『傾家相助，可四百萬；關門固守，決難飛渡』。帝不聽。芝龍歸，又令繼母赴行在力向中宮言，又不聽。時清師已輻湊關外，帝尚在延平。將幸贛州，特詔宣芝龍商留守事宜，芝龍不至。清內院洪承疇先紿芝龍，啖以閩粵王官爵；凡關隘水陸之兵，二月時俱早撤回。浙東既潰，清師從容入閩；而或由建、或由汀、或由福寧，俱走山谷間道出不意，不盡由仙霞也。
十七日，清師將至，浦百姓請出降，按臣鄭為虹不可；再請行，又不可。及清師至，擁見貝勒；為虹不屈，貝勒嘉其節，不忍殺，且勸薙髮。為虹曰：『負國不忠、辱先不孝，忠孝俱虧，我生何用？寧求速死，髮不可斷也』。明日，復召見，責輸餉。為虹曰：『清白吏，何處得金』？百姓爭欲代輸贖以不死；為虹以民窮財盡，持不可；噴血大罵。貝勒下令斬之。為虹，字天玉，揚州人；癸未進士。年少，美丰姿。初令浦城，潔己愛民。帝入關，聞其廉，欲置之左右；浦民留之，有十不可去浦之疏。遂寵其任為巡關御史，亦以恤浦民也。關將不法，為虹繩之。有曲護關將者，反露章彈為虹，市恩邀譽；帝知其忠，不問。復命巡按上游，關將頗為斂手。清師入關，為虹歎曰：『文武不睦，勢不可為也』。竟不屈死。科臣黃大鵬同日殉難，為虹義僕陳龍與標下中軍遊擊原某、浦城千戶張萬明及子都司張翹鸞、都督洪祖烈從死。百姓為之祠焉。
清師破延平，帝出狩，猶載書十車以從。時隨行者，止何吾騶、郭維經、朱繼祚、黃鳴俊數人。已而何與郭亦遁去，輔臣路振飛追駕不及，縊於邵武山寺。禮部侍郎馬思理、工部尚書鄭瑄俱扈駕，中途逃歸。思理詐死遁至海上，擁戴魯藩；瑄則爭先屈首而已。上游巡撫吳聞禮遁入山寺，人有勸之者；曰：『豈有堂堂撫臣而怕死耶』？後率鄉勇赴敵死。延平府王士和矢志不移，曰：『吾受國厚恩以守此土，不能持寸鐵與鬥，死有餘愧；可與之俱生哉』？乃正衣冠，經於堂皇。士和，臨川人；富經術。崇禎朝，領鄉薦；初為吏部試司務。帝入關，疏陳六事；帝嘉其直，升知府事，清正不阿。延人德之，痛哭如喪所親；鳩金斂焉。
永福降紳黃文煥、男琪逐縣令起兵，伐山開道至延平，朝清貝勒。時有貢生齊巽、中書張份、醫僧不空等鳩眾起兵，清師之遣掛示安民者，輒殺之。倉卒無餉，曹學佺助以千金，始克招募。黃琪密報貝勒王下福州，遂各逃散。時訛傳清師入閩，有『留髮不留人、留棺不留屋』之語，省城巨室移棺郊外，城中如洗。
二十八日，帝抵汀州。清師踵至，建寧知府楊三畏、延平道趙秉樞一路迎降。隨征御史王國翰以警急聞，帝怒，欲杖之；扈從皆遁。次日，有十餘騎叩城曰扈蹕者，乃追騎也；遂執帝及曾后去。國翰及子都督同知涼式、禮侍曹學佺、通政使馬思理俱縊死。后至九龍潭投水，帝崩於福京。或曰：代死者，為唐王聿釗；帝實未崩。其從亡之臣，則戊辰進士賴垓、河南丙子解元熊緯也。後粵中建號，尊帝曰思文皇帝。
是月，羅明受率水師至贛，清師截之於江。明受遁走，棄巨舟八十餘，兵士被獲者數百，贛城內外列營喪氣。清師於二十八日破廣營，二十九日破滇營。自是，東南城外無一卒。
九月三日，清師圍贛。城中留者，江起龍罷卒三千，汪國泰、金昌振四百餘，徐日彩新招虔人二百餘，郭維經部下三千餘；城外惟水師後營黃志忠二千餘而已。贛人登陴日久，勉強支持旦夕。
清師既下汀州，別遣李成棟、韓固山略定興、泉、邵、漳等處。九月八日，入泉州德化，縣令陳元青迎降；大學士蔣德璟絕粒死之。
十九日，清師至福州，從北門而入。城中百姓十留一、二，父老仍鳩各鋪羊酒郊迎。貝勒王駐札洪塘沙洲，出諭安民；禁兵士毋得入城肆掠。分職任官，悉如舊制。福州縉紳俱遁山谷，首至者某部尚書某一人而已；跪沙中竟日，貝勒不為禮，徐乃令去。曰：『爾官在明朝若大乎？茲不便用也；速去』！
時剃髮令下。有閩縣人趙卯，生三子矣；妻時已喪。卯乃多市魚肉，與父母暢飲；酒酣，請父母拜之。日暮，卯俟父母安寢，徘徊中庭，愾歎數四；呼其子曰：『爾讀書，筆硯可簡出，吾有用』。隨命三子先寢，乃濡濃墨大書於壁曰：『男子趙卯，不肯剃頭死』。擲筆，縊於中堂。時年三十有六。
禮部尚書曹學佺，字能始，號鴈峰。年十八，舉於鄉；二十一，成進士。宦轍所至，興利除害。工古文詞賦，富於著述；尤喜臨池，入晉、魏之室。熹宗朝，以序何總制士晉所著書，談及閹寺三案，削職追奪，幾陷不測。歸來，閉戶著「天下名勝志」、選古今十二代詩、撰「五經說」；繼乃旁通天文、禪悅、字說、語錄、二十一史，皆有纂緝。威宗朝，屢詔起之，不就。林夙知其名，初入閩，即起為太常；尋進少宗伯，特設蘭臺，令修「威宗實錄」。聞駕已離延津，即削髮入山寺為僧。有不知時勢者四人，思為恢復計，乃率里中無賴三十人直抵寺中而強之。學佺曰：『千金予不憚傾囊以應，奈時勢已至此何』？四人苦懇之，學佺惻然曰：『與其留為兒孫用，不如先為國家用；成敗利鈍，非予所知。諸君勉之』，翌日下山，予之如其數。四人者延學佺至帥府，時即九月十六日也。至十九日，清師入城，學佺乃呼家人告曰：『吾志已定，今日正吾盡節之日也』。遂沐浴正衣冠，縊於中堂。年七十有三，語不及後事。後五日，始得入棺。次年二月十九日，移櫬西郊二忠祠，葬祭成禮。右衛指揮胡上琛，字逢聖，號席公；直隸人。伊祖以功授燕山衛，後升福州右衛，遂占籍焉。上琛幼孤，依母家田氏。少長，嫻禮義、文詞。年十八，赴京襲祖職；折節讀書，耽於賦詠。多蓄書畫，有當意者輒典衣購之。帝入閩，升錦衣衛，扈從延平。及帝出狩，上琛徒步歸，閉戶不出。清師將入城，上琛密令人入山覓毒草；其愛妾劉蕙聞而笑曰：『君豈以我婦人，不知節義事而不與聞耶？吾有志久矣，特慮君志未決耳』。上琛喜動顏色，遂服冠裳，與妾拜天地、祖宗，並坐中堂飲藥酒而卒。上琛時年三十有八，蕙年二十有一。子四人，先時囑母氏撫養。
十月三日，贛城中有縋城而出者，清師獲之，以為鄉導。夜泊小東門而上，鄉勇猶巷戰刃之。四日黎明，清師四集，遂破忠誠府；萬元吉、楊廷麟投水死，郭維經入嵯峨寺焚死，兵科給事萬發祥、守道彭期生、吏部主事龔棻、御史姚奇胤、兵部主事于斯昌、王其宖、黎遂球、柳昂宵、魯嗣宗、錢謙亨、戶部主事杜珽、中書舍人袁從諤、劉孟鍧、劉應駟、贛州推官署府事吳國球、同知王明俊、臨江推官胡縝、知縣林逢吉、監紀通判郭登寧、鄉宦盧象觀、舉人劉曰佺、萬與升、馬芝、貢生楊述鴻、黃尚實、胡國偉、王明、管聲、元戴紱、段之輝、朱長應、賴尚佐、劉期錫等數十人不死於兵，即自盡投水耳。
十九日，清師入漳州，漳州道傅從龍、知府金麗澤以城降，皆仍舊職任事。不三日而鄉民兵起，殺從龍、麗澤。
當清師之未入泉州也，鄭芝豹先至，閉城索餉。諸紳不應者，即梟其首。縛親家母於庭，抵暮得數萬。又具火手五百，將盡焚城中宮室；以餉未足，遲至明日。俄報清固山兵將至，乃奔安平。
芝龍〔退〕保安平時，樓船尚五、六百艘；軍容烜赫，戰艦齊備，砲聲不絕，震動天地。以前約南都洪內院信未通，故猶豫未敢迎師。又自念早撤關兵，清師得通行無所累，有大功；而兩廣素屬部下，若招兩廣以自效，閩廣總督可得，猶南面王也。清貝勒令泉紳與芝龍最厚者郭必昌招之，芝龍曰：『我非不忠於清，恐以立王為罪耳』。會固山兵逼安平，芝龍怒曰：『既招我，何相逼也』？貝勒聞，刀切責固山，令離安平三十里勿駐軍。而遣內院二人持書至安平，其略曰：『吾所以重將軍者，以將軍能立唐藩也。人臣事主，苟有可為，必竭其力；力盡不勝天，則投明而事，乘時建不世之功，此豪傑事也。若將軍不輔立，吾何用將軍哉？且兩粵未平，今鑄「閩粵總督印」以相待。吾所以欲將軍來見者，欲商地方人才故也』。芝龍得書
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