大喜，必欲降附；諸將多不從。其子成功痛哭而諫，勸之入海。而芝龍念田園遍閩、廣，秉政以來，增置莊倉五百餘所；駑馬戀棧，遂進降表，單騎以五百人自隨而降。成功母自縊死。芝龍過泉州，大張播告，誇投誠之勳；猶持貝勒書招搖，得官者就議價。十一月十五日至福州，朝見貝勒，握手甚歡，折箭為誓。遂命酒痛飲。飲三日，夜半，忽拔營起，挾之而北；從者五百人皆別營，不得見。惟狎客陳鼎隨之，亦不許通家信。芝龍乃面作家書數封，皆囑『無忘清朝大恩』語；而謂貝勒曰：『北上面君，乃芝龍本願；但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何』？貝勒曰：『此與爾無與，亦非吾所慮也』。
芝龍既行，鄭彩、鄭鴻逵、鄭成功皆率所部入海；成功樹旗曰：「殺父報國」。張肯堂、沈猶龍等亦往舟山依魯王，芝豹獨奉母居安平。芝龍至京陛見，奉朝請。
十二月朔，成功會文武群臣於烈嶼，設高皇帝神位，定盟恢復；仍改明年丁亥為隆武三年。移於南澳，勤王者遠近至，軍聲頗振。
永曆元年、即鄭氏所奉之隆武三年（清順治四年）丁亥四月十八日，黔國城中人執阮韻嘉、袁士弘檻送楚雄，伏誅。二十四日，孫、李諸軍入城，秋毫無犯。定洲據省，凡五百五十日。
五月，李定國帥師向臨安。庚申至壬戌，拔之；改阿迷州曰開遠、蒙自曰樂新。遣使至楚雄，永昌楊畏知猶以流賊目之。
是月，鄭成功於廈門中左所設演武場。
六月，四將軍入迤西，楊畏知迎戰被執；四將軍解其縛，坐之上座，以為同獎王室，非有他也，俾作書通意於天波。畏知曰：『果爾，當從我三事：一不用獻偽號，二不殺百姓，三不擄婦女』。可望皆許之，即折箭對誓；迤西得免屠戮，畏知之力也。
七月，土司龍在田、許名臣降清。
鄭成功合鄭鴻逵軍圍泉州於桃花山，不克。
八月十八日，四將軍兵入鶴慶，又分兵入麗江，土知府木懿迎降。天波得畏知書，猶不敢信；遣其子中顯至營曰：『但得守永昌足矣，不敢復望故位』。劉文秀謂諸人曰：『沐世子來，猶國公也；請以國公之禮禮世子』。世子歸，以二十騎送之，悉反所得沐氏世寶。天波大喜過望，二十騎中有兩人歷階而上；中顯視之，愕然謂其人曰：『此即撫南劉將軍及王將軍某也』！天波乃與兩將軍還成都，車裂余錫朋、徐中和等以謝國人。文秀隨引兵討佴革菴。佴革菴者，定洲之老巢也。有九山最險，峒名溪烏；其外巢曰大莊，夷蠻黑老虎踞之。其戰口銜雙刀、手舞大刀，所向無前。文秀圍之，久不下；定國益師往，誅黑老虎。
定國之攻臨安也，定洲部目李阿楚拒戰甚力。定國穴地道置砲，砲發而城陷，阿楚赴火死；兵猶巷戰。定國怒，執城中紳衿、兵民盡戮之，所殺七萬八千餘人；而陣亡與自焚自縊者不與焉。又屠晉寧及昆陽、呈貢、歸化，又殺數十萬人。迤東被戮之慘，幾與蜀同。而迤西獨免，宜楚雄人至今尸祝楊畏知不衰也。十月四日峒人多出降，破之；執萬氏、定洲以歸。沙亂由於萬氏，滇人疑其如夏姬；及獻俘，魋黑奇醜，莫不大笑。
是月，朱成功（即鄭成功用國姓也）從大學士曾櫻議，頒明年閩中正朔（號戊子）大統曆，用文淵閣印印之。
永曆二年（清順治五年）戊子閏三月，成功攻同安、安溪，皆下；以吏部主事葉翼雲署同安事。五月，圍南安縣；七十日不克而還。八月，清師破同安，葉翼雲及鎮將丘進、金裕皆死之。遣光祿寺卿陳士京入朝於肇慶。
永曆三年（清順治六年）己丑，士京還自肇慶，晉封成功為延平王，始奉粵中正朔（校者案：即永曆以前皆稱隆武也）。六月，清漳浦守將歸降於成功。
永曆四年（清順治七年）庚寅，成功率師南征。
永曆五年（清順治八年）辛卯二月，清守泉州鎮將某偵廈門單薄，襲破之。曾櫻自縊，諸紳咸避於浯嶼。成功自南返，泉州攻者始退。十二月，成功攻漳浦，其令來降。
永曆六年（清順治九年）壬辰正月，清海澄守將赫文興舉城來降。成功圍長泰縣，清督帥陳錦來援，敗之。二月，成功復克平和、詔安、南靖三縣，進圍漳州府。七月七日，陳錦為其內司李進忠等五人所刺，以其首來降。八月，刑部侍郎王靈石至自五指山，言思文在彼為僧，繼而敕使至廈門；一時故臣皆不能決。九月，清金帥（校者案：即固山金勵）援漳，鄭師失利。
永曆七年（清順治十年）癸巳三月，五指山復避使來存問諸臣；使言『思文今離五指、駐平遠縣，將起兵』。故臣乃具公疏請敕驗視，卒不可得。五月，金帥以萬騎攻海澄；遇伏大敗。六月，鄭師南下，會潮州守將郝尚文來降；以定海李孟■〈山上〈弓攵〉下〉 署太守事。其屬縣潮陽、惠來相抗，成功赴勦。
永曆八年（清順治十一年）甲午四月，清廷議割漳、泉、惠、潮四郡地，令鄭氏薙髮；不受。清師復陷潮州。十一月，成功發水陸師應西寧王李定國粵東。十二月朔，成功克漳州；漳屬十縣而降者九，獨龍岩不下。十二日，泉州屬七縣而降者六。
永曆九年（清順治十二年）乙未正月，鄭師克仙游，攻凡半月。四月，鄭師援粵之師失利，統軍黃梧降級。五月，鄭師祭旗，大演陸師；戈甲耀日，集縉紳觀之。六月，鄭師祭海，大演水師。九月，南克揭陽、澄海、普寧三縣，命峻揭陽，毀澄、普。十一月，守舟山清將巴臣與興城來降於鄭師；發師已三月，阻風。至是，始抵城下。十六日，清師再遣使議和。
永曆十年（清順治十三年）丙申正月十一日，始頒粵中正朔十年大統曆，以前年有軍事也。守臺州將清馬信棄其城，降於舟山。二月，馬信及馮用、張洪德俱抵廈門，謁成功。五月，粵師失利歸，斬其將蘇茂。閏五月，改廈門中左所為思明州。六月二十四日，黃梧以海澄降清，縣令王元士從之；協將康雄不從，斷其手，得墜城出。七月五日，以陳忠勇侯留守思明州，成功率師北伐。奪閩安鎮，斬清將胡希孔，生擒百七十餘人。二十三日，戰於南臺，奪橋。又明日，戰於橋北，再勝。二十八日，戰於教場，奪馬二十五匹，擒延平援將張禮。八月四日，成功克連江。二十六日，清師陷舟山；總制陳雪之、英義伯阮進俱赴海死。
永曆十一年（清順治十四年）丁酉十二月，思明火藥局火。
永曆十二年（清順治十五年）戊戌正月，粵中以璽書通問於思明。二月，徐孚遠覲粵中行在，汎海取道安南入滇。成功會師浙海，以前少司馬張煌言為監軍。北上抵羊山，羊山故有龍祠，海舶過者致祭，必以生羊——即放羊於山，久而孳息日繁，見人恬不畏避，軍士競執之。時天朗波平，怪風猝至，海舶自相摐擊；義陽王溺焉。於是返旆。
永曆十三年（清順治十六年）己亥五月，鄭師悉眾北指。張煌言以所部亡命為前驅，入江抵瓜州城下。明日，成功至；清師禦之，滿、漢兵死者千餘。鄭師乘勝，遂克其城。成功南渡攻鎮江，煌言泝長江；未至儀真五十里，吏民迎降。六月二十八日，煌言抵觀音門，成功已克鎮江，水師畢至。七月朔，哨卒七人略江浦，取之。五日，蕪湖以降書至；成功謂煌言：『蕪湖上游門戶，倘留都不旦夕下，則江、楚之援日至。控扼要害，非公不可』。七日，煌言至蕪湖；傳檄郡邑，江之南北相率來降：郡則太平、寧國、池州、徽州，縣則當塗、蕪湖、繁昌、宣城、寧國、南寧、南陵、太平、旌德、貴池、洞陵、東流、建德、青陽、石埭、涇縣、巢縣、含山、舒城、廬江、高淳、溧陽、建平，州則廣德、無為、和，凡四府三州二十三縣。而下流之常、鎮屬縣，亦皆待時為迎降計。時有清大帥單騎東奔，飯於村店；店惟一老嫗，大帥皇遽問曰：『今待何如』？老嫗不知其為大帥也，合掌向天而謝曰：『聞殺北人盡矣』！大帥不敢飯而去。金陵亦竊議迎降未定，而諜知鄭師疏放，樵蘇四出，營壘為空；士且釋兵而嬉。用輕騎襲破其前屯，成功倉卒移帳，質明，軍灶未就，清師罄城出戰，鄭師大敗。成功遂乘流出海，並撤鎮江之師。煌言趨銅陵，與楚師遇，兵潰；變姓名，從建德祁門山中出天臺以入海。
成功之敗而歸也，以廈門單弱，方謀所向。中途遇紅夷船，其通事乃南安人；謂成功曰：『公何不取臺灣？臺灣，公家之故土也；有臺灣，則不患無餉矣』。臺灣，海中荒島也。崇禎間，熊文燦撫閩；值大旱民餓，上下無策。文燦向鄭芝龍謀之，芝龍曰：『公第聽某所為』。文燦曰：『諾』。乃招饑民數萬人，人給銀三兩、三人給牛一頭，用海舶載至臺灣，令其茇舍、開墾荒田為生。厥田惟上上，秋成所獲倍於中土。其人以衣食之餘，納租鄭民。後為紅夷所奪，築城數處：曰臺灣、曰雞籠、曰淡水；此外又有土城數十處。臺灣之城，疊亂石高數丈、厚丈餘，用火煆之，石化為灰，融結成塊。其門戶為澎湖；澎湖淡水，地勢低下；海舶至此，須易船而入；故險而易守。
成功往攻臺灣至澎湖，適遇水漲，竟以海舶渡之，直抵城下。城中紅夷不過千餘人，餘則皆鄭氏所遷之民也。以大砲擊城，堅不受砲。灣民導之曰：『城外高山有水，自上而下繞於城濠，貫城而過；城中無泉井，所飲惟此水。若塞其源，三日而告困矣』。成功從之，紅夷乞降，遂以大舶遷其家。
成功據其地數年，卒；子鄭錦（案即鄭經）嗣。後至甲寅，耿精忠反於閩，鄭氏人猶奉粵中正朔曰〔永曆〕二十八年（校者案：臺灣直至永曆三十七年始降清，時已清康熙二十二年矣）。
三餘氏曰：鄭氏以盜賊之智，習海島無君之俗，委身而託之；「祭則寡人」亦云幸矣，藉之謀國不已傎乎？黃道周輩號稱心膂，在承平固曰能賢；畢竟迂遠不達事變，其於弘濟時艱，全無影響。贛即後亡，而萬則自用頗專，楊亦遲於見事；豈所稱扶危定傾者耶？卒之君逃臣死，俱歸孟浪；適以速鄭氏之負篋擔囊而趨已耳。可慨矣夫！
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