亦漸有次第。朕方親履行間，鼓舞率勵，以觀厥成；而文武臣僚咸稱「萃渙」之義，貴於立君；寵綏之方，本乎天作。時哉不可失，天定靡不勝。朕自顧缺然，未有丕績以仰對上帝、克慰祖宗。而臨安委轡，尊攘無期；大小汎汎，如河中之木。朕敢不黽勉以副眾志，而慰群望！朕稽載籍，漢光武聞子嬰之信，以六月即位鄗南，即以是年為建武元年，誕膺天命；昭烈聞山陽之信，以四月即位漢中，即以是年為章武元年，立宗廟社稷艱危之中。豈利大寶，亦惟是興義執言，繫我臣庶之望故也。以今揆古，即以是年為元年。其承天翊運定難功臣，悉以次第進爵行賞；分茅胙土，稍俟恢復，以勒勳庸。其翊運宣猷、守正文臣，亦以次進級；別需來章（校者案：「來章」，「大紀」作「表章」；屬下句，似當）。孝秀、耆宿、軍民人等，俱依前諭優給。行在所山川鬼神，除淫祠外，皆遣正官精禋祭告，以示朕纘緒為天下請命之意』。大赦；改是年七月一日以後為隆武元年。頒詔於八府、一州，有一十八款；時於行在午門外宣讀，臣民跪聽者數千人。先是，五鼓，駕自南安伯府，移入布政司。庭燎輝煌，軍容壯麗。各官咸以次入，芝龍戎裝騎馬行於駕前，鴻逵率禁軍殿其後。至司，即入行宮，百官鵠立，始聞環佩之聲。寅時，駕用袞冕朝服，升殿受朝賀。初行五拜三叩頭禮，繼又行二十四拜。
以布政司為行殿，額鼓樓門為「行在大明門」；以福建省為福京，以福州府為天興府。
追尊唐國高、曾、祖、考謚號，遙上弘光帝尊號曰「聖安皇帝」。
進封靖虜（校者據「海上見聞錄」補「虜」字）伯鄭鴻逵為定清（校者據「思文大紀」補「清」字）侯、南安伯鄭芝龍為平夷（校者據「思文大紀」補「夷」字）侯，並賜號「承天翊運定難功臣」；鄭芝豹為澄濟伯、鄭彩為永勝伯。以按司為芝龍第、都司為錦衣衛、監運司為通政司、巡撫署為吏部、海道署為戶部、提學署為都察院、稅課司為南察院，餘各官皆僦民房受事。
封弟聿■〈金粵〉為唐王，主唐國祀；叔器■〈土鼎〉為鄧王。
設六部九卿，並賜號「翊運宣猷、守正文臣」；以張肯堂為吏部、李長倩為戶部、曹學佺為禮部、吳春枝為兵部、周應期為刑部、鄭瑄為工部、馬思理為通政使、鄭廣英為錦衣衛都督。
以天、建、延、興四府為上游，汀、邵、漳、泉四府為下游，各設撫按；縣升府、府升道，道轉內卿。一命以上，咸與寵錫。
是時敷求耆碩，自何楷、蔣德璟、黃景昉、黃道周、蘇觀生、陳洪謐、林欲楫、朱繼祚、黃鳴俊、姜曰廣、吳甡、高弘圖、路振飛、陳奇瑜、鄭三俊、熊開元、黃士俊、林增志、李先春、顧錫疇、陳子壯、王應熊、楊廷麟等皆起為大學士。然或至、或不至；其遠不能至者僅列其名，遙授而已。閣臣至三十餘人，俱閒無事，不令票旨，皆帝親為之。德璟、欲楫、景昉皆力疏辭；行人以死請之，乃至。
隆武元年七月初六日，誅清朝使人馬得廠。
改天興府學為國子監。先是，颶風壞學宮，郡紳馬思理與諸生鄭澤等謀重修之。至此；落成。因命鄭澤等准貢入監，馬思理升級有差。
設五城巡視御史及兵馬司。
特旌錢塘令崑山人顧咸建死節。
諭司經局正字薛瑞泰：『搜訪遺書，不論新舊、硃藍批閱。至十六朝實錄，尤為要典。著爾留心，朕不負此忠款』。
諭文武臣民：『朕誓擇於八月十八日午時，親率御營中軍平夷（校者據「思文大紀」補）侯鄭芝龍、御營左先鋒定清（校者據「大紀」補）侯鄭鴻逵統率六師，御駕親征。尚賴文武臣民勇效智力、謀富才能，同報祖宗，以救百姓。有功者，朕必重賞，再無食言（校者案：此諭開首斥清數語，備載「思文大紀」）。即日，發示安民。
司禮監太監龐天壽傳諭：『行在合用物件，惟以儉樸為本。有司官不得違旨阿奉，以害民生』。□敕諭：『行宮中不許備金、銀、玉各器用，止磁、瓦、銅、錫等件；並不許用錦繡、洒線、絨花帳幔、衾褥，止用布帛。件件俱從減省，稱朕恬淡愛民至意。違者，即以不敬不忠治罪』。
時帝長齋布素，日與大臣講求政治於便殿。又性好書籍，搜閱不丙夜不休。自敘曰：『朕始祖唐定王，高皇帝二十二子；母李貴妃出。洪武二十四年，受封永樂；六年之國。傳子靖王，早逝；無嗣，弟繼為憲王。王長子悼簡世子早薨，次子殀，第三子舞陰王襲封為莊王。王子成王無嗣，二弟浙陽王亦絕；三弟文城，恭靖王長子入繼為敬王，追封恭靖為唐恭王。王繼統三十餘年，壽七十有一；子順王。順王子端王，端王子追封裕王。裕王萬曆二十二年封世子，長子即朕也。家庭多難，端不悅裕。在內官宅，母毛娘娘生朕於萬曆三十年四月初五日申時；先有雲神擁送之兆，後有遍身麟錦之祥。祖不悅，而曾祖母魏悅之。八歲，延師僅辨句讀。十二歲，曾祖母薨；祖即將朕與父同禁。篝佛燈，日夜苦讀。禁十六年，朕二十八歲，尚未報生焉。崇禎二年二月，父為叔鴆；朕誓報仇。賴有司持之公，天啟祖考心，請於烈廟，奉敕准封。本年十二月十二日，祖考亦薨，朕乃奉藩。五年六月初三日受封，九年六月初一日請覲。七月初一日報仇。二十日請勤王，八月初一日起行。十一日，見部咨寇梗，回國。十一月二十一日，奉降遷之命，責朕以越關擅離。十年三月二十日，到鳳陽高牆。五月，大病；中宮割股。十二年，朱大典請宥；十四年，韓贊周請宥；十六年，路振飛請宥更切。十七年十二月十三日，奉旨：『該部即與議覆』；而有三月十九日之事，不及全受先帝恩矣，痛哉！今朕四十四歲，共分四節：一節二十八歲，為家難。二節自二十八歲至三十五歲十一月，為治國；九年十一月奉譴，三十六歲至四十三歲八月，皆高牆囚禁八年事；第三節、第四節，則上年至今年也』。
翰林院學士黃道周至自衢州，即日召對便殿，談恢復事宜，稱旨。帝譽之曰：『真朕中興名相也』；即拜大學士，入閣贊助機務。
時永定土寇劣生王叔光、王中慶、王鳳來等因南都之變，招集亡命數千攻大埔等縣，屯錦風窯地方，去城三十里而陣。又聞武平失守，勢益鴟張，攻圍永定縣七日。知縣徐可久陳鄉勇、嚴保甲，用間設奇，直擣其巢，擒斬二百餘人。餘黨解散，叔光僅以身免。
汀州大旱，斗米銀三錢。
敕禁各關兵將：毋得放逆輔馬士英入關。初，士英在金陵賣官納賄，顛倒賢奸；三尺童子，咸為唾罵。及金陵之變，聖安出奔，士英不顧，獨奉慈禧太后至杭。杭人不能相容，勢逼，又棄去；獨擁重貲，與部下將士數千奔逃各處，方國安、朱大典咸數其誤國之罪而驅逐之。聞帝即位閩海，又謀入關。芝龍素善士英，獨以為士英不即叛降，而亟亟求太祖子孫而立之一念可嘉。帝下其議於廟堂；議云：『士英蠹國僨師，禍延宗社；擅權納賄，怨結生靈。養私兵以致寇，為凶暴於國門；擁天子以出居，遂賣君於中道。由昔言之，誤我聖安皇帝、誤我慈禧太后蒙塵播遷，罪在天下，當為天下之所共誅；由今言之，不奉隆武之朔、不請藁街之辜，矯虔狼戾，罪在興朝，當為興朝之所共討。今江右有馬兵、象兵，皆云滇南遺孽；湖東有惠登相、金聲桓，亦舊與奸輔關通。士英若能圖功自贖，以黔人收滇兵，為功甚易；以馬兵收象賊，奏效非難。僅有桑榆之勳、略寬銜橛之路，亦諸臣所以曲體天心、弘開法網者也』。帝以為然，故行文於各關凜奉確遵。
以李世奇為左春坊左庶子、賴垓為右春坊右庶子，俱兼翰林院侍讀。
十三日，召對永勝伯鄭彩於便殿，以唐王為監國、鄧王為協守，改都察院為唐王府、南察院為鄧王府，命工部造御前令箭三十枝備親征用。帝親出芋江，父老遮道懇留，乘輿復返。議者謂東南仰望王師，急如拯溺；遲出關一日，則人心一日瓦解，國家之失在此著也。
改庶吉士為庶萃士。特開儲賢館，定取士以十二科，命蘇觀生為翰林學士以領之，考課無虛日。既而碔砆似玉、魚目混珠，招徠者多羊質虎皮；帝亦厭而罷之。
浦城令施■〈火豦〉以貪酷被劾。帝方恨貪官之失人心也，欲以高皇帝之法行之；中有羅織之者，兼以問官挾仇，遂斬之。
命副總兵施福守崇安關。
十九日，廣寇攻陷武平。時城內猶於西街演戲，有奸人為內應，打口號三聲，賊遂攻入；百姓自相踐踏而死者無算。
江西廣信府永豐縣原任大理寺卿詹兆恆、上饒縣原任廣西南寧府知府楊聞中上賀表推戴，溫旨答之。
時內外文武濟濟，而兵餉戰守機宜專委芝龍一人。芝龍，泉州南安縣石井巡司人；所居地名東石，即泉州郡城南三十里安平鎮也。父紹祖，為泉州庫吏。蔡善繼為泉州守，府治後衙與庫街相望。芝龍時十歲，戲投石子誤中善繼；擒治之，見其秀麗，笑曰：『法當貴而封』。遂釋之。安平濱海，有李習者，以商舶往來日本；芝龍以父事之。習授芝龍萬金寄其妻子，會習死，芝龍乾沒之；與弟芝虎流入顏振泉黨中為海盜。振泉死，其夥遂推為長。久之，而所得不貲。崇禎中，受巡撫沈猶龍招撫。芝龍娶日本長崎王族女為妻；凡為日本贅婿者，例不得歸。就撫後，芝龍乃挈其妻還東石。當是時，海舶不得鄭氏令旗，不能往來；每一舶，例入三千金。歲入千萬計，芝龍以此富堪敵國。乃築城於安平，宮室縱橫數里，海梢直通臥內；可舶船徑達海。其守城兵餉自給，不取於官。旗幟鮮明，戈甲堅利。凡賊遁入海者，檄付芝龍，取之若寄；故八閩以鄭氏為長城。猶龍母誕日，芝龍進珊瑚高尺餘，飾以珠龍金盒；猶龍歎賞，復進一株。制生犀、黃金為甲；每出，則百餘人如一人，莫辨其孰為芝龍也。芝龍有弟芝虎，次鴻逵、次芝豹，一門聲勢烜赫東南。時南安有苟憨、惠安有劉香，皆稱富強。苟憨先亡，劉香恃眾不就撫。朝命芝龍討之，戰於五虎門之定海所。芝龍力不敵香，而芝虎勇甚，望見香乘大艦指揮兵士，以輕舟超艦而上，直前取香；左右惶急莫敢縱兵，香亦勇格虎，兵器墮，遂徒手而搏，相持入海而死。芝龍遂並其眾，勢益強。南都建號，封芝龍南安伯；及擁立帝，遂進爵為侯，開府於福州。坐見九卿，入不揖、出不送。
時廷議戰守兵額二十萬，自仙霞關外，宜守者一百七十處，守兵計十萬。其十萬，令冬精練、明春出關；一枝出浙江、一枝出江西。統二十萬之兵，合兩浙、兩粵之餉尚猶不足。芝龍乃奏請兩稅內一名預借銀一兩，分遣侍郎科道各府徵發。以浦城訓導王兆熊為吏部主事兼御史，管義餉。兆熊沿門搜括，不輸者榜其門曰「不義」。義餉者，撫按以下皆捐俸助餉，名官助；官助外，有紳助、有大戶助也。於是，東南鼎沸。又察括府、縣庫積年存銀未解者，釐毫必解。又大鬻官爵：部司價銀三百兩，後減至百兩；武劄僅數十兩，或數兩。於是倡優廝隸，盡列冠裳；然無俸、無衙，空名而已。其黠者，倩軒蓋、僱僕役，拜謁官府，鞭撻里鄰。晉江令金允治蒞訟，兩造皆稱「職官」，則立而語，互毆於庭，竟不可制。民不堪其苦，反望清師之至。謠曰：『清行如蟹，曷遲其來』？芝龍又請清理寺囚納贖，可得八十萬；帝不聽。戶部李長倩請開事例，從之。
舊輔傅冠入朝，自請恢勦江右；帝允其請。既而遷延邵武，為諫官所劾而罷。
帝賜大臣宴，鄭芝龍以侯爵位宰相上。首輔黃道周謂：『祖制：武職無班文官右者』。相與爭執，終先道周；而芝龍不悅。諸生佞芝龍者，上疏言『道周迂腐無能，不可居相位』。帝敕督學御史按之。初，芝龍、鴻逵恃援立功，汲引姻婭要地清流，口授帝前；如吏科給事朱作楫、戶部主事葉正法，皆門下也。帝不盡從，頗懷怨望。及郊天於南臺，二鄭皆稱疾不出。閣部何楷劾之，言『朝廷大典，無過郊天。而二勳不出陪祭，無人臣禮』。帝重其風裁，令掌都察院事。已而鴻逵扇於殿上，楷呵止之，二鄭益怒。楷知不為二鄭所容，請告再三。帝欲兩全之，暫令回籍；諭以『收復兩京，即召總憲』。楷出都甫四十里，遇盜戕其一耳。蓋芝龍使其部曲楊耿為之也。
時曠昭巡撫江西，而清將劉一鵬統數百騎至南昌；牌先至，昭即命士民出迎，而身自扁舟遁去。江省風靡，獨贛州不下。帝命太僕少卿萬元吉、左春坊左庶子楊廷麟等協力守贛，措置有方。蘇觀生請帝出關幸贛州
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