R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用

R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用
作　者： 孙啸
出版社： 科学
丛编项： 生命科学实验指南系列
版权说明： 本书为出版图书，暂不支持在线阅读，请支持正版图书
标　签： 综合 语言与开发工具 程序语言与软件开发 计算机与互联网
ISBN 出版时间 包装 开本 页数 字数
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作者简介

暂缺《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》作者简介

内容简介

本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioconductor软件包的图书。R是一种计算机程序设计语言，也是一个开放式的软件开发平台。R具有强大的数学统计分析和科学数据可视化功能，提供各种数据处理、统计分析及图形显示工具。软件研究人员可以在R这个开放平台上不断扩充R的功能，开发出面向特定应用的软件。Bioconductor就是一个基于R的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能主要是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对基因芯片或DNA微阵列数据的处理、分析、注释及可视化。同时，Bioconductor还提供许多与DNA微阵列相关的数据包。本书分为上下两篇，分别介绍R和Bioconductor软件包，介绍Bioconductor在基因组分析中应用。

图书目录

前言

上篇　R语言

第1章　R语言简介

1.1平台

1.2R语言的发展简史

1.3R语言和统计学

1.4运行R语言的环境及安装

1.5交互式使用R语言

第2章　R语言的基本数据结构

2.1向量的赋值

2.2向量的基本运算

2.3构造向量

2.4逻辑向量

2.5字符向量

2.6复数向量

2.7获取向量子集和修正向量子集

2.8常量

第3章　R语言对象

3.1对象的基本属性

3.2改变对象的长度

3.3获取对象的属性

3.4获取对象类

第4章　分组因子

4.1分组因子

4.2聚集计算

4.3排序

第5章　数组和矩阵

5.1定义数组

5.2数组子集操作

5.3构造数组

5.4数组计算

5.5矩阵

5.6数组矩阵合并

5.7定义数组的操作

第6章　数据列表和数据单

6.1数据列表

6.2构造数据列表

6.3数据列表操作

6.4数据单

第7章　导入导出数据

7.1高级函数

7.2低级函数

7.3命令台输入输出以及格式化

7.4使用R语言内含的数据集

第8章　组合表达式和控制语句

8.1组合表达式

8.2控制语句

第9章　函数

9.1排序的例子

9.2定义新的操作符

9.3参数名和参数缺省定义

9.4形式的参数(虚参)

9.5函数和变量的作用范围

9.6类、通用函数和面向对象

9.7调试

9.8操作符号的优先级

第10章　包

10.1标准包

10.2扩展包和CRAN

10.3包命名空间

10.4R语言中常用的包

第11章　R语言中的统计

11.1R语言中的概率分布

11.2从离散数据集分析概率分布特性

11.3回归分析

第12章　图形函数

12.1高级图形命令

12.2低级图形函数

12.3与图形进行交互

12.4利用图形参数

12.5图形参数列表

12.6设备驱动

12.7动态图形

下篇　Biocomluctor及其应用

第13章　Bioconductm与DNA微阵列数据处理

13.1Bioconductor简介

13.2DNA微阵列

13.3微阵列数据处理与分析

13.4Bioconductor开发背景

13.5Bioconductor各种包的分类介绍

第14章　Bioconductm的使用

14.1Bioconductor的获取和安装

14.2Biocondtlctor一陕速入门

14.3Bioconductor应用实例

第15章　数据库访问

15.1Rdbi软件包

15.2RdbiPgSQL软件包

15.3SAGElyzer软件包

第16章　图形及用户接口

16.1widget，Tools包

16.2tkWidgets包

16.3geneplotter包

16.4hexbin包

16.5limmaGUI包

16.6affylmGUI包

16.7webbioc包

第17章　图结构

17.1graph包

17.2RGBL包

17.3Rgraphviz包

17.4SNAData数据包

第18章　通用工具

18.1reposTools包

18.2Biobase包

18.3Biostrings包

18.4DynDoc包

18.5Ruuid包

18.6ctc包

18.7convert包

18.8icens包

18.9exprExternal和externalVector软件包

第19章　注释

19.1annotate包

19.2AnnBuilder包

19.3Resourcer包

19.4SNPtools包

19.5Data packages包

第20章　基因本体学

20.1goTools包

20.2ontoTools包

20.3Gostats包

第21章　微阵列数据预处理

21.1affy包

21.2affycomp包

21.3affydata包

21.4affypdnn包

21.5affyPLM包

21.6gcrma包

21.7makecdfenv包

21.8annaffy包

21.9marray包

21.10matchprobes包

21.11vsn包

第22章　数据分析

22.1daMA包

22.2edd包

22.3factDesign包

22.4genefilter包

22.5globaltest包

22.6gpls包

22.7multtest包

22.8pamr包

22.9MeasurementErfor.cor包

22.10limma包

22.11ROC包

22.12siggenes包

22.13splicegear包

22.14RMAGEML包

第23章　微阵列比较基因组杂交

23.1aCGH包

23.2DNAcopy包

第24章　蛋白质组学

24.1PROcess包

24.2gpls包

24.3apComplex包

主要参考文献

附录　R语言常用功能一览表