南王耿精忠蓄逆謀，密令黃鏞入東寧，請濟師為聲援；世子許之，率師次澎湖以待。
是月，平西王反於雲南，盡有川、湖、雲、貴之地；耿精忠停其歸旗，復使人辭世子回師。
甲寅、明朔永曆二十八年春、正月，清靖南王耿精忠據福州反，自稱總統兵馬上將軍；馳檄七閩，皆下之。
是時，清以吳三桂反，命直省督撫增修武備，精忠益不自安；乃於十五日傳各官議事，總督范承謨、巡撫劉秉政至，伏甲執之。移檄各府縣，皆望風而降。其檄文略云：『共奉大明之文物，悉還中夏之乾坤。高皇大業，必留隆準之遺；明室中興，斷有舂陵之瑞！誓當推誠翌戴，戮力劻勷。申李、郭再造之功，振晉、鄭相依之業；會周師而反商政，除新法以復漢儀！非惟日月重光，直令河山改色』云云。上將軍耿精忠遣黃鏞入東寧，請濟師。
精忠既反，遣黃鏞往東寧，請世子以舟師由海道取江南，且以戰船相許；曰：『世藩將水、吾將陸，江、浙不足平也』。鏞回言海上船不滿百、兵不滿萬，精忠始輕之。招討大將軍世子遣禮官柯平入福州報聘。
精忠將反，慮下游郡邑不服，故遣黃鏞會師。乃不一月而全閩降附，浙之溫處、江右廣信、粵之潮州亦相繼納款，聲勢大振；及見柯平來報聘，意甚輕之，謾應曰：『世藩來甚善，各分地自戰可也』。由是，兵端遂起。侍衛馮錫範、右武衛劉國軒督兵入思明州；海澄總兵趙得勝以城來歸。
鄭、耿會師有成議矣，世子乃令錫范、國軒率兵先至廈門。時海澄鎮趙得勝降於耿，封為威遠將軍；徵其兵出關，得勝不從，乃以城約降世藩，與錫范深相結。及柯平至自福州，知耿意變，遂將兵進攻同安。侍衛馮錫范克同安。
時張學堯守同安；耿王徵提督王進功入省，調學堯守泉州；以化尚蘭代之。錫范引兵至，尚蘭迎降。學堯聞變趨回，家眷已獲入海矣；不得已，亦降。
夏、五月，招討大將軍延平王世子至思明州，傳檄四方。
世子將濟師，以參軍陳永華為總制，留守東寧；自率兵官陳繩武、吏官洪磊等奉永曆二十八年正朔渡海西來，傳檄直省。其略曰：『洪惟二祖列宗，豐功偉業，澤潤民生；踐土食毛，世承君德。即有亡國之禍，非有失道之主；而煤山龍馭，死守社稷，尤忠臣義士所椎心而感泣者也。今平西倡義於滇南，靖南反正於閩中，秦、黔、楚、蜀莫不騷動；人懷逐鹿之心，家思執箠之逐。予組練數萬、樓船數千，陸戰而兕虎避易，水陣則蛟龍震驚；願與同志之士共崇故主之恩，雪國家之恥，救民生之禍。凡諸官員，不論滿、漢，有能以城邑、兵馬反正來歸者，各照原職加陞委用；其有前係故將、中道離去者，悉赦不究，一本收錄。師之所過，秋毫無犯；非得罪社稷及抗我戎行者，一無所問。嘉與士民，同建匡復之勳，永快昇平之樂』。既至廈門，敘海澄功：以趙得勝為左提督，封興明伯；敘同安功：以張學堯為左先鋒蕩魯將軍、化尚蘭為仁武鎮。鄧麟彩仍知縣事，以鄭省英知思明州。尋遣人至耿王處，議撥船及地方安插兵眾；耿不答。於是，鄭、耿交惡。六月，招討大將軍世子入泉州。
初，提督王進功降於耿，封為平北將軍；徵之福州，留之。遣都尉王進率兵鎮泉州；進至，與城守賴玉深相結，勒進功家眷入省，精忠復遣兵接應；進功之子藩錫懼，議先發以制之，乃誘執賴玉殺之，率兵逐王進，遣官迎世子入城。慰勞藩錫，以為指揮使，命暫理提督事務；道、府、廳縣，各仍其舊。清海澄公黃芳度以漳州降世子，封為德化公。
初，精忠反，海澄公黃梧降精忠，封為平和公；尋病疽死，子芳度襲封。精忠徵其兵，使劉豹守漳州。及世子入泉，芳度懼不免；世子遣人慰諭之，乃襲殺劉豹，具啟請降。其略曰：『某荷恩早世，依蔭今茲；宜負弩以前驅，敢乘塵而後至。緣罪在誅殛，非喪面所得自寬；即量加優容，然捫心安能無愧！既為天壤間無所容之罪，竊比魚鳥之飛潛；自計百十口凡有生之年，總望雷霆之生育！拜遣涓弁，奉奏微虔，祈伏宏開覆載，廣布包荒！退補過而進盡忠，豈僅將於事大之小；生捐軀而死結草，期少圖於贖罪之勳』！啟進，世子封芳度為德化公，授前提督，漳屬錢糧聽其徵給。芳度終不自安，遣人間道賫密疏入京，請援。秋、七月，潮州總兵劉進忠以城來降。
進忠先以潮州降耿，封為寧粵將軍。至是，為安達公尚之信所圍；精忠以泉、漳之變不能援，進忠乃以潮來降。世子遣援勦後鎮金漢臣率舟師援之，以進忠為右提督，封定魯伯。九月，上將軍耿精忠遣都尉王進攻泉州，世子命右武衛劉國軒督諸軍禦之。
王進自泉州奔回，精忠令鎮興化，發兵從上游入漳浦會劉炎協攻泉州。進鼓行至惠安，肆行焚掠；世子乃命劉國軒督軍禦之。冬、十月，右武衛劉國軒破耿都尉王進於塗嶺，追至興化而還。
王進，號老虎，素輕南兵；泉州之役，以眾寡不敵為辭。至是，請攻泉州自效；精忠益以步騎二萬，直抵惠安，兵勢甚盛。劉國軒嚴陣待之，對壘逾旬，進不能前；退屯楓亭，列營二十餘里。國軒率輕騎覘之，猝遇於塗嶺，進引兵出戰；自辰至巳，兩軍殊死穽。進潰走，國軒追至興化郭外，宿三日而還。十一月，周遣禮曹員外周文驥來聘。
平西王吳三桂既舉兵，國號周；遣使賫帛書入東寧會師，世子遣推官陳克岐、副將陳文煥報之。三桂復遣禮曹錢點通問；值鄭、耿搆兵，點回報。三桂乃遣文驥來和解，大意以「同室操戈，貽笑敵國」為言。招討大將軍世子遣興明伯趙得勝、侍衛馮錫範督諸軍復漳浦。
漳州既約降，諸邑皆下，獨劉炎附耿據守漳浦。精忠遣兵援之，至平和，黃芳度守將擊卻之；精忠復遣其親軍都尉徐鴻弼從間道入漳浦。世子令錫范、得勝由海澄攻之，鴻弼、炎會雲霄鎮劉成龍迎戰於羅山嶺。左虎衛何祐揮軍邀擊，鴻弼等大敗，退入城；錫范、得勝督兵環攻，以紅夷衝天砲擊之。劉炎懼，與鴻弼、成龍俱出降。招討大將軍世子設六官。
以洪磊為吏宜、楊英戶官、鄭斌禮官、柯平刑官、楊賢工官，各名曰協理；不設兵官，以陳繩武為贊畫兵部；仍置六科都事、都吏及察言、承宣二司、中書舍人本科等官。初，賜姓雖承制設六官，文書僅稱卑職；至世子中年，文武官具啟始稱臣。軍國事宜，皆主決於贊畫陳繩武、侍衛馮錫范。以鄭省英為宣慰使。
初，世子率師西來，兵餉皆取給於東寧。及得泉、漳，兵將日多，轉運不給；乃議徵餉：百姓年十六歲以上、六十歲以下每人月納銀五分，名曰「毛丁」；船計丈尺納餉，名曰「樑頭」。以省英為宣慰使，總理各郡錢糧；各縣令以齊六科都事為之。又設鹽運司，分管鹽場；以陳廷章為泉州鹽政、馮錫珪為漳州鹽政、李景為潮州鹽政。每石鹽價二錢，徵餉四錢。又設餉司科雜稅，以給兵食。以鄭得瀟為中書科。
得瀟，明諸生；博洽群書，方正澹雅，與陳永華交厚。世子至思明時，永華以書聘得瀟與其姪兵部繩武同計事，以老辭；已而，世子徵為從事，則又辭；乃以為中書科，供筆札、掌箋奏，一時推為文辭巨手。
乙卯、明朔永曆二十九年春、正月，上將軍耿精忠遣少卿張文韜來聘；世子遣禮官鄭斌報之。
精忠以董一奇、王世瑜議和未成，再遣張文韜來賀元旦，且送船五只以踐前約；世子許之，命鄭斌報聘，以楓亭為界，各不侵犯。自是，鄭、耿交好。二月，左虎衛何祐大破粵兵於饒平，清續順公沈瑞降。
沈瑞駐饒平，劉進忠攻之不克。廣兵來援，何祐遇之於百子橋，破走之；瑞出降，世子封為懷安侯。三月，流清經略洪承疇眷屬及前進士楊明琅於狼嶠。
清祀洪承疇於學宮。世子毀祀破主，改祀故相黃道周、忠毅蔡道憲；流其胞姪洪士昌、士倫及家屬於東寧極邊之狼嶠。並責楊明琅「甲申之變過崇禎梓宮不下馬、且斥為真亡國之君」，亦流之於狼嶠。後皆死於竄所。禮送清南安縣知縣劉祐北歸。
先是，將修南安縣志，鄉紳以賜姓與承疇二家為請；劉祐曰：『洪不可太褒、鄭亦不可太貶』！世子聞其語而感之。精忠之變，祐逃匿山谷。至是，世子遣人致聘，將欲官之；辭曰：『吾向者所言，乃公義在人不容泯爾，豈為今日地耶？吾官受之本朝，城破不能死，已有餘罪；何忍苟降以貪生』！世子義之，遣兵護送北歸，禮之甚厚。夏、五月，招討大將軍世子帥師次海澄。
黃芳度雖受封，其志未嘗忘清。饒平之捷，劉進忠請世子南征，許之；乃自泉率師次澄，實欲圖漳。芳度不敢出謁，乃遣鄭斌入漳慰諭：『或率兵從征，或束身入覲』；芳度終不受命。耿精忠移檄召之，亦以疾辭；世子始定計攻之。左虎衛何祐大破安達公尚之信於鱟母山。
劉國軒自塗嶺捷後，率諸鎮入潮，同劉進忠規取屬縣之未附者。安達公尚之信調兵十餘萬盡銳來攻；相持日久，國軒等食盡，退至鱟母山。之信率兵來追，何祐奮勇衝擊直貫，驍騎出其左右；國軒繼之，之信大敗，奔回。是役也，以飢卒數千破勁敵數萬；自是，何祐名振粵東，廣兵望見旗幟皆遁。六月，招討大將軍世子攻漳州。
世子師次萬松關，芳度令其將俱削髮據守；遣其兄芳泰入粵請援。世子進攻不利，乃築長垣圍之；調何祐從潮州先攻平和縣，芳度守將賴陞降，諸屬縣悉下。英圭黎及暹羅國貢方物，乞互市；許之。
先是，廈門為諸洋利藪；癸卯破後，番舶不至。至是，英圭黎、萬丹、暹羅、安南等國貢方物，求互市；島上人煙輻輳如前。
冬、十月，招討大將軍世子克漳州，夷黃芳度家。
自六月圍漳，芳度悉力拒守；世子數攻不下，列營而困之。初六日，芳度標將吳淑獻城降、芳度方登北門巡視，聞變，踉蹌投開元寺井而死。獲其將黃翼、蔡龍、朱武、張濟、戴麟、陳驥、黃琯等，斬之。剖黃梧棺，戮屍，梟芳度首以徇；梧親屬無少長，皆肆諸市：報發塚之仇也。有請欲毀梧祖墳者，世子曰：『罪止其身，與其祖何與』！不許。時芳泰往廣求援，會其兄芳世率廣兵由汀州入，亦以是日破永定縣；聞漳城陷，乃大掠而遁。初，吳淑自海上投誠，撥歸梧標，梧待之厚；將死，呼淑託曰：『吾兒年少，君可善輔之』！及漳圍日久，淑謂弟潛曰：『梧雖待我厚，顧負先藩實深。今世藩恩待芳度有加，反圖逆命；吾其以私恩廢公義也』？遂決計約降；世子封為平魯將軍、後提督，潛為戎旗鎮。招討大將軍世子禮葬清殉難巡海道忠烈陳啟泰。
啟泰，字大來（遼東人）；為政豪敢有威。甲寅之變，會海澄公黃梧疽發背，漳兵亂，啟泰先令闔家二十餘口自縊；親為排列，從容引僚屬入視，皆相顧失色；啟泰談笑自若，乃朝服望闕再拜，自經以死。至是，世子入漳，高其節，以盛禮葬於漳之阪。十一月，遣龔淳取回日本銀。
故戶官鄭泰所寄也。泰先事芝龍，隆武立，加宮傅；賜姓起兵，以為居守戶官。有心計，善理財，積貲至百萬餘；別以四十萬寄日本國，以備不虞。癸卯泰死，弟鳴駿歸清，遣人往取；適世子亦遣刑官蔡政至，力爭之；倭酋居奇，乃兩不聽載還。至是，世子入泉，而泰原委寄銀之人龔淳持獻勘合，乃遣淳往取；倭人混開支銷，僅得二十六萬而回。丙辰、明朔永曆三十年春、正月，世子遣右虎衛許耀、前衝鎮洪羽徇廣東州郡。
世子駐漳，念廣東州郡未下，乃遣許耀、洪羽等率師會在潮諸軍分道進取。二月，右武衛將軍劉國軒入惠州。
平南王尚可喜昏病日久，會周師克肇慶、韶州等府，廣州人人自危。乙卯除夕，駐潮兵燒營遁回，劉國軒、何祐等分道而進。碣石鎮苗之秀軍程鄉，其妻在汛，遣人迎師，之秀不得已，遂降；世子封為滅魯將軍，命仍鎮碣石。國軒圍惠州，分攻博羅，不利；尋下長樂、新安等縣。安達公尚之信勢蹙，遂降周；吳三桂封為輔德公，令退讓惠州與世子。之信檄提督嚴自明撤惠州兵回廣，遣使通好，餽弓馬幣帛。乃以劉國軒鎮惠州。時東莞守將張國勳亦降，封為征鹵將軍。自是，與周分界而守。以中書舍人許明廷提督泉、漳學政。
時考拔武生隨軍，有「考武不考文」之謠；乃命明廷提督泉、漳學政，考校生童。夏、五月，世子遣後提督吳淑襲汀州。
時劉應麟為清副將，守汀州；耿精忠反，封為懷遠將軍。至是檄其出關，應麟不從，密來獻款。世子遣吳淑督
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