康熙二十二年夏，福建水師提督、後封靖海侯施琅，統師征鄭氏，克澎湖島；鄭成功之孫克震懾歸誠，納所闢臺灣地。朝議墟之。琅奏言地廣而腴，且關繫四省要害，宜留為外蔽，不可棄（時尚未知山東、天津、遼陽各口由臺可以逕達，故云四省）。二十三年，聖祖斷自宸衷，即成功所置承天府、總名東都、成功子經改稱東寧者，設臺灣府，隸福建布政使司，為入中國版圖所自始。領縣三：附府曰臺灣、南曰鳳山、北曰諸羅（今名嘉義）。雍正初，於諸羅以北設縣一，曰彰化；廳一，曰淡水；改臺灣縣屬澎湖巡檢為通判，設澎湖廳。嘉慶間，又於淡水以北迤而東設廳一，曰噶瑪蘭。
臺灣之稱，於古無考。文獻通考云：「澎湖旁有毘舍耶國，言語不通，袒裸睢盱，殆非人類」；頗與土番情狀相似。然中國及東西洋人均未嘗至，即明初鄭和、王三保遍歷東南洋，亦未言及有臺灣也。嘉靖末，海寇林道乾被都督俞大猷所逐，遁入其地；旋棄而之占城。萬歷間，姦民顏思齊自日本竄往屯踞，始有臺灣名。明季，莆田周嬰所著遠遊集以臺灣為臺員，殆閩音訛耳。臺地有中土民，自道乾、思齊始。思齊死，其黨推鄭成功之父芝龍為魁。崇禎初，芝龍就明撫，荷蘭乃往築城居之；故成功語荷蘭曰：「此地本先人故物，當以見還」。荷蘭戰不勝，遂遁。鄭氏據為巢穴，闢地漸廣。今府縣以臺灣名，蓋沿鄭氏舊稱，其義莫詳也。
臺灣縣附府為治，本鄭氏承天府地；康熙二十三年設知縣、縣丞、典史各一員、縣學教諭一員。時改福建巡海道為臺廈兵備道兼學政事，並設知府一員、海防同知一員、經歷一員、府學教授一員，均駐縣城；巡檢二員，一駐新港，一駐澎湖。六十年，改臺廈兵備道為臺廈道。六十一年，添設滿漢巡臺御史二員，亦駐城中；每年一易，間有留任一年者。雍正五年，以學政歸漢御史兼理；裁澎湖巡檢，分澎湖地為廳治。六年，改臺廈道為臺灣道。九年，移縣丞駐縣屬之羅漢門。十一年，增設府、縣學訓導各一員。乾隆十七年，定御史三年巡視一次，事竣即回；學政仍歸臺灣道兼理。二十六年，裁新港巡檢。三十一年，以海防同知兼南路理番同知。三十二年，仍加臺灣道兵備銜。四十七年，停巡臺御史。五十二年，奉諭嗣後臺灣道員著加按察使銜，俾得自行奏事。五十四年，改羅漢門縣丞為巡檢。
鳳山縣以邑有鳳山名。鄭氏設南路安撫司並萬年州，治其地。康熙二十三年，設知縣一員、典史一員、儒學教諭一員，均同城；巡檢一員，駐下淡水。雍正九年，增設縣丞一員，駐萬丹，管轄下淡水、枋寮等處；移巡檢駐大崑麓。十一年，增設儒學訓導一員。乾隆十六年，移萬丹縣丞駐阿里港。初，縣治在興隆莊，僻近海隅，甚荒落；縣官治事，恆在相距十里之埤頭街。五十二年，逆匪莊大田蹂躪縣治，遂移駐埤頭；改大崑麓巡檢為興隆巡檢，駐舊城；並移阿里港縣丞駐下淡水。嘉慶十一年，海賊蔡牽攻臺灣，遣黨陷埤頭，頗有殘毀。十五年，移回舊城。然埤頭溪山環繞，煙戶繁盛甲一邑。道光二十七年，議准仍移治埤頭。
嘉義縣先名諸羅，鄭氏北路安撫司所治天興州地，邑有豬朥山，以不雅馴，易稱諸羅，因以名縣；或言取義諸山羅列，非也。康熙二十三年，設知縣、典史各一員、儒學教諭一員，同駐城內；巡檢一員，駐佳里興堡。雍正九年，增設縣丞一員，駐笨港；移佳里興巡檢駐鹽水港。十一年，添設儒學訓導一員。乾隆二十六年，移臺灣縣新港巡檢為縣屬斗六門巡檢。五十二年，逆匪林爽文圍攻縣城，紳民協力堅守幾四閱月；高宗特改縣名曰嘉義以褒之。是年添設縣丞一員，駐斗六門；移原設巡檢駐大武壟。
彰化縣本諸羅縣地。雍正元年，以土番相繼歸化，民居益繁，析縣屬虎尾溪北半線地方置縣，名彰化；設知縣、典史各一員、儒學教諭一員，俱同城。九年，增設巡檢二員，一駐鹿仔港，一駐貓霧梀；又分大甲溪以北地歸淡水廳轄。十一年，添設訓導一員。乾隆二十三年，增設縣丞一員，駐南投社。三十一年，裁泉州府西倉同知，改設臺灣府北路理番同知一員，駐縣城。五十一年，移理番同知駐鹿仔港，兼海防事。嘉慶二十一年，移儒學訓導於淡水，移鹿仔港巡檢駐淡水廳轄之大甲溪。
淡水廳本諸羅縣地，以淡水溪得名。雍正元年，析隸彰化縣，設淡水捕盜同知一員，駐彰化。九年，改撫民同知；劃縣屬大甲溪以北地歸廳轄，以竹塹地方為廳治；增設竹塹巡檢一員，兼司獄事；又增設巡檢一員，駐八里坌。乾隆三十一年，移八里坌巡檢駐新莊。五十四年，改新莊巡檢為縣丞。嘉慶二十一年，又增設巡檢一員駐大甲溪，移彰化學訓導駐竹塹為淡水學訓導。
澎湖廳屹峙海中，群島參差環拱。隋開皇閒，虎賁將陳稜略地至澎湖，始見於史。元末置巡司。明初徙民漳、泉二郡，廢巡司而墟其地。繼而不逞者潛聚其中，推年大者為長，苫茅棲止，以畋漁為生。嘉靖間，都督俞大猷剿海賊，留偏師駐防，後設巡檢守之；不久並裁。萬歷中，增設澎湖遊兵。天啟初，荷蘭據焉；總兵俞咨皋擒其帥歸，遂遁去。後為鄭氏所據，設澎湖安撫司，倚為重鎮。康熙二十二年，水師提督施琅率師
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