一带贼氛甚炽，谕饬宁、赣防兵越境会剿。九月，葆桢饬席宝田以精毅军追福瑱，疾趋五昼夜至石城，大破之；擒洪仁玕、洪仁政、黄文英等，搜获福瑱于石城荒榖中，皆伏诛。十月，捷闻；谕曰『沈葆桢自简任江西巡抚，筹办防剿，深合机宜。江、皖贼匪屡窜江西，均能次第扫荡；并生擒首逆，殄除巨酋。着加恩赏给一等轻车都尉世职，并赏给头品顶戴』。十一月，葆桢推功诸将，拜疏吁辞；谕曰：『朝廷论功行赏，一秉至公。沈葆桢于贼窜江西后，督率兵勇，先后肃清；戡乱之功，深堪嘉赏！至该省兵勇不敷调遣，虽曾国藩、左宗棠拨军援助，究由该抚开诚布公、联为一气，始能将士用命，迅奏肤功。且江西省吏治、民风日有起色，皆由该抚实力实心，克尽厥职；尤宜殊恩特沛，以奖勋勤。所请着毋庸议』。嗣以父母衰病，恳请归养；上以「江西军务初平，一切善后事宜未便遽易生手」，扰诏留之，赏葆桢父母人参六两。时福建漳、龙各属贼势鸱张，敕拨劲旅助剿，有「力保桑梓，即所以上慰椿萱」之谕；葆桢即分饬诸将扼要严防。四年二月，以亲疾，请假归省；许之。寻疏称边防吃紧，暂缓回闽；谕嘉其「实能视国如家」。三月，丁母忧。得旨：赏假百日；俟假满改为署理江西巡抚，即行赴任。葆桢吁恳终制，有旨俯从。
嗣闽浙总督左宗棠创举船政；六年，调督陕、甘，疏称船政非葆桢无可属者。于是，命总理福建船政。八月，疏陈船坞及学堂采料募勇情形，略言：『马尾一区，上抵省垣南台水程四十里，下抵五虎门海口水程八十里有奇。自五虎门而上，黄埔、壶江、双龟、金牌、馆头、亭头、闽安皆形势之区，而金牌为最要；自闽安而上，洋屿、罗星塔、乌龙江、林浦皆形势之区，而罗星塔为最要。马尾地隶闽县，踞罗星塔之上流，三江交汇，中间港■〈氵义〉旁通长乐、福清、连江等县；重山环抱，层层销钥。当候潮盛涨，海门以上岛屿皆浮；潮归而后，洲堵、礁沙萦回毕露。所以数十年来外国轮船、夹板常泊海口，非土人及久住河岸之洋人引港，不能自达省城。道光末年，大吏筹备海防，但载石凿舟以塞林浦上流，竟割重重天险而弃之；至今海滨土人犹共以为非策也。船坞在马尾山麓，地曰中岐。但就一方地势而言，大江在前；迤南而下，群峰西拱，状若匡床。中间坦处，旧本村田；去购买归官，始圈为船坞，洼者平之、低者垒之。虑田土之积弱难胜也，沿坞密钉木桩以固之；虑海潮、溪汛之不时骤至也，沿坞各增五尺以防之。坞外三面环以深濠，既藉通运载之船，亦可泻积淤之水。坞内滨江者为船槽，若铁厂、轮厂、机器厂、斲木栈房，皆参列其后。坞外之东，迤北为臣及办事各员绅公所。外列外国匠房三十间，其左为法国学堂，又左为英国学堂；江浒则煤厂在焉，山麓则中国匠房在焉。循麓再上，山之左肋可以眺远；饬前驻楚军五百人因地筑垒，不特可揽船厂全局，沿江上下数十里风帆沙鸟如在目前。稍下，则监督日意格所居也。在臣公所右者，有外国医生寓楼，匠首寓楼。其与日意格山楼对峙者，则副监督德克碑之屋也。一切土木，计日课工，屈指可数：此船坞内外之大概情形也。船政根本，在于学堂，因就马尾甄别法学艺童，随及英学艺童。既因其勤惰，分别升降；复定章程，每日常课外，令读「圣谕广训」、「孝经」兼习论策，以明义理。其续招入局者，择其文理明通、尤择其资质纯厚者，以待叙补。以中国之心思，通外国之技巧；可也。以外国之习气，变中国之性情；不可也，且浮浇险薄之子，必无持久之功；他日于天文、算学等事，安能精益求精、密益求密！谨始慎微之方，所以不能不讲也。采办一节，似易实难。官场习气，以浮冒搪塞为能；船政之兴，尤视为利薮。用商贾，有时扰累之弊，甚于官司；用官司，有时侵渔之端，甚于商贾。驯至劣幕、奸胥交通，市侩、鬼蜮丛生。是以民间置货，尚有精良；一属公家，便多赝鼎。又闻向来外国船材、煤炭，多运自缅甸、暹罗。见虽遣员先于近处采干搜严，他日恐仍不免取材荒裔；重洋辽远，更防不胜防。任非其人，糜费甚多，仍归无用。拟乘此发令之初，明罚敕法，以警其余。人心畏法，而后弊窦可除，良材毕至也。至船厂之兴，固须收罗工匠；轮船下水，则舵工、水手，缺一不行。非徒习惯风涛，尤须熟精枪炮。盖国家之创造轮船，譬诸千金买骏；倘冲锋陷阵不持寸铁，虽有千里之马，安足成功！见在洋匠尚未至闽，船成尚需时日，拟先调闽中旧撤炮船十只，派练水勇二、三百名，未成船以前，藉以巡缉近洋；成船以后，即可擐甲登舟，驾轻就熟：此臣近日考核学堂、分饬采办及招募水勇之情形也』。报闻。九年，丁父忧。十一年，内阁学士宋晋疏请暂停制造，上下其章于葆桢「酌议具奏」。寻密疏言：『自强之道，与好大喜功不同。即使中国炮船远胜西国，我皇上断不肯劳师异域，为汉武、唐宗之所为。至自固藩篱、为民御灾捍患，非惟声势所不容已，抑亦覆帱所不可遗。查宋晋原奏称：「此次轮船，如谓之以制夷，则早经议和，不必为此猜嫌之举」。果如所言，则道光年间已议和矣，此数十年列圣所宵旰焦劳者何事！天下臣民所痛心疾首不忍言者何事？耗数千万金于无底之壑，公私交困者何事？夫恣其要狭，为抱薪救火之计者，非也；激于义愤，为孤注一掷之计者，亦非也。所恃者，未雨绸缪，有莫敢侮予之一日耳。若以此为猜嫌，有碍和议；是必尽撤藩篱，并水路各营去之而后可也。原奏称：「用之外洋交锋，断不能如各国轮船之利；名为远谋，实同虚耗」。夫以数年草创伊始之船，比诸百数十年孜孜汲汲、精益求精之船，是诚不待较量，可悬揣而断其不逮。然亦思彼之擅是利者，果安坐而得之耶？抑亦苦心孤诣，不胜糜费而得之也！且各国轮船，亦有利、有不利。其创之也，各有后先；其成立也，互相师法。久于其道，熟能生巧，则利；卤莽从事，浅尝辄止，则不利。加意讲求，兢兢惟恐失之，则利；恃其精巧，疏于防范，则不利。此中人事居其半，天事亦居其半。即如厂中新造之「万年清」、「伏波」，轮机购诸外国者也；「安澜」，轮机成诸本厂者也。「万年清」船工屡作屡改，「伏波」、「安澜」渐少更张。而试诸海邦，则「伏波」稳于「万年清」、「安澜」稳于「伏波」；前者生，后者熟也。勇猛精进，则为远谋；因循苟且，则为虚耗：岂但轮船一事然哉！原奏称：「捕盗已有师船，运粮不若沙船」。前年浙江成案，师船出，则洋盗悍然戕官；轮船出，则洋盗弭首就缚。前年运米成案，沙船自沪达津，以月计；轮船自沪达津，以日计：此其利钝、赢绌，尚待辩而明哉！至谓「成造船只拨给殷商，收其租价，以备修理」；不知兵船与商船迥别。商船务高其顶、广其舱，以受客货；兵船则避枪炮、压风涛，敛之惟恐不密。以兵船畀之商人，即不索其租，彼亦不以为利也。船政洋料购自香港，木料购自暹罗；此皆与洋人交接，不居奇则幸耳，不受我扰也。当设厂之始，地本水田，所需木桩不可胜数，省城木价为之骤昂，且丈尺不敷；因而委员赴上游采办。嗣木商闻风自至，实时停止。台湾曾委员采办樟木，嗣后洋人踵行，亦于前年停止。惟鸡笼之煤炭，无日不需；办运亦源源不绝。然价值、水脚，均照民间一体通行，公平交易；从无派诸官、累诸民者。当左宗棠之议立船政也，中国无一人曾身历其事者，不得不间之洋匠。其约自铁厂开工之日起，立限五年，成船一十六号，估价三百万。惟中外员匠有生熟、巧拙之殊，铜铁、木料有贵贱之异。零星物件，外国取诸市肆而皆足，中国非一一本厂自造、即购诸重洋，然所估之数不甚相远。以结款四十万为购器、募匠、买地、建厂之需，则昔之所估与今之所费相去悬绝；专就建厂而论，一椽未立、一瓦未覆，第购民田、钉木桩、培山土，地基甫固而所费已不赀矣。盖洋匠所见者外国已成之厂，而不知当日经营缔造之艰难；所以臣任事时，即有应办工程、应发款项多从前未经议及之奏也。原议铸铁为一厂、打铁为一厂、模子为一厂、水缸兼铸铜为一厂、输机兼合拢为一厂，合共五厂；后增拉铁、槌铁、钟表、帆缆、火砖、舢板六厂，又立打铁、轮机分厂，共添八厂。添厂则添机器，添匠徒，并添公费。原议学堂两所，艺童六十名；后添绘事院、驾驶学堂、管轮学堂、艺圃四所，艺童徒共三百余名：均系不容已之需。懔遵我皇上「勉为其难，毋得瞻前顾后」之旨，不追绳其原估之疏漏，而务责其全局之必成。所有添设缘由，均经奏明在案。各厂工，九年夏间甫毕；拉铁、槌铁两厂，十年秋间始毕：此微臣办理不善、工迟费巨之实在情形也。夫办理不善，臣百喙难辞；然不尝以承办者之乖方，疑创议者之失策。倘因是而废之，机器所置甚巨，发卖无承售之人，存储有看守之费；积日朽蠹，卒亦归于无用。轮船无一岁不修者，数岁则一大修，且须撤换机器；工停而船无可修则厂废，而船随之俱废。然犹曰：举已费者弃之耳。骤筹七、八十万金遣散不做工之洋人、清还不适用之物价，海关、厘局未必具此巨款；更挪解部之款、协饷之款以应此急需，是省费而费逾迫也。然犹曰：一劳永逸耳。外人之垂涎船厂，非一日矣；我朝弃，则彼夕取。始也，以借用为言，无辞以却之也；继必于他处故启衅端，勒赔兵费，而以此为抵：枝节横生，有非意料所及者。且当日左宗棠与洋匠坚明约束，各国周知。今无故而废之，一则谓中国办事毫无把握，益启其轻视之心；一则谓中国帑项不支，益张其要求之焰。此臣所以反复再三，窃以为不特不能实时裁撤，即五年后亦无可停；所当与我国家亿万年有道之长，永垂不朽者也。臣志广术疏，拙于居积，或滋糜费。夏献纶精核，远过于臣；接办以来，无日不兢兢以撙节为念。然用款之巨犹昔，非不痛减，此减而彼旋增。臣交卸时尚有存款，储材尤富；今则截长补短，银垂尽、料亦垂尽。海关五万按月解给，旦恐万万不敷；欲求减省，或在五年限满，洋匠遣散后乎！御侮有道，循已成之法而益精之耳。洋人来中国教习，未必皆上上之技。去年曾国藩有募幼童赴英国学艺之举，闽中欲踵而行之，以艰于筹费而止。拟限满后，选通晓制造驾驶之艺童，辅以年少技优之工匠，移洋人薪水为之经费；以中国已成之技、求外国益精之学，较诸平地为山者，又事半功倍矣。西法虽千头万绪，要权舆于算学；中法与西法派虽别，而源则同。臣尝会同前督臣英桂有请设算学科之奏，部臣因「无人可以阅卷」议驳。然闻京师同文馆教习李善兰，通西学者也；前任山西河东道杨宝臣，通中学者也。倘废无用之武科，以励必需之算学，导之先路；十数年后，人才蒸蒸日上，无求于西人矣。然而外侮之来，何能待我！但就已成之船炮训练精熟，未尝不可转弱为强；否则，士卒不习，虽极精之船炮，亦块然一物耳。前蒙特简福建水师提督李成谋为轮船统领，俾常川训练；惟是训练，不能无费。该提督素性廉介，必不思藉润乎其中；而缺瘠家贫，力不足以赔垫。臣旋即丁忧交卸，未及奏请；应恳敕下督、抚臣按月筹解五百金，为该提督出洋操费。但凡闽局之船，无论留于福建及分拨外省者，统领均须逐时校阅其高下。其药弹等项，则拨归何省之船由何省应付，毋令缺乏。纵事变猝发，不至仓皇无措矣。至养船经费，原不在造船所估之中。若虑兵船过多，费无从出，则间造商船，未尝不可，亦不患领者之无人。但兵船为御侮之资，不容因惜费而过少耳』。上嘉纳之。寻服阕，仍接办船政。
十三年，日本国寻衅琉球，窥我台湾，泊兵船于厦门。四月，上命葆桢渡台巡视，兼办各国通商事务。葆桢具疏会同闽浙总督李鹤年等言：『会议洋务者，非一味畏葸，祇图有日置身事外，不恤贻患将来；即一味高谈，谓义愤快心，不妨孤注之一掷：于国家深远之计，均无当焉。臣谨以管见所及陈之：一曰联外交。倭奴狡谲非常；其称兵也，西人斥其非，彼则以「商诸中国，业经见许」对。中国据理诘之，则互相推诿，闪烁其词。西人虽疑其奸，终无从遽发其覆。臣等拟将迭次洋船遭风各案，摘要照会各国领事；其不候照覆、即举兵入境并与生番开仗各情形，亦分次照会公评曲直。日本举动，西人纤悉必知之。如其怵于公论，敛兵而退，上也；否则，辗转时日，我得集备设防，其鬼蜮端倪亦可随时探
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