，监国遣兵袭连江。
九月，监国复罗源；又取连江、长乐、永福、闽清、崇浦、海澄、漳浦二十余县。北掠海州，破高公、莺游、龙门诸岛。郧西王常潮入松溪，庆元、政和、乐安、光泽、建阳山寨多应者。马得功自浦城来攻，却之；又复顺昌、将乐（详「义旅」）。
冬十月，监国以马思理为东阁大学士，林正亨为户部尚书，沈荃宸为工部尚书，余扬、刘沂春为左右都御史，林嵋为给事中，黄宾为吏部郎中。召大学士吴锺峦于家，钱肃乐寓书焉。锺峦幡然曰：『行固无益；然吾不出，人心益涣，当以死济之』。乃疏：『今武臣并将军、都督，文阶必都御史、侍郎，三品以下者弗署也。又制符玺、鬻官爵，卧林泉者，称连齐、楚；守仆御者，曰集多兵。以此声闻，徒致乱故。请严核之』。监国是其言。
大学士刘中藻趋福宁。守将涂登华，故隆武帝臣也；汀州没，登华守福宁如故。中藻至，登华欲降未决；曰：『宁有海上天子乎』？钱肃乐与之书：『残宋二帝并在海中，矧其不为残宋乎』？登华遂降。彩益忌之，强以私人守福宁；中藻不可。沈荃宸往解之，彩不听；监国鲁王以李向中巡抚福宁。时兵屡胜而俘戮甚，民为语曰：『长髯总兵、黔面御史；锐头中军，有如封豕。我父、我兄，斧臂且死』。向中闻之曰：『是非能成大事也』！中藻曰：『是监军职，公何嫌焉』。向中乃持节，召其中军将斩之。诉诸中藻，不应；曰：『汝今日始见段太尉也』。军士乃戢。向中居恒短衣縳裤遍随诸舶，鲛人、蛋户皆勉之供军实；福宁人倚之。曾庆亦以兵复平乐，旋出降。辛未，陈世亨复瑞安；俄没。林汝翥攻福清，亦败。大学士刘中藻攻庆云，克之。
钱肃乐请颁监国历于海上，朱成功不从；肃乐勉以忠义，亦不忤。监国始惜肃乐贰于隆武帝，至是悟其诬。
降将李荣、马成龙来攻，郧西王亦败于松溪，景宁、云和、龙泉、庆元皆没。
十二月，初，温、台、绍兴、宁波间山寨千计，平冈张煌言、大兰王翊、东山李长祥尤精整。及监国出长垣，连复浙江、福建诸郡邑，兵势逼福州；凡满洲卒在浙江者多援闽，浙中备弱。主事华夏及诸人谋以舟山兵取宁波，联李长祥军入绍兴，尽复故地；乞师于黄斌卿，不应。长祥及冯文琦再三言监司以下皆将出东门，楼船兵亦以其时入绍兴；斌卿诺之，而竟不出。夏书亦为谢三宾所得，长祥诸军皆败走。降将常进功、张杰扼海口；张名振自蛟门次三江，兵少不敢进。斌卿一屯桃花渡，讫不进；诸人皆死（详「义旅」）。
顺治五年（永历二年、监国三年、朱成功称隆武四年）春正月丁酉朔，监国在闽安，复次壶江之琅琦屿。
周瑞、郑彩军私斗，熊汝霖挞彩兵，彩杀汝霖；遵谦不平，彩又杀之。人心骇溃（详「义旅」）。监国不能问。
前大学士朱继祚、同安伯杨耿合兵攻兴化，降臣彭遇促城中兵出战，登城易帜；诸军乘之，遂复兴化。邻邑多下，徇及汀州、延平，断福建、江西之道。
二月，以钱肃乐为东阁大学士；三辞不许。每入见，辄流涕；固有血疾，至是益剧。
江西将郭天才来请约，监国封为伯（详「江西之乱」）。
王翊破上虞，旋败走天台；复入宁波，诸义兵亦再起。张存仁以兵陷连城、将乐、顺昌诸邑。
三月，同安复没，诏安、和平诸县亦没。郑彩之争福宁也，钱肃乐不之直；遗书刘中藻，为彩所获，恨之。肃乐虽入阁，恒与马思理、林正亨偕舣舟监国侧，拟票讫，即引去。是月，马得功入永春州，进次虎豹关，陷德化诸县，屠攻民寨三百有奇。降将张应梦陷罗源县，柯栋赖、李率泰兵陷兴化，攻延平诸寨皆下。得功又攻建宁，陷之；盖碎以西洋巨炮也。建宁守盖三月矣。郧西王走沙埕，旋被执死（详「义旅」）。初，王祁在建宁，诸生恽日初言不守仙霞关，建宁必不可守；从之，使副使谢南云趣浦城，兵溃死。御史徐云兵适至，祁复与之袭浦城，亦溃。故建宁卒不守。长乐、蒲田、永福诸县先后没，监国所存宁德、福安、连江而止。
夏六月，降臣陈锦取金乡。
秋八月，李率泰至长乐；郑彩走入海，并连江失之。
冬十月，监国以舟师退壶江。陈锦攻将军寨，陷之（详「义旅」）。
十二月，王翊在大兰、张煌言在平冈、李长祥在东山、章钦臣在南镇及石仲芳在萧山、王化龙在会稽、余国望在金汤、吴金明在台州、袁应滮在奉化、柏襄甫在湖州皆如故（详「义旅」）。
顺治六年（永历三年、监国四年、朱成功称隆武五年）春正月，监国在玉环。张名振来朝。
三月，王翊徇奉化，败其兵河泊；再攻上虞，破之。马得功陷宁德县。
夏四月，福安城破。大学士刘中藻之守福安也，郑彩恶之；得功乘其隙，急攻城，中藻固守，杀其兵四、五千。得功周树栅，使城中不得出；中藻犹固守，自去年十月至于是月，乃没。沙埕亦陷，闽地尽失。
监国事急，使乞援于黄斌卿，不应；李向中以兵少不能救。会振威伯涂觉突围至，乃及章义军扈监国北入浙。张名振自松江之役丧其军实，斌卿遂侮之；名振招故部且之闽，自募一军屯于南田。监国至，遂奉之次三盘。郑彩、郑联皆弃监国去。
六月，张名振克健跳所。阮进亦弃黄斌卿，相与奉监国至健跳。
秋七月戊申，监国至健跳所；从者大学士沈荃宸、刘沂春、礼部尚书吴锺峦、兵部尚书李向中、户部侍郎孙延龄、左副都御史黄宗羲、右佥都御史张煌言、职方郎中朱养时、主事林瑛日朝于舟，谓之水殿。壬午，叛将田雄以万人围健跳所，张名振撄城守。阮进闻之，倍道入援，水陆夹击，杀伤千计；田雄逸去鹿颈。
镇将王朝先入觐，封平西伯。魏国公裔徐仁爵从次台州、又入海，有扈从功，亦封定南伯。朝先故王鸣谦部，斌卿诱而劫之，妻子皆失；不得已降，斌卿靡之，而不之任。张名振以千金结之，且力请于斌卿还其军，遂归心焉。斌卿之还自桃花渡也，一意保聚。籍舟山民十五以上皆为兵，田为公田；六十无子者田入官，夫死妻不得守。内地富民田在舟山者，尽举而入于官。制舟舶，恣封殖：期如土司有其地。既拒监国命，阮进乞籴亦不与。其部王大任劫金数万以馈斌卿，索无厌；大任惧，诉其逆于朝先，请讨之。遂及名振谋曰：『凡海中岛屿隶浙江者，故百有奇，舟山为大；而斌卿负固，不若诛之，以奉监国』。名振以斌卿与有旧，泣阻之，众不可。监国亦以南田健跳所无可恃，谋他适；闻张肯堂在舟山，手书曰：『朕将北还，卿素忠义，能从我乎』？肯堂劝斌卿奉迎，不听。诸人传檄讨斌卿。九月，师至舟山，黄斌卿使陆玮、朱玖兵拒战。名振、朝先进，屡败之。斌卿求救于安昌王恭■〈木枭〉及肯堂，请迎监国以自赎。名振将许之，玮、玖背约走；名振请于监国，手敕谕之。朝先使尹明诈而入；丁丑，斌卿跪听敕，明猝斩之，投其尸于海。
冬十月乙巳，监国入舟山。城周数里，居民万户，即参将署为行宫。大学士沈荃宸乞罢，以张肯堂为东阁大学士。进张名振太师；擢李向中兵部尚书，孙延龄户部尚书，吴锺峦礼部尚书，朱永佑吏、工部尚书。召张煌言为兵部侍郎，董志宁等为给事中。故御史王翊、佥都御史李长祥、给事中徐孚远皆来朝。黄宗羲尝疏：『文武竞高秩，惟翊不自张，兵又劲，宜有以奖之』。长祥则合王朝先及诸义旅卫舟山。孚远在柴楼，地尤近；劝租税、输贡赋，避地者多归之。乃擢翊右佥都御史、长祥兵部左侍郎、孚远左佥都御史。使阮进、王朝先屯桐柏、南田，国事皆决于张名振。肯堂在位而不能与，咄咄不合；然老成硕望，中外倚之。
侍郎冯京第始说黄斌卿北都之变并失东南，盖借兵之失；今我无地，不足畏也。亲乞师于日本，黄孝卿副之。值日本驱天主教，红毛夷以舶载大炮来复仇，并京第等不得入；京第哭于舟不少已。日本酋某行部至，京第为血书告之，其撒斯玛王曰；『中国乱，我不遑恤，而令使者哭，于我国之耻也』。与其大将军议发罪人为兵，褒「洪武钱」数十万为佽；欲京第先归。孝卿假市物留长崎乐日本俗，不之促；日本轻之。
十一月，监国以阮美为澄波将军，乞师日本。京第及黄宗羲既往，阮进复纳僧湛微言，贲以普陀藏经，兵必至；乃使美行。日本果喜；已知与湛微偕，则大骇。湛微者，固入日本为僧，无行；其大将军嫉之，且疑为西洋人。美知其为所卖，复以经返。论者谓日本且不武，虽至亦无济。
十二月，马得功攻南安，总兵陈已战死；陈奇入于海，复援林忠于双坑。
顺治七年（永历四年、监国五年、朱成功称隆武六年）春正月，监国在舟山。谒太祖庙，泣下：『高皇帝以布衣定天下，讫予小子，播迁无地，不能保有浙东数郡地』！群臣顿首请罪。
岐阳王裔李锡祚、李锡贡航海至，并以力闻；使佐阮进守螺头。
二月，张煌言来朝，以为兵部左侍郎。王翊亦来朝。
夏五月，马得功陷双坑，陈奇被杀，林忠入于海。
秋八月，兵部左侍郎王翊复新昌，拔虎山寨；遣使告捷。监国卒虑舟山弱，使周瑞、周鹤芝将楼船三百屯三盘为犄角。俄，瑞与鹤芝隙，监国使胡明中往解之；隙益甚。瑞依郑彩于闽，鹤芝自结于阮进。及彩逼于朱成功（详「闽海遗兵」），使来求助，鹤芝不应；张名振亦欲结成功，与进、鹤芝共击彩舟走之。
九月，降将金砺以兵攻舟山。恶王翊梗，先击奉山诸寨；砺出奉化、田雄出余姚，期会于大兰，连营三十里，游骑四出，执山民使为导，杀戮万计。大皎、大兰诸军皆溃，翊走入海（详「义旅」）。
顺治八年（永历四年--自三月后为永历五年、监国六年、朱成功称隆武七年）春正月，监国在舟山。王朝先初以骁勇军塞上，屡树功；与阮进援健跳所，战尤力。既杀黄斌卿，收其陆军甲仗，不及张名振；且与争粮汛，渐携贰。名振与阮进击郑彩，朝先中立；名振怨之，朝先不知，士卒散居民舍。二月，张名振猝攻之，朝先手杀数人，死。其将张济明跳而走，乞降于陈锦，尽泄舟山状。锦遂言监国在舟山通闽、浙，窥吴淞，为沿海患；请自定关攻其不备，风潮半日可达。降者耿应衡复使人为日者，入舟山说监国设醮禳星；从之。郎中朱养时疏『遗笑敌人』；不听。
秋七月，陈锦大举攻舟山；降将张天禄出崇明，降将马进宝出台州及金砺、田雄于定海。监国闻之，集诸将议；阮进请独守蛟关，使张名振帅总兵张晋爵、叶有成、马龙、将军阮美、阮济遏其南，张煌言、阮骏帅总兵顾忠、罗蕴章、鲍国祥、阮骍、郑麟及都督佥事李英杰断其北，都督佥事任麟为监使，中军金允彦、主事邱元吉、安洋将军刘世勋及马三泰任守城。监国惧甚，将弃舟山走。名振曰：『臣母耄，不敢轻去寒将心。
主上躬被甲冑犹有词，宫妃、世子岂可行乎』！因进策曰：『蛟门，天险也，敌必不至。请奉主上攻吴淞以缀之』。沈荃宸争，不听。或讥其避敌，曰：『吾母、吾妻悉在是，岂有他哉』？遂行。王翊、顾章立急入奉化，募军以缀锦。是月，马进宝入台州。
八月丙辰，陈锦陷奉化诸山寨，直攻舟山；张肯堂使阮进击之。进以三舟突斗，获楼船、战舰凡数十；馘十一人，纵之还。锦惧，将走。丙寅大雾，锦乘之，猝至蛟门，守者始觉。进急还救，遇诸横水，鏖战甚力；将掷火球焚锦舟，风忽反，灼进面；李锡祚救之不及，诸军败绩。锦入舟山，张肯堂、张名扬、刘世勋以军数千背城战，杀伤过当；城隍之炮，击杀千人。锦不能胜，乃穴地攻之。
九月丁亥朔，舟山火药竭，金允彦、邱元吉踰城降；众忿，脔允彦子而呼名振师还救。锦闻之，攻益急。丙子夜，星陨如雨，众骇。是日加午，城陷。刘世勋之出战也，将分兵护宫嫔行；监国妃张氏谕之曰：『将军意良厚，然山海之间，惧为奸人所卖；请死此清净土』。及城陷，妃整簪服，北面再拜，入井死；妃王氏及义阳王妃杜氏、宫嫔张氏从之。锦衣指挥王朝相、内官刘朝舁巨石覆井而后死。肯堂以下死者极众（详「殉节」）。锦屠舟山，戍以兵千、水师二千而还。其下皆言我兵之南，所难克者江阴、泾县及舟山耳。名振闻警急还救，会师火烧门，距城六十里，待潮乃能进；俄见烟起，知城陷。将他适，闻母范氏及室人
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