，使二万贼水陆攻合州，屯于多功城；别以精锐道佛图关，将夹击马干军。曾英、刘麟长救之，使遗民下涪州避贼；使于大海拒水军、张天相阵于陆，戒勿战，自以精卒五百往击多功贼，大败之。即其帜萆山出贼后，大破之亭候。贼怒，坑降卒三千于大仪；英遂屯重庆。贼又截朱化龙及佥事蔡肱明于羊子岭，化龙以蕃骑数百直冲之，贼大溃，尸蔽山谷；别将复败贼于摩泥滴水。又其时范文光在洪县，詹天颜在松潘，权演在广元，谭洪、谭诣、谭文在夔州，皆举城邑奉征调。宣慰使马京、守备杨起泰又大破贼于观川，文光亦使黎武勋击艾能奇走之（详「义旅」）。于是四川之民，大杀贼官；或刺于庭、或付诸水火。凡贼所设守牧令，判死者无算。惟雅州知州王国臣固通贼，至是与下南道胡寅隙，将执寅畀诸贼；寅走，国臣遂降贼。
夏五月，王应熊檄杨展入遵义，及侯天锡、张熊攻永宁，克之；军于鱼腹阙。
秋七月，杨展大破贼梁一训于纳溪，溺死数万。镇安千总周鼎昌被围，贼聚诸舟锁困之；鼎昌断其索，贼大败走。孟乔芳击姚、黄贼，屡破之；袁韬走川南。
八月，甘良臣、余从奎、杨展以千舟击贼于蔡坝，不胜。越五日，又败；贼追之纳溪，士卒皆入舟，余从奎走江津，良臣、展以数百人入永宁。贼陷乐用寨，奢香之故穴也；罗从文以兵五千拒囤守。孙可望围之屡月，不能克；乃诱之降，尽坑之。良臣、展闻之，退于怀仁。贼蹑之怀仁，土城不能守，军于小山关；贼又陷之，良臣、展居山中，杀马而食。良臣及王祥谋自筹中走遵义，曹章曰：『我弃大营入遵义，大军若退，进退棘矣！曷自间道入江津乎』？祥及良臣不从，遂走遵义；展、章及向成功、黄国美窃出贼后，渡合江归。
九月，李巽德在西充，奉隆武帝号；降将严自明败之，张定邦降。贺珍以兵攻阳平关，自明复拒之；孟乔芳使自明等以诸降军争兴安、汉中及川东北。
冬，贺珍、孙守法自汉中攻长安，不克而还（详「义旅」）。马科自保宁攻汉中，贺珍大败之。
十一月，郝孟旅在雅州佯为贼，上川南道；阴聚兵卒，将通使于曹勋，不果。程凤翔招之，孟旅遂杀贼将，以雅州复为明；奉范文光、曹勋主军事。诸军反，大掠之。孟旅自以兵复黎州；进攻邛州，不克。寻败死于花溪（孟旅，绵州诸生也）。
十二月，贼复攻叙州；至东关，杨展欲攻之，前锋汹而溃。贼陷叙州，追展至泸溪；展谓诸将：『不战，则贼益进』。伏兵深箐以待之。贼不敢入，展还屯永宁，招兵饷士，大修战守之具。
曾英自涪州趋江津，合刘麟长、刁化龙之兵进。知贼将殷承祚在顺庆有降志，使人招之；为贼所得，殊其耳、目、手各一，纵之还。承祚以顺庆降，英使焦应瑞、冯有庆守之。
时大顺、峨边间复罹胡銮等祸，遂有里兵、皇兵之名，民不聊生。
顺治三年（隆武二年。是年永历即位）春正月，樊一蘅遣使入福州朝贺；隆武帝使赐王应熊玺书，便宜行事。应熊复犍为，督诸将取川南。
刘体纯等自襄阳转掠入归州、彝陵，至于巴东；阻川东以自守（详前）。
三月，杨展、马应试攻川南地，尽定之；嘉定、眉州、雅州、邛州属邑缓复。贾联登、杨维栋攻资州、简州，复之。侯天锡、高明佐复泸州。曾英使于大海、李占春守忠州、涪州。樊一蘅移军纳溪，居中调度；王应熊亦出遵义，会一蘅于泸溪，檄顾忠、张天贵、侯天锡、马应试、莫宗文连兵叙州、犍为间，谋进取。杨展击贼于彭山，大败之，焚其千艘；辎重、金宝沉于江，展使取之，以益军实，强富冠诸镇。曾英、王祥合谋趋成都。
夏六月，武大定败绩于兴安，走入川。
秋七月，贼弃成都走，攻贾联登于中江，陷之；进攻顺庆，焦应瑞、冯有庆负其勇，曰：『贼不足惧也』！比及至，守三日而城陷，死者五十万。
徐孙彦自蜀还福京，具言王应熊、樊一蘅、李干德、马干及米寿图、刘麟长、万年策、郑逢元、刘泌、范文光、牟道行、田华国、莫宗文、曾英、贾联登、谭宜状，且言贼屠川民，惨酷无似。隆武帝涕泣久之。
是月，王应熊、樊一蘅以曾英、王祥趋成都；诸将皆至，尽复属邑，至于成都。街衢杂木成拱，野行百里，不见行人；众谓残破不可居，曹勋、杨展独屯守。勋居成都，展督其兵亟追贼，至于汉川，不及；封遗骨而识之曰：『怜尔白骨之惨，用加黄壤之封』。师还，苦遗民不得食，使百辈如滇、楚告籴，先后得米数百万，自乡老、博士、弟子具赡之。予耕者以牛谷，释甲而田；欲从军者，乃隶尺籍。百工杂流，各以艺食；贫无告者廪之，民大悦。是秋，展地大熟，军食益饶。
时豪格、吴三桂入汉中，贺珍战败于鸡头关，走川南；严自明招贼李旺降，又擒贼张黑子。
冬十二月，豪格兵入顺庆，贼党刘进忠降。指示雅布兰射杀，贼部兵百三十屯皆溃，遂取保宁。孙可望及诸贼皆南奔，将至重庆。曾英所屯水陆成市，尝请屯田于王应熊，不可；及可望至，英死（详「李孙之兵」）。余仲复叛，烧其营走。一时讹溃，崩声如雷，官军、男妇残溺万计。于大海、李占春以余卒二千走涪州，仲及李定、王祥遁綦江，旋走贵州。贼入綦江、陷重庆而居之，王应熊走毕节。至余督抚樊一蘅已衰老，诸将又不受其命；马干果锐，然不能束兵，惟侈招募。川北尤残破，军食必自东南出，亦无济之者；干德尚纵横，卒致败。寿图移抚贵州，麟长以下号令亦不一。英死，武帅推杨展。王祥亦着，然材武不若展。谭谊、谭洪、谭文行止介兵贼，不足恃。豪格使铎尼、准塔、吴三桂、孟乔芳、李国翰及降将卢光祖分击，贼遂入龙安、松潘、维州、保元、顺庆诸郡邑，至于遂宁。呼九思、马潮走死；袁韬走夔州，人竞呼为贼。王名臣在顺庆，降将柏永馥、马化豹、左勷复陷之。孟乔芳围茂州，朱化铎固守。
铎尼、准塔、三桂至成都，杨展屯嘉定、曹勋还雅州。铎尼入成都，设三司以下官，以降贼人梁一训等为之；遗民千数百人而已。进攻嘉定，杨展拒之；凡五日，铎尼军不能胜，遂趋重庆。
顺治四年（永历元年）春正月，程源言于朱容藩：『川中之兵数十万，若公督东北、我督西南，蜀贼不足平也』！容藩疏荐源经略三省，永历帝从之；亦命容藩督川东。容藩觊入相，蹴所亲给事中唐成疏：『容藩、源拥戴之臣，不可出』。永历帝怒，欲杀之；容藩贿太监庞天寿，祈免于太后，帝不得已赦之。容藩走四川。
孟乔芳围茂州，城中食尽，啖人；男子肉一斤值七钱、妇女八钱，并枯骨亦屑而食之。化龙力竭，降；寻合赵荣贵，以龙安、阶州复为明。
孙可望毁重庆城而遁至遵义；王祥走永宁。吴三桂窥重庆，巡抚马干趋内江拒之；或曰：『内江当敌，曷可往』？干不可；力战死，重庆再失。巡按瞿永及贾联登、侯天锡、邓九韶、王廷献先后降；天锡且使人招王应熊降，应熊斩之。铎尼兵趋遵义。
姚、黄贼在夔州，粮绝几三月；遮于官军，不得南。邓希明劫副将胡云凤室于江中，其妾赴水死；云凤将复仇，招姚、黄贼自万县之小溪口济，贼遂及南岸。
三月，贺珍之入川也，亦求渡夔江；程正典拒之。同知李习达以宗室德阳王在夔州，欲辅之，潜具小舟使珍济，亦屯于江南。铎尼、吴三桂兵至遵义，孙可望已入黔（详「孙李之兵」）。三桂陷遵义；以王祥在永宁，围之。祥颇善守，群贼畏之；其妻尚祖饶智略。三桂不能克。
夏五月，李赤心自巫山入川；谭诣以水师御之江，溃。贺珍亦畏赤心至，复渡江北，屯于下关城。赤心遂陷建始县。
铎尼兵自遵义东入，荣昌、富顺、内江、资阳、达州、夔州、忠州、万县多没。袁韬遁山中，逡巡走彭武、掠婺州；李占春、于大海亦遁。铎尼去，占春、大海复以其众入夔州守之。
秋七月，容藩至川，自称楚世子；王光兴不知而奉之。光兴，光泰之弟也。以其部往来楚、蜀；谓容藩为真，移檄于大海、李占春共戴之。铎尼兵至万县，容藩使大海、占春逆击之；轻舟四出，炮火纷鸣。满洲及降兵皆大骇，争上岸走；占春乘之，杀伤大半，乃自达州小径走保宁。李干德既说袁韬降；是役也，韬以其兵入佛图关。
八月，王祥自永明入赤水，招诸降溃及贼之散败者，得兵数万；击吴三桂，大败之。皮熊兵亦将至，侯天锡以永宁复为明。三桂惧，杀降将贾联登数十人，遂及诸军弃城走。王祥入遵义，抚谕郡邑及綦江、内川，皆下。遵义地阻而饶，四川避寇者多依之，户口充实；祥居之，贡献不少缺。妻亦致献于中宫，恭谨胜诸将。侯天锡、李开藻击三桂别部于泸州，亦大败之；复马湖。
九月，王祥使告籴于皮熊，熊不应；且谓祥诇己，夺其金。祥怒，自以兵出遵义围之三日而还。已而屡战，大败；祥上疏自理，诏和解之，乃共盟于马江（详「黔滇之乱」）。梁应奇、辜朝泰先后至行在，盛称祥材武，一时信之。
十月，杨展攻柏永馥于重庆，大败之；再战，又大胜。永馥弃城遁，展复重庆。李干德亦自涪州至，诸将共戴之，遂居重庆。袁韬狂悖，干德独爱之，使居于山坪。朱容藩既得王光兴、于大海、李占春兵，又得谭文、谭洪、谭诣及呼九思、陈林之遗，至重庆，遂谋叛。讽干德，使推戴；干德阳不知，容藩衔之。
十一月日长至，诸将贺。袁韬与朱容藩同拜舞，容藩怒，李占春亦不平；容藩即使占春袭韬军，且杀干德。干德知星气，咄咄称变，夜走山中。占春袭韬军不得入，又失干德，大惊；执其一妾、一女去。韬闻之谓干德已死，大哭；已知犹在，集兵与占春斗，连日不解。占春走涪；韬亦粮绝，掠遗民以自给，遂不能战。容藩走忠州，移书钱邦芑两解之；占春亦归干德孥。于是韬、大定屯重庆，占春屯涪州之西平坝，于大海屯忠州之花凌河相比附。容藩不得志于干德，乃铸「锦江侯印」予王祥，使击韬；祥从之，以兵出遵义。
十二月，杨展使杨荣芳、李一进、陈应宗、黄国美趋成都。吴三桂等兵屯资阳、简州者全盛，万璟搦击之，大败；其众连战，皆捷。展兵长驱至成都，梁一训驱遗民数千走至绵州，尽杀之；于是成都之民尽矣。展复成都。王名臣、冯启以兵攻顺庆，守者弃城遁；赵荣贵在保宁，复会武大定于广元。三桂闻之，弃保宁，走汉中；全川皆复。钱邦芑以告，言定九州岛、百三十余县。永历帝受群臣贺；分命李干德、杨乔然、江尔文总制，巡抚四川。樊一蘅再至江上，以诸将之捷告。王祥击袁韬于重庆，三战皆不胜。
顺治五年（永历二年）春正月，晋樊一蘅太子太傅、户兵二部尚书，擢钱邦芑巡抚，以詹天颜巡抚川北；封赵荣贵定随侯、杨展华阳伯、王祥綦江伯，诸将进秩有差。
谭洪再攻武大定、赵荣贵于保宁，王名臣、李开藻复谋攻洪；开藻旋死。
容藩以江干有天字城，易曰「天子」为己忏；始称楚王、又称吴王，自是遂反，自为监国天下兵马副元帅，铸印佩之。以忠州为大定府，建行台。承制封拜，以张京为吏部尚书、程正典为户部尚书、胡平表为礼部尚书、刘道开为祭酒。京降流贼，败走大宁，首劝容藩称号；正典起家夔州府，而富于财；平表嗜进：故用之。以朱运玖等为巡抚，大封王光兴诸人为侯伯。然性刻忌，尽杀宗室之寓于夔者。杨乔然令无为祸首；堵允锡寻至，责以大义，不听。钱邦芑劾其罪，传檄讨之。王祥谒容藩，坐甫定，李占春亦至；祥思并其军，亲搏占春，拘诸军。占春脱走，祥无所得；又乏食，杀马而哺。至于四月，还遵义。于大海谑，容藩亦无如何。惟谭洪、谭文、谭谊坚从之。
二月，降将李国英以谭洪隙，攻保宁；先败洪兵，保宁复没。
三月，李国英水陆攻顺庆，王名臣走；顺庆亦没。国英击马超、邢十万于潼川、绵州。
是月，王应熊卒于毕节卫。诏进吕大器少保，督西南诸军事；赐剑，便宜行事。
闰四月（明五月），总兵胡敬以潼州、刘惟明以绵州、达州降于李国英。
秋，杨乘渠败绩于渠县，弃城走；袁宗第等亦败还。王祥在遵义，复与皮熊隙。赵荣贵在文县，降将南一魁攻之，荣贵弃城走。
八月，容藩大封石柱、酉阳诸土司为伯、挂印将军；蛮貊厮养皆巍秩，附者益众。邦芑寓书堵
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