擢典宝少监、太子左赞善，兼翰林直学士。除礼部尚书。寻辞归。
天历元年，召为燕王内尉，仍入礼部，两知贡举，一为读卷官，时称得人。迁参议中书省事，参定亲郊礼仪，充读册祝官，拜治书侍御史，历徽政副使，迁江南行台中丞。
元统元年，召议新政，赐白金二百两，钞万贯。又历同知徽政院事，兼知经筵事，遂拜御史中丞。帝以其有疾，诏特免朝礼，光禄日给上尊。祖常在宪台，务存大体。西台御史劾其僚禁酤面有酒容，以苛细黜之。山东廉访司言孔庆讼事，以关名教寝之，按者亦引去。除枢密副使，复辞归。起为江南行台中丞，又迁陕西行台中丞，皆以疾不赴。至元四年卒，年六十，赠摅忠宣宪协正功臣、河南行省右丞、上护军、魏郡公，谥文贞。
祖常立朝既久，多所建明。尝议：国族及诸部既诵圣贤之书，当知尊诸母以厚彝伦。又议：将家子弟骄脆，恐负任使，庶民有挽强蹶张老死草野者，当设武学、武军，储材以备非常。时虽弗用，识者韪之。祖常工文章，务去陈言，专以先奏、两汉为法，尤致力于诗，圆密清丽。有文集行于世。文宗尝驻跸龙虎台，祖常应制赋诗，甚被叹赏，谓中原硕儒唯祖常一人云。
二子：武子，湖广行省检校官；文子，秘书省著作郎。
史臣曰：“雍古氏，回鹘之贵族也。按竺迩父子，为当时名将。至赵世延，乃用文学取贵仕，观其劾桑哥、忤铁木迭儿，岂非謇谔之土，晚节依违，贻田宠之讥。所谓血气既衰，戒之在得者欤。马祖常高才硕学，与元明善、虞集齐名，独以排摈集为士论所不满。借哉！”
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