为丈夫，既不能尽忠本朝，复不能自起逐鹿，称孤未几，甘为鹰犬。俊杰固如是乎？尚得以时务富贵欺天下男子耶？本阁部无功德异能，受累朝大德，位三公，兼侯伯，常愿殚精竭力，扫荡中原。今志不就，自痛负国，虽刀锯汤镬，百死莫赎，尚蒙耻求活耶？一死足矣。毋多言。”定南知不可屈，愈欲降之。同敞叱曰：“岂有天朝大臣降者？”定南愈重之，馆两人于别所，防御甚严，而供张饮食如上宾。
式耜日与同敞赋诗，慷慨赓和。清臬司王三元、苍梧道彭旷，皆式耜里人也，定南使说以百端。不应。复进曰：“国家兴亡，何代无之？生若朝露，何自苦如此？公可剃发为僧，自当了悟。为世人所不能为，岂仅仅守拘儒之节耶？”式耜曰：“僧者，降臣之别名也。佛即圣人，圣人，人伦之至也，未识人伦，何谓了悟？”王、彭见其至诚，喟然曰：“嗟呼！此真正人。”不敢复言。
会式耜遣死士遗焦琏书，极言清兵羸弱、城中空虚状，劝琏急提兵抵桂林。且曰：“中兴大计，毋以我为念。”逻卒得之以献定南，定南大恐。
闰十一月十七日晨，请二公。式耜方食。食彻，与同敞振衣出。谓敞曰：“我两人多活四十一日，今事毕矣。”敞曰：“快哉！行也。今日获死所。”士卒皆为泣下。二公颜色不变，洋洋如平时。敞藏一白网巾于怀，至是服之，曰：“为先帝服也，将服此以见先帝。”至独秀山下，式耜指曰：“一生只爱泉石，愿死于此。”整衣冠争就刃。俱被害。日色无光，大雷冬发。远近士民皆为流涕。同被难者，旗鼓陈希贤、锦衣卫杨芳龄、家人陈祥。
先是初三日，式耜知桂必不守，遣坐营徐高赍印、谢表赴行在。道阻，匿阳朔山中，清师获之。至是亦同殉难。滇营一卒怨同敞，剜其心食之。定南怒，戮之于市。
清将马蛟麟莅杀，雅重式耜，以苇席覆之，加土其上。时给事金堡已为僧矣，上书定南，请收葬。许之。越三日，侍御姚端、式耜门下客吴江、杨艺入王邸，谋殓两公。启视留守，刃血在颈，身首不殊，面如生。两人抚之而哭，曰：“忠魂俨在，知某等殓公乎？”忽张目左右视，杨抚之曰：“次子未见耶？长公失所耶？”目犹视。端叩首曰：“吾知师心矣。天子已幸南宁，师徒大集，焦侯无恙。”目始瞑。遂具衣冠殓，浅葬两公于风洞山之旷地。姚端筑室其旁，与清凝上人守墓不去。事闻，赠式耜粤国公，谥文忠，赠同敞江陵伯，谥文烈。临难诗载在《浩气吟》。
时广州亦先四日为清平南王尚可喜所破。报至梧州，帝于十一日登舟幸浔州。勇卫提督周金汤大掠梧州。陈邦传在清远闻之，飞帆先归，邀帝于藤江，将谋劫之以为重。十二日，帝舟冲雨而过，邦传谋不及发，而百官及卤簿之舟在后者，邦传劫之于江。杀部郎潘骏观、童英、许王凤等，以帝卤簿陈列营中。帝及三宫易小舟前行。十六日，至浔州。二十八日，驻跸南宁。马吉翔、李元胤追从后至。从官稍集，饥冻无人色。括行囊并吉翔所献得四千金，散给之。
十二月，勇毅将军林时望以京营溃散空虚，捐赀招募，收集游兵数千，及是方至。戎政马吉翔所部皆失，忌时望独拥重兵，遂与庞天寿等密奏时望逗留有异志，不早图，变在肘腋。时望初至，十七日早，矫命犒兵，预令健丁即演武场擒时望，以弓弦勒死。时望本黄得功偏将，貌极伟丽，胆力过人。自入行畿，保扈功最著。虽骄悍如郝永忠等，皆严惮之。时望被害，于是禁旅无人。
永历五年（清顺治八年）辛卯正月乙酉朔，帝在南宁，行殿受朝贺。
十日，祀太庙。谕东阁大学士文安之督师经略楚、豫，赐上方剑，便宜行事。
时赵印选率兵入行在，鼓噪拔饷，搜括宫中簪珥及布帛ブ褥绵絮等物而去。
二月，孙可望遣伪将军贺九仪、总兵朱养忠、张明志、张胜等率兵入卫南宁。初，以冀王封可望，终以不允秦封，切齿朝士。监军杨畏知曰：“秦固美号，然假何如真？”可望不悦。李定国等亦劝可望趣畏知行以终始之。畏知行未至，可望已遣贺九仪等至南宁，求阻秦封者而甘心焉。九仪朝见后，使人盗杀杨鼎和于昆仑关，即舟中杀阁部严起恒，投尸于水，随杀兵科张载述、刘克珍、吴霖等于各署。朝臣惶怖。庞天寿、马吉翔叩请之，九仪曰：“前者国主请封，此数人实阻之，故奉令来杀之耳。”天寿等具以邦传擅封、今已改造册宝、赍颁前去告之，九仪唯唯而退。起恒死三日，有渔者报云：“江中有浮尸顺流至，一大虎入水负之入山，以爪掊土，方事葬埋。”时贺九仪在司礼监署，闻之，遣人往视。虎尚在旁，墓已成矣。虎见人，乃摇尾缓行去。九仪亦为惊叹。杨畏知入朝。诏进东阁大学士，入直办事。畏知，陕西宝鸡人，举乡试第一。崇祯庚辰，以保举特用，历官南金沧道。好言王霸之略，故为可望所重。及朝行在，帝以孙氏故，引之内阁。畏知疏辞再三，不允。九仪谮之可望，遂疑其贰心于己。
三月，三宫上田州。
二十五日，贺九仪修行宫，为帝驻跸。
是月，遣使偕贺九仪赍补秦王金册于可望。可望大喜，远迎拜受。随遣伪中书杨惺先奉表称谢，略云：“秦王臣朝宗望阙奏谢。臣自入滇以来，纪年而不纪号，称帅而不称王，正欲留此大宝，以待陛下之中兴。此臣耿耿孤忠，矢之天日者也。”诸臣得疏，额手相庆。
四月十二日，太后王氏崩于田州。十四日，讣闻。十七日，成服。二十三日，奉安灵舆于慈宁宫。丧礼以日易月。
先是庚寅十月，式耜遣孙检讨昌文入行在，辞世袭临桂伯爵印，且陈桂林不可守状。闻警，辞朝，同巡抚鲁可藻、御史朱田麟间道而上，阻山中。至是月，为叛将王陈策扶之以出，至梧州。大学士方以智为僧在大雄寺，闻昌文将至，谓清将马蛟麟曰：“瞿阁部精忠，今古无两。其长孙来，汝能以德绥之，义声重于天下矣。”蛟麟以为然，厚遇之。浙人魏元翼，式耜以墨吏黜之，迁怒昌文，谮于清将，执之至桂，将甘心焉。未至一日，元翼家中铁索铿然，绕室有声。元翼伏地请罪。忽吴语曰：“汝不忠不义，乃欲杀余孙耶？”元翼叩头乞缓三日，少毕家事。又忽楚语曰：“此不义奴，速杀之，奚问焉？”九窍流血而死。定南王疾，遣将祷于城隍神，恍忽见宫詹司马四大字，入殿见司马俨然南面。大惊，拜归以告。定南骇甚，供双忠神位于铁佛寺。而昌文适至，定南因厚礼之。昌文遂迁留守柩于明月洞。清凝亦迁司马之柩与夫人合葬焉。司马无子，女适兵部主事吴重义。清凝改葬之晨，而重义夫妇适至。清凝者，阳羡人，不谈禅、能急人难。入粤西，式耜爱而礼之。桂陷，清凝在昭平，同式耜次子玄锖崎岖赴难。走至永安州，遇兵，玄钅育失于路，清凝仓猝入桂林，而留守已殁。玄锖自庚寅三月航海觐亲，备尝艰苦，至十月始至粤西。万里寻亲，不获一见。哀哉！后玄锖或云已死，或云入滇，不知所终。
五月，孙可望谕九仪械畏知还滇。可望怒叱曰：“遣尔至粤，所行何事？且尔做内阁耶？”畏知曰：“此由圣恩。畏知三疏力辞，不蒙俞允。业已报闻久矣。”可望曰：“果尔，即宜潜还本国，尔宁做得内阁耶？”畏知愤然曰：“殿下已归正，遣畏知请驾。畏知在朝，乃欲为殿下行尊周盛事。假令畏知不可为内阁，殿下何以独可为秦王乎？”可望大怒，命从军法，欲胁之使改，逆知必有谏者。畏知昂首即出。时安西、抚南等咸在旁，谓可望曰：“我等欲行大事，如此人尚须留下。”可望即谕传宣：“且留他死。”而畏知已戮矣。可望恨曰：“杨公死，我桓文事不成矣。”
是月十八日，敕鸿胪寺曰：“顷以忧戚之中，不遑亲政。今值服除，当面与辅臣商决政事，兼行日讲。该寺即传工部修中极殿。翰林院举堪日讲记注员名，以二十七日举行。”
六月，帝患足痛。
七月十五日，中元，遥祭祖陵。十八日，葬太后于两江之宋村山，谥孝正。
九月，陈邦传叛降于清定南王。南宁震恐，帝议移跸，人心惶惶。庞天寿、马吉翔素与贺九仪有成约，力排众议，坚请向黔。
十月，九仪入朝，谓廷臣曰：“昔秦王为请移跸滇、黔，特命我扈驾。今诸臣既各疑贰，我岂能担此重任乎？”遂撤营去。帝遣官赍留。不应。
十一月，南阳侯李元胤疏请航海。不允。
十二月，初十日，帝至濑湍而南宁陷。太仆寺少卿丁元相、户部员外郎杨尚甸死之。开国公赵印选报清师已过新宁州，从陆路追袭，仅隔百余里。于是君臣悉登陆，焚舟楫，踉跄失次，扈跸官员相失。皇嫂桂恭王妃亦不能相顾而弃之。
十一日，帝由土司入黔境，至逻江界已三十余里。清帅线国安以精兵追蹑于后。尘掩其舆，群臣相顾失色。国安行次，遇白发老人，问曰：“永历何往？汝见之乎？”答曰：“见逻江土官迎驾入土司矣。”又曰：“去此几何？”答曰：“止半日程。但山峻路狭，恐大马难行。”言已，遂入深篁中。国安视西日就山，即令驻营。协镇马雄趋进曰：“永历相去不过三十里，何以不追？”国安曰：“我奉令取南宁，未闻令进土司也。若连夜追袭，或有疏失，谁任其咎？”雄闻唯唯。遂同还南宁。次日，乡民以闻，云清兵已回，上下稍安。及过逻江，猝遇可望所遣总兵高文贵、陈国能、狄三品等讨皈朝叛夷，方还师，乃相率扈跸。可望致书从官曰：“南宁不守，当走安隆。”从之。
是冬，宋国柱、杨奇扈从入滇，舟覆溺海中死。卒如张鸣凤之梦云。
永历六年（清顺治九年）壬辰正月癸酉朔，帝野次。三日，至皈朝。十一日，发皈朝。十二日，次富川。十三日，次沙斗，十四日，次西洋江。十五日，次宝月关。
十六日，至广南。孙可望遣总兵王爱秀迎驾，上言：“臣以行在孤处僻粤，再次迎请，未奉允行。然预虑圣驾必有移幸之日，所以先遣各营兵马肃清夷氛，道路无碍。广南虽云内地，界邻交趾，尚恐夷情叵测。臣再思维，唯安隆所（隶贵州晋安县）滇、黔、粤三省会区，城郭坚固，行宫修葺。一切粮储，可以朝发夕至。莫此为宜。”帝允之。
二十五日，发广南，次童卜。二十六日，次晒和。二十七日，次鼎贵。二十八日，次加浦。二十九日，次那年。三十日，次侄堂。二月癸卯朔，次呼马。二日，次扁牙。三日，次板屯。四日，次板桥。五日，次峒沙。六日，至安隆所。可望遣总兵张胜屯兵安隆城外，来谒，请易安隆所为安龙府。又遣督捕张应科为总理提督，实用以阴制帝也。凌逼百端，无复人臣礼。其疏辞云：“人或谓臣欲挟天子令诸侯，不知彼时尚有诸侯，诸侯亦尚知有天子。今天子已不能自令，臣更挟天子之令以令于何地？令于何人？”
九日，遣太常寺少卿吴之俊赍玺书至滇。
三月，可望欲入安龙陛见。伪兵部任馔进曰：“国主欲入安龙，恐二龙不便相见。”可望遂止。馔博学能文，尤善太乙六壬。常语人曰：“明运已终，事无可为矣。”曾具启劝进，称为国主，设六卿，铸兴朝通宝，以干支纪年，可望昵之。故闻言遂止。惟谕令应科奏报，每年进膳羞银二千两、米六百石于府仓库支给开报而已。于是伪知府范应旭直署于簿曰：“皇帝一员，后妃几口，月支银米若干。”可望见之，恬不为异。
帝日居宫中，一筹莫展。从宫纷纷告艰请俸，则悉搜所用金银器皿销毁济之。或所给银米已至，即用以呼卢取快，否则灌园怡情，不复计军国一事。
四月，清平西王吴三桂由汉中统兵入四川。可望守将白文选走回南。定南王孔有德自广西以七百骑出河池州向黔，大军驻柳州接应。可望使李定国与冯双礼由黎平出靖州，马进忠由镇远出沅州，会于武冈，以图桂林，步骑八万。刘文秀与张先璧由永宁取叙州，白文选由遵义取重庆，会于嘉定，以图成都，步骑五万。疏闻安龙，封定国西宁王，文秀南康王，余各加公侯。从可望请也。
是月，南阳侯李元胤往海南招集散亡，至钦州之防城，为土兵王胜堂所执。绝粒九日。送靖南王，不屈。左右梃下，元胤笑曰：“鼎镬不惧，何有于梃？”又令作书招琼州杜永和，元胤曰：“杜将军缮兵穷海，差有丈夫气。乃招之耶。”靖南义之，使其故人往说之曰：“将军昔未受国恩耶？”元胤大恸曰：“某昔者不过帅府一亲人耳。今爵通侯，司禁旅，狼狈被擒，计惟一死报国。豫
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