擒黄道周于婺源，先后解至江宁，论降不从，斩之。明故官荆本彻、李守库、徐君美等据崇明，承畴檄总兵李成栋攻之，斩守库，擒君美，降其城；本撤窜入海。
三年正月，承畴查知江宁人有叛应朱谊石、朱谊泐者，于距城五十里之西沟地捕斩万德华等五十余人；又闭城搜捕鞫实郭世彦、尤琚等三十一人，诛之。朱谊石、朱谊泐合众二万来犯，火攻神策门；清兵先分出潮阳、太平二门堵截，乃启神策门冲击，大败之。追至摄山，擒斩无算。寻檄总兵马得功、卜从善等剿潜山司空寨，斩守寨头目石应璧等，生擒朱常■〈巛上水下〉；搜婺源严杭山，擒朱常淇及其监运道江于东、职方司许文玠等。复擒朱谊泐及其经略韦尔韬、总兵杨三贯、夏合章等于句容、丹徒，擒朱由■〈木产〉及其族人朱常洊、朱常泚、朱常涫于饶州、鄱阳湖，擒朱谊泐之弟谊贵及瑞昌王军师赵正于宿松县之洿池，并斩之。明给事中陈子龙家居华亭，结大湖溃众遥附朱以海；承畴遣参领索布图往捕，子龙投水死。
四年四月，驻防江宁总管巴山、张大猷奏：林游击陈际可擒贼谢尧文，获明鲁王封承畴国公及其总兵黄斌卿致承畴与杀巡抚王国宝书，有「请为内应，杀巴、张二将，则江南不足定」语。上奖巴山等严察乱萌，而谕慰承畴、国宝曰：『朕益知贼计真同儿戏。因卿等皆我朝得力大臣，故反间以图除陷。朕岂堕此计耶』？十月，巴山等以察获游僧函可、金猎等五人携有谋叛踪迹，牒承畴鞫讯。承畴疏言：『函可乃故明尚书韩日缵之子，出家多年。乙酉春，自广东来江宁刷印藏经；值大兵平江南，久住未回。今以广东路通，向臣请牌回里。臣因韩日缵是臣会试房师，遂给印牌。及城门盘验，经笥中有福王答阮大铖书稿，字失避忌；又有变纪一书，干预时事。其不行焚毁，自取愆尤，与随从之僧徒金猎等四人无涉。臣与函可世谊，应避嫌，不敢定拟。谨将书牒牌文封送内院』。得旨，下吏部察议：『承畴私给印牌，应革职』。世祖以承畴劳绩可嘉，宥之。承畴以江南湖海诸寇俱削平，又闻其父卒于闽，请解任守制；乃调宣大总督马国柱为江南江西河南总督。
五年四月至京，回内院。六月，充太宗文皇帝实录总裁官，充会正考官，加少传兼太子太传。八年闰二月，命管都察院左都御史事。寻甄别诸御史，分为六等，拟差用魏管等二十二人、内升陈昌言等二人、外升张瑄等十一人，王世功等十七人外调、降用、革任有差。五月，张瑄疏劾吏部尚书陈名夏植党营私诸款，有「嘱承畴庇其门生李嵩阳留任御史及太仆少卿黄徽元因承畴姻戚骤升正卿」语，并劾承畴不请旨私送母回闽，又屡与名夏及尚书陈之遴聚集火神庙屏左右密议逃叛。下王贝勒大臣集质。名夏辩释，承畴以送母回闽未奏明自引罪；至火神庙会议数次，则皆因甄别御史。商酌应差用及升调降革者也。得旨：『聚议事，不必悬揣。送母回闽未奏，为亲甘罪，其情可原；仍留任，以责后效』。
九年五月，丁母忧，命人直如故，私居持服；赐其母祭葬。九月，钦天监奏，太白星与日争光，流星入紫薇宫。时内大臣议请驾往边外迎达赖喇嘛，承畴同大学士陈之遴疏言：『日者人君之象，太白敢与争光；紫薇宫者人君之位，流星敢于突入。上天垂象，诚宜警惕。且今年南方苦旱、北方苦涝，岁饥盗起，处处入告，非圣躬远幸之时。达赖喇嘛自远方至，遣一大臣接迎，巳足见优待之意，何劳圣躬亲往』？疏入，得谕曰：『卿言甚是，朕即停止。嗣后国家一切机务，敷陈毋有隐讳』。
十年正月，调宏文院大学士。五月，调国史院大学士。时明桂王居安隆，流贼遣党一只虎、郝摇旗、孙可望、李定国等俱假封号以招集散亡、联结枭健，踞滇、黔，掠楚、粤。上命承畴经略湖广、广东、广西、云南、贵州，特晋太保兼太子太师、兵部尚害、都察院右副都御史。谕之曰：「湖南、两广虽渐底定，滇、黔阻远，尚未归诚。朕将以文德绥怀，不欲勤兵黩武，而远人未喻朕心，时复蠢动；必得威望重臣、晓畅民情、练达治理者相机剿抚，方可敉宁。朕偏察廷臣，惟尔克当斯任。前招抚江南巳有成效，兹命绥靖南方，听择要地驻札。俟滇、黔既定，善后有人，即命还朝。承畴奏言：『臣年过六十，理宜退休，乃荷特界经略之任，伏愿时谕吏、户、兵三部仰承圣意，俾臣得竭力展布，剿抚中机』。上即命内院以特假便宜条款详列敕书，传示内外遵行。并允承畴奏荐，以原任大学士李率泰为两广总督，与平南王尚可喜、靖南王耿继茂驻守广东；改拨士贼朱靖之江西省属承畴，铸给经略湖广、江西、云南、贵州内院大学士印。
十一月，承畴疏言：『湖南有孙可望抗拒于南，郝摇旗、一只虎等肆毒于北，或由澧州而犯常德、或由岳州而犯湘潭，则我腹背受敌。广西有李定国眈眈思逞，距桂林二百里；惟附郭之临桂县舆灵川、兴安二县及全州未为所据。我兵若由桂林进剿，而彼自靖沅乘虚潜袭，则我首尾难顾；宜防守严密，乃可随机援剿』。上命宁南大将军辰泰率八旗兵往湖广，与承畴商驻要地；又诏继茂移镇桂林，以联声援。
十二年二月，上谕兵部曰：『前以湖广寇氛未靖，殃及生民，
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