十月，靖南王耿继茂、总督李率泰等攻克厦门，郑众乘船遁；琅率所募荷兰国夹板船邀击之，毙千余人，乘胜克浯屿、金门二岛，叙功加右都督。三年，加授靖海将军。七年，琅密陈『郑氐负嵎海上，朝廷两次招抚，尚梗顽如故。若恣其生聚，是养廱也。宜急剿之』。疏上，召至京，面询方略。琅言：『郑兵不满数万，战船不过数百。郑锦智勇俱无，各伪镇亦皆碌碌。若先取澎湖以扼其吭，贼势立绌。倘复负固则重师泊台湾港口，而别以奇兵分袭南路打狗港及北路文港、海翁堀，贼分则力薄、合则势蹙，台湾计日可平』。事下部议，以风涛莫测、难必制胜，寝其奏。于是裁水师提督，授琅内大臣，隶镶黄旗汉军。
二十年七月，内阁学士李光地奏：『郑锦已死，子克塽幼，部下争权，征之必克』。上曰：『尔言是，朕计决矣；然孰可将者』？光地对曰：『必闽人熟习海中事而有智算威望者，惟内大臣施琅可』。上遂授琅福建水师提督，加太子太保。琅至军，疏言：『贼船久泊澎湖，悉力固守。冬春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣见在练习水师，又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。一俟风便，可获全胜』。
二十一年四月，给事中孙蕙疏言征台湾宜缓。七月，彗星见，诏臣工指陈时务；户部尚书梁清标谓天下太平，凡事不宜开端，宜以安静为主。上因命暂停进剿。九月，琅疏言：『臣于水师营中已简精兵二万余、战船三百，足破灭海寇。请令督、抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼；无拘时日，但遇风利即可进兵』。诏如所请。琅旋复请调陆路官兵随征，并从之。时克塽凡事皆决之武平侯刘国轩、忠诚伯冯锡范，共恃海道险阻，致书总督姚启圣，言克塽愿称臣入贡，不薙发登岸，如琉球、高丽例。启圣以奏，上不许。
二十二年六月，琅兴师，大书将弁姓名揭于桅竿，以别功罪。由桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩岛。国轩踞澎湖，凡缘岸可登处，筑短墙、置腰铳，环二十余里为壁垒。琅遣署游击蓝理以鸟船进攻八罩岛，水急石利不得住；海潮骤长，忽与岛平，飓风大作遽止，琅以手加额日：『天佑我也』！师遂进。流矢伤目，不为止；总兵吴英继之。斩三千余人，克虎井、桶盘二屿。旋以百船分别东西，遗总兵陈蟒、魏明、董义、康王率兵东指鸡笼屿、四角山，西指牛心湾，以分其势。琅自督五十六船，分八队，以八十船继后，扬帆直捣。郑氐悉众来拒，清师联络齐进，总兵林贤、朱天贵突入其阵；八队踊跃奋呼，东西两路夹攻，波涛腾沸。自辰至申，焚其船百余、毙其将及兵卒万余人，遂取澎湖。澎湖既定，乃以恩信结台人：迎降将领弁目凡百六十五人，赏以袍帽；士卒四千八百五十三人，给以银米；伤未及死者六百余人，医治之，送还台。降者相谓曰：『是真生死而肉骨也』！妇相传说，引领望王师矣。
国轩乘小船从吼门遁归台湾，与克塽及冯锡范等震慑无措，乃遣使乞降；琅为奏请，上许之。八月，琅统兵自澎湖人鹿耳门，至台湾；克塽率其属薙发，迎于水次，缴延平王金印。台湾平。人谓郑氏深仇，将快意焉。琅曰：『义不共戴，宁忍忘之！顾绝岛新附，有一诛残，恐上下疑阻，人情反侧。吾所以衔恤茹痛者为此也』。居数日，乃刑牲奉币，告于成功之庙曰：『自同安侯（成功父芝龙封同安侯）入台地，始有居民。迨赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何！今某实赖天子威灵、将师之力，克有兹土，不辞灭国之愆，所以忠朝廷而报父兄之职分也。第某早岁，于赐姓有鱼水之欢；中间微嫌，酿成大戾。某于赐姓，剪为仇敌，情念畴昔；芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已』。语毕，涕下。
加授琅靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替。遣侍郎苏拜往福建，与督抚及琅议善后事宜，时有议迁其人、弃其地者。十二月，琅疏言：『明季设澎水标于金门，出汛至澎湖而止；台湾原属化外，土番杂处，未入版图。然其时中国之民，潜往生聚于其间，已不下万人；郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，郑芝龙就抚，借与红毛为互市之所；红毛遂联结土番，招纳内地民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，郑成功攻破之，盘踞其地，纠集亡命、胁诱土番，荼毒海疆、窥伺南北，侵犯江浙。今其孙克塽纳土归命，若弃其地、迁其人，以有限之船渡无限之民，非阅数年难以报竣。倘渡载不尽，窜匿山谷，所谓藉寇兵而赍盗粮也。且此地原为红毛所有，时在垂涎，乘隙复踞，必窃窥内地；重以夹板船之精坚海外无敌，沿海诸省，断难晏然。至时复勤师远征，恐未易见效。如仅守澎湖，则孤悬汪洋之中，土地单薄，远隔金门、厦门，岂不受制于彼，而能一朝居哉？臣伏思海氛既靖，汰内地溢设之官兵，分防两处：台湾设总兵一员、水师副将一员、陆营参将二员、兵八千名，澎湖设水师副将一员、兵二千名。初无添兵增饷之费，巳足以固守。其总、副、参、游等官，定以三年或二年转升内地，谁不勉力竭忠？其地正赋杂粮，暂行蠲免。见在一万之兵，仍给全饷三年、后开征济用，即不尽资内地转输。盖筹天下之形势，必期万全。台湾虽在外岛，实关四省要害。无论彼中耕种犹少资兵食
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